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R语言计算Logistic的efect和OR值以及置信区间

各位小伙伴,大家好,我是邓飞,今天介绍一下,如何使用R语言进行logistic分析,并且计算OR值和置信区间。...在二分类 GWAS 分析中,通过计算每个基因变异的OR值,可以评估其与疾病之间的关联程度,从而推断基因变异对疾病风险的贡献。这可以帮助研究人员了解潜在的遗传基础以及疾病风险的变化。...plink的Logisitic模型的GWAS分析计算结果如下: R语言的解决方案: m1 = glm(phe.V3 ~ rs3131972_A,family = "binomial",data=dd...) summary(m1) # 计算OR值 exp(coef(mod)) ## 置信区间 exp(confint(mod)) # 一步到位:OR值和置信区间 library(questionr) odds.ratio...(mod) 结果: 手动计算OR值: 一步到位的OR值和置信区间

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R相关性图如何比例显示相关系数

今天偶然从一篇paper里看到了一张R绘制的相关性图,跟以往看到的有些不一样。这张图里面不仅展示了相关系数,并且相关系数显示的大小跟相关系数是成比例的。...先来个简单的,由简入繁 #加载corrplot包 library(corrplot) #计算相关系数矩阵 M <- cor(mtcars) #绘制对称圆圈图,显示相关系数,大小都为1 corrplot...(M, method = "circle", number.cex = 1, addCoef.col="black" ) 接下来尝试一下根据相关系数的大小来调节显示的字体大小...#根据相关系数的大小M来设置字体的大小 #因为M有正有负,这里用abs取绝对值 corrplot(M, method = "circle", number.cex = abs(M)...那么这个相关系数的顺序如何确定呢?

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R语言使用bootstrap和增量法计算广义线性模型(GLM)预测置信区间

因此,我们要导出预测的置信区间,而不是观测值,即下图的点 > r=glm(dist~speed,data=cars,family=poisson)> P=predict(r,type="response...这些值的计算基于以下计算 在对数泊松回归的情况下, 让我们回到最初的问题。 线性组合的置信区间 获得置信区间的第一个想法是获得置信区间 (通过取边界的指数值)。...所有这些数量都可以轻松计算。...1.940302e-05> V[,1] [,2][1,] 0.0066871228 -3.474515e-04[2,] -0.0003474515 1.940318e-05 根据这些值...使用SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus的分层线性模型HLM 7.R语言中的岭回归、套索回归、主成分回归:线性模型选择和正则化 8.R语言用线性回归模型预测空气质量臭氧数据 9.R语言分层线性模型案例

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【说站】Python如何根据输入参数计算结果

Python如何根据输入参数计算结果 说明 define function,calculate the input parameters and return the result....返回计算结果 如果没有传入文件路径,随机生成 10*10 的值的范围在 [6, 66] 之间的随机整数数组存入 txt 以供后续读取数据和测试。...data:             for j in i:                 f.write(str(j) + '\t')             f.write("\n") 3、加载数据并计算...num1 = new_data[point1[0]][point1[1]]         num2 = new_data[point2[0]][point2[1]]         print(f"根据行列索引获取到的两个数为...operator, file_path) # 保留两位小数输出 print("进行 {} 运算后,结果为:{:.2f}".format(operator, my_result)) 以上就是Python根据输入参数计算结果的方法

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如何R语言进行云计算

我们已经使用R语言和RStudio由浅入深地解释了云计算的相关概念(请参考大数据文章2015年9月21日发布的文章《如何在云计算平台使用R语言编程的快速入门指南》)。...点击发布实例 根据给出的指示,使用密钥连接实例。 ? 现在像在本地运行一样来进行远程操作。 ? 这是我正在安装R。 一旦操作完毕,记住关闭实例,以免支付高额的月账单。...你可以根据需求选择实例,或使用预订的实例(在固定的时间段预订虚拟机可以得到相应的折扣)。 如何在云端使用R操作RStudio? RStudio服务器版本只在Linux系统运行。...现在,通过浏览器使用R在进行云计算。 ? 结语 到现在为止,你已经对如何使用R和RStudio来实施云计算有了一个大概的了解。我真的很高兴能在这篇文章中策划和编写有用资源。...这篇文章还涵盖了在学习云计算时经常被问到的一些问题,所以,我试着用这篇文章来涵盖所有的方面。根据我的个人经验,在R中阐述云计算,相比在其它软件中要容易得多。

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R语言使用bootstrap和增量法计算广义线性模型(GLM)预测置信区间|附代码数据

这些值的计算基于以下计算 在对数泊松回归的情况下, 让我们回到最初的问题。 线性组合的置信区间 获得置信区间的第一个想法是获得置信区间 (通过取边界的指数值)。...所有这些数量都可以轻松计算。...我们的想法是从数据集中取样,并对这些新样本进行log-Poisson回归,并重复很多次数, ---- ---- 本文选自《R语言使用bootstrap和增量法计算广义线性模型(GLM)预测置信区间...logistic)模型分析肺癌数据 R语言如何用潜类别混合效应模型(LCMM)分析抑郁症状 R语言基于copula的贝叶斯分层混合模型的诊断准确性研究 R语言建立和可视化混合效应模型mixed effect...的贝叶斯分层混合模型的诊断准确性研究 R语言如何解决线性混合模型中畸形拟合(Singular fit)的问题 基于R语言的lmer混合线性回归模型 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次(分层

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「Workshop」第三十八期 Bootstrap

其基本思路如下: (1) 采用再抽样技术(有返还的抽样(sampling with replacement)方式)从原始样本中抽取一定数量(自己给定)的样本,此过程允许重复抽样; (2) 根据抽出的样本计算给定的统计量...(2) 为生成R中自助法所需的有效统计量重复数,使用boot()函数对上面所写的函数进行处理。(3) 使用boot.ci()函数获取(2)生成的统计量的置信区间。...##统计量将根据所选样本进行计算,结果存储在bootobject中,其中返回元素有: ##t0:从原始数据得到的k个统计量的观测值/t:一个R*k的矩阵,每行即k个统计量的自助重复值。...按照这个分布可以计算每次捞上来的带标记鱼比例置信区间,以此推断整个鱼塘的鱼数量。...1000) #boot对象输出 print(results) plot(results) #则其95%置信区间可得 boot.ci(results, type= c("perc")) 统计后发现每次捕鱼中标记鱼的比例

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如何使用Faster R-CNN来计算对象个数

作为概念的证明,Faster R-CNN网络的现有模型将被用来计算街道上的物体数量,并在文章的最后给出视频示例。 挑战 ? 对于计算对象个数的问题,找到一个合适的解决方案取决于许多因素。...同时,在一个单一图片中计算对象数量的解决方案可以不同于在一个实时视频中计算对象数量的解决方案。...多年来,我们已经从使用标准的RCNN网络,通过Fast R-CNN,到Faster R-CNN,来解决我们简单的计算问题。...这主要是由于在没有共享计算的情况下,对每个对象提议进行了卷积网络的正向传递。 Fast R-CNN通过引入一种单阶段训练算法来改进R-CNN,该算法将对象和它们的空间位置在一个处理阶段进行分类。...Faster R-CNN在去年被Pinterest用作一种解决方案,可以在他们的网站上进行视觉搜索,可以在下面的PoC描述中看到我们检测和计算样本视频中的对象。

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R语言计算一组数据的置信区间并画密度图进行可视化展示的简单小例子

什么是置信区间? 我看了StatQuest 介绍置信区间的那一期视频,大体理解了,但是让我用语言表述出来,还有点不知道如何表达。...具体概念先不介绍了,主要还是实际操作 今天的主要内容来自 How to Calculate Confidence Interval in R : Statistics in R : Data Sharkie...计算置信区间用到的函数是CI()函数,来自R语言包Rmisc R语言包Rmisc第一次使用需要先安装 install.packages("Rmisc") 计算某组数据均值95%的置信区间 x<-iris...样本越大,样本的均值越接近总体的均值,所以均值的置信区间就会越窄 正好昨天的推文是画密度图是给指定的区间填充颜色 ggplot2画密度分布图按取值范围填充不同的颜色 下面使用ggplot2画密度图展示并且展示均值...95%的置信区间 #install.packages("Rmisc") library(Rmisc) x<-iris$Sepal.Length library(Rmisc) x1<-CI(x,ci=0.95

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R语言对综合社会调查GSS数据进行自举法bootstrap统计推断、假设检验、探索性数据分析可视化

然后,我们将详细说明自举法bootstrap的原理和应用,以及如何利用R语言进行自举法bootstrap分析。接着,我们将探讨假设检验的概念和步骤,并展示如何使用R语言进行假设检验分析。...最后,我们将介绍数据可视化的重要性,并演示如何使用R语言生成图表和可视化结果。...那么,根据我们上面计算出的置信区间,我们是否应该预期在对工作感到满意的广大自雇人和对工作感到满意的为他人工作的人的人口比例之间会发现显著差异(在同等显著性水平下)?...那么,根据上述我们计算出的置信区间,我们是否应该预计对工作非常满意的广大自雇人和对工作非常满意的为他人工作的人的平均家庭收入之间存在显著差异(在同等显著性水平下)?...那么,根据上述我们计算出的置信区间,我们是否应该期望在对工作非常满意的广大自雇人和对工作非常满意的为他人工作的人的平均家庭收入之间发现显著差异(在同等显著性水平下)?

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数据科学18 | 统计推断-渐近性

如果多次抽取样本量为n的样本集,每次计算1个估计量的置信区间,其中95%的置信区间包含总体参数,则对于一个样本集中计算的95%置信区间,有95%的信心认为该区间包含总体参数。...(0.975) * sqrt(phats * (1 - phats)/n) #置信区间的上限 mean(llp) #计算置信区间覆盖真实p值的比例 }) 对于每一个p值,进行1000次模拟...,每次模拟抛20次硬币,计算每次模拟得到的样本均值 以及相应的95%的置信区间,再求出1000次模拟中置信区间覆盖真实p值的次数占的比例。...p=0.5时, 得到的置信区间覆盖p值的比例比95%要高;但是大部分情况下,没有得到接近95%的覆盖率。由于n不够大,根据中心极限定理计算置信区间的公式不适用。...n=100时,得到的Wald置信区间覆盖p值的比例接近95%。

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