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【R语言】复现paper中的韦恩图

韦恩图(venn)又称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。一般用于展示2-5个集合之间的交并集关系。...BioVenn http://www.biovenn.nl/index.php BioVenn只能绘制3维及以下的韦恩图,不过圆圈的大小可以随数据集大小而变化,并且对图片的编辑选项也更多。...=========华丽的分割线============ 对于掌控性要求比较高的同学,可以试着自己写R代码来绘制韦恩图。...今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩图 Fig3为韦恩图 下面我们用R里面的VennDiagram包来重现这个图 我们这里就不用原文作者的数据了,而是随机产生了4个gene list,这四个...= "sans", #字体 cat.col=rainbow(setnum) #set名字的颜色 ) 运行完代码会得到如下结果 对于超过5个集合的情况,维恩图展示起来其实比较乱,小编比较推荐使用

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    R包更新过程中readr和cli不匹配

    先不说更加复杂的Linux上游分析,单说从R包安装到R语言作图,到GEO、TCGA等数据库数据下载分析,我们随时随处都可能遇到报错。如果你又是个粗枝大叶的,那你就等着被无数的报错纠缠吧。...小洁老师说warning是不用管的,因为虽然R警告了你,可是它的程序还在继续跑,但是遇到报错(Error),那我们肯定得解决它,不然我们的工作就无法进行下去。 当然你运行代码报错了,不代表代码错了。...半个月后我突然又想起这个问题,不甘心地去国际版必应搜了搜,第一个跳出的就是当时助教老师发我的githup的链接,我再仔细读了读,有人认为R包更新过程中readr和cli不匹配,有人建议MRAN,cli,...readr都更新到最新就可以了,有人认为更新了旧版本的R就解决了问题。...而我的R和readr都是新版本,那我就去更新重装了cli,果然不再报错。 是不是很简单?

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    R中优雅的处理长标签文本

    欢迎关注R语言数据分析指南 ❝在使用ggplot2包绘制图形时,若轴文本标签过长则非常难受需要经过处理才能完美的嵌合图形。...本次来介绍了两种处理长标签的方法,希望对各位观众老爷有所帮助,可根据自己的数据需求选择合适的解决方案。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(patchwork) 创建数据 df <- tibble( x = c("This is a *very &……longggggg...ANOTHER incredibly long long long long label"), y = c(10, 20, 30) ) 使用scale_x_discrete ❝这种方法直接在坐标轴设置中处理长标签...优点:灵活性高,可以进行更复杂的文本操作,易于扩展到其他类型的图表或分析。 缺点:代码稍显复杂,修改了数据结构,增加了新的列。

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    按照实际比例画韦恩图的R包~eulerr

    R语言里画韦恩图长用到的R包有 Venndiagram ggvenn ggVennDiagram 这几个包有一个缺点就是最终呈现的图不是按照数据集的实际比例来的。每个部分的圆或者椭圆大小都一样。...如果想要按照数据集的实际比例来,之前我尝试过Y叔的推文 https://guangchuangyu.github.io/cn/2018/04/ggvenn/ 今天又发现一个可以实现按照比例画韦恩图的R包...eulerr,推荐给大家,而且这个R包画6个以上的韦恩图也能够实现 关于这个R包的一个介绍的链接 https://cran.r-project.org/web/packages/eulerr/vignettes..., "First&Second" = 5, "First&Third" = 5, "Second&Third" = 3, "First&Second&Third" = 3) 安装R包...1 1 1 1是我自己随便写的,这个不是真实,如果是自己的数据需要自己算下 对文字标签进行修改 plot(euler(dat), fills = list(fill=c("red","blue

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    如何处理TensorFlow中的InvalidArgumentError:数据类型不匹配

    如何处理TensorFlow中的InvalidArgumentError:数据类型不匹配 摘要 大家好,我是默语,擅长全栈开发、运维和人工智能技术。...该错误通常出现在数据类型不匹配的情况下,通过本文的深入剖析和实际案例展示,帮助大家更好地理解和解决这一问题。...具体来说,Data type mismatch错误通常发生在操作所需的数据类型与实际提供的数据类型不匹配时。 2....常见原因和解决方案 2.1 输入数据类型不匹配 原因:模型预期的数据类型与实际输入的数据类型不匹配。例如,模型期望浮点数类型数据,但实际输入的是整数类型数据。...通过这些方法,大家可以有效应对数据类型不匹配的问题,确保深度学习模型的顺利运行。 未来展望 随着深度学习框架的不断发展,数据类型管理将变得更加智能和自动化。

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    北大邹磊:图数据库中的子图匹配算法

    如果底层用的是关系数据库,需要将E-R图结构映射到一个二维的关系表中,如“学生选修课程”的E-R图,映射到学生表、课程表和选修表这样的二维关系表中,这是关系数据库设计的基本思路。 3....图数据库-Game Changer 如果采用图数据库作为底层的物理实习,就是把E-R图表示的概念模型映射成图数据库中的节点和边,因为E-R图和图数据库均采用“图”的形式进行表达,因此这样的映射更加直接...属性图模型 属性图如之前所讲,其点和边都是有属性表的,如Person,Person的名字name、Person的birthDate;如边r7上目前只画了标签influencedBy,但实际也可以是属性表的...回答Q在G中的子图匹配查询,则分别先找到匹配查询图Q中的AB边的是T1表、匹配AC边的是T2表和匹配BC边的是T3表,然后T1、T2、T3做自然连接(Join)操作,如果结构非空,就找到Q的子图匹配了。...例如,假设已经匹配了BC这条边,即G中的v2和v3匹配了Q中的u2和u3,那么要找查询图Q的ABC的匹配,则查找G中是否有一个三角形恰好能够匹配Q的ABC,并且三角形包含v2和v3。

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    北大邹磊:图数据库中的子图匹配算法

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    R中优雅的绘制物种冲积图

    欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码,其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线;案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...轴和y轴刻度,自由的x轴间距 labs(x = NULL, y = NULL) + # 设置x轴标签和y轴标签为空 scale_fill_simpsons() + # 设置填充颜色的比例尺为...strip.text = element_text(color = "black", face = "bold"), # 设置分面标签文本的颜色为黑色,样式为粗体 legend.key.height...(0.1, "cm"), # 设置图例水平间距为0.1厘米 legend.box.background = element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图

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    R中优雅的绘制环状sina图

    ❝在R中创建sina图使用geom_sina函数,sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似,但是它显示了每个单独的数据点,这可以提供关于数据分布的更多信息。...❞ 「sina图的主要优点是它可以清楚地显示每个数据点,而不是简单地显示数据的总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小的数据集,其中每个数据点的值都很重要。」...gas_day_started_on)) 数据可视化 df %>% ggplot(aes(x=mth, y=gas_in_storage_t_wh,group=mth)) + # 使用ggforce包中的...geom_sina函数绘制sina图 ggforce::geom_sina(aes(color=gas_in_storage_t_wh), alpha=.5, shape=21)+ # 添加文本标签...), lab=c("2","4","6","8TWh")), aes(x=x, y=y, label=y),inherit.aes = FALSE)+ # 使用scico包中的

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    Greenplum工具GPCC和GP日志中时间不匹配的问题分析

    今天同事反馈了一个问题,之前看到没有太在意,虽然无伤大雅,但是想如果不重视,那么后期要遇到的问题就层出不穷,所以就作为我今天的任务之一来看看吧。...GPCC的一个截图如下,简单来说就好比Oracle的OEM一样的工具。能够查看集群的状态,做一些基本信息的收集和可视化展现。红色框图的部分就是显示日志中的错误信息。 ? 我把日志内容放大,方便查看。...以下是从GPCC中截取到的一段内容。 截取一段GPCC中的内容供参考。...libc.so.6 __libc_start_main + 0xfd 15 0x4be869 postgres + 0x4be869 " 根据时间情况来看,gpcc中显示的时间明显比...所以错误信息的基本结论如下: 通过日志可以明确在GP做copy的过程中很可能出了网络问题导致操作受阻,GP尝试重新连接segment 基本解释清了问题,我们再来看下本质的问题,为什么系统中和日志中的时间戳不同

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    因果图在运维工作中的应用

    因果图在运维工作中的应用 目录 1. 什么是因果图 2. 为什么使用因果图 3. 何时使用因果图 4. 何处使用因果图 5. 谁来负责制作因果图 6....为什么使用因果图 在运维工作中,我们经常使用 过程中“故障树分析”,它主要用于出现故障时找到问题的源头。而因果图则是保证7*24运维有哪些影响因素。...我认为将“故障树分析”与“因果图”互补使用更能解决运维中遇到的各种问题。 “因果图”能未雨绸缪,“故障树分析”可以亡羊补牢。 3....何时使用因果图 我认为任何环节都能使用因果图帮我们我们改善IT运维工作。 4. 何处使用因果图 例如项目的部署先,部署中,部署后等等每个环节。部署前拿出因果图由为重要。 5....注意 我不喜欢开茶话会(中国式会议),参与人员应该每个人在会议前找出问题因素,会议中拿出问题的因素提交给会议主持者,会议目的是将每个人寻找出的影响问题的因素整理成为鱼骨图,而不是在会议上讨论找问题因素。

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    因果图在运维工作中的应用

    因果图在运维工作中的应用 摘要 我的系列文档 Netkiller Architect 手札 Netkiller Developer 手札 Netkiller PHP 手札 Netkiller Python...为什么使用因果图 在运维工作中,我们经常使用 过程中“故障树分析”,它主要用于出现故障时找到问题的源头。而因果图则是保证7*24运维有哪些影响因素。...我认为将“故障树分析”与“因果图”互补使用更能解决运维中遇到的各种问题。 “因果图”能未雨绸缪,“故障树分析”可以亡羊补牢。 3....何时使用因果图 我认为任何环节都能使用因果图帮我们我们改善IT运维工作。 4. 何处使用因果图 例如项目的部署先,部署中,部署后等等每个环节。部署前拿出因果图由为重要。 5....注意 我不喜欢开茶话会(中国式会议),参与人员应该每个人在会议前找出问题因素,会议中拿出问题的因素提交给会议主持者,会议目的是将每个人寻找出的影响问题的因素整理成为鱼骨图,而不是在会议上讨论找问题因素。

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    因果图在运维工作中的应用

    因果图在运维工作中的应用 目录 1. 什么是因果图 2. 为什么使用因果图 3. 何时使用因果图 4. 何处使用因果图 5. 谁来负责制作因果图 6....为什么使用因果图 在运维工作中,我们经常使用 过程中“故障树分析”,它主要用于出现故障时找到问题的源头。而因果图则是保证7*24运维有哪些影响因素。...我认为将“故障树分析”与“因果图”互补使用更能解决运维中遇到的各种问题。 “因果图”能未雨绸缪,“故障树分析”可以亡羊补牢。 3....何时使用因果图 我认为任何环节都能使用因果图帮我们我们改善IT运维工作。 4. 何处使用因果图 例如项目的部署先,部署中,部署后等等每个环节。部署前拿出因果图由为重要。 5....注意 我不喜欢开茶话会(中国式会议),参与人员应该每个人在会议前找出问题因素,会议中拿出问题的因素提交给会议主持者,会议目的是将每个人寻找出的影响问题的因素整理成为鱼骨图,而不是在会议上讨论找问题因素。

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    还在用维恩图可视化SQL的Join连接吗?你该看看这个

    维恩图是去年的事了 图片由作者提供,灵感来自 R for Data Science 几周前,我在Reddit上发表了一篇关于 SQL Anti-Joins在Reddit上。...既然如此,我希望解决 "SQL维恩图大辩论 "中双方的关键点,并提出一个可能,只是可能,安抚双方人员的解决方案。...维恩图起源于集合理论,因此不 应该被用于可视化两个关系表之间的连接。 有些人声称,在用维恩图介绍概念时,学生们很难理解连接。...图片由作者提供,灵感来自 Jooq Blog 这种图是有益的,因为它比维恩图更准确地表示了SQL连接中使用的表格结构。这个图的问题是,它以颜色显示主键,但在这些颜色中也有数字或字母。...与连接图类似,连接产生的输出表显示在右边 在适用的情况下会显示空值,这正是在SQL中执行连接时的情况 可以显示交叉连接,与维恩图相比,这是一个优势。 显示了SQL语法供参考,类似于维恩图的小抄。

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