R散点图和回归线问题 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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绘制带回归线的散点图

image.png R方 R方的取值范围是0到1，所以它给出的信息是一个相对的RSE值，计算方式如下。如果R方越接近于1，越是说明RSS即残差平方和足够小。...综合上述，对一个拟合的检验有三种统计量衡量，分别为t,F,和R方，在R中如下图所示： eg： fit<-lm(weight~height,data=women) summary(fit) > summary...>|t|)栏，可以看到回归系数（3.45）显著不为0（p<0.001），表明身高每增加1英寸，体重将预期地增加3.45磅 R平方项（0.991）表明模型可以解释体重99.1%的方差，它也是实际和预测值之间的相关系数...列出模型参数的协方差矩阵AIC（）输出赤池信息统计量Plot（）生成评价拟合模型的诊断图Predict（）用拟合模型对新的数据集预测响应变量值 residuals(fit)#拟合模型的残差值绘制带回归线的散点图...geom_point(size=5,color="red")+ geom_abline(slope=myslope,intercept=myintercept) image.png 绘制带残差显得散点图

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R语言绘制抖动散点图

大家应该在很多文章中看到类似箱线图或者小提琴形状的散点图。有时候的确给文章增彩不少，这种图就是抖动散点图。...今天我们给大家介绍一个绘制抖动散点图的R包ggbeeswarm，但是呢，如果真正多样化绘制还需要ggplot2的协助。...那么也就是我们需要两个包来完成我们抖动散点图的绘制：ggbeeswarm和ggplo2。具体安装我们不再赘述，ggplot2的使用可以参考我们前面的《R语言绘图之ggplot2》。...library(ggplot2) library(ggbeeswarm) set.seed(12345) n<-100 dat<-rnorm(n*2) 接下来我们绘制简单的抖动散点图： labs散点图不是所有的都会绘制出来很好看，这就需要我们自己去实践，下面是对不同个数样本的数据的绘制，到时候可以根据自己的数据选择是否适合，毕竟美观才是我们的目的。

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R语言入门之散点图

散点图 1. 简单散点图在R中有很多方式去绘制散点图，其中最基本的就是是用plot(x, y)函数，往期内容已经进行过详细讲解,这里就不赘述了，下面直接看实例图。...从图中可以看出，mpg和wt存在着负相关关系。 2. 散点图矩阵散点图矩阵是数据分析者特别喜欢的一类图，因为它能简洁而优雅地反映出大量信息，比如变化趋势和关联程度等等。...在R中也有很多函数可以用来绘制散点图矩阵。...下面介绍一下如何使用色差对比来解决样本点重合的绘图问题。...# 绘制带有颜色和垂线的3D散点图 library(scatterplot3d) #加载R包 attach(mtcars) #固定数据集 scatterplot3d(wt,disp,mpg, pch=16

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R语言学习 - 散点图绘制

散点图散点图在生物信息分析中是应用比较广的一个图，常见的差异基因火山图、功能富集分析泡泡图、相关性分析散点图、抖动图、PCA样品分类图(后续推出)等。凡是想展示分布状态的都可以用散点图。...横纵轴都为数字的散点图解析绘制散点图的输入一般都是规规矩矩的矩阵，可以让不同的列分别代表X轴、Y轴、点的大小、颜色、形状、名称等。...0.887981;2.43067804654905e-26;Unchanged;- E00047;-0.610941;5.51696648645932e-57;Unchanged;-" # 数据的读取之前的R语言统计和绘图系列都已解释过...，只需要指定X轴和Y轴，再加上geom_point即可。...横纵轴都为字符串的散点图展示输入数据格式如下这个数据是前面讲到的FASTQC结果总结中的直观的查看所有样品测序碱基质量和GC含量的散点图的示例数据。

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R可视乎 | 散点图系列（1）

1.前言散点图（scatter graph、point graph、X-Y plot、scatter chart ）是科研绘图中最常见的图表类型之一，通常用于显示和比较数值。...该书第四章——数据关系型图表中展示的散点图系列包括以下四个方面：趋势显示的二维散点图分布显示的二维散点图气泡图三维散点图本文主要对第一部分进行介绍，并加上小编自己的理解。...其算法要在拟合误差和自由度之间进行权衡最终达到最优。...我们对以下代码进行详细分析：以x为横坐标，y为纵坐标，geom_point()绘制散点图，以Abs_Residuals的大小来填充点和尺寸，颜色为黑色。...这时残差图基本完成，但是可以看到横纵坐标的标题有问题，右边的legend太累赘了以及字体颜色和大小还可以再做修改。最后图形如下所示： ?

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R语言绘图：复杂散点图绘制

, prefix = "", cex.cor, ...) { usr <- par("usr") on.exit(par(usr)) par(usr = c(0, 1, 0, 1)) r...<- abs(cor(x, y)) txt r, 0.123456789), digits = digits)[1] txt 和对称信息的直线，默认值是by.groups参数值取反。...xlab,ylab,zlab # 各个坐标轴的标签 scale.y # y轴相对于x和z的标度 angle # x和y轴之间的角度 axis # 是否绘制坐标轴 tick.marks, label.tick.marks...例如利用mtcars数据集，绘制wt，disp和mpg之间的三维散点图： install.packages("scatterplot3d") library(scatterplot3d) with(mtcars

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【R绘图】散点图+直方图（密度图）

一般展示两个变量之间的相关性，我们经常会用到散点图。...前面我也给大家简单介绍过 ☞R计算mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图 ☞R语言绘图：复杂散点图绘制相信大家在读paper的时候也见到过下面这种类型的图这张图在传统的相关性散点图的基础上还多了一个直方图...之间的相关性散点图和直方图 with(sat.act,scatter.hist(SATV,SATQ)) 这个是默认参数画出来的图，问题还是比较多的。...2）散点图上有两个椭圆，还有一条平滑曲线 3）没有拟合直线 4）主标题想修改一下接下俩我们就来通过调节参数来解决这几个问题 scatter.hist(sat.act[5:6],...mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图 ☞R语言绘图：复杂散点图绘制

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R可视乎 | 散点图系列（2）

1.前言散点图（scatter graph、point graph、X-Y plot、scatter chart ）是科研绘图中最常见的图表类型之一，通常用于显示和比较数值。...---- 本文可以看作是《R语言数据可视化之美》[1]的学习笔记。...该书第四章——数据关系型图表中展示的散点图系列包括以下四个方面：趋势显示的二维散点图分布显示的二维散点图气泡图三维散点图本文主要对第二部分进行介绍，并加上小编自己的理解。...3.3 Q-Q图的绘制在R中可以使用CircStats包的pp.plot()函数绘制P-P图；ggplot2 包的geom_qq()函数和geom_qq_line()函数结合可以绘制Q-Q 图；另外，...参考资料 [1] 《R语言数据可视化之美》: https://github.com/EasyChart/Beautiful-Visualization-with-R [2] ggpubr简介: https

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如何试用 R 语言绘制散点图

R语言绘制基因表达基因的“对称散点图转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。...接下来通过该示例文件，展示使用R语言绘制差异基因表达“对称散点图”过程。 2 数据预处理首先对数据做一些预处理。...我们使用ggplot2的方法绘制差异基因散点图。...同样使用ggplot2的方法绘制，和上述过程相比仅在颜色指定上存在区别。...和上图不同点在于，此时基因按显著性p值着色，从不显著>显著展示以蓝色>红色渐变，就获得了一种梯度信息。

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R计算mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图

特别是在构建ceRNA网络的时候，我们需要去检查构成一对ceRNA的mRNA和lncRNA之间的表达是否呈正相关。...前面给大家分享过R计算多个向量两两之间相关性，今天小编就给大家分享一个实际的应用案例，用R去批量的检测大量mRNA跟lncRNA之间表达的相关性，并绘制散点图。...的相关性散点图 for(i in index){ #获取p值 pval=round(result[i,3],4) #获取相关系数 cor=round(result[i,4],2) #获取lncRNA名字...之间相关性的散点图。...参考资料： R计算多个向量两两之间相关性

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散点图和直方图

一、散点图 m <- read.table("prok_representative.csv",sep = ",",header = T); x <- m[,2] y <- m[,4] plot...ylab="Genes"); fit <- lm(y~x); abline( fit,col="blue",lwd=1.8 ); rr r.squared...(intercept), R^2 == ....(rr) ) ); text(12,6e3,eq); 基因组大小与基因数目相关性散点图二、基因长度分布直方图 #基因长度分布图 x <- read.table("H37Rv.gff",sep =

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R-ggplot2 学术散点图绘制

引言本期推文，我们使用 R-ggplot2 绘制学术拟合散点图，关注公众号并后台回复"资源分享"即可获取包括本篇教程的数据及其他绘图教程的Python代码和对应数据 ? ? 。 02....而推文的目的在于熟悉和理解绘图函数，再说了，一些统计指标还是需要自己另行添加的。...（3）添加R2、误差线、误差统计等统计指标这里就体现出R-ggplot2 绘制图表的灵活之处了，我们使用 ggpubr 包中的stat_cor()和stat_regline_equation() 直接绘制...（4）样式更改还是和 Python-matplotlib 绘制一样Python-matplotlib学术散点图绘制，我们通过定制化修改进行散点图样式的更改，具体代码如下： library(ggpubr...到这里，一幅符合学术出版的相关性散点图就绘制完成了，我想需要绘制的图表元素应该都体现出来了 ? ? 03. 总结 R-ggplot2 绘制相关性学术散点图还是很方便的(毕竟有好多优秀的第三方包

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R可视化：分面抖动散点图

本系列内容来自github上面超级火爆的R语言可视化项目：tidyTuesday。是学习R语言数据分析和可视化极好的素材。...gg <- ggplot(df_plot, aes(year, salary_position / 1000000, group = year)) # geom_quasirandom() 绘制抖动散点图...对连续变量设置坐标轴显示范围 gg <- gg + scale_y_continuous(labels = scales::dollar_format(suffix = "m")) # labs() 对图形添加注释和标签...（包含标题、子标题、坐标轴和引用等注释) gg <- gg + labs(title = "NFL中不同位置的工资情况", subtitle = NULL,...保存图片到 PDF 和 PNG gg 1 在这里插入图片描述 filename = '20180409-D-01' ggsave(filename = paste0(filename, ".pdf"

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计算与推断思维十三、预测

regression_line(0.95) regression_line(0.6) 当r接近于 1 时，散点图，45 度线和回归线都非常接近。但是对于r较低值来说，回归线显然更平坦。...当变量x和y以标准单位测量时，基于x预测y的回归线斜率为r并通过原点。因此，回归线的方程可写为：在数据的原始单位下，就变成了：原始单位的回归线的斜率和截距可以从上图中导出。...最小二乘法我们已经回溯了高尔顿和皮尔森用于开发回归线方程的步骤，它穿过橄榄形的散点图。但不是所有的散点图都是橄榄形的，甚至不是线性的。每个散点图都有一个“最优”直线吗？...为了回答这个问题，我们首先定义一个函数lw_rmse，通过《小女人》的散点图来计算任意直线的均方根误差。函数将斜率和截距（按此顺序）作为参数。...我们在本章的前面看到，如果r = ± 1，散点图是一条完美的直线，与回归线相同，所以回归估计中确实没有错误。但通常r不是极端的。

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【R语言】散点图+直方图+密度曲线（二）

前面给大家介绍 ☞【R绘图】散点图+直方图（密度图）今天小编给大家介绍第二种方法，绘制散点图，并且在散点图上添加直方图和密度曲线。我们还是使用☞【R绘图】散点图+直方图（密度图）里面使用的数据。...这次我们使用的R包叫ggExtra #安装相应的R包 BiocManager::install("ggExtra") BiocManager::install("ggplot2") #加载相关的包 library...，按照性别使用不同的颜色 stat_smooth(method=lm)+ #添加拟合直线 labs(x = "SATV", y = "SATQ") + #设置x轴和y...轴名称 theme_bw()+ #黑白背景 theme(legend.position="none") #删除图注 p 我们可以得到下面这张散点图...(fill = "green"), #指定颜色 yparams = list(fill="orange"), #指定颜色 ) 2.添加直方图 #在散点图上添加

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R-三维散点图绘制绘制

有关散点图前几部分系列可见（可跳转）：趋势显示的二维散点图分布显示的二维散点图气泡图 R 中scatterplot3d包的scatterplot3d()函数、rgl包的plot3d()[2]函数、...plot3D包的scatter3D()函数等都可以绘制三维散点图。...动态3D图 rgl包还提供了plot3d()和play3d()函数，允许将3d图表动画化，并最终以.gif格式导出结果，具体可看Animated 3d chart with R.[4] 流程：先构建静态图...参考资料 [1] R语言数据可视化之美: https://github.com/EasyChart/Beautiful-Visualization-with-R [2] plot3d(): http:/...: https://www.r-graph-gallery.com/3-r-animated-cube.html

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R-ggplot2 基础图表绘制-散点图

本期开始陆续推出基础图表的绘制推文教程，也算是自己的一个基础知识积累和巩固，希望和大家一同学习进步。...这期的推文是关于散点图的绘制，主要知识点如下： R-ggplot2 散点图绘制 ggplot2 散点图美化（毕竟好看的图表设计会使人眼前一亮，当然也会增加自己的学习兴趣） R-ggplot2 散点图绘制...这次使用的函数为geom_point()，而所使用的数据集为可用于替代iris数据且用于数据探索和可视化展示的全新数据集,数据预览如下： ?...ggplot2 散点图美化 hrbrthemes 主题美化包 hrbrthemes 包作为一个优秀的ggplot2第三方包，其强大的绘图主题设置(字体、背景、网格等绘图属性)功能可以帮你节省宝贵的时间，...size=5)))+ labs(x = "Bill length (mm)", y = "Bill depth (mm)", title = "Base Charts in R

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详谈R中散点图添加误差线的细节

加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) 导入数据 df <- read_tsv("data.txt") 数据可视化 df %>% ggplot(aes(case_control...❞ df %>% ggplot(aes(case_control,logCPM)) ❝使用 df 数据帧创建了一个新的 ggplot 对象，并将 x 轴和 y 轴变量分别设置为 case_control...和 logCPM。...❞ geom_jitter(aes(fill=case_control,color=case_control), pch=21, width=0.1, size=2) ❝向图表添加了一个抖动散点图。...fill 和 color 美学设置为 case_control，这意味着点的填充和颜色将基于该列的值。参数 pch 指定点的形状，width 指定点的宽度，size 指定点的大小。

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跟着Plos Biology学作图：R语言ggplot2散点图和误差线

github.com/orgs/gradlab/repositories 今天的推文重复一下论文中的 Figure 3A image.png 今天的推文主要有两个知识点一个是坐标轴文字同时存在斜体字和正常字应该怎么处理

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R语言基础绘图教程——第2章：散点图

利用plot()绘制散点图 R语言中plot()函数的基本格式如下： plot(x,y,...) plot函数中，x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标；函数中的...为附加的参数。...（2）main参数字符串，给出图形的标题；（3）sub参数字符串，给出图形的子标题；（4）xlab 和 ylab参数字符串，用于给出x轴和y轴的标签。...（5）xlim 和 ylim参数都是二维向量，分别表示x轴和y轴的取值范围。...利用ggplot2绘制散点图利用ggplot2绘图，请记住下面这个格式，因为这个格式ggplot2绘制其他图形都是这一格式。...散点图分组有两种方式，一种利用shape,以点的形状来区分各种；一种用color，以点的颜色来区分.但是得记住，分组的变量必须为因子变量或者字符串。

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