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R包安装失败居然真的是版本问题

交流群有人询问一个包(oncoPredict)的安装问题,说是R版本问题,需要 大于4.1.0。 我下意识的认为他应该是有其它错误,但是看大家在群里讨论的热火朝天, 我就去试了试。...文件里面的R版本依赖 Depends: R (≥ 4.1.0) ,如下所示: oncoPredict: Drug and Biomarker Discovery Bridges in vitro drug...Version: 0.2 Depends: R (≥ 4.1.0) 哪怕是下载源代码进行安装,也是绕不过去这个版本依赖 : > install.packages('oncoPredict_0.2.tar.gz...',repos=NULL, type="source") ERROR: this R is version 4.0.2, package 'oncoPredict' requires R >= 4.1.0...tar.gz’ had non-zero exit status 但是可以把 oncoPredict_0.2.tar.gz 解压,进入 oncoPredict 文件夹 修改 DESCRIPTION 文件里面的R版本依赖

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R语言高级绘图命令(标题-颜色等)

R的绘图参数几乎可以定制图形的任何显示(如标题,坐标轴,颜色,字体等)。 R 拥有一个数目很大的图形参数列表。该列表包括控制线条样式,颜色,图形排列和文字对齐等方面的参数。...3: 粗体,4: 粗斜体);和cex类似, 还可用: font.axis, font.lab, font.main, font.sublas控制坐标轴刻度数字标记方向的整数(0: 平行于轴,1: 横排,...,type="n")绘制一个“空白”的图形, 然后用低级函数来添加点,坐标轴,标签等:低级绘图命令R还可以在现有图形(通过高级绘图命令绘制)的基础上增加一些额外的显示,如标题、绘制坐标轴、在特定的位置增加图形...R对此有很好的支持,允许用户直接用鼠标在一个图上提取和提交信息。R中最简单、最常用的函数是locator(n, type)。...比如:x = rnorm(10) plot(x) locator(5,"o") locator也可以先不绘图,只把用户点击的坐标记录下来:r = locator(2) r 另一个有意思的交互函数是

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R Tricks: 如何巧为观测标记序号

写 在前面 本期大猫课堂将会开始一个新的系列:你不知道的R Tricks。这个系列将搬运stackoverflow.com(以后简称SO)上关于R数据处理的一些经典问答。...其实这些问题基本上都是大猫自己在数据处理过程中实际遇到的,看了SO上的答案不禁拍案叫绝,忍不住和大家分享。 第一期的主题是:如何巧为观测标记序号?...这个问题在事件研究法时经常会遇到,但仅看标题小伙伴们是不是还觉得云里雾里?快点往下看吧! 提 出问题 话说有个小伙伴在StackOverflow上提出了这样一个问题:假设我现在有这样一个数据集: ?...现在的问题是,我希望为每个连续的0或者1编号。例如连续出现3个0, 那么n就标记为1、2、3,如果后面接了一个1, 那么就重新从1开始标记。也即最终的结果应该是: ?...” 虽然最终版本的代码只需要一行,但在这里大猫将会把它拆解为三部分: 首先,我们需要有一个变量能标记出group的变化。也就是当group不变时取0,变化时取1。

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R语言高级绘图命令(标题-颜色等)

R的绘图参数几乎可以定制图形的任何显示(如标题,坐标轴,颜色,字体等)。 R 拥有一个数目很大的图形参数列表。该列表包括控制线条样式,颜色,图形排列和文字对齐等方面的参数。...,3: 粗体,4: 粗斜体);和cex类似, 还可用: font.axis, font.lab, font.main, font.sub las控制坐标轴刻度数字标记方向的整数(0: 平行于轴,1: 横排...,type="n")绘制一个“空白”的图形, 然后用低级函数来添加点,坐标轴,标签等: 低级绘图命令 R还可以在现有图形(通过高级绘图命令绘制)的基础上增加一些额外的显示,如标题、绘制坐标轴、在特定的位置增加图形...R对此有很好的支持,允许用户直接用鼠标在一个图上提取和提交信息。 R中最简单、最常用的函数是locator(n, type)。...比如: x = rnorm(10) plot(x) locator(5,"o") locator也可以先不绘图,只把用户点击的坐标记录下来: r = locator(2) r 另一个有意思的交互函数是

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RStuido Server 选择不同的 R 版本(conda 中的不同 R 版本

所以我就用资深数据分析师那意味深长的语气劝他(而且一定要营造出分析结果不理想是他数据的问题),R包有很多,为何不换一个呢?...头脑风暴 我有一个设想: 用root权限,新建一个环境R4.1,然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑: 不确定我用root新建的环境...,能不能让大家使用 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本 3....多年的(摸鱼)经验告诉我,不慌,先解决这个问题/lib64/libz.so.1: versionZLIB_1.2.9' not found` 先查看这个lib有哪些版本: strings /lib64...总结 1,conda新建环境安装R4.1.0,因为是全新的环境,可以安装任何包都不会报错,如果报错了,就分开安装,然后再安装,一般都能解决问题

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惊艳 | RStuido server选择不同的R版本(conda中的不同R版本

所以我就用资深数据分析师那意味深长的语气劝他(而且一定要营造出分析结果不理想是他数据的问题),R包有很多,为何不换一个呢?...头脑风暴 我有一个设想: 用root权限,新建一个环境R4.1,然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑: 不确定我用root新建的环境...,能不能让大家使用 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本 3....多年的(摸鱼)经验告诉我,不慌,先解决这个问题/lib64/libz.so.1: versionZLIB_1.2.9' not found` 先查看这个lib有哪些版本: strings /lib64...总结 1,conda新建环境安装R4.1.0,因为是全新的环境,可以安装任何包都不会报错,如果报错了,就分开安装,然后再安装,一般都能解决问题

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R studioR 工具指南(八:R版本控制)

版本控制其实是一个老生常谈的问题。 比如有的包在3.6 的R 里,有的包在4.0 的R 里。他就是不支持其他版本,我能怎么办呢?...找打手去威胁作者; 自己写个新函数适配新版本; 买台新电脑,装个额外的R; 对,但不完全对。到底为了这个小小的R 包(醋),我们有没有必要折腾成这样呢(包一顿饺子)? 未必,版本控制一下就好。...你直接可以在R studio 中的全局设置中选择。之间指定不同R 版本所在的目录即可。 Mac 最近终于让电脑更新到10.14,也终于让R 更新到4.0 了。...忽然发现有一个天然的R 版本控制工具,下载一下:https://rud.is/rswitch/ 各个功能描述如下: 令人惊喜的是,这个工具还提供了一些R 的学习资源: Linux 相对来说,linux...但其实操作起来也是非常的简单,就相当于告诉R studio 在xx 目录找我的R 。接着把不同的版本R 按照需求软连接到这个位置(可以简单理解为快捷键)。

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R tips:多版本R共存的library的依赖冲突

安装新版本R,报错R版本冲突 前一段时间,安装了R4.0,然后就发现R包各种出错,要求重装,好不容易装好了R包,再转回R3.6.3时,发现R3.6.3的R包又出现了问题。报错信息大概类似下图: ?...每一次R更新总是这样的问题,没办法只能想办法解决一下。 R包搜索路径存在非版本依赖文件夹 在查看此时R包搜索路径,发现了一个问题: ?...导入R包的第一搜索路径是一个无版本依赖的目录(路径中没有3.6、3.6.3等R版本信息),那么如果是使用R4.0的话,且也是在使用这个目录,那么自然会造成R包的版本混乱。果不其然: ?...原来是这个地方的问题,先尝试将这个文件夹改名,然后重新测试,提示很多包不存在,需要重新安装,但是R版本冲突的问题已经不出现了,所以主要就是这个文件夹的问题。...问题找到,只需要把这个环境变量删除,再把非版本依赖的R包文件夹(C:\Users\DELL/.RLibrary)删除,重新安装缺失的包就好。谨慎起见,我把这个环境变量改了,R包文件夹也是先改名。

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Linux系统安装老版本R语言,比如R3.6?

最近星球里面的小伙伴提到了一个问题,如何安装老版本R3.6,Linux系统。...安装是可以的,但是安全的安装是值的推荐的,所谓安全的安装,就是不和系统已有的R语言和R包有冲突,不能把现有的系统搞崩了…… 所以,写篇博客,介绍一下。...因为,回答一个问题,顺便写篇博客,实在是一箭双雕,甚至,不用回答,直接写篇公众号,然后把链接提上去,不是更有极客精神吗。...3,不要直接用conda安装,新建一个conda环境(非常重要) conda create -p ~/R3.6 conda activate ~/R3.6/ 激活后,显示:R3.6: 4,安装R3.6...conda install r-base=3.6.0 -c pkgs/r 点击y之前,确保是R3.6 测试一下R语言: (/home/gwas/R3.6) [gwas@192 ~]$ R

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114-R工具指南22-R包的版本控制

参考: 141-R小技巧-R包的多版本控制 | BIOINFOPLANET (jieandze1314.com)[1] 前言 之前我们提到过 [[09-R工具指南08-R版本控制]],那么我们可不可以对...value = idents) : [[<- defined for objects of type "S4" only for subclasses of environment 网上找了一圈,发现是版本问题...如果需要旧版本,指定旧版本所在的位置即可。 当然,你需要记得哪个版本在哪个目录。...ps:之前写过一个[[62-R工具指南18-用pacman管理你的R包]] 的R包,可惜它并没有R包的版本控制的功能。...还有一个就是我个人电脑,比如mac 中使用Rswitch 管理R 版本,而R 包我则是区分多个R 包目录,按照访问顺序如下: base R 和重要R 包; 数据库类型的非常占用空间的R 包; 某版本R

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RR检验中的“数据是恆量”问题

这是一般做基因差异表达分析在使用t检验或者其他统计检验中常出现的一个问题。...之前我学习和自己分析时就遇到过,尝试使用判断的方式事先检查它是不是数据存在问题(这类数据明显不服从正态分布),可以使用正态性检验,或者直接判断是不是样本组内的数据是完全一样的,如果一样就不要这个了。...所遇到的问题: 分析两个样本之间是否存在差异,每个样本三个重复。现在用的是t.test,但有些样本三个重复的值一样(比如有0,0,0或者2,2,2之类的),想问下像这种数据应该用什么检验方法呢?...为什么出现这问题?如果解决?以下是我的回答: 数据是恒量是无法做t检验的,因为计算公式分母为0(不懂的看下统计量t的计算公式,一般标准差/标准误为分母,所以恒量是不能算的)。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r

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