首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

R-重复测量分析- LME和Tukey post hoc测试的不同结果

R-重复测量分析是一种统计分析方法,用于比较同一组被试在不同时间点或条件下的表现差异。它可以帮助研究人员确定不同时间点或条件对被试表现的影响程度,并进行统计显著性检验。

LME(线性混合效应模型)和Tukey post hoc测试是R语言中常用的两种分析重复测量数据的方法,它们在分析结果和应用场景上有一些不同。

LME是一种广义线性模型,它可以处理多层次结构和不完全数据。LME模型可以同时考虑固定效应(如时间点或条件)和随机效应(如被试间的差异),并且可以通过设定不同的协方差结构来适应不同的数据特点。LME模型的结果可以得到每个因素水平之间的比较,以及每个时间点或条件对被试表现的影响程度。

Tukey post hoc测试是一种多重比较方法,用于在重复测量分析中进行事后比较。它可以帮助确定哪些时间点或条件之间存在显著差异。Tukey post hoc测试通过计算每个因素水平之间的差异和置信区间来进行比较,并根据差异的大小和置信区间的重叠程度来确定显著性。

总结起来,LME和Tukey post hoc测试在分析重复测量数据时有不同的结果和应用场景。LME模型可以提供更全面的结果,包括每个因素水平之间的比较和影响程度的估计,适用于处理多层次结构和不完全数据。而Tukey post hoc测试则更侧重于事后比较,用于确定显著差异的时间点或条件。

腾讯云相关产品和产品介绍链接地址:

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)交互可视化3案例|附代码数据

混合效应线性模型在R命令lme4lmerTest包中实现。另一个选择是使用nmle包中lme方法。lme4中用于计算近似自由度方法比nmle包中方法更准确一些,特别是在样本量不大时候。...解释上一步中获得重复测量结果。如果你得到重复性小于1.0,那么个体内测量结果之间变化来源是什么。仅是测量误差吗? 产生一个残差与拟合值图。注意到有什么问题?似乎有一个轻微正向趋势。...生成基于模型每个波长平均敏感度估计。 各个波长之间差异是否显著?生成lmer对象方差分析表。这里测试是什么效应,随机效应还是固定效应?解释方差分析结果。...来估计所有固定效应组合模型拟合平均值。 生成固定效应方差分析表。哪些项在统计学上是显著? 默认情况下,lmerTest将使用Type 3平方测试模型项,而不是按顺序(Type 1)。...用类型1来重复方差分析表。结果有什么不同吗?** *实验采用了分块设计,即整个块被随机分配到不同实验,然后将第二种实验(持续时间)不同水平分配到块一半。 *应该没有差别,因为设计是完全平衡

98730

R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)交互可视化3案例|附代码数据

混合效应线性模型在R命令lme4lmerTest包中实现。另一个选择是使用nmle包中lme方法。lme4中用于计算近似自由度方法比nmle包中方法更准确一些,特别是在样本量不大时候。...解释上一步中获得重复测量结果。如果你得到重复性小于1.0,那么个体内测量结果之间变化来源是什么。仅是测量误差吗? 产生一个残差与拟合值图。注意到有什么问题?似乎有一个轻微正向趋势。...生成基于模型每个波长平均敏感度估计。 各个波长之间差异是否显著?生成lmer对象方差分析表。这里测试是什么效应,随机效应还是固定效应?解释方差分析结果。...来估计所有固定效应组合模型拟合平均值。 生成固定效应方差分析表。哪些项在统计学上是显著? 默认情况下,lmerTest将使用Type 3平方测试模型项,而不是按顺序(Type 1)。...用类型1来重复方差分析表。结果有什么不同吗?** *实验采用了分块设计,即整个块被随机分配到不同实验,然后将第二种实验(持续时间)不同水平分配到块一半。 *应该没有差别,因为设计是完全平衡

1.4K00

【温习统计学】均数间多重比较方法选择

1、 如两个均数比较是独立,或者虽有多个样本均数,但事先已计划好要做某几对均数比较,则不管方差分析结果如何,均应进行比较,一般采用LSD法或Bonferroni法; 2、 如果事先未计划进行多重比较...,在方差分析得到有统计意义F检验值后,可以利用多重比较进行探索性分析,此时比较方法选择要根据研究目的样本性质。...比如,需要进行多个实验组一个对照组比较时,可采用Dunnett法;如需要进行任意两组之间比较而各组样本容量又相同时,可采用Tukey法;若各组样本容量不相同时,可采用Scheffe法;若事先未计划进行多重比较...,且方差分析结果未有显著差别,则不应进行多重比较; 3、 有时候研究者事先有对特定几组均值比较考虑,这时可以不用Post hoc进行几乎所有均值组合两两比较,而是通过Contrasts中相应设置来实现...α; 11、Tukey法:这种方法要求各组样本容量相同,它也是利用Studentized Range分布进行各组均数间比较,与S-N-K法不同,它是控制所有比较中最大一类错误(即甲类错误)概率不超过

2.5K20

如何用潜类别混合效应模型(Latent Class Mixed Model ,LCMM)分析老年痴呆年龄数据|附代码数据

简易智能量表评分结果简易智能量表评分通常被视为结果。简易智能量表评分是一种非常常见神经心理学测试,用于测量老年人整体认知功能。它具有非常不对称分布,因此通常将其归一化以应用于高斯变量方法。...预归一化函数完成: hist( MMSE )hist( norm )要建模单个重复测量是:color <-IDxyplot考虑模型我们考虑以下潜在类线性混合模型,其中 g 表示类别,i表示主题,j...表示重复测量:其中_:_  固定效应部分 是  混合   ; 在 随机效应部分 是 ,因变量:归一化 简易智能量表评分由于 简易智能量表评分分布非常倾斜,我们使用标准化版本normMMSE <- ...grid(lme iter=30,)推荐使用此方法,因为它可以在重复次数足够大且迭代次数相当大时更好地探索参数空间。...点击标题查阅往期内容R语言贝叶斯广义线性混合(多层次/水平/嵌套)模型GLMM、逻辑回归分析教育留级影响因素数据R语言估计多元标记潜过程混合效应模型(lcmm)分析心理测试认知过程R语言因子实验设计

85100

R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)交互可视化3案例

混合效应线性模型在R命令lme4lmerTest包中实现。另一个选择是使用nmle包中lme方法。lme4中用于计算近似自由度方法比nmle包中方法更准确一些,特别是在样本量不大时候。...解释上一步中获得重复测量结果。如果你得到重复性小于1.0,那么个体内测量结果之间变化来源是什么。仅是测量误差吗? 产生一个残差与拟合值图。注意到有什么问题?似乎有一个轻微正向趋势。...生成基于模型每个波长平均敏感度估计。 各个波长之间差异是否显著?生成lmer对象方差分析表。这里测试是什么效应,随机效应还是固定效应?解释方差分析结果。...来估计所有固定效应组合模型拟合平均值。 生成固定效应方差分析表。哪些项在统计学上是显著? 默认情况下,lmerTest将使用Type 3平方测试模型项,而不是按顺序(Type 1)。...用类型1来重复方差分析表。结果有什么不同吗?** *实验采用了分块设计,即整个块被随机分配到不同实验,然后将第二种实验(持续时间)不同水平分配到块一半。 *应该没有差别,因为设计是完全平衡

8.3K61

如何用潜类别混合效应模型(Latent Class Mixed Model ,LCMM)分析老年痴呆年龄数据|附代码数据

用于可视化数据(仅限表头): head(data) 在不同时间收集不同标记。在数据集中,时间尺度是年龄。 获取数据快速摘要: summary(data) 一些变量有缺失值。...简易智能量表评分结果 简易智能量表评分通常被视为结果。简易智能量表评分是一种非常常见神经心理学测试,用于测量老年人整体认知功能。它具有非常不对称分布,因此通常将其归一化以应用于高斯变量方法。...预归一化函数完成:  hist( MMSE ) hist( norm ) 要建模单个重复测量是: color <-ID xyplot 考虑模型 我们考虑以下潜在类线性混合模型,其中 g 表示类别...,i表示主题,j 表示重复测量: 其中_:_    固定效应部分 是   混合     ; 在 随机效应部分 是  , 因变量:归一化 简易智能量表评分 由于 简易智能量表评分分布非常倾斜...grid(lme iter=30,) 推荐使用此方法,因为它可以在重复次数足够大且迭代次数相当大时更好地探索参数空间。

47420

生态学模拟对广义线性混合模型GLMM进行功率(功效、效能、效力)分析power analysis环境监测数据

图1 r 旨在与任何可以与 lme 4 中 lmer 或 glmer 配合线性混合模型 (LMM) 或 GLMM 一起使用。这允许具有不同固定随机效应规范各种模型。...还支持在 r 中使用 lm glm 线性模型广义线性模型,以允许没有随机效应模型。 r 中功效分析从适合 lme 4 模型开始。...在此设置中,已知存在测试效果,因此每个阳性测试都是真正阳性,每个阴性测试都是 II 类错误。可以根据步骤 3 成功失败次数计算测试功效。 教程 本教程使用包含数据集。...但是,我们也可以更改随机效应参数或残差方差(适用于合适模型)。 运行功效分析 一旦指定了模型效应大小,在 r 中进行功效分析就非常容易了。由于这些计算基于蒙特卡罗模拟,因此您结果可能略有不同。...例如,如果 _x _是研究年份,我们可能不愿意等待更长时间结果。在这种情况下,增加研究地点数量或每个地点测量数量可能是更好选择。

68940

R语言广义线性混合模型GLMMs在生态学中应用可视化2实例合集|附数据代码

通过比较正确数据错误数据模型结果,可以更好地理解模型假设重要性。 这段代码主要是进行模型选择,它使用了RIKZ数据集,并对随机效应进行了测试。...:使用lmelmer函数拟合不同固定效应混合效应模型,并比较这些模型。...请注意,我们特意使用了一个非常简单模型来使本文易于理解。例如,适当分析会包含更多组,并会考虑过度分散等问题。 简单功率分析 假设我们想重复这项研究。...但是,我们也可以更改随机效应参数或残差方差(适用于合适模型)。 运行功效分析 一旦指定了模型效应大小,在 r 中进行功效分析就非常容易了。由于这些计算基于蒙特卡罗模拟,因此您结果可能略有不同。...例如,如果 _x _是研究年份,我们可能不愿意等待更长时间结果。在这种情况下,增加研究地点数量或每个地点测量数量可能是更好选择。

26210

如何用潜类别混合效应模型(Latent Class Mixed Model ,LCMM)分析老年痴呆年龄数据

用于可视化数据(仅限表头): head(data) 在不同时间收集不同标记。在数据集中,时间尺度是年龄。 获取数据快速摘要: summary(data) 一些变量有缺失值。...简易智能量表评分结果 简易智能量表评分通常被视为结果。简易智能量表评分是一种非常常见神经心理学测试,用于测量老年人整体认知功能。它具有非常不对称分布,因此通常将其归一化以应用于高斯变量方法。...预归一化函数完成: hist( MMSE ) hist( norm ) 要建模单个重复测量是: color <-ID xyplot 考虑模型 我们考虑以下潜在类线性混合模型,其中 g 表示类别...,i表示主题,j 表示重复测量: 其中_:_ 固定效应部分 是 混合 ; 在 随机效应部分 是 , 因变量:归一化 简易智能量表评分 由于 简易智能量表评分分布非常倾斜...grid(lme iter=30,) 推荐使用此方法,因为它可以在重复次数足够大且迭代次数相当大时更好地探索参数空间。

2.6K10

r语言 固定效应模型_r语言coef函数

例如我们对一些人群进行重复测量,此时存在两种随机因素会影响模型,一种是对某个人重复测试而形成随机噪声,另一种是因为人和人不同而形成随机效应(random effect)。...如果将一个人测量数据看作一个组,随机因素就包括了组内随机因素(noise)组间随机因素(random effect)。这种嵌套随机因素结构违反了普通线性回归假设条件。...4、lme4包 lme4包语法也相似,随机效应有着nlme相同语法,不同lme4包它结果给出了随机效应标准差,而不是方差。...这一预报值是控制地区变异后结果不同于模型中条件平均预报值。...3、案例二:分析不同手术方案病人前蛋白含量在手术前后变化情况(论文《混合线性模型应用》案例解读) 协方差结构选择:在分析协变量效应前,先要选择一个合适方差协方差矩阵。

5.4K30

R语言︱线性混合模型理论与案例探究(固定效应&随机效应)

例如我们对一些人群进行重复测量,此时存在两种随机因素会影响模型,一种是对某个人重复测试而形成随机噪声,另一种是因为人和人不同而形成随机效应(random effect)。...如果将一个人测量数据看作一个组,随机因素就包括了组内随机因素(noise)组间随机因素(random effect)。这种嵌套随机因素结构违反了普通线性回归假设条件。...4、lme4包 lme4包语法也相似,随机效应有着nlme相同语法,不同lme4包它结果给出了随机效应标准差,而不是方差。...这一预报值是控制地区变异后结果不同于模型中条件平均预报值。...3、案例二:分析不同手术方案病人前蛋白含量在手术前后变化情况(论文《混合线性模型应用》案例解读) 协方差结构选择:在分析协变量效应前,先要选择一个合适方差协方差矩阵。

18.1K76

R语言实现混合模型

例如我们对一些人群进行重复测量,此时存在两种随机因素会影响模型,一种是对某个人重复测试而形成随机噪声,另一种是因为人和人不同而形成随机效应(random effect)。...如果将一个人测量数据看作一个组,随机因素就包括了组内随机因素(noise)组间随机因素(random effect)。这种嵌套随机因素结构违反了普通线性回归假设条件。...2、lme4包 lme4包是由Douglas Bates开发,他也是nlme包作者之一,相对于nlme包而言,它运行速度快一点,对于睡觉效应·随机效应结构也可以更复杂一点,但是它缺点也nlme...二、多水平模型案例分析 案例一: 1、首先导入数据,查看一下数据结构 数据来源:一个传统裂区数据来说明不同软件包用法,这个数据oats是在MASS包中,是研究大麦品种N肥处理裂区试验,其中品种为主区...包 lme4包语法也相似,随机效应有着nlme相同语法,不同lme4包它结果给出了随机效应标准差,而不是方差。

4.3K70

R语言、SAS潜类别(分类)轨迹模型LCTM分析体重指数 (BMI)数据可视化|附代码数据

然而,对于给定数据集,可以根据类数量、模型结构轨迹属性得出不同模型分数本文说明了LCTM基本用法,用于汇总拟合潜在类轨迹模型对象输出。...我们使用体重指数 (BMI) 重复测量 10,000 个样本长格式数据框。提供了一个示例(模拟)数据集 bmi 来描述整个步骤。...包含变量有:id - 个人 ID年龄 - BMI 测量年龄,以年为单位bmi - 个人在 T1、T2、T3 T4 时间体重指数,以 kg/m^2 为单位 true_class - 用于识别模拟个人...我们测试了七个模型,从简单固定效应模型(模型 A)到允许残差在类别之间变化基本方法(模型 B)到一组具有不同方差结构五个随机效应模型(模型 CG)。...model分析藻类数据实例R语言混合线性模型、多层次模型、回归模型分析学生平均成绩GPA可视化R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)交互可视化3案例R语言用lme4多层次(混合效应)广义线性模型

69500

FNIRS研究:陌生气味竟可以引发新生儿疼痛感受

记录不同婴儿HB02HHB浓度最大变化值范围(基线相比,-10s-0s),将分析时间窗定为0到30秒(这是根据前人对婴儿嗅觉及痛感研究确定)。...所有的数据在处理前均需要做正态化检验,对整个时间窗中(-10-30s)数据采用重复测量单因素方差分析,以及Newman–Keuls事后检验。...糖糖对疼痛感调节 在呈现气味刺激物之前给婴儿使用口服葡萄糖,结果发现在未稀释过洗手液气味条件下所有的婴儿被试NFC得分显著低于其他气味条件(F =3.3, P = 0.01; post hoc test...在FT婴儿被试组也发现了类似的结果(F =3.8,P = 0.005; post hoc test: P < 0.001;如图7D)。...0.015;post hoc test: P < 0.001)。

1K80

nature neuroscience:妇女在妊娠、分娩产后神经可塑性

主要胎儿畸形在29名母亲和24名未分娩妇女独立样本中重复。这些数据表明,怀孕期间大脑皮质下降动态轨迹,在产后期间减弱,其速度取决于大脑网络分娩类型不同。2....虽然我们不能测试怀孕引起大脑适应是否为母亲大脑为分娩做好准备,但我们研究结果表明,分娩免疫内分泌适应极端级联也可能诱导神经可塑性。...数据采用线性混合效应(LME)模型进行分析。对于全局分析,我们使用总皮质体积、平均皮质厚度总表面积作为因变量,拟合了单独LME模型。...额外LME模型被拟合到母亲组中,以测试分娩影响(“分娩”vs“产前”)。...对于每个模型对比,我们使用跨半球FDR校正顶点P值。神经心理数据也使用LME模型进行分析,以组(母亲vs对照组)、试次(Prg vs Post组×试次交互作用作为自变量。

7010

R语言、SAS潜类别(分类)轨迹模型LCTM分析体重指数 (BMI)数据可视化|附代码数据

然而,对于给定数据集,可以根据类数量、模型结构轨迹属性得出不同模型分数本文说明了LCTM基本用法,用于汇总拟合潜在类轨迹模型对象输出。...我们使用体重指数 (BMI) 重复测量 10,000 个样本长格式数据框。提供了一个示例(模拟)数据集 bmi 来描述整个步骤。...包含变量有:id - 个人 ID年龄 - BMI 测量年龄,以年为单位bmi - 个人在 T1、T2、T3 T4 时间体重指数,以 kg/m^2 为单位 true_class - 用于识别模拟个人...我们测试了七个模型,从简单固定效应模型(模型 A)到允许残差在类别之间变化基本方法(模型 B)到一组具有不同方差结构五个随机效应模型(模型 CG)。...model分析藻类数据实例R语言混合线性模型、多层次模型、回归模型分析学生平均成绩GPA可视化R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)交互可视化3案例R语言用lme4多层次(混合效应)广义线性模型

60100

广义估计方程混合线性模型在Rpython中实现

,通常会在一段时间内对多个同一研究对象进行多次或重复测量,这类数据一般称为纵向数据。...上述两个因素导致在探索结果观测指标相关性分析时,一般线性(linear regression model)或广义线性模型(generalized regression model)以及重复测量方差分析...广义估计方程(generalized estimating equations,GEE): 假定每个研究对象重复观察值间存在某种类型作业相关矩阵(应变量各次重复测量值两两之间相关性大小),应用准似然函数原理...P*P维作业相关矩阵(自变量X),用以表示因变量各次重复测量值(自变量)之间相关性大小求参数$\beta$估计值及其协方差矩阵混合线性模型(mixed linear model,MLM):构建包含固定因子随机因子线性混合模型...)模型可以被认为是具有附加成分回归模型,这些成分可以解释个体(重复测量环境)或群体(多层次/分层环境)之间截距/或斜率参数变化。

11800

R语言:混合效应模型分析基于随机对照试验重复测量资料(结局为连续型变量)

本文约3000字,建议阅读5分钟本文介绍了利用R语言混合效应模型分析基于随机对照试验重复测量资料。...重复测量资料在临床数据中非常普遍,常用重复测量方差分析进行统计分析,但是经常面临问题有: ①临床资料又常常含有缺失值,例如采用某新药治疗疾病,分别在治疗前,治疗后1月,治疗后3月测量Y指标,但由于病人依从性等原因...推荐分析神器之一:混合效应模型。本文结合文献,分享基于R语言实现混合效应分析方法,主要采用nlme包中lme函数。...2021年发表在Neuroimage上,影响因子是5.8,作者观察了4个时间点,通过重复测量三个连续性指标,构建混合效应模型研究正常睡眠睡眠不足对大脑微观结构影响。...数据概况如下表: 数据结构:自变量X是分组变量,Y指标是4个时间点重复测量Hb浓度。 研究思路:1:Hb随t(时间)变化趋势是什么?2:组1组2相比,Hb随t变化趋势是否不同

59020

经典方差分析:手把手教你读懂、会用1

方差分析基本原理是认为不同处理组均值间差别的来源有两个: ⑴实验条件,即不同处理造成差异,称为组间差异。用变量在各组均值与总均值之偏差平方总和表示,记作SSb,组间自由度dfb。...⑵随机误差,如测量误差造成差异或个体间差异,称为组内差异,用变量在各组均值与该组内变量值之偏差平方总和表示,记作SSw,组内自由度dfw。 记总偏差平方SSt=SSb+SSw。...假如不同小组之间个体是相互独立,例如不同药物注射小鼠,则是独立测量方差分析;如不同小组之间个体相同,例如注射药物小鼠不同阶段,或者微生物物种在不同样品组分布,则是重复测量方差分析。...如果不同小组为非均衡设计(也即不同小组样本数目不同),则表达式中因子顺序会对结果有影响(也即A*B与B*A结果不同)。...具体分析方法如下: #对方差分析结果进行图基(Tukey)检验 TukeyHSD(fit) 函数直接返回了校正后p值。

2.5K20

用SPSS估计HLM多层(层次)线性模型模型|附代码数据

它仅在分析人员想要为重复测量指定协方差模式时使用 。单击继续。弹出一个新菜单,用于指定模型中变量。空模型没有自变量,因此将因变量mathach放在适当框中。空模型中截距被视为随机变化。...将(7)(8)组合成(6)产生:要在SPSS中估算(9),请转到分析→混合模型→线性。再次出现“ 指定主题”重复”菜单。以前一样,将id放在“ 主题”框中,并将“ 重复”留空。单击继续。...部分结果如下:这些结果对应于R&B中表4.4。 最终模型R&B呈现是截距斜率外部模型。...mixed model分析藻类数据实例R语言混合线性模型、多层次模型、回归模型分析学生平均成绩GPA可视化R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)交互可视化3案例R语言用lme4多层次(混合效应...(LCMM)分析抑郁症状R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究R语言建立可视化混合效应模型mixed effect modelR语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言

2.1K10
领券