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R语言可视化—饼图

R语言可视化—饼图今天开始进行R语言可视化的练习，主要参照的是文献《Preoperative immune landscape predisposes adverse outcome in hepatocellular...carcinoma patients with liver transplantation》中的配图，尽量复现，顺便以此夯实R语言基础操作。...今天复现文章中的Fig.1A，即饼图绘制。...或饼图）的堆叠位置中的显示方式。...具体来说： position_stack：这是一个位置调整函数，用于在堆叠的条形图或饼图中调整元素的位置。对于堆叠的条形图，它将标签按照条形的高度依次堆叠。

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R 数据可视化 03 | 圈图

文章目录一、环境需求 R 及 Rstudio 的安装配置 RCircos安装二、绘制圈图 0.载入包 1.绘制人染色体圈图 2.绘制基因 5.绘制折线图 6.绘制网络图 7.添加和弦图...一、环境需求 R 及 Rstudio 的安装配置一步一步安装及配置R及Rstudio(详细图文) RCircos安装 options()$BioC_mirror options(BioC_mirror...0.载入包 rm(list=ls()) # 载入包 library(RCircos) 1.绘制人染色体圈图 # 绘制人染色体圈图 -----------------------------------...3.绘制热图 # 添加热图类型的环形 --------------------------------------------------------------- # 加载内置的RCircos.Heatmap.Data...会在根目录发现导出的圈图 ?

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「R」数据可视化8：棒棒图

棒棒糖图，“望文生义”，就是长得像棒棒糖的图。听起来就很可爱是不是？今天就让我们一起欣赏一下棒棒糖图。什么是棒棒糖图首先让我们来看几张棒棒糖图。...可以发现实际上就是一根柱子加上一个圆，其实类似传统的柱状图。但是它可以给我们更多的信息，因为圆和下面的棒子可以代表同一组数据，也可以代表两组数据。...from tableau website 怎么做棒棒糖图 1)需要什么格式的数据我们用R中自带的一个数据——mtcars。

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「R」数据可视化5 : 气泡图

本文作者蒋刘一琦在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。...本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。什么是气泡图气泡图（Bubble Plot）就是由一个个像气泡元素组成的图。...从上述例子中可以发现用气泡图我们能展示更多的数据信息。随着多组学研究的涌现，我们急需在同一张图表来展现多维的数据，气泡图就是一个不错的选择。...FOXC2, FOXC1, TGFB1I1, WNT5A, COBL, BBS4, FGFR3, TNC, BMPR2, CTNND1, EGLN1, NR3C1, SOX9, TCF7L1, IGF1R,...TBC1D22A, THY1, PLCE1, RNF7, NDEL1, CHML, IFT57, ACAP2, TSC2, ERN1, APAF1, ARAP3, ARAP2, ARAP1, HTR2A, F2R

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「R」数据可视化20：弦图

弦图是一种美学上令人愉悦的展现方式，换句话说，可以提升你文章或者报告的水准，让人有一种高大上的感觉。那么让我们先来看几个弦图的例子。 ? ? 当然除了表示相关性弦图也可以用于表示存在的情况。...我们以这篇A Deeper Look into the Biodiversity of the Extremely Acidic Copahue volcano-Río Agrio System in...通常来说，当数据点不是很多的时候，弦图能很直观地展现出不同数据点之间的关系。但是当数据点过多的时候，可能弦图看起来就有一些混乱了，不过具体是否采用这种图，还是要看你想用图去表达什么结论。...当然了多幅弦图还能展现出不同组别或者不同时间点之间的差异，具体如何展现可以看我们今天的具体示例。如何作弦图 1）需要什么样的数据今天找到了一个酷炫的弦图例子还是个动图。...参考资料 [1]原代码请点击这里: https://www.r-bloggers.com/animated-directional-chord-diagrams/

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R语言之可视化②点图

主要内容：准备数据基本点图在点图上添加摘要统计信息添加平均值和中位数带有盒子图和小提琴图的点图添加平均值和标准差按组更改点图颜色更改图例位置更改图例中项目的顺序具有多个组的点图...定制的点图相关信息第一步：准备数据，使用的数据包括三列，len长度，supp是分类变量，dose是0.5mg,1mg和2mg三个变量。...设置仅显示dose为0.5mg和2mg两个分组的点图 p + scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2")) ?...在下面的R代码中，使用参数mult（mult = 1）指定常量。默认情况下，mult = 2。...第七步：按组更改点图颜色，在下面的R代码中，点图的填充颜色由剂量水平自动控制： # Use single fill color ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len

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「R」数据可视化16：哑铃图

哑铃图（Dumbbell Chart）就像它的名字一样，长得像一个哑铃。当然当你有多个节点的时候，它们还有点像DNA，所以也有人把这种图形称为DNA图。...哑铃图是一种很好的可视化方式，比如你想要表征不同指标的不同组的情况你可以用多个“哑铃”表示。另外，你想要表示某一组在外界刺激后的变化情况也可以用这种方式。我们来看两个例子。...然后可以用AI添加一下图例哦往期精彩：「R」数据可视化15：倾斜图「R」数据可视化14: 瀑布图「R」数据可视化13 : 相关性图「R」数据可视化12 : 生存曲线「R」数据可视化11：PCA...和PCoA图「R」数据可视化10：面积图「R」数据可视化9: 金字塔图和偏差图「R」数据可视化8：棒棒图「R」数据可视化7 : 蜜蜂图「R」数据可视化6 : 曼哈顿图「R」数据可视化5 :...气泡图「R」数据可视化4 : 直方图/条形图「R」数据可视化3 : 热图「R」数据可视化2 : 箱形图「R」数据可视化1: 火山图

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「R」数据可视化14: 瀑布图

什么是瀑布图 Waterfall Plot Wiki上介绍的瀑布图分为两种，一类是2D形式，另一类是3D形式。我们简单介绍一下2D形式的瀑布图。该类瀑布图用于描述一系列中间正值或负值如何影响初始值。...但是用于展示突变的瀑布图和传统的瀑布图并不完全一样，不过他们的展现形式很像。 ? 在SNP的瀑布图中，横轴表示的是不同的样本，纵轴是基因，填充则代表该基因发生突变，不同的颜色代表不同的突变情况。...上面的柱状图是对于每个样本突变情况的统计。所以从该图我们既能够获得每个样本的具体信息，也能够从全局了解这一组样本的整体情况，很好地展示了突变的情况。...怎么做瀑布图本次作图我们使用一个叫做GenVisR的R包。该包除了提供瀑布图还提供了多种其他形式较为复杂的、用于展现多个样本突变情况的数据图（见下图）。...具体地分为三类情况，瀑布图地功能提供了三种数据格式的选择：1.MAF必须包括列名为"Tumor_Sample_Barcode","Hugo_Symbol","Variant_Classification

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R 可视化 | 华夫饼图

作者：庄闪闪前言华夫饼图（waffle chart）分为块状华夫饼图和点状华夫饼图。华夫饼图是展示总数据的组类别情况的一种有效图表。...,r=0.5)) + geom_circle(color = "black", size = 0.25) + #geom_point(color = "black",shape=21,size=...堆积型华夫饼图这里还有一种比较有趣的华夫饼图。...本片主要参考《R 数据可视化之美》第 7 章局部整体型图表，配套代码可见张杰的github[1]以及waffle 包介绍[2] 参考资料 [1] github: https://github.com/Easy-Shu.../0.7.0/topics/waffle 往期推荐 R可视化 | 混合多个图形 R可视化 | 马赛克图 R可视化 | 复合饼图系列 R可视化 | 分面一页多图 R可视化 | 圆环图 R可视化 | 饼图

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「R」数据可视化7 : 蜜蜂图

在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。...什么是蜜蜂图不知道蜜蜂图的名字从何而来，我猜测可能是因为画这个图的包叫做beeswarm？我们先来看看蜜蜂图长什么样。 ?...看上去和我们之前的点图很像，我们可以直观来比较一下beeswarm和ggplot中使用jitter及point（默认参数）绘制同一组关于乳腺癌数据的图： ?...Note：没有安装相关R包的，先安装R包 1）需要什么格式的数据本次使用的是beeswarm包中的breast数据。 ?...然后我们来看一看另一个R包ggbeeswarm。

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「R」数据可视化18：弧形图

今天我们来介绍一个很酷炫的图：弧形图（Arc Diagram）。什么是弧形图（Arc Diagram）弧形图顾名思义，是由弧形组成的。粗暴一点，直接上图让大家来看一下什么是弧形图。 ?...没错，弧形图就是一种可以用来表示关联，展示多个节点之间关系的一种图。...你可能会疑惑，我们已经有很多种展现关联的方式，比如最简单的网络图或者和弦图（好像我都没有讲过，糟糕，我以后慢慢补）。为什么要用弧形图呢？...Network图那么有没有什么方法可以显示所有人的姓名呢？和弦图怎么样？虽然和弦图能够表示所有人的姓名，但是与网络图比起来，似乎人与人之间的关系没有那么直观了，感觉这些线有点杂乱无章。 ?...而和弦图虽然也能展现出节点信息，但是由于是一个环状，所以也可读性也不如弧形图。那么弧形图要如何绘制呢？

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「R」数据可视化15：倾斜图

什么是倾斜图（Slope Graph）倾斜图，又名斜线图、斜率图，可以展示单指标不同时期的变化情况，既能展示值的大小变化，同时能展示排名变化。...怎么做倾斜图有多种方法可以做倾斜图，最简单的用ggplot2就可以，当然也可以用专门做倾斜图的包比如CGPfuncitons。...编辑：王诗翔往期精彩：「R」数据可视化14: 瀑布图「R」数据可视化13 : 相关性图「R」数据可视化12 : 生存曲线「R」数据可视化11：PCA和PCoA图「R」数据可视化10：面积图...「R」数据可视化9: 金字塔图和偏差图「R」数据可视化8：棒棒图「R」数据可视化7 : 蜜蜂图「R」数据可视化6 : 曼哈顿图「R」数据可视化5 : 气泡图「R」数据可视化4 : 直方图/条形图...「R」数据可视化3 : 热图「R」数据可视化2 : 箱形图「R」数据可视化1: 火山图

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「R」数据可视化3 : 热图

在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。...什么是热图(Heatmap) 热图是一个以颜色变化来显示数据的矩阵。Toussaint Loua在1873年就曾使用过热图来绘制对巴黎各区的社会学统计。 ?...相关性的热图: 格子中的数值代表相关性系数怎么做热图Heatmap 1）需要什么格式的数据有很多的软件都可以做heatmap。我们要介绍的当然是R，R默认中提供了heatmap函数。...当然，R中也有很多具有heatmap功能的包，比如ggplot2,gplots。今天我们介绍含有heatmap.2功能的gplots包。...data(mtcars) x<-mtcars y<-as.matrix(mtcars) 在R Studio中我们可以清楚的看到x和y的区别（虽然如果点开你也许会觉得x与y难道不是一模一样吗），x的type

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「R」数据可视化1: 火山图

在生物领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。...什么是火山图 ? 火山图，是形如火山喷发的一种图形展示方法，常被用于展示差异，比如差异基因、差异微生物等等。上图就是一张典型的火山图，描述了差异基因的情况。...（2) 如何使用ggpot2做火山图能够做火山图的方法有很多，有一些RNA-seq分析的包中自带了画火山图的函数。...利用R自带的基础画图函数也可以画，但是鉴于之后我们都几乎都选择ggplot2包进行作图，所以只展示如何用ggplot2包画图。...Volcano 一张精致的火山图就做好啦。

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R语言之可视化⑨火山图

====================================== 火山图可以方便直观地展示两个样本间基因差异表达的分布情况。...我们根据计算结果在图上按照FDR和我们自定义的logFC值来将这部分显著变化的基因用不同颜色标示出来以区分，这类图像往往呈现类似火山爆发的样子，于是就被叫做“火山图”（volcano plot）了。...data$padj <= 0.05 & data$logFC <= -0.5] <- "down" # 选最大值作为xlim的上下边界 x_lim <- max(logFC,-logFC) # 绘制火山图

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「R」数据可视化10：面积图

什么是面积图面积图是一种源于折线图但是改变了其展现方式的图形。具体地，它通过一定的区域面积来表示数据大小，利用不同的颜色或者线条来区别不同组的数据。...William Playfair，苏格兰工程师和政治经济学家，是图形化统计方法的创始人，是面积图的发明人，除此之外他还发明了折线图、条形图、饼图等。...他发表于1786年的著作The Commercial and Political Atlas中使用了面积图： ? 让我们来看一个维基百科给的例子： ?...凭借谷歌翻译，了解到这张图（图中为德语）主要是展示了1991-2015年德国移民的情况，图中不同颜色就代表着不同的移民类别，而面积大小就代表的移民数量。...通过上述例子可以看出面积图和折线图很相似，在很多时候两者可以相互替代，以丰富数据可视化的形式。

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R可视化之美化山脊图

基因集可视化是很常见的分析内容，山脊图使用较少，原因可能是默认生成的图片不美观。本文提供山脊图的美化后的效果图，供选择。...F:/R_Language/R_Practice/scRNA_Seq_column/src/scRNA-seq_advance/Data/sce.rds') seurat_object 可视化基因集来源有三种：初始矩阵所在行、高可变基因、各细胞类型间差异表达基因。...# 第三种基因集表达量高且差异较大，可视化的山脊图较为美观。...logfc.threshold = 0.25, verbose = F) gene_set <- unique(data.markers$gene) length(gene_set) ## [1] 1768 3、山脊图可视化

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「R」数据可视化6 : 曼哈顿图

本文作者蒋刘一琦在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。...本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。什么是曼哈顿图曼哈顿图是一种散点图，通常用于显示具有大量数据点，许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。...好久没看过文章）怎么做曼哈顿图用于做曼哈顿图最常用的一个R包叫做qqman——an R package for creating Q-Q and manhattan plots。...当然qqman包由于是为曼哈顿图服务所以其实有很多限制，如果想要完全DIY我们可以使用ggplot。本文将会介绍使用这两个R包进行绘图。...下述内容来源于Manhattan plot in R: a review,我只是一个搬运工。

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R 数据可视化 02 | 火山图

R 数据可视化 02 | 火山图文章目录 R 数据可视化 02 | 火山图一. 示例数据准备二. 环境需求三. 绘制火山图 1. 火山图 2. 标记基因的火山图四....绘制火山图 1. 火山图 ?...标记基因的火山图 ?...设置工作目录 setwd("E:/R/WorkSpace/baimoc/visualization") 在R的执行过程中，为了方便，需要指定一个获取文件和输出文件所在的目录，这样就不需要每次设置全路径，...只需要指定相对目录 setwd("E:/R/WorkSpace/baimoc/visualization")的意思就是设置工作目录为E:/R/WorkSpace/baimoc/visualization

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R语言可视化——REmap(路径图)

今天紧接昨天的内容，跟大家分享如何使用REmap函数制作路径图。...路径图所需要的数据结构非常简单，两列数据，左侧是起点，右侧是终点，并且每一行的终点是下一行的起点，这样最终才可以制作出连接在一起的路径图。...上面的例子中，为了使得路径图首尾相连，终点数据是起点数据调换首尾行而得到的。...这种路径图的形式非常适合用于表达带有很多中间节点的动态路线。...如果想要存储该HTML对象，需要设定临时目录： setwd("D:/R/Rscript") #保存图片的位置，不做修改默认为R的工作路径 options(remap.js.web=T)

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