首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

R- ggplot和corrplot产生完全不同的图(相关图/矩阵)

R- ggplot和corrplot是两个在R语言中常用的数据可视化包,用于绘制不同类型的图形,包括相关图和矩阵。

  1. ggplot是一个基于图层(layer)的绘图系统,它提供了一种简洁而强大的方式来创建各种类型的图形。ggplot可以用于绘制散点图、折线图、柱状图、箱线图等各种统计图形。它的优势在于可以通过添加不同的图层来定制图形,例如添加标签、调整颜色、添加趋势线等。ggplot的应用场景非常广泛,适用于数据分析、统计建模、数据可视化等领域。

推荐的腾讯云相关产品:腾讯云服务器(https://cloud.tencent.com/product/cvm)是一种弹性计算服务,提供了多种规格的云服务器实例,可满足不同业务需求。

  1. corrplot是一个专门用于绘制相关矩阵的R包。相关矩阵是用于展示变量之间相关性的矩阵,常用于数据分析和统计建模中。corrplot可以根据相关系数的大小和方向来展示相关矩阵,常用的展示方式包括颜色编码、数字标签、图形符号等。corrplot的优势在于可以直观地展示变量之间的相关性,帮助分析人员快速理解数据的关联关系。

推荐的腾讯云相关产品:腾讯云数据万象(https://cloud.tencent.com/product/ci)是一种数据处理和分析服务,提供了多种数据处理工具和算法,可用于数据清洗、特征提取、模型训练等任务。

总结:ggplot和corrplot是R语言中常用的数据可视化包,用于绘制不同类型的图形。ggplot适用于绘制各种统计图形,而corrplot适用于展示相关矩阵。腾讯云提供了相关的产品和服务,可以满足数据处理和分析的需求。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

精心整理(含图PLUS版)|R语言生信分析,可视化

R|生存分析 - KM曲线 ,必须拥有姓名和颜值 ? R|生存分析-结果整理 :一键式输出所有变量的COX结果; R|timeROC-分析 :时间依赖的生存分析; ?...Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化 ? R-forestplot包| HR结果绘制森林图 ? maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化 ?...UpSet|多集合可视化,韦恩图?upSet! ? pheatmap|暴雨暂歇,“热图”来袭!!! ? ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 ?...deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature ! ? base + ggplot2 R|绘图边距及布局 ? R-基本绘图参数(Ⅰ) ?...绘图系列|R-corrplot相关图 ? 绘图系列|R-wordcloud2包绘制词云 ? 绘图系列|R-VennDiagram包绘制韦恩图 ? ggplot2|发散性“正负”图 ?

3.6K41
  • 科研文献绘图

    "circle",type = "lower") corrplot(M, order = "AOE", type = "upper", tl.pos = "d") 相关性图 三、曼哈顿图...在生物和统计学上,做频率统计、突变分布、GWAS 关联分析的时候,经常需要绘制manhattan 图,用来展示每条染色体上 SNP 的分布及频率变化,能够对候选位点的分布和数值一目了然。...五、和弦图 和弦图(chord Diagram),是一种显示矩阵中数据间相互关系的可视化方法,节点数据沿圆周径向排列,节点之间使用带权重(有宽度)的弧线链接。...此外,还可以通过颜色将数据分类,直观地进行比较和区分。 之前的“基因组圈图”也是一种和弦图,用来展示基因组之间相互关系。...和弦图的输入数据非常简单,主要是一种关联,最简单的分为三列。source 字段、target字段、和 value 字段,也就是从哪里到哪里,然后就是数值。

    1K10

    数据可视化的最佳解决方案:ggplot2

    本篇从R的角度介绍如何使用ggplot2包,首先给几个我觉得最值得推荐的理由: 采用“图层”叠加的设计方式,一方面可以增加不同的图之间的联系,另一方面也有利于学习和理解该package,photoshop...坐标系统 除了前面箱线图使用的coord_flip()方法实现了坐标轴转置,ggplot还提供了很多和坐标系统相关的功能。...瓦片图、 热力图 机器学习中探索性分析我们可以通过corrplot直接绘制所有变量的相关系数图,用于判断总体的相关系数情况。...library(corrplot) #计算数据集的相关系数矩阵并可视化 mycor = cor(mtcars) corrplot(mycor, tl.col = "black") ?...ggplot提供了更加个性化的瓦片图绘制: library(RColorBrewer) # 生成相关系数矩阵 corr <- round(cor(mtcars), 2) df <- reshape2::

    2.7K30

    12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化

    可以让我们快速画出不同主题、背景和配色方案的图片。...旋转你的树状图、删除网格背景、倒转scale,画三角线段,创建diana和Agnes聚类图,等等。结合dendextend和ape包来完全控制你的树状图。 ?...包的启发,但它的构建是为了与ggplot2一起使用,这就意味着有很多东西可以让我们控制矩阵的外观,从改变颜色、形状或大小(如下面的圆形矩阵),到添加系数标签,根据层次聚类重新排列矩阵等等,具体见 ggcorplot...11 GGally 作者:Barret Schloerke 网址:http://ggobi.github.io/ggally/ 简介:GGally汇集了几个有用的可视化功能来扩展ggplot2,包括配对图矩阵...,散点图矩阵,平行坐标图,生存图,以及绘制网络的几个函数。

    1.5K11

    相关性热图、圈图、弦图(笔记)

    下面是一年前的马拉松课程学员的分享 生信技能树优秀学员笔记,代码主要来自生信技能树的直播课程,加上自己的理解和发挥。...数据准备: 如下所示,可以看到有多个样品,每个样品都有多个基因表达量,这个时候我们比较关心的是这些基因的表达量相关性(在多个样品),基因与基因之间有两两组合相关性: M: 很容易计算基因之间的相关性矩阵...") load(file = 'step2output.Rdata') library(dplyr) library(ggplot2) library(pheatmap) library(corrplot...(谁在列的位置就计算谁的相关性) #画基因之间的相关性,cor函数后面的矩阵exp[g,]要以基因为列名(转置一下) #画样本之间的相关性,cor函数后面的矩阵exp[g,]要以样本为列名(不要转置)...不能赋值,和其他R包拼图就比较费劲 library(cowplot) #比patchwork包更强的拼图包 cor_plot 的recordPlot函数可以把这个相关性图抠下来强行赋值

    2.5K11

    相关矩阵可视化-神颜R包!

    导语 GUIDE ╲ ggcorr是一个可视化函数,可以用于将矩阵绘制为ggplot2图片 背景介绍 在进行生物信息学分析的过程中,经常需要通过计算得到一些连续变量的相关性矩阵,这种相关系数可以通过...最近小编在阅读文献的时候发现了一些漂亮的相关性图,在这里分享给大家。同时我们也一起学习一下如何才能绘制出像高分文章中一样漂亮的相关性图!...今天小编就将给大家分享一个精美的R语言绘制相关系数矩阵的软件包:ggcorr。ggcorr函数主要用于绘制相关矩阵图,它的主要依赖包是ggplot2。...它使用ggplot2包中的“grammar of graphics”来实现可视化,其结果在图形上接近corrplot函数的结果。...,##一个包含两个字符串的向量 cor_matrix = NULL,##用于计算的命名相关矩阵 nbreaks = NULL,##相关系数的中断数,将产生分类色阶 digits = 2,##

    1.5K30

    ggcor |相关系数矩阵可视化

    Kassambara的ggcorrplot基于ggplot2重写了corrplot,实现了corrplot中绝大多数的功能,但仅支持“square”和“circle”的绘图标记,样式有些单调,不过整个ggcorrplot...ggcor()本质上是调用了ggplot()来初始化,然后根据相关系数图的样式添加了一些辅助的图层。 x、y、mapping、is.cor、show.diag和...参数均和数据预处理和映射相关。...非对称相关系数矩阵 非对称相关系数矩阵和非对称矩阵是有细微的区别的,前者表示行列代表不同的变量集合,相互之间的顺序可以打乱。...mantel 检验组合图 mantel 检验(Mantel test 是对两个矩阵相关关系的检验)的组合图已经十分流行了,用各种工具做的都有。...group相关的参数是为了处理需要根据样本进行分组的情况,比如我A、B、C三个不同的样本分组,物种、环境和控制环境(均必须为数据框)同样如此,可以通过向量索引(和样本量等长)来指定分组。

    7.9K65

    GEO数据库挖掘

    生信技能树学习之geo数据库挖掘图片1、图表介绍1.1 热图:输入数据是数值型矩阵/数据框,颜色的变化表示数值的大小。有相关性热图和差异基因热图。...提取表达矩阵expexp 矩阵是否正常,如果是空的就会报错,空的和有负值的、有异常值的矩阵需要处理原始数据。...已经是一个基因为行名的表达矩阵,直接差异分析,不再需要inner_join 3.2.4 差异分析只需要表达矩阵和分组信息在这个部分才进行id转换,不过也可以提到热图之前,不过在求差异基因后,再进行ID转换...需要加载ggplot2包Q2:如何画基因的相关性图? A2:需要加载corrplot包,然后筛选自己想要的基因和它在各组的表达量,M = cor(t(exp[g,])),具体看代码Q3:如何拼图?.../pin.pdf",width = 15,height = 15)3.3.3 感兴趣基因的相关性----library(corrplot)g = deg$symbol[1:10] # 换成自己感兴趣的基因

    74321

    12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化

    可以让我们快速画出不同主题、背景和配色方案的图片。...旋转你的树状图、删除网格背景、倒转scale,画三角线段,创建diana和Agnes聚类图,等等。结合dendextend和ape包来完全控制你的树状图。 ?...包的启发,但它的构建是为了与ggplot2一起使用,这就意味着有很多东西可以让我们控制矩阵的外观,从改变颜色、形状或大小(如下面的圆形矩阵),到添加系数标签,根据层次聚类重新排列矩阵等等,具体见 ggcorplot...,散点图矩阵,平行坐标图,生存图,以及绘制网络的几个函数。...- 基础概念和矩阵操作 R语言 - 热图简化 R语言 - 热图美化 R语言 - 线图绘制 R语言 - 线图一步法 R语言 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图) R语言 - 箱线图一步法 R语言 -

    2.9K21

    R语言 相关系数混合可视化矩阵实现

    “ 相关系数可视化图让我们清晰了解变量之间的相关性,corrplot作为一个相关系数的多样式展示包,对我们的科研学习帮助巨大” 01 — 效果图 ? ? ? ?...02 — 上代码 相关矩阵可视化包:corrplot ### 声 明:本内容为作者借助R3.6.3和Rstudio及相关包制作而成,仅供学习交流,咨询交流加wx:huyanggs 或Email:huyanggs...# 不同method的相关性系数图表 corrplot(res,method="pie",tl.col="black",tl.srt=45, title = "method=pie的饼图", cex.main...2.混合相关性系数可视化 (上下三角矩阵) corrplot(res, type = "upper", order = "hclust", tl.col = "black", tl.srt = 45,...title = "type = upper的数字+饼图", mar = c(2,2,3,2)) #上三角 corrplot.mixed(res, title = "图形和数值混合矩阵

    1.1K20

    基于R语言股票市场收益的统计可视化分析|附代码数据

    ,绘制多只股票的股价图接下来,我们将绘制多只股票的价格图表multpl_stocks %>%  ggplot(aes(x = date, y = adjusted,这不是我们预期的结果。...= "Set1",   # 我们会给他们不同的颜色,而不是黑色在FAANG股票中,苹果的波动最小,而Facebook和Netflix的波动最大。...Netflix和Facebook也是令人难以置信的业务,但它们处于高增长阶段,任何问题(收益或用户增长下降)都可能对股票产生重大影响。...seq(-0.1,0.4,0.02),                     labels = scales::p   scale_fill_brewer(palette = "Set1",计算多只股票的协方差和相关性另一个重要的统计计算是股票的相关性和协方差...() 包来绘制相关矩阵图。

    1.8K00

    转录组表达数据分析的一些可视化

    通过前面的讲解,我们顺利的了解了GEO数据库以及如何下载其数据,得到我们想要的表达矩阵,也学会了两个常用的套路分析得到的表达矩阵,就是GSEA分析和差异分析。...也通过超几何分布检验的方法成功的理解了我们的统计学显著的差异表达基因的生物学功能。包括 GO/KEGG数据库 以及 Reactome和Msigdb数据库的理解。...首先加载一些R包 library(CLL) library(ggplot2) library(reshape2) library(gpairs) library(corrplot) 加载内置的测试数据:...img 表达矩阵的一些QC 比较传统的就是主成分分析和相关性分析咯,可视化如下; ? 样本PAC ?...img 差异分析结果的火山图: 对芯片差异分析结果进行注释基因ID,并绘制火山图,判断具有统计学显著的差异基因列表。 ?

    1.7K90

    让你用Python也可以轻松绘制矩阵热力图...

    BioKit-Python相关性矩阵热力图绘制工具 在前两篇推文中,我们介绍了使用R语言中ggcorplot相关性矩阵热力图绘制和corrplot!花样更多的出版级相关性矩阵热力图绘制。...这期推文我们介绍下Python语言中绘制相关性矩阵热力图的工具包-「BioKit」 「BioKit包介绍」 BioKit包是一套专门用于生物信息学、数据可视化 (biokit.viz)的Python拓展工具...可通过设置参数method为不同值来进行方块(square)、圆形(circle)、椭圆(ellipse)、饼图(pie)等不同样式的色块的绘制,分别或同时设置参数 upper 和 lower 为不同值来进行上...、下三角样式或上下组合类型相关性矩阵热力图的绘制。...此外,由于该库绘制的结果为 Matplotlib的axes对象,因此其画布和图的保存也可以常规 Matplotlib 文件保存方法进行。

    74810

    R包reshape2 |轻松实现长、宽数据表格转换

    12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 编程模板-R语言脚本写作:最简单的统计与绘图,包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出 R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data...使用dplyr进行数据操作30例 交集intersect、并集union、找不同setdiff R包reshape2,轻松实现长、宽数据表格转换 1数据类型(向量、数组、矩阵、 列表和数据框) 2读写数据所需的主要函数...、存储导出 9绘图需要的数据整理技术 创建属于自己的调色板 28个实用绘图包,总有几个适合你 热图绘制 R做线性回归 绘图相关系数矩阵corrplot 相关矩阵可视化ggcorrplot 绘制交互式图形...热图绘制 R做线性回归 绘图相关系数矩阵corrplot 相关矩阵可视化ggcorrplot 绘制交互式图形recharts 交互式可视化CanvasXpress 聚类分析factoextra LDA...试试好看的弦状图 获取pheatmap聚类后和标准化后的结果 一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D 赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化 是Excel的图,不!

    12K12
    领券