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R语言 判别分析

#判别分析 用以判别个体所属群体一种统计方法 判别分析重点是两类群体判别方法 #主要判别分析方法 有距离判别 贝叶斯判别 费歇判别法 1、关键点: #贝叶斯判别 贝叶斯判别式假定对研究对象已有一定认识...达到极小过程 2、案例分析 (一)两个总体贝叶斯判别分析 #1.载入数据 TrnX1<-matrix( c(24.8, 24.1, 26.6, 23.5, 25.5, 27.4,-2.0, -2.4...注 把贝叶斯判别函数存在了计算机E盘R文件夹中 source("E:/R/discriminiant.bayes.R") #3、协方差相同时判别 discriminiant.bayes(TrnX1...distinguish.bayes.R") distinguish.bayes(X,G) PS:=============distinguish.bayes.R====================...#var.equal是逻辑变量 当其值为TRUE是表示认为两个总体协方差相同 否则不同 #输出 函数输出是数字构成一维矩阵 1表示待测样本属于X1类 distinguish.bayes <- function

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R语言 判别分析

#判别分析 用以判别个体所属群体一种统计方法 判别分析重点是两类群体判别方法 #主要判别分析方法 有距离判别 贝叶斯判别 费歇判别法 1、关键点: #贝叶斯判别 贝叶斯判别式假定对研究对象已有一定认识...达到极小过程 2、案例分析 (一)两个总体贝叶斯判别分析 #1.载入数据 TrnX1<-matrix( c(24.8, 24.1, 26.6, 23.5, 25.5, 27.4,-2.0, -2.4...注 把贝叶斯判别函数存在了计算机E盘R文件夹中 source("E:/R/discriminiant.bayes.R") #3、协方差相同时判别 discriminiant.bayes(TrnX1...distinguish.bayes.R") distinguish.bayes(X,G) PS:=============distinguish.bayes.R====================...#var.equal是逻辑变量 当其值为TRUE是表示认为两个总体协方差相同 否则不同 #输出 函数输出是数字构成一维矩阵 1表示待测样本属于X1类 distinguish.bayes <- function

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R语言判别分析

判别分析(discriminant analysis)是根据判别对象若干个指标的观测结果判定其属于哪一类统计方法。经典判别分析方法有Fisher判别和贝叶斯判别分析。...如果你有两个类别,比如良性和恶性,判别分析会分别计算属于两个类别的概率,然后选择概率大类别作为正确类别。 线性判别分析假设每个类中观测服从多元正态分布,并且不同类别之间协方差相等。...收集了22例肝硬化患者3个指标,其中早期患者(用1表示)12例,晚期患者(用2表示),试做判别分析。...下面用predict提取判别分析分类结果。 predict用于判别分析可以得到3种类型结果,class是类别,posterior是概率,x是线性判别评分。...我们再用一个iris鸢尾花数据集演示下线性判别分析结果可视化,这个结果变量是3分类

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R语言进阶之判别分析

R语言“MASS“包是一个十分强大统计包,可以进行各种统计分析,我也将围绕它来介绍判别分析。”MASS“包既可以进行线性判别,也可以进行二次判别。...线性判别函数 # 使用Jacknifed预测进行线性判别分析 library(MASS) # 加载R包 mydata <- iris # 将iris命名成mydata以便后续操作 mydata$type...二次判别分析前提条件比较宽松,不像线性判别那样要求同方差。同样地,我们仍然使用之间建立好mydata数据框来进行二次判别分析。...# 三组类别的二次判别分析 # 假定各组先验概率相等,均为1/3 library(MASS) # 加载R包 fit2 <- qda(type ~ Sepal.Length+Sepal.Width+Petal.Length...结果可视化 你可以使用简单plot()函数来可视化判别分析结果(R语言入门之基本绘图),这里横纵坐标分别代表前两个线性判别函数,每个观察点可以通过组别来区分。

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R语言线性判别分析(LDA),二次判别分析(QDA)和正则判别分析(RDA)

p=5689 判别分析包括可用于分类和降维方法。线性判别分析(LDA)特别受欢迎,因为它既是分类器又是降维技术。二次判别分析(QDA)是LDA变体,允许数据非线性分离。...由于QDA和RDA是相关技术,我不久将描述它们主要属性以及如何在R中使用它们。 线性判别分析 LDA是一种分类和降维技术,可以从两个角度进行解释。...该数据集对于展示判别分析很有用,因为它涉及五种不同结果。...QDA在R 我们可以通过以下方式执行QDA: QDA和LDA对象之间主要区别是,QDA具有p×pp×p变换矩阵对于每个类k∈{1,…,K}k∈{1,…,K}。...RRDA rda.preds <- predict(rda.model, t(train.set), train.responses, t(test.set)) # determine performance

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基于 R语言判别分析介绍与实践(1)

前言 本期介绍是 《Machine Learning with R, tidyverse, and mlr》 一书第五章—— 判别分析(discriminant analysis)。...判别分析是解决分类问题多种算法总称,通过将预测变量组合成新变量来找到预测变量新表示(必须是连续),从而最好地区分类。这种思想和一些降维算法有些相似。 1....但是,我们可以使用判别分析来获取所有信息,并将其压缩成一个可管理数量判别函数,每个判别函数都是原始变量组合。...判别分析两种最基本和常用算法是: 线性判别分析 linear discriminant analysis (LDA) 二次判别分析 quadratic discriminant analysis (QDA...小编有话说 本期主要是对两种常见判别分析算法进行简介,其中也涉及了降维和 Baye’s rule 等统计思想。下期内容将学习建立线性和二次判别分析模型,其中仍会用到交叉验证、混淆矩阵等,敬请期待!

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【数据分析 R语言实现】12.1判别分析R实现

12.1判别分析R实现 在日常生活和工作实践中,我们常常会遇到判别分析问题,即根据已知归类资料确定一种判别方法,建立由数值指标构成分类规则即判别函数,然后把这样规则应用到未知分类样本中,判定一个新样品应归属于哪一类...12.1.2距离判别法R实现 总体来讲,进行距离判别分析时只需要知道总体数字特征(均值和协方差矩阵),而不涉及总体分布函数。...参数米知时可用样本均值和1办方差矩阵来估计,简单实用,在R语言中实现起来也比较简.单。首先,我们介绍两个计算距离函数。...,8个待判样品中,除样外,其余6个企业均处于破产状态 12.1.3 Fisher判别法 R程序包MASS提供了做Fisher判别分析函数lda(),lda(formula, data, ..., subset...首先将lda()分析结果应用于原来训练样本进行类别的判断,通过R内置函数predict()完成,并构建一个列联表,与真实类别进行对比。

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R语言数据分析与挖掘(第八章):判别分析(3)——费歇尔(Fisher)判别分析

概述 我们之前介绍了判别分析中,因为判别准则不同,可分为多种判别分析法。常用有费歇尔(Fisher)判别分析、贝叶斯(Bayes)判别分析和距离判别分析。...在上2篇文章中(判别分析——距离判别法和贝叶斯(Bayes)判别分析)介绍了距离判别分析和贝叶斯判别,本文将介绍贝费歇尔(Fisher)判别分析。...使得综合指标Z在A类均数与B类均数差异尽可能大,而两类类内综合指标的变异(S2A+S2B)尽可能小,也就是类间差异尽可能大,类内变异尽可能小,即使 ?...函数介绍 在R语言中,用与进行Fisher判别的最常用函数为lda(),该函数在包MASS中,有2种调用方式。...26,23和26,利用函数lda()进行Fisher()判别分析代码如下: > z <- lda(species ~ ., diris, prior = c(1,1,1)/3, subset = sa

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R语言数据分析与挖掘(第八章):判别分析(2)——贝叶斯(Bayes)判别分析

在上一篇文章中(R语言数据分析与挖掘(第八章):判别分析(1)——距离判别法),我们介绍了判别分析中,因为判别准则不同,可分为多种判别分析法。...常用有费歇尔(Fisher)判别分析、贝叶斯(Bayes)判别分析和距离判别分析。...并介绍了距离判别分析,本文将介绍贝叶斯(Bayes)判别分析 贝叶斯(Bayes)判别分析 Bayes判别,它是基于Bayes准则判别方法,判别指标为定量资料,它判别规则和最大似然判别、Bayes...判别规则: (1)计算样品属于各类判别函数值,把对象判别为Y值最大类。 (2)根据所得Y值,我们亦可以进一步计算属于k类后验概率,再将对象判给后验概率最大一类。...以上两种判别规则结果是完全一致

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R语言进阶之如何正确认识判别分析和聚类分析

到现在为止,我已经和大家讲解过判别分析和聚类分析了,可能有些朋友会认为这两个是一回事,在这里我需要强调一下------判别分析和聚类分析是两回事!!!...另外,在判别分析中我们要明确:线性判别的计算量小于二次判别,但使用它前提是各类同方差性,如果样本足够大的话也是优先选择线性判别分析。...判别分析中,我们在已知三类情况下拟合模型来预测新样本所属类别,但是聚类分析中我们不难看出将整体数据聚成两类更好。...这主要是因为“versicolor”和“virginica”这两类很难用花瓣和花萼来区分,反映在判别分析中就是这两类误判率较高,而聚类分析中就是这两个被聚成一个大类。...关于判别分析和聚类分析区别和联系就讲到这里,希望大家能正确认识并区分。

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线性判别分析总览

线性判别分析总览(Linear Discriminant Analysis,LDA):用于数据预处理中降维、分类任务,其目标是找到能够最大化类间区分度坐标轴成分。...基于两个水平分类能实现较好肿瘤患者分类,大部分反应者对应gene X与Y表达水平低,大分部非反应者对应gene X与Y表达水平较高,仅有绝少数患者分类不准确。 ?...但为了实现降维后,能够更加准确进行数据分类,需要使用方法是线性判别分析(Linear Discriminant Analysis,LDA)。 LDA: 同PCA一样,可以达到降低数据维度效果。...但其与PCA又有显著不同区别,PCA主要是根据具有最大表达基因寻找数据主要成分,而LDA主要是基于如何能最大化不同类间差异而进行数据降维,LDA主要作用实现数据分类。 2....而LDA则提供了一个较好思路,充分利用X轴与Y轴数据,建立新坐标轴(new axis),既实现数据维度减少,又能实现对数据良好分类。

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线性判别分析

线性判别分析(LDA)属于机器学习中监督式学习方法,广义LDA是指所有的判别函数均为线性函数。其中最经典则是“Fisher判别分析”。...线性判别分析核心思想是寻找到最佳投影方法,将高维样本投影到特征空间(feature space),使得不同类别间数据“距离”最大,而同一类别内数据“距离”最小。...线性判别分析算法综合了上述两种思想,使投影后样本在新子空间有最大“类间距离”和最小“类内距离”,从而能更好地完成分类问题。...通过线性判别分析,高维原始样本数据可以被投影到最适合分类特征空间。线性判别分析常被用来在数据挖掘过程中进行分类信息抽取和特征空间(feature space)维数压缩等。...http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20171218/7f674ca0edbb467a8548227b6cc1f80e.jpeg 参考文献 Fisher, R.

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LDA线性判别分析

线性判别分析(二分类情况) LDA是一种监督学习降维技术,也就是说它数据集每个样本是有类别输出。...假设我们有两类数据分为 “+”和“-”,如下图所示,这些数据特征是二维,我们希望将这些数据投影到一维一条直线,让每一种类别数据投影点尽可能接近,而“+”和“-”数据中心之间距离尽可能大。...式中分子和分母都是关于 ? 二次项,因此 ? 解与 ? 长度无关,只与其方向有关( ? 为投影后直线方向),不失一般性,令 ? ,则式 ? 等价于: ? ?...PCA和LDA PCA(主成分分析)和LDA(线性判别分析)有很多相似点,其本质是要将初始样本映射到维度更低样本空间中,但是PCA和LDA映射目标不一样:PCA是为了让映射后样本具有最大发散性...参考资料 Pattern Recognition and Machine Learning 《机器学习》 线性判别分析(Linear Discriminant Analysis)(一)

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LDA线性判别分析

线性判别分析,全称是Linear Discriminant Analysis, 简称LDA, 是一种属于监督学习降维算法。与PCA这种无监督降维算法不同,LDA要求输入数据有对应标签。...x是非零向量,A为厄米特矩阵,即共轭对称方阵,A共轭转置矩阵等于它本身。这样函数有一个性质,最大值等于矩阵A最大特征值,最小值等于矩阵A最小特征值 ? 广义瑞丽商公式如下 ?...其中x为非零向量,A和B都为厄米特矩阵,将上述函数转化为标准瑞丽商函数,可以得到如下结果 ? 根据瑞丽商函数性质,我们只需要求以下矩阵特征值就可以得到函数最大值和最小值了 ?...要最大化类间距离,最小化类内方差,就是要求该优化函数最大值,根据广义瑞丽商性质,要求该函数最大值,只需要求以下矩阵最大特征值即可 ?...() >>> X = iris.data >>> y = iris.target >>> lda = LinearDiscriminantAnalysis(n_components=2) >>> X_r

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(数据科学学习手札17)线性判别分析原理简介&Python与R实现

,而本文便要介绍分类算法中比较古老线性判别分析: 线性判别 最早提出合理判别分析法者是R.A.Fisher(1936),Fisher提出将线性判别函数用于花卉分类上,将花卉各种特征利用线性组合方法变成单变量值...,即离哪一类投影中心最近,就将样本判别为哪一类) 下面分别利用Python,R,基于著名花卉分类数据集iris进行演示: Python 我们利用sklearn包中封装LinearDiscriminantAnalysis...对iris构建线性判别模型,因为LDA实际上是将高维数据尽可能分开投影到一条直线上,因此LDA也可以对特定数据进行降维转换: '''Fisher线性判别分析''' import numpy as np...''' X_r2 = lda.fit(X,y).transform(X) X_Zero = np.zeros(X_r2.shape) '''绘制降维效果图''' for c,i,target_names...可以看出,在iris上取得了非常高准确率。 RR中做LDA需要用到MASS包中lda(formula~feature1+feature2+...

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LDA线性判别分析

线性判别分析(二分类情况) LDA是一种监督学习降维技术,也就是说它数据集每个样本是有类别输出。...假设我们有两类数据分为 “+”和“-”,如下图所示,这些数据特征是二维,我们希望将这些数据投影到一维一条直线,让每一种类别数据投影点尽可能接近,而“+”和“-”数据中心之间距离尽可能大。...而我们想要投影后样本点样子是:不同类别的样本点越分开越好,同类越聚集越好,也就是均值差越大越好,散列值越小越好。...PCA和LDA PCA(主成分分析)和LDA(线性判别分析)有很多相似点,其本质是要将初始样本映射到维度更低样本空间中,但是PCA和LDA映射目标不一样:PCA是为了让映射后样本具有最大发散性...所以说PCA是一种无监督降维方法,而LDA是一种有监督降维方法。 LDA降维实例 PCA和LDA都可以用于降维,两者没有绝对优劣之分,使用两者原则实际取决于数据分布。

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(数据科学学习手札18)二次判别分析原理简介&Python与R实现

上一篇我们介绍了Fisher线性判别分析原理及实现,而在判别分析中还有一个很重要分支叫做二次判别,本文就对二次判别进行介绍: 二次判别属于距离判别法中内容,以两总体距离判别法为例,对总体G1,,G2...,当他们各自协方差矩阵Σ1,Σ2不相等时,判别函数因为表达式不可化简而不再是线性而是二次,这时使用构造二次判别函数进行判别类别的方法叫做二次判别法,下面分别在R和Python中实现二次判别: R...在R中,常用二次判别函数qda(formula,data)集成在MASS包中,其中formula形式为G~x1+x2+x3,G表示类别变量所在列名称,~右端连接累加式表示用来作为特征变量元素对应列名称...,data为包含前面所述各变量数据框,下面对鸢尾花数据进行二次判别,这里因为样本量较小,故采用bootstrap自助法进行抽样以扩充训练集与验证集,具体过程如下: rm(list=ls()) library...,这里和前一篇一样采用留出法分割训练集与验证集,具体代码如下: '''Fisher线性判别分析''' import numpy as np from sklearn import datasets from

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线性判别分析(LDA)原理总结

前言 ---- 线性判别分析(Linear Discriminant Analysis,以下简称LDA)是有监督降维方法,在模式识别和机器学习领域中常用来降维。...给定新输入样本,利用(2)式可求对应降维样本。 1.2 LDA降维原理 LDA是有监督降维方法,在降维过程中考虑了类别的影响,LDA是基于最佳分类效果降维方法。...我们用类中心间距离和类协方差分别表示不同类距离和相同类接近程度。 本节只考虑二分类LDA降维,不同类样本间投影距离: ? 不同类投影协方差之和: ?...分别是两个类样本中心点, ? 和 ? 分别是两个类协方差。 1.3 PCA与LDA降维应用场景对比 若训练样本集两类均值有明显差异,LDA降维效果较优,如下图: ?...由上图可知,LDA降维后二分类样本集具有明显差异样本分布。 若训练样本集两类均值无明显差异,但协方差差异很大,PCA降维效果较优,如下图: ?

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经典分类:线性判别分析模型!

作者:小雨姑娘,康涅狄格大学,Datawhale成员 这几天看了看SVM推导,看是真的头疼,那就先梳理基础线性判别分析模型,加深对SVM理解。 线性判别分析是一种线性分类模型。...线性判别分析基本思想是把所有样本投影到一条直线上,使样本在这条直线上最容易分类。 ? 设直线方向向量为 ,则样本 在直线上投影为 ,如图: ?...我们目标是使两类样本中心点在线上投影距离大(两类样本区分度高),同时使每一类样本在线上投影离散程度尽可能小(类内样本区分度低)。...令 , , 分别代表每一类样本,每一类样本均值向量,每一类样本协方差矩阵。 若将所有样本都投影到直线上,则两类样本中心点可分别表示为 , 。...使两类样本中心点在线上投影距离大,同时使每一类样本在线上投影离散程度尽可能小表达式可以写为: 对于参数 优化问题可以做如下转换: 因为求 是一个方向向量,所以 同样也是所求解,因此我们可以假定

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