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为什么一行代码就可以完成3个RRNA-seq差异分析呢

在教师节收到学生提问,刷B站74小时视频时候看到我演示了RNA-seq差异分析只用了一行代码就完成了3大R全部分析,并且输出了对应图表结果,觉得很神奇,但是B站视频并没有配套讲义和代码还有测试数据...## 表达矩阵来自R包: airway if(F){ library(airway) data(airway) exprSet=assay(airway) group_list=colData...下面的图表是如何自动出来呢? ? 因为这个 run_DEG_RNAseq 函数代码非常长,这里就不贴在公众号了哈,大家可以在GitHubGEO项目找到它!...这个时候是没有标准答案,因为每个R包都非常热门,引用量都是好几千,你选择哪个都符合市场规律,不过,这里一个代码,对3个结果根据阈值筛选交集。...当然是啊,都会写代码了,还有什么是不能为所欲为呢? 同样代码也是在GitHub,需要你仔细理解,不过一个小小要求,请不要把代码雪藏,或者刻意隐瞒。

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R语言自适应平滑样条回归分析

p=14854 一种类型平滑称为样条平滑。柔性金属(通常是铅),可以用作绘制平滑曲线参考。将选择一组点(称为结),然后将样条线压在特定x,y点,然后弯曲以通过下一个点,依此类推。...由于金属柔韧性,此过程将生成通过这些点平滑曲线。 在数学上,可以通过选择结点并使用(通常是三次)回归来估计结之间点,并使用演算来确保每条单独回归线连接在一起时曲线都平滑,从而重现该过程。...平滑程度由参数控制,通常在0和1之间范围内。 为了说明,我们考虑由来自1910至2004年小麦产量数据集 。 生成数据图,并叠加样条曲线平滑度。...在R,可通过 supsmu 函数获得 超级平滑器。 为了说明这一点,考虑汽车数据。以下几行产生了 重量 与 MPG关系图,并叠加了一条超平滑线。...6.使用SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus分层线性模型HLM 7.R语言中岭回归、套索回归、主成分回归:线性模型选择和正则化 8.R语言用线性回归模型预测空气质量臭氧数据 9.R

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Stata | 自动生成中南财大2019拟录取硕士研究生分析报告

前言 又是一年考研季,今天朋友问我去年学校录取情况。作为一只“菜狗”,这那是该操心事,但我还是去官网找了下去年结果。...具体来说,主要包括如下技术要点: Stata16 调用 Python 下载 PDF,转化为 Excel 表格; Stata 爬取学校官网学院名单,整理和生成学院代码Stata putdocx...在开始之前,要注意使用Stata 16,而且需要先安装 Python pdfplumber 库;Stata tbl2putdocx.ado 文件,这是来自 statalist[1] 解决...在公众号后台回复【zuledocx】可以获取整理好 ado 文件,之后放入 Stata 所在路径 ./ado/plus/t 文件夹即可。...在制作学院代码过程,一是需要剔除不招硕士学院,二是要和名单专业进行比照,确保拟录取专业和学院相对应。 copy "http://www.zuel.edu.cn/schools/" ".

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SPSS,SAS,Stata,R何区别,你选哪个?

Stata较好地实现了使用简便和功能强大两者结合。尽管其简单易学,它在数据管理和许多前沿统计方法功能还是非常强大。...如果在一个程序中出现一个错误,找到并改正这个错误将是困难。在所有的统计软件,SAS最强大绘图工具,由SAS/Graph模块提供。...R语言:科研首选 R是用于统计分析、绘图语言和操作环境,属于GUN系统一个自由、免费、源代码开放软件,它是一个用于统计计算和统计制图优秀工具,多用于论文,科研领域。...因此R很多最新模型和检验方法,但是非常难自学,对英语要求很高。R与SAS区别在于,R是开放免费,处理更灵活,同时对编程要求较高。 界面展示: ?...如果你是SEM新手,建议使用Amos,因为防呆装置,一般不容易犯错,确定是知其然却不知其所以然。如果你对数学很有兴趣尤其对矩阵概念好的人,建议使用Lisrel,上手虽麻烦,但功能强大易操作。

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SPSS、SAS、StataR何区别,你该学哪个?

Stata较好地实现了使用简便和功能强大两者结合。尽管其简单易学,它在数据管理和许多前沿统计方法功能还是非常强大。...如果在一个程序中出现一个错误,找到并改正这个错误将是困难。在所有的统计软件,SAS最强大绘图工具,由SAS/Graph模块提供。...R语言:科研首选 R是用于统计分析、绘图语言和操作环境,属于GUN系统一个自由、免费、源代码开放软件,它是一个用于统计计算和统计制图优秀工具,多用于论文,科研领域。...因此R很多最新模型和检验方法,但是非常难自学,对英语要求很高。R与SAS区别在于,R是开放免费,处理更灵活,同时对编程要求较高。 界面展示: ?...如果你是SEM新手,建议使用Amos,因为防呆装置,一般不容易犯错,确定是知其然却不知其所以然。如果你对数学很有兴趣尤其对矩阵概念好的人,建议使用Lisrel,上手虽麻烦,但功能强大易操作。

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七步即可学会R语言,从此数据分析不再怕!

本文学习方法是在追求实用性和全面性不断平衡建立起来。这里许多优质 R 语言免费资源,但可惜并非全部。...它源于学界,但今天你会在越来越多商业环境中看到 R 语言身影,它现在成了商业软件公司如 SAS,STATA 和 SPSS 贡献者。...步骤 3:R 语言核心 - >packages 每个 R 语言包只是一组用于特定目的代码,旨在被其他开发人员重复使用。除了主代码库之外,程序包通常还包括数据、文档和测试。.../) haven package 可以将 SAS,STATA 和 SPSS 数据文件导入 R 语言中。...很多软件包资源可供学习,比如,互动代码教程,是 Hadley Wickham 做一个备忘清单和即将出版新书。

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Stata17安装教程

pwd=ny0u 提取码:ny0u –来自百度网盘超级会员V4分享 正式安装 1.下载Stata 17安装包 2.双击Stata17.exe开启安装 3.接受同意条款,然后继续安装 4.选择想要安装版本...6.等待软件安装完成,先不要打开软件;安装过程不要进行其他操作,耐心等待几分钟~ 7.复制软件包另一个程序:StataMP-64.exe 8.切换到你安装路径.安装路径就是你存放所有Stata安装程序和文件地方...结尾 在本篇博客,我们详细介绍了如何安装最新版本Stata17。无论您是新手还是经验用户,我们提供步骤和注意事项都将帮助您顺利完成安装过程。...Stata17不仅带来了许多新功能和改进,还提升了用户体验,使数据分析变得更加高效、准确和愉快。现在,您可以开始探索Stata17各种功能,将其应用于您研究、工作或学习。...祝您使用Stata17愉快,愿本文对您有所帮助!如果您有任何疑问或反馈,请随时联系

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Stata绘图功能与绘图类型

下图是 Stata 界面工具栏“图形”所包含内容(图1)。 Stata Window_Graphics .png 2....要说明是,由于绘图命令十分“庞大”,在学习和应用,不断积累各方资料中图形代码很有必要;同时在绘图中也要善用 Graph Editor 对图形进行局部细节优化,毕竟我们不可能记得所有绘图命令选项...graph_structure.jpg Stata 绘图代码主要包括四个部分:(1)命令(Graph Commands);(2)选项(Options);(3)风格(Styles);...下图是 twoway 家族所有成员(图3),图2只展示了部分常用图形类型。" [ ] " 表示代码可以省略部分。虽然可以省略,但这部分却是掌握绘图命令核心。...下面,我们用一组容易混淆示例进行Stata绘图展示,以帮助我们了解 Stata 功能与绘图类型。 3.

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R」元分析:谁更能从治疗获益?

该方法被我用于19年发表文章(见参考文献),不过当时是基于metafor包用几行代码试了一下,然后用邮件咨询文章作者,他使用Stata,开发了一个叫ipdmetan包(比我厉害多了~),最后也是使用...stata图放在文章里。...因为Stata结果和我使用几行代码结果一致,所以我在去年7,8月左右想实现一个R版本,在Github创建了相应仓库。...然后跟他说这个包根本就没写,已经弃疗一年了,叫他去找Stata包,然后附送了之前使用R代码。因为他是一个R用户,所以回信跟我说R包就好了。...于是就简单粗糙地造了一个,就有了真正可以用metawho package,并把文章数据放在里面重复了一下结果。

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Stata | 解决 graph x 轴刻度重叠问题

朋友问我怎么调整 boxplot x 轴标签,用上图重现了他问题。换句话说,问题是如何解决 graph x 轴重叠问题。...简单解释代码 {char 0xa0},这是 SMCL(Stata Markup and Control Language) 语言,是 Stata 一种标记语言, help 文档大都是用它编写。...char 表示字符,0xa0 是 ASCII 编码空格。所以这里实际是“偷梁换柱”,将 x 轴刻度每隔 5 个单位换为空格,这样绘制出来图就实现了肉眼不可见空白。...刚开始也顺着这个思路考虑是否能通过 SMCL 语句更改 x 轴刻度倾斜角度,但 SMCL 似乎没有并不能实现文本倾斜。对绘图中可用 SMCL 语句,可自行 help text 查看。...附录:演示数据生成代码 clear set obs 126 egen year = seq(), block(6) from(1990) to(2010) set seed 2803 gen y = exp

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北大数据分析老鸟写给学弟们一封信

STATA与EVIEWS都是偏好计量软件。...关于实验 在随机实验,样本被随机分成两组,一组经历处理条件(进入干预组),另一组接受控制条件(进入对照组),然后比较两组样本效果指标均值是否差 异。...关于拟合优度、变量选择原则及估计值绝对大小意义 在人人“数据分析”小站,某同学提出这样一个问题:“多元回归分析,怎么选择自变量和因变量,可以使R方达到80%以上?”...,根本没必要追求R方到80%程度,一般来说,个20%、30%就非常大了。...如果一定要增大R方,那么最应该做的确是对纳入模型变量进行选择。选择纳入模型原则认为三条。

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从零开始学量化(二):pythonmatlabrsasvba选哪个

SAS也是各种算法模块都有,这一点跟上跟python,r不会差多少,但sas代码写法跟其他软件不太一样,用多了python,r去写那个还是感觉怪怪。...sas可以对一个命令逐行去运行,不需要自己加循环,可以少写一点代码。SAS一些函数默认跟其他软件不太一致,比如merge函数,其他软件一般是默认内连接,只保留匹配到,但sas默认是外连接。...SAS一个非常好特性是提取数据库里数据,create table生成数据是存在硬盘里,而python,r等等其他软件提到数据都是存在内存里,这样就没法用python和r提太多量数据出来,...个人理解,excel写vba尽量减少激活各个sheet单元格,跳来跳去,什么东西可以直接往里写,这样会快一些。...STATA和EVIEWS是两个功能非常类似的软件,计量上用比较多,当时选择了stata,没有学EVIEWS,整体来说,都是计量软件,STATA对面板数据支持比较多,EVIEWS对时间序列支持更好,STATA

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稳健性检验!稳健性检验!

认为 A 在检验可能不成立,因为 C 或者,D 是判断 A 是否成立条件; 又如,D 是另外一种计量方法但是并没有 A 这个假设前提....前期相关推文 专题:专题课程 公开重现资料时如何发布涉密数据 直播-甲壳虫-论文精讲与重现 专题:论文写作 连享会:论文重现网站大全 论文重现:外部命令版本控制 Stata:论文重现代码模板 Stata-JPE...专题:Stata入门 Stata版本兼容性问题:可重复研究 专题:Stata资源 可重复研究:Stata一马当先 会计期刊论文结果可重现吗?...专题:数据处理 Stata:变量非重复值统计-distinct Stata结果重现:dependencies命令-外部命令版本控制 Stata数据处理:统计组内非重复值个数 专题:结果输出 Stata...Stata:一行代码实现安慰剂检验-permute acreg:允许干扰项随意相关稳健性标准误 aoeplacebo:地理安慰剂检验 专题:倍分法DID 多期DID之安慰剂检验、平行趋势检验 专题:内生性

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使用Stata完成广西碳酸钙企业主成分分析和因子分析

但是由于,SPPS上个月删掉了,占用1.5g内存,而且没有破解。这次,用最不怎么熟悉Stata来做主成分分析和因子分析。...今天用Stata,点点就ok了 ,敲什么代码,再说了又不会敲。 ? 在这里插入图片描述 ?...在这里插入图片描述 排名第一就是净利润,企业就是要赚钱才有竞争力。这不是常识了,分析和没分析差不多,还是干Spring,Django吧。 看看上面内容,没有代码怎么行?...虽说专业都快挂完了,心痛一秒钟。 下面是百度百科给因子分析模型定义抄了下。 一种统计方法,是一种降维技术. 做因子分析前提是自变量之间相关关系....在这里插入图片描述 初始因子和Stata结果一样 ? 在这里插入图片描述 在Stata我们没有旋转变换, ? 在这里插入图片描述 旋转变换 ? ? 答案是柳州化工,听说柳州螺蛳粉,五菱。

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讨厌的人类居然让我们掷骰子,这实在太难了!

这太简单了,让新手退出vim就行了。 Linux老大:为啥? vim: 哈哈,因为新手不知道怎么才能退出vim,就会瞎胡乱按一通, 非常随机,这不就形成随机数了吗?!...不能预测,不能根据已经生成随机数,推测出下一个随机数是啥 3. 不能重现, 无法重现和某一随机数列完全相同数列 听到此处,大家都吸了一口冷气,这要求够高!...人类通过掷骰子可以达到这个要求,但是计算机里都是确定算法和程序,这该怎么办? C老头儿说:提一个方案,听说人类个算法,叫做什么线性同余算法,似乎可以生成随机数。...但是,如果知道了种子,那就可以生成和你一模一样随机数列,所以不满足‘不可重现性质。” 看来生成真正随机数太难了,大家都沉默了。...CPU阿甘马上接口:“然后,可以用个Hash算法对这个池子内容做个消息摘要,结果就是真随机数了!杂乱无章,无法预测,无法重现。” vim感觉有点不爽,这俩人也太会抢功劳了。

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北大数据分析老鸟写给学弟们一封信

STATA与EVIEWS都是偏好计量软件。...在随机实验,样本被随机分成两组,一组经历处理条件(进入干预组),另一组接受控制条件(进入对照组),然后比较两组样本效果指标均值是否差异。...关于拟合优度、变量选择原则及估计值绝对大小意义。 在人人“数据分析”小站,某同学提出这样一个问题:“多元回归分析,怎么选择自变量和因变量,可以使R方达到80%以上?”...根本没必要追求R方到80%程度,一般来说,个20%、30%就非常大了。...如果一定要增大R方,那么最应该做的确是对纳入模型变量进行选择。选择纳入模型原则认为三条。

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Stata | 发出提示音几种方式

声明一下,是在 Windows 10 (64-bit) + Stata/MP 16.0 + Python 3.7 环境下运行代码,在不同系统和版本程序下运行可能不太顺畅,如果你用自己环境玩得不太顺畅...最后一种方式值得探索,winsound PlaySound 函数可以播放音乐,想着可以结合爬虫,爬取排行榜和下载音乐,最终用 Stata 封装一个播放最新排行榜音乐命令。...已经将过程需要资料打包备索,公众号后台回复【Beep】即可获取本文涉及安装包、代码和其他文件。...\Music\ding.wav',winsound.SND_FILENAME) end 小结 以上就是知道让 Stata 发出提示音几种方法?你还有其他更好方法吗?可以后台交流。...附录:配置环境变量 在设置搜索环境变量,之后在编辑账户环境变量中找到 path 点击编辑-新建,然后粘贴进 Beep 所在文件夹,点击确定。

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北大老鸟三年数据分析深刻总结——致学弟学妹们

STATA与EVIEWS都是偏好计量软件。...关于实验 在随机实验,样本被随机分成两组,一组经历处理条件(进入干预组),另一组接受控制条件(进入对照组),然后比较两组样本效果指标均值是否差异。...关于拟合优度、变量选择原则及估计值绝对大小意义 在人人“数据分析”小站,某同学提出这样一个问题:“多元回归分析,怎么选择自变量和因变量,可以使R方达到80%以上?”...根本没必要追求R方到80%程度,一般来说,个20%、30%就非常大了。...如果一定要增大R方,那么最应该做的确是对纳入模型变量进行选择。选择纳入模型原则认为三条。

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学习经济学需要熟悉哪些编程语言?

计量经济学也有很多小门类,请对号入座。 很多软件,Stata, Matlab, R, Sas是相对来说用比较多。...但是一般不做这方面,也不是很有发言权。 如果做理论计量,stata eviews是没有现成,而且即便Stata可以编程,可编程能力也是很差,而且不稳健。所以懂R和Matlab就非常顺手。...如果对速度要求高,特别是金融计量很多对速度要求,可以考虑C、Fortran等语言。C和Fortran肯定是最快。还有一个叫做OX,速度快,但是也很小众。...最后想起一句话来,关于这些软件选择(stata除外,因为stata在应用计量领域地位是几乎不可替代)可以用两句话来概括:如果你自己时间比计算机时间宝贵的话,学习matlab、R、甚至Python...觉着stata、matlab是比较推荐,一个方便,一个灵活,都很强大,而且学习难度都不大,用的人都很多,交流起来相当方便。 PS:各个软件速度比较, 可以看Julia主页。

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