0.8771070722):0.7551963951):0.5753640204,A2:0.7064118343):0.2585936433); 给进化树准备一个分组文件 image.png 右侧的气泡图数据...df237b', 'group2'='#11926a'))+ xlim(0,3)-> p1 p1 image.png 然后是右侧气泡图的代码...- factor(dat02$tiplabel, levels = p1$data %>% na.omit() %>% arrange(y) %>% pull(label)) ggplot...patchwork) help(package="patchwork") p1+p2+ plot_layout(widths = c(1,4)) image.png 这里拉丁文的斜体没有通过代码设置，出图后再编辑可能比较方便
plt.ylabel('人数') plt.title("各分数段人数分布") plt.show() 参数说明：绘制直方图plt.hist(x,bins,color,alpha) x：数据集，直方图会对该数据集的大小按区间进行归类...五、scatter()函数 1.函数功能 用于绘制气泡图，二维数据借助气泡大小展示三维数据。 2....c：气泡的颜色，可以是固定颜色也可以是一个数组。 s：气泡的大小，用于记录第三维度的函数关系。 cmap：颜色映射表，可以简单理解成配色方案。...',lw=1) # 设置雷达图路径，r-表示红色实线 plt.fill(theta*np.pi,r,c='c',alpha=0.4) # 填充雷达图，课设置颜色与透明度 plt.ylim(0,100...：数据点的垂直位置 fmt：数据点的标记样式和数据点标记的连接线样式 xerr：x轴方向数据点的误差计算方法 yerr：y轴方向数据误差点的计算方法 ecolor：误差棒的颜色 mfc：数据点的标记颜色
UpSet|多集合可视化，韦恩图？upSet！ ? pheatmap|暴雨暂歇，“热图”来袭！！！ ? ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 ?...ggplot2| 绘制KEGG气泡图 ? ggplot2|绘制GO富集柱形图 ? ggplot2|从0开始绘制PCA图 ? ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？ ?...base + ggplot2 R|绘图边距及布局 ? R-基本绘图参数（Ⅰ） ? ggplot2|详解八大基本绘图要素 ? ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢” ?...ggplot2|从0开始绘制直方图 ? ggplot2|从0开始绘制折线图 ? ggplot2|从0开始绘制箱线图 ? 绘图系列|R-corrplot相关图 ?...绘图系列|R-VennDiagram包绘制韦恩图 ? ggplot2|发散性“正负”图 ? R|UpSet-集合可视化 ? ggplot2|ggpubr进行“paper”组图合并 ?
导语 气泡图（bubble chart）可用于展示三个变量之间的关系。 背景介绍 气泡图在我们做功能富集的时候最常用到，下面是一个很常见实例。...今天小编给大家介绍一个不同的气泡图画法--mini bubble plots，在比较离散数据时，迷你气泡图允许通过颜色、形状或标签显示比传统气泡图更多的信息。...使用R包ggBubbles可以方便地绘制这种气泡图。...R包安装 require(ggplot2) require(ggBubbles) require(dplyr) require(tibble) 结果解析 01 两种气泡图比较 在这里，我们展示了在某些具有离散数据的用例中...实例数据： data(MusicianInterestsSmall) head(MusicianInterestsSmall) 传统气泡图 传统的气泡图能够按大小描绘能够演奏爵士乐或古典音乐的吉他手或钢琴手的数量
主要内容： 准备数据 基本点图 在点图上添加摘要统计信息 添加平均值和中位数 带有盒子图和小提琴图的点图 添加平均值和标准差 按组更改点图颜色 更改图例位置 更改图例中项目的顺序 具有多个组的点图...然后修改点的大小，然后翻转X，Y轴 library(ggplot2) # Basic dot plot p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_dotplot...第六步：添加平均值和标准差，使用函数mean_sdl。 mean_sdl计算平均值加上或减去常数乘以标准差。在下面的R代码中，使用参数mult（mult = 1）指定常量。...平均值+/- SD可以添加为交叉开关或点范围： p <- ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir...第七步：按组更改点图颜色，在下面的R代码中，点图的填充颜色由剂量水平自动控制： # Use single fill color ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len
值下残差平方的平均值变化： library(manipulate) myHist <- function(mu){ mse <- mean((galton$child - mu)^2) #对残差平方取均值而不是求和...图2.不同?值下残差平方的平均值变化 可以看到?值变大向分布中心靠近时，残差平方的均值变小；?值从分布中心继续变大时，残差平方的均值重新变大。当?...图5.父母身高与孩子身高关系的气泡图 气泡大小及颜色深浅表示在特定父母身高与相应孩子身高的配对组合的数量。...图7.添加回归线 ---- 基本概念 1. 经验均值 定义经验均值为 样本数据点减去平均值会得到均值为0的数据，定义 ，则 的均值为0。这个过程称为"居中"随机变量。...，根据公式计算的斜率和截距与lm()函数拟合回归线得到的结果一样。
今天公众号的一位读者留言说要做气泡图。他的数据如下 ? image.png ID是X，log2FC用作y，class是分类变量用来填充颜色 范围是A到I。P值用来映射点的大小。...，我目前想到的办法是按0.05为界给P值分组，然后用不同形状的点来映射。...image.png 用pvalue映射大小 ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC, color=Class,size=pvalue))+ geom_point...image.png 更改点的大小 ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC, color=Class,size=pvalue))+ geom_point()...image.png 气泡图将透明度设置低一点可能会好看一点 ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC, color=Class,size=pvalue))+
图2 步骤2：计算并排序影响因素 首先，生成所有影响因素列表，如下图3所示。 ? 图3 在上图3中，需要计算两种平均值： 1.“=条件“的每列的平均值 2....现在有了两个平均值，再来计算它们的影响： 影响 = 满足条件的平均值/不满足条件的平均值–1 影响的顺序 = 所有影响中单个的影响等级 使用RANK.AVG()计算影响顺序。...图5 选择垂直轴，按Ctrl+1组合键，在”设置坐标轴格式”中选取“逆序刻度值”前的复选框，如下图6所示。 ? 图6 图表结果如下图7所示。 ?...复制这个气泡形状，选择图表中的点，按Ctrl+v键粘贴，将图表中的点换成了气泡，如下图9所示。 ? 图9 选择气泡并添加数据标签。...其他一切都按预期工作。可以将其链接到表单控件，以此获得一个动态影响因素图表，正如本文开始的图1所示。
桑基图（Sankey diagram），是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。...因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。...也可后台回复“R-桑基图”获得示例数据以及R代码。...绘制桑基图 1 宽数据示例 对临床数据进行简单的处理，得到后四个变量的频数，整理成宽数据：以下处理过程可参考数据处理|R-dplyr，数据处理|数据框重铸 #分组计算频数 LIHCData <-...axis参数设置待展示的节点信息（柱子）； geom_alluvium参数设置组间面积连接，此处按生存状态分组； 2 长数据示例 ggplot2通常处理的都是长表格模式，使用to_lodes_form
先横后纵）； "S"：绘制出阶梯图（先纵后竖）； "n"：作空图。...fill =Abs_Residuals, size = Abs_Residuals),shape=21,colour="black") + # size also mapped #使用实际的值绘制气泡图...重要参数： formula # 模型公式；类似y~x，如果按组绘制，则类似y~x|z，其中z为分组变量； data # 为模型公式中变量来源的数据集； subset # 指定筛选数据子集； x, y #...默认添加拟合回归线；如为FALSE，则不添加； # 指定lm()函数拟合回归线，默认参数为regLine=list(method=lm, lty=1, lwd=2, col=col) legend # 逻辑词，当按组绘制散点图且为...cor.coeff.args = list(method = "pearson", label.x.npc = "right", label.y.npc = "top"). cor.method # 计算相关系数的方法
生信技能树学习之geo数据库挖掘图片1、图表介绍1.1 热图：输入数据是数值型矩阵/数据框，颜色的变化表示数值的大小。有相关性热图和差异基因热图。...箱线图可以表示单个基因在两组之间的表达量差异。同一个分组，必须是同一个关键词。1.3 火山图：Foldchange(FC):处理组表达量的平均值/对照组表达量的平均值。...logFC）:Foldchange取log2； 芯片差异分析，拿到的表达矩阵是已经取过log的，如果没有取，需要先取log2； 取完log2的相除，得到的结果就是 处理组表达量平均值减去对照组平均值...，但是我们需要按行xy = t(scale(t(x)))# 3.标准化前后，某gene的表达量点图比较，大小趋势不变。...10, showCategory = 5) + facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y",scales = "free_y") #气泡图
气泡图 气泡图是一种多变量图表，是散点图的变体，也可以认为是散点图和百分比区域图的组合[1]。气泡图最基本的用法是使用三个值来确定每个数据序列，和散点图一样。...气泡图通过气泡的位置及面积大小，可分析数据之间的相关性。 本文可以看作是《R语言数据可视化之美》[1]的学习笔记。...手把手绘制 geom_point()函数构建 气泡图是添加了第三维度的散点图：附加数值变量的值通过点的大小表示。(来源:data-to-viz[2])。...使用ggplot2，可以通过geom_point()函数构建气泡图。aes()设定至少三个变量:x、y和size。其实就是散点图绘制的升级版吧，aes()中多了一个参数。...每个国家的人口用圆的大小表示。但是这个图不是非常美观，而且圆的大小并不是很直观，大家都差不多大。接下来对圆的大小进行设定。
今天，小编教大家用R语言绘制常用的多维数据展示图——气泡矩阵图。 首先，我们需要准备输入文件。 ?...如上图所示，准备四列数据，分别为X轴、Y轴、数值（控制气泡大小）和分类（控制气泡颜色，可为字符或数字），以"Tab"为分隔符。...="\t") ## 绘制气泡图 p <- ggplot(data, aes(x = X, y = Y, size = Value, color=Type)) + geom_point() ## 显示气泡图...执行完命令后，气泡图就画好啦~气泡颜色反映我们输入数据的不同类型，气泡大小反映我们输入数值的高低。...简单几步，气泡矩阵图就画好啦~大家赶快试试吧！ 具体细节大家可以搜索ggplot2的相关参数，根据自己的需求调整或者将图片导出为PDF格式，通过Adobe illustrator调整。
做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。...今天的推文介绍一下相关的R语言ggplot2作图代码 clusterProfiler能出的图有柱形图、气泡图、网络图、热图等 今天的推文只介绍柱形图和气泡图，网络图和热图相对比较复杂。...以下是ggplot2的作图代码 读取数据 dat<-read.table("kegg.txt", sep = "\t", header=...library(ggplot2) ggplot(dat01,aes(x=Input.number/500,y=Term))+ geom_col(aes(fill=Corrected.P.Value)...) 根据generatio的大小排序 ggplot(dat01,aes(x=Input.number/500, y=reorder(Term,Input.number
这个包安装之后，可以提供给ggplot新的图层函数，并制作出气泡状饼图，饼图可以分类填色，饼图大小可以映射数值变量，特别是将这种图表形式引入地图之中，那么最终呈现的地图上的气泡饼图非常炫酷。...header=T,encoding='UTF-8',stringsAsFactors = FALSE) 这里我使用2015年全球主要发达国家（15）的GDP、三大产业产比数据来演示此案例，GDP代表气泡图大小...、三大产业占比用每一个气泡图的饼图份额占比来表示。...计算全球各国行政区划中心点： midpos <- function(x) mean(range(x,na.rm=TRUE)) centres <- ddply(world_map_data,....因为GDP数据量级太大，我将其折算成5~10之间的标准数，用于映射气泡半径。
同样的，这个过程容易受样本构成的影响； AddModuleScore：Seurat包中的AddModuleScore函数，需要先计算基因集中所有基因的平均值，再根据平均值把表达矩阵切割成若干份，然后从切割后的每一份中随机抽取对照基因...其中，热图、upset图、密度热图主要由ComplexHeatmap包生成；气泡图和柱状图主要由ggplot2包、ggtree包、aplot包生成；密度散点图主要由Seurat包和Nebulosa包生成...②.气泡图 气泡图展示了综合评价中具体基因集在每个细胞亚群是否具有统计学意义差异；其中，浅蓝色的点无统计学差异，红色的点具有统计学差异。...，找出在大部分方法中都具有差异的基因； 3.寻找合适的可视化方法（例如热图、散点图、气泡图等）可视化展示综合评估的结果； 再举个例子，你可以做一个计算TCGA中不同分子亚型免疫浸润差异的R包： 1.收集多种免疫浸润的计算方法...，找出在大部分方法中都具有差异的基因； 3.寻找合适的可视化方法（例如热图、散点图、气泡图等）可视化展示综合评估的结果； 再再再举个例子，收集多种单细胞转录因子调控网络的计算方法（例如SCENIC，DoRothEA
柱子有点多，也可以利用mean±SD的形式展现 首先计算平均值和标准差，使用group_by按gene分组，对每组做summarize # 获取平均值和标准差 data_m_sd_mean <- data_m...指定下分组信息，位置计算就正确了 # position="fill" 展示的是堆积柱状图各部分的相对比例 # position="stack" 展示的是堆积柱状图的原始值 p <- ggplot(data_m...在柱子中标记百分比值 首先计算百分比，同样是group_by (按照给定的变量分组，然后按组操作)和mutate两个函数(在当前数据表增加新变量) # group_by: 按照给定的变量分组，然后按组操作...# mutate: 在当前数据表增加新变量 # 第一步增加每个组的加和，第二步计算比例 data_m % group_by(variable) %>% mutate(count..., 文本显示位置还是跟之前一致) # group_by: 按照给定的变量分组，然后按组操作 # mutate: 在当前数据表增加新变量 # 第一步增加每个组 (Group和Condition共同定义分组
什么是气泡图 气泡图（Bubble Plot）就是由一个个像气泡元素组成的图。...和普通的散点图不同，该图可以展示三维甚至四维信息，如下图：点的位置即其横纵坐标分别代表了Weight和Height，气泡的大小代表了Age，颜色代表了不同个体。 ? 再举几个例子： ? ?...左下图我们用颜色代表p-value，用大小代表GeneCount，横坐标代表GeneRatio，纵坐标代表具体的类别。 从上述例子中可以发现用气泡图我们能展示更多的数据信息。...随着多组学研究的涌现，我们急需在同一张图表来展现多维的数据，气泡图就是一个不错的选择。 怎么做气泡图 1）需要什么格式的数据 根据最终想要在气泡图上展示数据的维度以确定数据的格式。...circ数据 由于本次将使用两个包，一个是GOplot专门用于转录组数据的下游展示，还有一个是我们常用的画图包ggplot2。
本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。...一 载入数据集和R包 library(ggplot2) pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE) head(pathway...二 绘制KEGG气泡图 2.1初始化数据并绘制散点图 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) + geom_point() ?...可在以下几个方面进行优化： A：标题，横纵坐标轴； B：按照通路上基因的多少定义点的大小； C：根据P值定义点的颜色； 2.2 修改点的大小 #按照Gene个数定义点的大小 ggplot(pathway...四 参考资料 ggplot2：数据分析与图形艺术 好了，更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。
上次小编教大家用R语言绘制气泡矩阵图后，好多朋友都在后台留言问小编怎么给气泡矩阵图上色，今天小编就教大家怎么给气泡矩阵图上个色 ！ 不管我们做什么组学分析，分析到最后总是躲不过富集分析。...使用Y叔的" clusterProfiler "进行完富集分析后，可以直接使用 dotplot 绘制气泡图，而且配色还十分的好看。 ?...但有时候我们的富集分析结果是用其他工具做出来的，或者想要更改气泡图显示的内容时，又该怎么样做出和Y叔一样的气泡图呢？ 如，我想展示结果中A-D四个GO term的富集倍数、q值和count数。...\t") ## 绘制气泡图 p <- ggplot(data, aes(x = Enrichment, y = Description, size = Count, color=qvalue)) + geom_point...这样我们就完成气泡图的上色过程啦！ 如果想要更改其他颜色，可以在scale_color_gradient 函数中修改。 参考资料： ggplot2|详解八大基本绘图要素
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