R调查包中的svydesign不接受imputationList_R警告消息中的调查包_R调查包中的多向聚类标准误差 - 腾讯云开发者社区

ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。

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「R」获取R包中的函数和对象列表

问题你想知道包里有什么。方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...移除包含箭头 <- 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！

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Bioconductor 中的 R 包安装教程(续一)

这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...源码方式安装如果想要在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中安装 DiffBind==3.4.0，可以直接通过源码包的方式安装： > packageurl <- "http://...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。

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如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源

1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31

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疑难杂症-R中的Rwordseg包安装

一、通过install.packages安装步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。

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R语言 shiny包中的交互调用函数renderUI

本次展示shiny的功能有： 1、读取本地数据； 2、交互展示数据（view） 3、动态交互作图（自动读取上传数据的列名）体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io...x = input$variableNames_x, title = "ggplot") } }) } shinyApp(ui, server) 一个完整的shiny...，在ui中通过*input调整数值参数、上传数据等，并将数据传递给server进行相应计算；然后，Server对数据进行计算、绘图，并将计算结果（图片、表格等）返回给ui 最后，通过ui中的*output...来展示server计算返回的结果（图片、表格等）

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R语言XML包获得html文件中的表格小实例

需求使用snpEff软件对vcf格式文件进行注释后会生成一个snpEff_summary.html;这个文件是对vcf格式文件中的内容进行的统计，结果会以表格和图片的形式在html文件里展示。...我现在想把html中的数据提取出来，自己来做图。...14517732/how-to-get-table-data-from-html-table-in-xml How to get table data from html table in xml 使用R语言的...XML包使用到的R语言代码 library(XML) doc<-htmlParse("snpEff_summary.html") total_table<-getNodeSet(doc,"//table...") # 以上代码是固定的写法 # 下面的代码想获得第几个表格，中括号中的数字就改成几 df3<-readHTMLTable(total_table[[3]]) df3 class(df3) 结果以数据框的形式存储

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R：ggtext包丰富ggplot2中文本的表现力

NULL, padding = margin(4, 4, 4, 4), margin = margin(4, 0, 0, 0), linetype = 1, r..., color = "white", fill = "#5D729D", box.color = "#4A618C", halign = 0.5, linetype = 1, r...上图是固定的格式显示，strip的格式都是一样的，其实也可以更进一步，将strip按照分组显示，从而实现多一个维度的信息展示，比如此图的stipe文本是class信息（因为这里的分面是facet_wrap...(~class)控制的），那么可以将原始的数据的class格式化为一个html的标记，下图就是将strip的字体颜色映射为mpg中的cyl变量，当然了由于class中存在多种cyl信息，因此被拆分成了多个子图...color = "white", fill = "#5D729D", box.color = "#4A618C", halign = 0.5, linetype = 1, r

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从R迁移到Python过程中需要知道的几个包

我一直认为编程语言的能力取决于它的软件库，因此本文将着重介绍我经常使用的一些关于机器学习算法的 R 包和 Python 中的替代包。...R 语言的一个缺点是每个机器学习算法都有一个相应的软件包，这大大提升了用户的学习成本。...pandas 吸取了 R 语言中数据清洗功能的优点并将其引入到 Python 中。...Python 中拥有正则表达式库re,和一个内置的字符串软件包 string。 RStudio -> Rodeo ? 对于许多用户来说，RStudio 是 R 语言中一款非常友好的编辑器。...在 R 语言中，我们可以利用 knitr 来创建可重复的可视化分析报告，RStudio 中很早就包含了这个功能。在 Python 中，最相近的软件库是 Jupyter。

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记录单细胞学习过程中的两个R包报错

下面是记录单细胞学习过程中的两个R包报错 (生信技能树学员周现在) 1.SeuratData包，因为学习单细胞测序的很多示例数据全在这个包里，所以这个包的出镜频率其实是比较高的，但是我在成功下载后library...，内存小，整合效果也比较好，所以是比较常用的一个包。...在帅气的Nickier助教的提示下，我卸载了R和Rtools，重启电脑后，重装了R和Rtools，之后就可以成功安装harmony包了。...但是因为在R语言学习的过程中，我一般都不会管Warning的信息只要不Error就接着跑。...3.总结和反思我们在学习的过程中难免会遇到很多问题，但是小洁老师在课上曾经展示的一张遇见报错怎么办的图让我印象深刻，也让我意识到要早日跳脱学生思维，要学会自己解决问题，其实我遇到的大部分问题都有前人遇见并解决过了

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【R语言在最优化中的应用】用goalprog包求解线性目标规划

用goalprog包求解目标规划 R中，goalprog包 (Novomestky, 2008) 可以求解形式为模型(3) 的目标规划问题，核心函数为llgp()，用法如下： llgp(coefficients...) 中的矩阵 A。...targets为系数矩阵对应的约束向量，即模型 (3) 中的向量 g。...该模型符合模型 (3) 的形式，可以直接调用 llgp() 函数来求解该问题，注意：R中根据achievements数据框中的 priority 来判断绝对优先级别，不用再设置 P1，P2，P3。...R代码及运行结果如下 (为了便于展示，输出了一些参数的信息): > library(goalprog) > coefficients=matrix(c(1,1,5,1,1,0,3,1),4) > targets

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R语言分析协变量之间的非线性关系

p=6366 最近我被问到我的 - [R和Stata的软件包是否能够适应协变量之间的非线性关系。答案是肯定的，在这篇文章中，我将说明如何做到这一点。...注意，实体模型中没有非线性，但x2对x1的依赖性存在非线性。...假设x2遵循以x1为条件的线性回归模型，smcfcs正在估算x2中的缺失值，条件均值在x1中是线性的。...这样做意味着X2平方会在X2的插补模型中自动调整： mydata $ x1sq < - mydata $ x1 ^ 2 imps2 < - （mydata，smtype =“lm”，smformula...- 虽然它从一个与指定的实体或结果模型兼容的插补模型中推算每个协变量，但这并不意味着这些插补模型中的每一个都是相互兼容的。

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【R语言在最优化中的应用】lpSolve包解决指派问题和指派问题

lpSolve 包和运输问题运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题，可以根据模型按照线性规划的方式求解，但由于其特殊性，用常规的线性规划来求解并不是最有效的方法。...造纸厂到客户之间的单位运价如表所示，确定总运费最少的调运方案。解：总产量等于总销量，都为48 个单位，这是一个产销平衡的运输问题。R代码及运行结果如下: ?...lpSolve 包和指派问题指派问题(assignment problem) 属于0 - 1 整数规划，是一种特殊的整数规划问题。...R中，lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题，其用法如下： lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...在实际应用中，常会遇到各种非标准形式的指派问题，有时不能直接调用函数，处理方法是将它们化为标准形式(胡运权, 2007)，然后再通过标准方法求解。

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文献笔记六十一：分析GDC数据库中的数据的R语言包GDCRNATools

论文 GDCRNATools: an R/Bioconductor package for integrative analysis of lncRNA, miRNA and mRNA data in...Genomic Data Commons 基本功能数据下载 ceRNA网络分析差异表达分析功能富集分析生存分析数据可视化火山图、热图、GO富集分析结果、KEGG富集分析结果等接下来重复帮助文档中的例子...write.manifest = F, method = 'gdc-client', directory = rnadir) 在linux系统中重复到这一步的时候遇到报错...ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.18' not found (required by /tmp/_MEIylVP0W/libstdc++ 我的解决办法是把它默认下载的...长链非编码RNA的差异表达火山图 gdcVolcanoPlot(deLNC) ?

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109-R可视化33-通过seurat包中的LabelClusters学习ggplot之二

参考： Seurat::LabelClusters 前言继续上回的内容[[108-R可视化32-通过seurat包中的LabelClusters学习ggplot之一]]。...median 点最近的点在data 中的下标和距离。...labels 长度是否等长；将外部等长labels 名称和labels 的内部id 替换；绘图函数在ggplot 家族中，我们介绍过两种label 方式：[[66-R可视化10-自由的在ggplot...上添加文本（柱状图加计数）]] [[67-R可视化11-用ggrepel更加美观的添加标记（火山图的实现）]] 这里seurat 利用ifelse 非常巧妙的将函数作为输出。...32-通过seurat包中的LabelClusters学习ggplot之一]] 最后问的color的用途吗？

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单细胞必学R包！~（七）（分析单细胞轨迹中的分支）

有时候你感兴趣的只是单细胞轨迹中的一个分支，A → B。这个时候就可以用到monocle3中一个非常实用的功能了。我们一起来看看怎么操作吧。...2用到的包 rm(list = ls()) library(tidyverse) library(monocle3) 3示例数据今天做一做如何分析单细胞轨迹中的分支。...residual_model_formula_str = "~ bg.300.loading + bg.400.loading + bg.500.1.loading + bg.500.2.loading + bg.r17...cds_subset <- choose_cells(cds) 6识别相关基因集然后调用graph_test()子集，识别出具有制定表达模式的基因，这些基因只落在你选择的轨迹区域内哦。...principal_graph", cores=4) pr_deg_ids <- row.names(subset(subset_pr_test_res, q_value < 0.05)) 7寻找模块将这些基因分组到模块中可以揭示命运特异性基因或那些在分支节点之前或之后立即激活的基因

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108-R可视化32-通过seurat包中的LabelClusters学习ggplot之一

在先前的内容里：[[66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）]]，我们提到过添加文本的方法。...图层首先就是这个GetXYAesthetics 函数，惊讶的是，它竟然是来自于Seurat 包而非ggplot2。...虽然从内部构造来说可以省略GetXYAesthetics 这部分的代码，但是，从用户使用来说确实多此一举的，因为这些信息明明就保留在了ggplot 对象中的layers 层中。...，我并没有在grid 相关的内容或ggplot 的构造中留意到这个函数（或许我还没读到）。...接下来就是将上面浏览过的pb 中的color信息添加到数据框中： data <- cbind(data, color = pb$data[[1]][[1]]) 至于为什么这么做，接下来即将操作的label

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【R语言在最优化中的应用】用Rdonlp2 包求解光滑的非线性规划

由于约束条件的放宽，非线性规划问题可以更接近于现实生活中的种种问题，同时，求解难度也提高了很多。...用矩阵和向量来表示非线性函数的数学模型如下： (4) 模型 (4) 中，z = f(x) 为目标函数，三个约束条件中，第一个为定义域约束，第二个为线性约束 (A为系数矩阵)，第三个为非线性约束。...用 Rdonlp2 包求解光滑的非线性规划对于无约束或者约束条件相对简单的非线性优化问题，stats 包中的 optim()、optimize()、constrOptim()、nlm()、nlminb...鉴于该包为默认安装包，大多数人比较熟悉，下面着重探讨专门解决非线性优化的 Rdonlp2 包的用法。 R中，Rdonlp2包是一个非常强大的包，可以方便快速地解决光滑的非线性规划问题。...par.upper和par.lower向量，分别为自变量的上下界限，即模型(4)中的xu和 xl，它们的长度应该和向量 par 相等。

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【推荐阅读--R语言在最优化中的应用】用Rglpk包解决线性规划与整数规划

R中，有很多包可以解决该问题，推荐 Rglpk包 (Theussl and Hornik, 2008)，该包提供了到GLPK (GNU Linear Programming Kit) 的高级接口，不仅可以方便快速地解决大型的线性规划...，即模型中的向量C，mat为约束矩阵，即模型中的矩阵A，dir 为约束矩阵 A 右边的符(取""或 ">=")，rhs 为约束向量，即模型中的向量 b，types 为变量类型...max为逻辑参数，当其为 TRUE 时，求目标函数的最大值，为 FALSE 时 (默认)求目标函数的最小值。bounds 为 x 的额外约束，由模型 (1) 中向量l和u控制。...R代码及运行结果如下: > obj<-c(3,1,3) > mat<-matrix(c(-1,0,1,2,4,-3,1,-3,2),nrow=3) > dir<-rep("<=",3) > rhs<-...我们发现 R在解决线性规划、整数规划、混合整数规划问题时，仅仅需要将模型转换为求解函数所需要的格式即可，并且几乎所有的约束都直接用矩阵、向量来表示，不必像LINGO 那样需要键入 X1、X2 之类的字符

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