将DNA序列看作是只包含['A', 'C', 'G', 'T']4个字符的字符串，给一个DNA字符串 ，找到所有长度为10的且出现超过1次的子串。...result.push_back(it->first); } } return result; } }; 方法二 将长度为10的DNA序列进行整数编码...: [‘A’, ‘C’, ‘G’, ‘T’]4个字符分别用[0, 1, 2, 3](二进制形式(00, 01, 10, 11)所表示，故长度 为10的DNA序列可以用20个比特位的整数所表示，如: ?...1.设置全局整数哈希int g_hash_map[1048576]; 1048576 = 2^20，表示所有的长度为10的 DNA序列。...4.遍历哈希表g_hash_map，若g_hash_map[i] > 1，将i从低到高位转换为10个字符的DNA 序列，push至结果数组。
重复加标记 难点在于如何判断是否是循环单词，看到别人的思路：可以把当前单词重复一次，然后所有的循环单词都是可以在这个重复的单词中找到的，其实有点像循环移位和线性移位的关系，周期延拓之后线性移位和循环移位的结果是一样的...比如对于单词word,先重复一遍得到：wordword. word的循环单词都是wordword的子串，找子串可以借助string::find(s)函数，这样就能判断是否是子串。...这样我们就可以去遍历vector中的单词了，对于第一个单词，扩充，然后在余下的单词中找是循环关系的，找到的应该都是要标记出来的，要不会有重复，可以定义一个vector来标记这个单词是否被找到（找到了在后面就无需遍历了
在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。 编写一个函数来查找 DNA 分子中所有出现超多一次的10个字母长的序列（子串）。
微卫星microsatellite, 又叫做简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)或者短串联重复序列(short tandem repeats, STR), 指的是以2...到10bp的短序列为单位，重复出现多次所构成的DNA序列。...重复的最小单位称之为motif, 示例如下 agagagagagag 上述片段就是一段SSR序列，motif为ag, 重复出现了6次。...微卫星DNA种类多，分布广，在基因组中平均50bp就有一个重复序列；在不同种族，不同人群中重复单位和重复次数都大不相同，构成了SSR遗传多态性。...第一列为SSR区域的ID,由序列标识符和数字编号构成，第二列为Motif的碱基序列，第三列为重复次数，第四列和第五列对应SSR区域的起始和终止位置，第六列为输入序列的总长度。
本次总结来源网络，有多处参考 在R语言中，去掉重复数据的函数是：duplicated 删掉所有列中数据一样的： >test <- data.frame( x1 = c(1,2,3,4,5,1,3,5...duplicated(test),] #删掉所有列上都重复的 x1 x2 x3 1 1 a a 2 2 b b 3 3 c c 4 4 d d 5 5 e e 7 3...b c 选择性的删除重复的 > test[!
快指针 i 作为某一连续最长不重复区间的右端点，慢指针 j 作为该区间的左端点； 遍历数组 a[i]，用 vis[a[i]] 标记当前区间已经存在的数。...当 vis[a[i]] > 1 时： 说明当前区间存在重复数字，则 j 不断右移，期间 vis[a[j]] --，直到 vis[a[i]] == 1 为止； 此时不含重复数字的区间长度即为 i - j...否则说明当前区间还未存在重复数字，i 持续右移。
最长连续不重复子序列 给定一个长度为 n 的整数序列，请找出最长的不包含重复的数的连续区间，输出它的长度。 输入格式 第一行包含整数 n。...第二行包含 n 个整数（均在 0∼105 范围内），表示整数序列。 输出格式 共一行，包含一个整数，表示最长的不包含重复的数的连续区间的长度。...j = 0; i < n; ++ i) { s[a[i]] ++; // 记录下a[i]出现的次数 while(s[a[i]] > 1) // 一点碰见两个重复的元素后...这个j代表的是 j可以到达最左的地方 所以在j左边的 // 元素的个数就需要都-- 这点很妙 // 每次求的是
[序列比对和序列特征分析总目录](https://www.jianshu.com/p/878f2b2495ae 基因组序列主要构成成分是基因序列，重复序列和基因间序列。...基因组注释包括基因组结构注释和基因组功能注释 结构注释的核心是基因识别，为了提高基因识别效率需要首先寻找并标记去除 重复的和低复杂性的序列。 什么是重复序列？...重复序列（repetitive sequence）是在基因组中不同位置出现的相同或对称性序列片段，一般不编码多肽。组织形式有两种：串联重复序列和分散重复序列。...分类 大致分三类： 低度重复序列 中度重复序列 高度重复序列 特点 GC含量低，AT含量高，3'和5'端有直接重复序列存在，有利形成环形结构。...常用数据库 GIRI的RepBase：常用的真核生物DNA重复序列数据库 RepeatMasker:常用的重复序列分析工具 ALU数据库：人和灵长类Alu重复片段 LINE-1数据库
重复，特别是针对一些样本名称的重复问题的处理，是我在进行生信分析时经常遇到的。一种常见的解决策略是先找到重复之处，然后去重。但如果我们想要保留全部的重复ID呢？...一个简单的例子 生成一个非常简单的带重复的序列： r$> data = c("a", "b", "c", "d", "a")...[1] "a" "b" "c" "d" "a" 这里a 重复了，如果我们去重，可能会选择2种办法。...[1] "a" "b" "c" "d" # 或者 r$> data[!...R自带了make.unique()解决这个问题！
给定一个长度为 n 的整数序列，请找出最长的不包含重复数字的连续子序列，输出它的长度。 输入格式 第一行包含整数 n。...第二行包含 n 个整数（均在 {\rm{0}}\sim100000 范围内），表示整数序列。 输出格式 共一行，包含一个整数，表示最长的不包含重复数字的连续子序列长度。...每次移动i指针都将结果更新为较大的一个，即可实现题目要求。...for(int i = 0, j = 0; i < n; i++) { s[a[i]]++; while(s[a[i]] > 1) //出现次数大于1则重复...{ s[a[j]]--; //将对应数出现次数减一 j++; //往后移动j指针，直到跳过一个重复的元素 }
java每次生成不重复的随机数 本教程操作环境：windows7系统、java10版，DELL G3电脑。...以上就是java每次生成不重复随机数的方法，大家可以先就方法的使用进行了解，然后再动手尝试代码的操作。 收藏 | 0点赞 | 0打赏
三因素重复测量方差分析 sunqi 2020/7/26 概述 三因素重复测量资料方差分析，在这项研究中，研究人员想要评估饮食和运动对10个久坐的人减肥的影响。...10个参与者完成了所有四项试验，每次试验持续9周，在每次试验的开始(t1)、中间(t2)和结束(t3)测量体重减轻评分。...为了确定饮食、运动和时间对减肥评分是否存在显著的交互作用，可以进行三向重复测量方差分析。
从2021.08.13开始， GitHub不再支持账号和密码的方式来pull和push代码了，取而代之的是官方推出的Token。
在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。 编写一个函数来找出所有目标子串，目标子串的长度为 10，且在 DNA 字符串 s 中出现次数超过一次。...检查滑动窗口中的序列是否在 HashMap中。 如果是，则找到了重复的序列，将序列假如到HashSet中。 否则，将序列添加到 HashMap中。
今天和大家聊的问题叫做 重复的DNA序列 ，我们先来看题面： https://leetcode-cn.com/problems/reverse-words-in-a-string-ii/ All DNA...在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。 编写一个函数来找出所有目标子串，目标子串的长度为 10，且在 DNA 字符串 s 中出现次数超过一次。...beginIndex) { string tempRes = s.substr(beginIndex, 10); if (++myMap[tempRes] == 2) {//第一次出现两次，避免重复
题意描述 给定一个长度为n的整数序列，请找出最长的不包含重复数字的连续区间，输出它的长度。输入格式 第一行包含整数n。 第二行包含n个整数（均在0~100000范围内），表示整数序列。...输出格式 共一行，包含一个整数，表示最长的不包含重复数字的连续子序列的长度。...数据范围 1≤n≤100000 输入样例： 5 1 2 2 3 5 输出样例： 3 思路 这道题采用双指针做法，对于一个数字，以该数字为结尾，然后向前计算满足不包含重复数字的最大长度。...我们可以使用一个数组来统计每个数字出现的次数，如果出现的次数大于1，则说明已经有重复的数字出现，记录下当前区间的长度，并且将之前统计的数字清零，然后输出最终答案即可。
Tandem Repeats Finder, 简称TRF, 是一款串联重复序列查找工具，repeatmasker 程序中就整合了这个软件，官网如下 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html...点击Basic链接，跳转到如下页面，上传对应的fasta格式的序列文件，或者在文本框中粘贴对应的序列，然后点击Submit sequence按钮，进行提交 ?...所有序列的结果汇总 在该页面会列出所有检测到了重复序列区域的序列ID, 点击每条序列的名称，会跳转到该序列的详细页面 ? 2....一条序列上的所有重复区域汇总 在该页面，会以表格的形式，给出一条序列上所有重复序列的汇总情况，点击Table Explanation, 可以查看表头的详细解释；点击第一列的重复区域的ID, 可以跳转到详细页面...重复序列详细页面 在该页面，会给出重复区域的序列信息，示意如下，可以看到，是一段以ACTC作为motif的重复区域 ?
在NGS的数据分析中，去除PCR重复序列是一个常见的分析步骤，无论是WES/WGS的snp calling，还是chip_seq, ATAC_seq，都需要对原始的bam文件进行过滤，去除其中的PCR重复序列...在samtools中也提供了去除PCR重复的命令markdup, 该命令对输入的bam文件有以下两点要求 必须是经过samtools fixmate命令处理之后的文件 必须是按照比对上染色体坐标位置排序之后的文件...另外，由于fixmate命令要求输入的bam文件为按照read name,即序列名称排序之后的文件，所以在使用markdup命令时，需要以下4步转换过程 # 第一步，按照read name排序bam文件...2. picard MarkDuplicates picard的MarkDuplicates命令称得上是使用的最广泛的去除PCR重复的工具了，要求输入的bam文件为按照比对位置排序之后的文件，用法如下...positionsort.bam input.bam # 第二步，运行markdup命令 sambamba markdup positionsort.bam markdup.bam 除了这三种方法之外，还有很多的工具可以去除PCR重复序列
RepeatMasker软件用于查找基因组上的重复序列，默认情况下，会将重复序列原有的碱基用N代替，从而达到标记重复序列的目的。...除此之外，也可以采用将重复序列转换为小写或者直接去除的方式，来标记重复序列。 该软件将输入的DNA序列与Dfam和Repbase数据库中已知的重复序列进行比对，从而识别输入序列中的重复序列。...在Sequence中输入或者上传FASTA格式的DNA序列；Search Engine选择比对软件，Speed/Sensitivity选择运行模式，不同模式的主要区别在于运行速度与敏感度的差异，DNA...软件基本用法如下 RepeatMasker -pa 5 -small -species human chrM.fa -pa指定线程数，只有输入文件大于50Kb时才发挥作用；-small表示将重复序列转换为小写...运行完成后，会生成多个文件，后缀为masked的文件为标记重复序列后的文件，后缀为.out的文件保存了重复序列区间信息。
叶绿体基因组的文章通常都会做重复序列分析，其中会使用在线工具REPuter 来分析forward reverse complement palindromic 四种重复序列。...id=reputer_manual_manual 使用方法也很简单，直接上传fasta格式的序列，然后会有4个输入框需要填。分别是 重复片段的最大 最小长度。然后还有两个距离。...这两个距离是什么意思，现在我也不太清楚，可能是度量重复序列之间相似度的指标吧。我看到有论文里写会设置海明距离的。 然而自己在使用的时候一直会遇到报错， ?...forward 和 palindromic重复分析，运行帮助命令可以查看具体参数， ?...-f 和 -p 参数分别指定计算forward和palindromic重复，-h 海明距离3, -l 最小重复单位30bp 之前将以上的内容分享到了简书，今天有人留言说使用REPuter 做重复序列分析的时候
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