好不容易算好的每个样本中检测到的微生物的百分比含量
发现前面两行一个是没有分类的类型,另外一个是无法比对到微生物物种上的。这两行需要删掉,这样每个样本中微生物的占比就需要重新计算了。...删除之前,每个样本中微生物的占比为
下面我们用两种方法来实现
一、使用apply函数
#读入数据
a <- read.table(file="sample_bacteria_percentage.txt...",sep="\t",header=T,row.names=1)
#删除前两行
b=a[-(1:2),]
#利用apply函数对列做处理,除以每列之和
result <- apply(b,2,function....txt",sep="\t",quote=F)
二、使用前面讲到过的☞R中的sweep函数
#读入数据
a=read.table("sample_bacteria_percentage.txt",header...=T,sep="\t",row.names=1)
#删除前两行
b=a[-(1:2),]
#每个元素除以每列之和
result=sweep(b,2,colSums(b),"/")*100
#检查每列之和是不是