用R画带ErrorBar的分组条形图 本文介绍了如何用R画出带error bar的分组条形图。 笔者近期画了一张带error bar的分组条形图，将相关的代码分享一下。...本文旨在给出一种利用R对生物学重复数据画带error bar的分组条形图的方法。 所用数据是模拟生成的：分成三个组，每个组进行了若干次生物学重复；测量的是3种基因的表达量。...error_bar所需的数据： #（即下面的ymin=mean-sd和ymax=mean+sd语句）。...两种方法的结果是一样的，相对而言，dplyr的实现方法更简单快捷。...和sd ungroup() str(df_stat) # 画图 #直接在画图的语句中计算出error_bar所需的数据： #（即下面的ymin=mean-sd和ymax=mean+sd语句）。
热图是科研论文中一种常见的可视化手段，因其丰富的色彩变化和饱满的信息涵盖量，往往是一篇文章中最引人注目的所在之一。上至CNS顶刊，下至1到2分小文，可以说热图无处不在，堪称文章C位。...如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服editor和reviewer的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。 ?...什么是热图，比如上图是来源于两篇CNS级别文章中截取下来的主图，一眼看去，一张合格的热图主要由四大部分组成，一个是像浴室瓷砖一样的小色块铺成的色板，也可以称作热图本身，是热图必不可少的部分，一个是色板上面的聚类树...本次教程介绍pheatmap这个R包，此包功能强大，制作热图方便给力。 1. pheatmap包安装及加载 我们先在R上安装pheatmap这个包，首先打开Rstudio。 ? 2....使用color颜色更改颜色变化尺之后的热图会更好看啦。我们可以参考文章中的绘图颜色，这样会让我们的热图更富有视觉效果。 ?
昨天需要操作用代码操作csproj文件，实现不同vs版本的切换。 在用XElement读取了csproj文件以后怎么也获取不到想要的对象。...果然找到了玄机，这个name并不是一个单纯“project”，还带有命名空间。 那么如何获得这个带有Namespace的节点名哪？...XName定义了一个隐式的转换，可以把string隐式的转换成XName。...来看看具体如何创建一个带namespace的project吧： static void TestXml() { XDocument doc = XDocument.Load...element.SetValue("abcd"); } } doc.Save(path); } 这里面所有需要操作的节点都要采用命名空间加节点名的方式
精选部分优秀作业供大家学习: 下面七月份学员的投稿 题目： 题目是生信技能树曾老师出的一道题： ? ?...开始画图： 首先，可以看出这张图是张点图，而x轴、y轴和点的颜色分别对应数据中的tSNE_1、tSNE_2和cluster，所以用映射来实现。...这里可以看出，如果cluster是数值型，那么不转为因子的情况下用来分组就会出现大问题：R会把每一个数值都看成是一个分组，用深浅来代表不同分组。...最后再对图片进行一些微调：点的大小、圆圈实线改虚线、圆圈线的粗细、坐标轴的出戏以及主题等等。...这次练习所get到的几个新的知识点： 画图时按照因子/数值/字符分组产生的区别 ggplot2画点图时可以使用stat_ellipse()画圆圈 坐标系微调的一些细节，更多内容参考https://blog.csdn.net
以前没做过完整的XML解析，按照最简单的例子对这个XML文件解析，发现总是报各种错误，却不知道问题在哪里，百度是最好的老师，发现有两点问题，一个是XML对字符集的识别相当不友好，另外一个是命名空间问题。...决定从最简单的XML文件-全英文无命名空间的XML开始，先解决命名空间问题-全英文带命名空间的XML，再解决-含中文带命名空间的XML。...XML #全英文带命名空间的XML #含中文带命名空间的XML def replaceXMLEncoding(xmlfilename): #将gb2312的中文XML转码为utf-8格式...try: f = open(xmlfilename, mode='r') content = f.read()...，可以通过find加命名空间的方式，也可以通过定义别名的方式 逐层查找是可以的，也可以通过xpath方式进行解析
标签：Excel图表，瀑布图 瀑布图已经出现有很长一段时间了，然而要对图表着色有点麻烦。下面制作一个有3种不同颜色的图表，红色代表下降趋势，绿色代表上升趋势，无色来帮助强调变化。...图1 颜色会自动添加到上面的图表中，如果每个月都有变化，则会计算出底部的变化。蓝色是起点，红色是任何负的变化，绿色代表任何正的变化。 以下是上面瀑布图中的一些示例数据。...图2 蓝色文本是每年的实际数据，而偏差列中的数据仅显示了同比的变动。 技巧是创建3列（这里为标签创建了第4列），并使用公式捕捉变化。...图3 白色、红色和绿色列显示了上一年的变化，每个列都是图表上的一个系列。标签与上图2所示的示例数据的值相对应。 如果有兴趣，可以到知识星球App完美Excel社群下载示例工作簿研究。
韦·恩·图 定义：Venn diagram, 又称为文氏图、温氏图、维恩图、范氏图，是在所谓的集合论（或者类的理论）数学分支中，用以表示集合（或类）的一种图。...应用场景举例：计算多个组中差异基因的交集 绘制方法：使用 read.table() 函数读入不同列表的数据，构建列表list，使用R的VennDiagram包绘制不同数量的组之间的韦恩图。...绘图操作：使用科研猫提供的 韦恩图·R代码，只要提供几个参数即可： 由于我们常用的韦恩图可能涉及多个组别，如2组、3组乃至4组、5组，为了更全面地展示作图过程，更好地教会大家，我们在这里把不同组别全部做一遍...以四组的文恩图为例，我们需要读入四个列表的数据文件，然后命名这四个数据列的名称，对代码做如下修改和设置： 1. 设置需要读入的列表1的数据文件；设置列表1的名称； 2....出来的图是这样的： ? 相当漂亮啊，有木有？同理，如果需要2组，3组，或者5组的韦恩图，需要设置对应数量的列表文件和列表的名称即可。画出来的图是这样的： ?
暑假到了，在这个火热的夏日，还有比一张美丽的文章主图更能让我们充满激情和力量吗？在这组学撑起生物信息学半边天的时代，火山图，在转录组、蛋白组、代谢组等多种组学数据中，都占有举足轻重的地位。...那么，什么是火山图（Volcano Plot）。正如名称所描述，火山图的图形非常像火山喷发的形状。...火山图通常用来展示差异表达的基因，常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中，并且通常伴随热图一起出现。 ? 火山图是散点图的一种展现形式。...在包安装完成之后，我们将它们加载到R环境中。接下来就是读取我们差异基因的文件了。差异基因文件我们存储在DEGdata.txt文件中。 ? 在R中查看文件前6行。 ?...这个版本的火山图是不是比之前好看很多呢~ 当然，对于小飞老师的超高绘图水平，这张图还远远达不到发表的标准，所以我们需要在上面做更多的修饰。
课前准备，R语言的安装和配置都OK了吗？生物信息系列课程-R语言入门；挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础。...小板凳排排坐，飞飞老师要开课~ 上次教程中，我们从最常用的一个图形入手：箱线图。给大家讲解并绘制了箱线图，画出来的图是这样子的。 ?...小·提·琴·图 定义：Violin plot，和Boxplot一样，也是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图，其形状类似小提琴。...解读：小提琴图是【箱线图】与【核密度图】的结合，箱线图展示了分位数的位置，核密度图则展示了任意位置的密度，通过小提琴图可以知道哪些位置的数据点聚集的较多，因其形似小提琴而得名。...绘图操作：使用科研猫提供的提琴图·R代码，只要提供几个参数即可： （1）设置用来绘图的数据文件； （2）设置小提琴的颜色，可以是red、blue、green等各种颜色，当你想绘制多种颜色时，使用“random
今天要跟大家分享的图表是带涨跌箭头的柱形图！ 在簇状柱形图的两个数据条标签上，带上表示涨跌符号的箭头，可以清晰的展现出数据的实际涨跌趋势。...首首先还是来看一下我们作图所需要的数据： D列数据是C列与B列数据的同比增长率，下面的三列数据是作为辅助数据，模拟涨跌符号位置的。（+1是为了让涨跌箭头符号与柱形数据条分离。）...我们使用原始的A、B、C列数据做簇状柱形图； 将默认输出的簇状柱形图格式化至如上图所示： 然后新添加两个数据序列，并更改为散点图。...将 这两个数据序列横轴指定为辅助数据中的X轴，纵轴为Y轴1、Y轴2。 插入两个小等腰三角形，一个朝上填充绿色，一个朝下填充红色。...将绿色三角形复制，黏贴入Y轴2的散点中，将红色散点复制黏贴入Y轴1的散点中去。 使用散点图标签工具为各散点添加标签。 最后，使用散点图标签移动工具，将四个标签移动至合适位置。
所以步骤是：先下载Anaconda，再在Anaconda中安装一个Python，（你的电脑里可能本来已经装了一个Python环境，但是Anaconda中的Python是必须再装的），然后在下载安装tensorflow...Anaconda下载与安装 （1）根据自己的系统，以及系统的位数，选择需要的版本。 我的电脑是Windows64位系统。...（2）安装Python解释器：conda create --n tensorflow python=3.5，其中tensorflow是自定义的环境名，可以根据自己的喜好来命名；3.5是Python版本，...你可以根据自己需要安装相对应的版本。...(1)打开Pycharm，点击“file”菜单下的settings （2）点击“Project：Pycharm”中的“Project Interpreter”，点击右侧的小三角下的“Add”按钮，添加安装
作者：中科院微生物所 陈亮博士 本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图。以安装文件夹下的样例数据为例。...若想制作pie图，此处选择pie chart选项。 ? 7. 现在你可以根据自己需要来选择Node table中要展示的数据了。Available Columns窗口展示了所有可以用于作图的数据。...点击右下角的Apply应用按钮，被选择的数据将以bar plot的形式展示在节点上。 ? 9....修改结点颜色和形状 从图上可以看出圆形的节点并不适合展示bar plot图，因此我们可以将节点的形状改为正方形，填充颜色改为白色。...在Table面板(网络图下方)处，我们点击加号，选择 New List Column → String，并命名为domain_labels。
今天跟大家分享的是带数据等级评定的柱形图！ ▽▼▽ 在传统柱形图中，如果能够在图表中加入优良差等数据等级评定的区域，那么读者在阅读起来就容易许多，不用自己心里去揣摩每一个数据处在什么样的等级范围内。...我们首先来添加辅助数据，选中C2：C4数据，插入簇状条形图。 ? 此时你会看到图表中一无所有，没关系，打开设置数据序列格式选项，将横坐标轴与纵坐标轴的坐标轴交叉选项都设置为最大值。 ? ?...将条形图数据系列间距调为零，横轴最大值设置为1。 ? 然后将条形图三个数据条填充为三个同系列灰色。 ? 再添加新序列，加入A、B数据序列，并更改为柱形图。 ? ? ?...再次调整柱形图数据序列间距，并为柱形图指定新的横轴标签。 ? 最后局部修饰之后就完成了！ ?
import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt labels = ['G1', 'G2', 'G3',...
R作为可视化的大势，自然也可以画出这些图，有一篇就通过ggplot2包进行了部分总结，甚是有趣，小编复刻学习了一番，现对代码做简单注释，以作分享。...geom_line()+ geom_point()+ scale_x_continuous(breaks = 1:10,labels = LETTERS[1:10])+ labs(title="带标记的折线图...ymin=0),position="fill")+ scale_x_continuous(breaks = 1:10,labels = LETTERS[1:10])+ labs(title="带标记的百分比堆积折线图...=item))+ geom_line()+ scale_x_continuous(breaks = 1:10,labels = LETTERS[1:10])+ labs(title = "带直线的散点图...scale_x_continuous(breaks = 1:5,labels = LETTERS[1:5])+ facet_wrap(~item,nrow=2)+ labs(title="带数据标记的雷达图
绘制带误差bar的统计图，关键点在于计算个统计量 df<-ToothGrowth #这里用的是R自带数据Toothgrowth df$dose<-as.factor(df$dose) #需要将...len,by=list(df$supp,df$dose),mean) #一定要加list,分组计算均值 colnames(dataMean)<-c("supp","dose","mean") #将得到的均值...dataframe列命名 image.png image.png image.png dataStd<-aggregate(df$len,by=list(df$supp,df$dose),sd)...dataStd)<-c("supp","dose","sd") nd<-merge(dataMean,dataStd,by=c("supp","dose"),all=T) #将均值和标准差按照相应的分组合并
摘要： 政府部门提供的带审图号的标准地图是正式用图时的必备地图（尤其涉及国界）。...各地民政部门网站-行政区划 民政部网站-全国行政区划信息查询平台： http://202.108.98.30/map 提供行政区划图（带审图号）、县级以上区划历史变更情况、人口、地域面积等信息 （IE浏览器右键图片可将行政区划图保存为...职责原条[4][5]： 拟订行政区划、行政区域界限管理和地名管理政策、标准，负责报国务院审批的行政区划设立、命名、变更和政府驻地迁移审核工作，组织、指导省县级行政区域界线的勘定和管理工作，负责地名管理工作...，负责重要自然地理实体以及国际公有领域、天体地理实体的命名、更名审核工作。...，即可 ② ArcGIS中使用该坐标，先导出一个相应的行政区划数据（参考数据），到CAD（是的，用现有数据去校准我们的带审图号、或者更详细的数据） ③ 将上一步AI导出的文件导入到CAD，并复制到参考数据
概述：本文介绍如何轻松地为ggplot图形添加P值和显著性水平： 比较两组或多组的均值 自动地将P值和显著性水平添加到ggplot图形中，如箱形图，点图，条形图和折线图等 使用工具： R语言中的ggplot2...包和ggpubr包 均值比较的方法 均值比较的常见方法： 方法 R实现函数 描述 T-test t.test() 比较两组(参数检验) Wilcoxon test wilcox.test() 比较两组(...非参数检验) ANOVA aov()或anova() 比较多组(参数检验) Kruskal-Wallis kruskal.test() 比较多组(非参数检验) 用于添加P值的R函数 介绍两个ggpubr...包中的函数 compare_means()：用于执行均值比较 stat_compare_means()：用于在ggplot图形中自动添加P值和显著性水平 compare_means() 两样本间的比较...,label.x=1.5,label.y = 30) #label指定显示计算出的显著性标签，这里为ns #labe.x和label.y指定ns的坐标轴位置 image.png 多样本之间的比较
今天的推送主要解决不同方式下的柱形图可视化，当然主要要使用python。R真香。...柱形图绘图的方式，有需要挑自己喜欢的用。 以下数据使用参考资料中的示例数据。...import numpy as np arr = [3, 6, 4] #求标准差 arr_std = np.std(arr,ddof=1) print("标准差为:%f" % arr_std) R...标准误差表示的是抽样的误差。因为从一个总体中可以抽取出无数多种样本，每一个样本的数据都是对总体的数据的估计。标准误代表的就是当前的样本对总体数据的估计，标准误代表的就是样本均数与总体均数的相对误差。...柱形图的展现形式除了基础版本，还有簇状及堆叠图，饼图都是变形体，在上述的绘图包中都能实现轻易转换。
大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...首先我们看下安装和载入，其安装通过bioconductor安装： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ComplexHeatmap...matrix(rnorm(40, -2), 4,10)) rownames(mat) = paste0("R", 1:12) colnames(mat) = paste0("C", 1:10) Heatmap...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?
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