文章目录 一、弱对偶性质 二、弱对偶定理分析 三、弱对偶定理推论 1 四、弱对偶定理推论 2 对偶问题的无界性 五、弱对偶定理推论 3 一、弱对偶性质 ---- 弱对偶定理 : 假设 \rm X^0..., 对偶问题求最小值 , 求最大值的原问题一定都 在某个界限值之下 , 求最小值的对偶问题一定都 在某个界限之上 , 上述描述中的 界限值是同一个界限值 ; 三、弱对偶定理推论 1 ---- 弱对偶定理推论..., 该值是其对偶问题目标函数值的下界 ; \rm Y^0b 是 对偶问题 \rm (D) 目标函数 代入 \rm Y^0 可行解之后的值 , 该值是其原问题目标函数值的上界 ; 四、弱对偶定理推论...2 对偶问题的无界性 ---- 弱对偶定理推论 2 : ( 对偶问题的无界性 ) 在一对 对偶问题 \rm (P) 和 \rm (D) 中 , 如果其中 一个线性规划问题可行 , 但是 目标函数无界...3 ---- 弱对偶定理推论 3 : 在一对 对偶问题 \rm (P) 和 \rm (D) 中 , 如果其中 一个线性规划问题可行 , 而 另一个线性规划问题不可行 , 则 该可行问题的目标函数是无界的
1.x、y的交集 intersect(x, y) 返回既在 x 表，又在 y 表中的值。 2.x、y的并集 union(x, y) 返回 x 表或 y 表中的唯一值。...3.x、y的差集 setdiff(x, y) 返回在 x 表，但不在 y 表中的值。
的小鼠模型来研究损伤后最初炎症反应的局部微环境，为了获得浸润损伤区域并产生这些细胞/趋化因子的细胞的无偏定性，在第3天收集了肌腱切开术部位的组织，分离并使用10x基因组学平台进行单细胞RNA测序。...对各自的受体进行了分析 发现粒细胞集落刺激因子受体CSF3R和中性粒细胞趋化因子CxCl2受体(CXCR2)在粒细胞簇中表达，巨噬细胞集落刺激因子受体CSF1R负责结合M-CSF，导致巨噬细胞的存活、增殖和分化...CSF1R在我们的淋巴细胞和粒细胞群中也有表达。...其它加分项 对伤后0、3、7和21天采集的肢体损伤部位组织进行单细胞测序，对4个数据集的典型相关分析得出了在损伤部位可识别的12个转录上独特的细胞群 不同的簇表达了与M2单核细胞共同连锁的基因，包括MRc1...HO的小鼠模型来研究损伤后最初炎症反应的局部微环境。
今天Rose小哥分享一篇关于利用机器学习算法MC-SleepNet对小鼠睡眠阶段自动分类方面的研究。 ?...，创造了一种新的人工智能程序，用于对老鼠的睡眠阶段进行自动分类。...现在，筑波大学(Universityof Tsukuba)的研究人员在该项研究中提出了MC-SleepNet算法，该算法可以根据小鼠的脑电图(EEG)和肌电图(EMG)信号，对其睡眠阶段进行自动分类，这两种信号分别记录了小鼠大脑和身体的电活动...它允许我们根据标注的示例自动对新数据进行分类。”当需要寻找的模式不为人所知时，比如睡眠阶段，其价值尤为明显。通过这种方式，算法可以“学习”如何在不显式编程的情况下做出复杂的决策。...研究人员Hiroyuki Kitagawa 表示“把这项工作转化为对人类睡眠阶段的分类是可以的。”
在我们的单细胞交流群看到了这样的提问《singleR注释小鼠免疫细胞用哪个参考集效果比较好》： ?...macrophages during efferocytosis》，链接在：https://www.nature.com/articles/s41598-020-70353-y ，做了6只 C57BL/6J品系的小鼠的单细胞...，每个小鼠平均1400个单细胞，合起来还不到一万个单细胞，让我们来来看看作者是如何对细胞亚群进行注释： To unbiasedly identify resident peritoneal cells...我这里主要是展示如何使用SingleR 前面的构建单细胞对象，以及安装各个R包就不再赘述啦！...mouseImmu=pred.mouseImmu$labels, mouseRNA=pred.mouseRNA$labels ) 这里我使用了两个小鼠数据库哦
考虑到咱们生信技能树粉丝对单细胞数据挖掘的需求，我开通了一个专栏《100个单细胞转录组数据降维聚类分群图表复现》，也亲自示范了几个，不过自己带娃，读博，时间精力有限，所以把剩余的90多个任务安排了学徒，...敲除胚胎肺中胚层中的 Dnmt1，发现 Dnmt1 严重影响胚胎脉管系统的发育和中胚层对肺间充质细胞谱系。...基因表达谱研究表明，Dnmt1 的缺失诱导了睾丸、胎盘和卵巢特异性基因的异位表达，如 Tex10.1、Tex19.1 和 Pet2，这表明肺中胚层对肺细胞谱系的功能丧失....R包的对象 而且分析流程也大同小异： step1: 创建对象 step2: 质量控制 step3: 表达量的标准化和归一化 step4: 去除干扰因素(多个样本整合) step5: 判断重要的基因 step6...可以参考前面的例子：人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ，我们演示了第一层次的分群。 如果你对单细胞数据分析还没有基础认知，可以看基础10讲： 01.
肝纤维化是一个重要的健康问题，伴随着多种并发症，迄今为止，还没有有效的治疗方法。肝星状细胞是纤维化形成的主要负责细胞，当其被激活时，细胞外基质和胶原沉积就会发生过量积累。...有丝分裂原血小板衍生生长因子(PDGF)及其受体β (PDGFRβ)在肝星状细胞激活中发挥重要作用，因此是抗肝纤维化治疗的重要靶点。...金纳米棒在病变肝脏治疗中具有巨大的潜力，因为其被动肝积聚增强了主动靶向策略，从而提高了治疗效率。此外，金纳米棒具有光热特性，结合特定的细胞递送，可用于诱导局部近红外光介导的热消融。...在此，西班牙巴塞罗那IDIBAPS研究所Manuel Morales-Ruiz、巴塞罗那科学技术研究所Romain Quidant证明了靶向等离子热疗对小鼠肝纤维化的治疗作用。...包覆抗PDGFRβ的金纳米棒能在体内特异性地靶向活化的肝星状细胞。金纳米棒- PDGFRβ介导的光热治疗可减少CCl4诱导的小鼠肝纤维化实验模型的纤维化、肝炎症和肝细胞损伤。
Semaglutide 是一种长效胰高血糖素样肽-1 (GLP-1) 类似物，对单纯性肥胖患者具有心脏保护作用，但尚不清楚它是否有助于解决心脏纤维化。...本文利用非 CM 的单细胞转录组数据，揭示了肥胖诱导的心脏纤维化的独特机制和 semaglutide 对心脏的保护作用。 肥胖小鼠模型的构建 经过一周的适应性喂养，作者使用高脂食物构建了肥胖小鼠模型。...六周大的雄性 C57BL/6 小鼠被随机分配到两个饮食组：正常饲料饮食（NCD 组，n = 8/组）或高脂肪饮食（HFD 组，n = 16/组）。...HFD组小鼠体重明显高于NCD组小鼠，表明肥胖模型构建成功。然后经过semaglutide 干预后，肥胖小鼠的体重显著下降，并且接近正常小鼠。...小结 成纤维细胞表达的Serpinh1和Pcolce可能是肥胖诱导的心肌纤维化的重要基因。
单细胞实验设计 使用单细胞测序来揭示小鼠再生障碍性贫血中免疫细胞的不同表达谱，小鼠再生障碍性贫血数据被用来生成对人类再生障碍性贫血的高度预测模型。...在校正簇间的细胞周期状态后，对APC进行重新聚类，并检查APC的典型标记(图2,D-F) 使用典型标记，6个新的小鼠APC集群标记如下: M0: Arg1+/Nos2+巨噬细胞 cDC1: XCR1+...在再生障碍性贫血中，有更大比例的moDC，而不稳定型小鼠皮肤APC以Trem1+巨噬细胞为主。 确定再生障碍性贫血小鼠皮肤和淋巴结细胞的T细胞分化 文章还研究了小鼠AA和UA样本中T细胞的基因表达谱。...使用建模来翻译我们的小鼠再生障碍性贫血的发现，并对从健康对照组和再生障碍性贫血患者皮肤中分离的T淋巴细胞进行单细胞RNA测序。...发现CD4+和CD8+ T细胞的克隆扩增，在不同的转录状态下具有共享的克隆型。小鼠AA数据用于生成人类AA病的高度预测模型、，对人AA中T细胞的单细胞测序重现了预测模型的克隆型发现和基因表达。
（即将光标移到行首，但是不会移到下一行，如果继续输入的话会覆盖掉前面的内容） Enter = 回车+换行(\r\n) 理解： \n是换行，英文是New line \r是回车，英文是Carriage return...unix换行：\n(0x0A) MAC回车：\r(0x0D) WIN回车换行：\r\n(0x0D,0x0A) 补充知识： python文件输出unicode转码 有时候利用python爬虫获得的文件是Unicode...的编码格式。...根据不同的编码，读取文件输出的时候，加上对应的解码方式就行了。...方便以后的该文件的处理操作 以上这篇对Python中 \r, \n, \r\n的彻底理解就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考。
根据条件概率公式对P(AB)和P(A’B)变形可以便得到贝叶斯公式： ?...贝叶斯推论 贝叶斯公式经过变形可以得到贝叶斯推论： ? 在这个式子中，把P(A)称为"先验概率"（Prior probability），即在B事件发生之前，对A事件概率的一个判断。...P(A|B)称为"后验概率"（Posterior probability），即在B事件发生之后，对A事件概率的重新评估。...贝叶斯推论在现实生活中的运用 贝叶斯推理实际是借助于新的信息修正先验概率的推理方法。...例如，当无法对一件事做出准确的判断时，可以通过寻找它的调整因子来增大或者减小它的概率，在经过多次调整后，即可将它的概率增加或者减少到可以做出判断。 END
mlr3_R6对象 概述 在对mlr3学习的过程中，有一个问题一直萦绕在我的心头，她就是对象，虽然之前的文章，我们从python的角度介绍了对象。...目前R中的面向对象结构 基于S3 基于S4 基于RC(R5) 基于R6 具体的逻辑架构和解释不做说明，在本文中主要对R6做说明，R6其实是一个单独的程序包，R6更加轻便，依赖较少，因此广泛使用，包括我们此次使用到的...例如foo = Foo$new(bar = 1)为类Foo建立了新的对象foo，并将参数bar设置为1 类是可变的：通过美元符号进行访问foo$bar，也可以使用foo$bar = 2对参数进行更改 除了字段之外...，对象还可以改变内部的其他信息，比如learner的$train,支持对训练集训练，并返回训练好的模型，存储与对象中 对象有私有字段和公共字段。...例如，foo2 = foo不会在foo2中创建foo的副本，而是创建对同一实际对象的另一个引用。设置fooşbar = 3也将改变foo2Sbar 3,反之亦然。
关于volatile变量的内存可见性，我在JVM群中抛出了一个问题，然后我的一些认知就被颠覆了。...一开始，我的认知是后者，只刷入同一个缓存行的数据。...R大问答 你们要按happens before来考虑这种问题，不要整天无谓想着擦车（cache），Java的修正过的内存模型其实基本点很简单，同一线程内的副作用按程序顺序发生，所以a、b、c的赋值如果是在同一线程内按这个顺序写的...R大继续解释 JVM实现的时候是要把这些概念映射下去的（这里的概念应该就是happens before），但是当你在思考高层程序语义的时候却拿不合适的低层语义去解释就很别扭，映射下去的办法就是先有高层语义...晓铭大大的总结 JIT的时候会去查操作数的属性，如果是volatile会在读写操作附近生成barrier的中间表示，最终barrier中间表示会变成什么指令，那要根据具体的机器，Memory consistency
EnhancerAtlas结合三种高通量数据的分析结果来预测人和小鼠中的增强子，该数据库最新版本为v2.0, 网址如下 http://www.enhanceratlas.org/index2.php 对于人类增强子...，基于hg19基因组版本进行预测，目前包含来自170种细胞或组织共共4,506,217个增强子信息；对于小鼠增强子，基于mm9基因组版本进行预测，目前包含来自150种细胞或组织共2,811,699个增强子信息...采用了基因组浏览器的展示形式，每一行称之为track, 黑色字体对应行表示每种方法检测到的该区域reads覆盖结果，红色字体对应行为综合多种方法得到的增强子区域的结果。...在结果页面，可以下载该区域包含的增强子的fasta序列文件，示意如下 ? 也可以比较增强子在不同细胞系中的表达，检索框示意如下 ? 检索结果示意如下 ? 可以直观比较不同细胞系中增强子的表达情况。...该数据库还支持展示增强子和基因之间的调控网络，检索框示意如下 ? 调控网络的结果如下所示 ? ?
添加R语言支持 2.1 IRkernel Jupyter Notebook是前身为Ipython的一种在线编译器，因此要让Jupyter Notebook能够支持R语言，需要安装一个较为关键的包：IRkernel...IRkernel需要在Jupyter Notebook的Terminal中启动R语言来进行安装 R 2.2 安装IRkernel >install.packages(c('repr', 'IRdisplay...devtools::install_github('IRkernel/IRkernel') 2.3 运行IRkernel >IRkernel::installspec() 2.4 测试 运行完成后退出R，...在Terminal中进入jupyter notebook，右上角的New中有出现R选项，则说明安装成功！...我的博客即将同步至腾讯云开发者社区，邀请大家一同入驻：https://cloud.tencent.com/developer/support-plan?
研究人员的实验结果表明，与正常对照组相比，LINC01198在肿瘤组织中明显富集，LINC01198的升高与不良的总体预后显著相关。此外，激活转录因子STAT5A，可以诱导LINC01198的表达。...所以作者认为STAT5诱导的LINC01198通过稳定DGCR8在胶质瘤细胞中促进胶质瘤细胞的增殖和迁移。 貌似是一篇比较中规中矩的LincRNA研究套路文章。...但是，当我们看本文Fig部分时发现了很多有意思的图片，第一个发现的是这个小鼠肿瘤的图片，找找看，这些图片有哪些问题 ？ ? 有没有什么发现？...小编猜想，作者可能有些强迫症，小鼠的姿势，以及各个小鼠之间的间距竟然如此“相似”！我们利用Photoshop把左右两幅图进行差值比对，发现除了肿瘤部分，其他部分基本完全重合！...所以这里就有一个问题，这些小鼠身上的肿瘤到底应该是大还是小呢？ ? ? 当然，除此之外还有一些相似的图，比如下面这个生存曲线图： ?
单细胞实验设计与验证 在AKI发病后第1、2、4、7、11和14天对具有临床意义的AKI单侧缺血再灌注小鼠模型进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)。...使用临床相关的UIR模型进行scRNA-seq，4周龄雄性小鼠处于多个AKI阶段 单细胞转录组数据情况 数据链接是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi...在4周龄UIR小鼠的独立验证队列中，使用CISH和FISH (RNAscope)再现了这些发现 并且通过热图显示了UIR第1天和正常肾细胞群体中相对标记基因的表达 其他主要分析概述 AKI诱导成人肾脏发育程序的再激活...文章小结 建立临床相关的单侧肾缺血/再灌注(UIR)模型中AKI反应的单细胞转录变化的综合图谱，该模型可导致严重的肾损伤而无显著死亡率。 利用特定的基因和蛋白质表达分析重现观察到的转录变化。...报告了潜在的新的AKI标记物，混合的身份，以及损伤的小管中的促纤维化表型。 揭示了潜在的AKI诱导的上皮到间质的串扰，这支持近端小管在协调纤维形成中的作用。
前面几期介绍了如下内容： 读取excel文件 对比方法 读取csv格式文件 对比方法read.csv 读取sav格式文件 读取spss 的sav格式文件 读取sas软件的sas格式的文件...本期介绍读取stata软件的文件 下面来给出代码的格式： library(haven) dataset <- read_stata(NULL) View(dataset) 关于对stata软件文件的读取
为了计算RGR的衰减速率，我们对2只小鼠的73个VI神经元进行了纵向监测，并测量了PC后的RGR。结果符合半衰期1.04天的指数衰减模型(R2=0.99;图1b)。...所有小鼠都在左半球顶部植入颅窗。用300J/mm光剂量的PC，记录小鼠在轻度麻醉时对侧或同侧眼睛呈现漂移光栅电影时的VI和Sl活性。...2.4 对自由活动小鼠的脑活动进行大规模体积记录接下来，我们通过在同一半球的5个运动和体感觉区域表达CaMPARI2来记录自由运动小鼠的神经元活动。...这种方法尤其适用于研究行为小鼠的全脑皮质活动模式，因为在这种情况下，对动物的自然表现要求最小限度的限制。...由于这些考虑，没有随机化小鼠测试顺序。尽管对小鼠进行了两次连续的NOR任务测试(图4e, f)和多达三次的视觉刺激实验(数据未显示)，但结果没有明显变化。这种影响不能完全排除。
VISTA结合比较基因组学，chip_seq等数据分析手段和实验方法，来识别人和小鼠中的增强子，该数据库的网址如下 http://enhancer.lbl.gov/ 在最初的研究中发现， 在人和小鼠等物种中...，在物种间保守的序列中有一半的区域都包含增强子序列，所以通过比较基因组学的手段识别物种间保守的基因组序列，对于增强子分析有一定的参考意义；同时采用EP300蛋白的chip_seq结果，也可以识别到很多的增强子区域...通过结合以上两种生物信息学分析手段，首先识别到候选的增强子序列，然后通过转基因小鼠试验，通过实验手段验证增强子的增强活性。 利用首页的检索功能，可以查看该数据库中的记录，示意如下 ?...给出了增强子在数据库中的编号，在基因组上的位置，包含的基因等信息，右侧的小鼠图标表示增强子体外实验的信息，蓝色代表通过实验手段证实了该增强子的增强活性，而白色代表体外实验没有发现该增强子的增强活性，点击第一列的编号可以查看详细信息...通过VISTA数据库，可以方便的检索人和小鼠的增强子信息。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
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