视频已经非常清楚的介绍了Rmarkdown如何使用，内部构造、不同的输出类型，以及其他拓展（发布，与github相连）等。我们先对此进行简单了解即可，之后几期我会详细介绍。...R配套软件包tinytex可以帮助你在将LaTeX或R Markdown文档编译为PDF时自动安装缺少的LaTeX软件包，并确保将LaTeX文档编译正确的次数以解决所有交叉引用。...，介绍rmarkdown中渲染表格的相关函数。...设置表格的字体大小 使用font_size = 20可以将字体大小改为20。...5.设置表格的行与列 这里使用的函数是column_spec()，其中以下代码含义为：制定前两列数据，字体加粗、颜色为白色，表格填充为"#D7261E"。
默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...- lm(y ~ x) co <- summary(lmr)$coefficients print(co) knitr包的 kable() knitr包提供了一个 kable() 函数可以用来把数据框或矩阵转化成有格式的表格...，介绍rmarkdown中渲染表格的相关函数。...设置表格的字体大小 使用font_size = 20可以将字体大小改为20。...5.设置表格的行与列 这里使用的函数是column_spec()，其中以下代码含义为：制定前两列数据，字体加粗、颜色为白色，表格填充为"#D7261E"。
bookdown是一款及其方便的编写技术文档或教材的工具，语法简洁，数据处理灵活。支持Rmarkdown或普通markdown通过pandoc软件转换为HTML或PDF。...在第一个出现的Rmd文件中，可以定义Pandoc相关的YAML metadata, 比如标题、作者、日期等(去掉#及其后的内容)。...另外当目录下同时存在name1.png和name1.pdf文件时，会自动选择在HTML展示name1.png文件，在PDF输出中引入name1.pdf格式的文件。...) 外部表格的名字中必须包含tab:, 然后是表格的实际名字，格式为(\#tab:table-name); 引用时使用Table \@ref(tab:table-name)。...(内部表格) 插入表格推荐使用knitr::kable，只要提供数据矩阵，用r读取就可以了。
bookdown是著名R包作者谢益辉开发的，支持采用Rmarkdown (R代码可以运行)或普通markdown编写文档，然后编译成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。...如果系统新，可以直接使用系统自带的yum或apt-get；如果没有权限或系统比较老，Pandoc的安装可以使用conda，具体配置见Conda配置，配置好运行conda install -c conda-forge...另外当目录下同时存在name1.png和name1.pdf文件时，会自动选择在HTML展示name1.png文件，在PDF输出中引入name1.pdf格式的文件。...(外部表格) 外部表格的名字中必须包含tab:, 然后是表格的实际名字，格式为(\#tab:table-name); 引用时使用Table \@ref(tab:table-name)。...(内部表格) 插入表格推荐使用knitr::kable，只要提供数据矩阵，用r读取就可以了。
knitr的出现，使可重复性试验更简易。 code chunk knitr的核心思想是：文档内容根据不同的类型，使用不同的界定符，被拆分为不同的部分。...knitr可以把r代码嵌入到rmarkdown和latex中，然后编译成html等文档。 html和markdown html极为笨重，md相对简洁，并且可以很容易地转化为html。...r markdown 图片输出到html，使用svg比默认的png效果更好。...在matrix和df的情况下，可以使用table。...::session_info() ``` make 创造可重复流程时，通常使用GNU-MAKE编译，联合bibtex，latex，r中的内容。
如果大家还有其他什么需求，可以在留言板留言。或者有其他实用技巧也欢迎分享！ 1. 修改某些字体颜色 Markdown语法没有用于更改文本颜色的内置方法。...对于PDF，我们可以使用LaTeX命令\textcolor{}{}。这需要使用LaTeX软件包xcolor，该软件包已包含在Pandoc的默认LaTeX模板中。...当然全文字体大小等操作也是这样操作的，在geometry操作即可： ? 3. 缩进文本 默认情况下，Markdown还将忽略用于缩进的空格。...但是，在某些情况下，例如在经文和地址中，我们可能希望保留缩进。在这些情况下，我们可以通过以竖线（|）开头的线来使用线块。换行符和所有前导空格将保留在输出中。...控制图 这个我在文稿和教程中说的挺清楚了。
嵌入表格和图表 这也是rmarkdown吸引人的地方，通过R代码直接输出表格和图！这有赖于益辉大神写的knitr包。...knitr::kable()生成markdown版本的表格： knitr::kable(toys) id name price share 1 Car 15 0.3 2 Plane 25 0.1 3 Motocycle...一般的图非常简单，和平常写R代码一样，不过不在.R中写，而是在.Rmd中写，将你的代码写入如下的代码框中，使用Control+Alt+i可以直接插入一个代码框。...创建Shiny交互式应用程序 shiny由RStudio开发，不同于前面的动图，它可以在web浏览器中运行。...无论是文本，图形还是表格，计算都是在render*函数中完成，目前有下面一些： shiny_vars[grep("^render", shiny_vars)] #> [1] "renderDataTable
对我来说，这将是一个更易于搜索和整理的笔记，但也可以让其他人从中受益。 提高生产力的R包 blastula[3]是用于在R中创建漂亮的自定义电子邮件的程序包。...提升Markdown文档的软件包 ? bookdown[4]有助于使用R Markdown编写书籍和长篇文章/报告。在https://bookdown.org/上有一些书本和书本中的书籍示例。...emoGG[15] 可用于将表情符号添加到你的ggplots中。 extrafont[16]使你更容易在绘图中包含系统字体，可以从CRAN获得。...kableExtra[19]包括增强kable()表格的功能。有大量的文档可以在HTML和LaTeX中生成表。...站扫该二维码，或者b站搜索【庄闪闪】观看Rmarkdown系列的视频教程。
在bookdown的管理下：一本书的内容可以分解成多个Rmd文件， 其中可以有可执行的R代码， R代码生成的文字结果、表格、图形可以自动插入到生成的内容中， 表格和图形可以是浮动排版的。...要构建该书的所有章节和所有格式，可以使用RStudio构建窗格中的build book按钮（整个界面的右上角）。 ? 呐，这时你就已经制作出不同格式的书籍了！你可以在对应项目文件夹中找到对应文件。...该模板不支持渲染中文字体的pdf，但是支持含中文字体的html。 制作中文书籍 如果你需要制作含中文字的书籍（当然需要！）可以直接套用李东风老师为我们准备好的模板了。...模板的基本用法，包括：安装设置、文档结构、图形表格公式的自动编号、生成PDF、上传到网站等内容。...），因为构建书籍中包含了各类Rmarkdown的语法，如果你不会使用可能会很头疼。
★借助于R的knitr和rmarkdown扩展包的帮助， 可以在Markdown格式的源文件中插入R代码， 使得R代码的结果能够自动插入到最后生成的研究报告中。”...我们可以将Rmd 理解为，可以在md 文档中运行R 代码，并能将R 代码的运行结果最终输入到输出报告中的文件。 输出格式可以是HTML、docx、pdf、beamer等。...关于输出的几个选项 另外，根据R 代码的几个特征： 是否运行 是否显示代码 是否显示输出结果 是否显示输出的图像结果 是否提示warning, message 或error 比如加载相关包的代码块，我们就可以使用...“90%”， 就可以将HTML网页转换成PDF， 其中的数学公式、表格、图形都可以比较好地转换。...从PDF 转换为其他格式 可以使用adobe acrobat 软件，除了字体之外，还可以使用： 参考资料 [1]https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs
第二套框架便是使用rmarkdown+flexdashboard+可视化组间（各种图形语法以及表格、文本信息等），rmarkdown是基于通用markdwon语法深度扩展的R语言markdown实现，在保留通用标记语法的基础上扩展了相当多的应用场景...（docx、pdf、及各种tex格式），而且可以输出html网页。...可以看到这里的多列布局只要是通过Column {data-width=400}外加三个以上的短横线组成的分割线来控制的，分割线在markdown的通用语法中往往是用于分段的意思，这里则用于分割图表模块。...Tabular Data —— 表格 表格输出一般有两种情况，仅输出原生表格或者使用shiny中的renderTable函数封装动态更新的表格。...### Cars ```{r} knitr::kable(mtcars) ``` ? Data Table DT包输出的表格支持动态筛选和分页功能，交互体验很有特色。
，通常是原始数据或统计分析的结果以表格形式展示出来，它们可能被多次在不同的章节中引用; 定理是浮动的, 这里定理是指与之相关的一大类，包括常用的定理、引理、推论、命题、例子等，它们在文中也会被反复引用;...或由pandoc由md转化为html, 其中的数学公式由Mathjax完成渲染. 1.3.3 Rmarkdown向Bookdown过渡 在科技高度发达的互联系时代，读者使用的媒介基本有三类：较为专业的电脑...前者以pdf类图书为主呈现给读者，同时可以完成标注等工作；后者以文字型的电子图书为主，消磨时间为主；而平板的使用者逐渐成为电子类图书的新势力，包括pdf和epub之类的电子书。...Bookdown注重不同类型读者的媒体使用的差异，并很好地实现统一编写与差异化输出。...目前Bookdown可以生成三类图书: gitbook，可自由出版在git pages上 epub, 发表到大量的电子图书平台上 pdf, 正规的图书出版公司以电子或纸质形式出版 推荐： 可以保存以下照片
研究结果表明：有家人或朋友被诊断出COVID-19的参与者在回避行为上的得分更高。有家人或朋友被诊断出SARS或H1N1的参与者在PTSS总分上的得分更高。...文章对上述结论的结果数据分析是使用的SPSS软件，本教程将使用R语言对文章的结果进行整体复现。因为文章没有给出每个维度的规则，所以最后R计算得到的结果会与文章存在部分偏差。...教程本教程提供了四种不同的格式，HTML、PDF、word和epub，方便广大读者阅读。...每个章节是对每张表格的R复现。...包 需要使用到的R包，大家可以通过install.packages("package_names")安装或其他方式。
，两三次手动的分析后，开始尝试使用snakemake搭建分析流程，以及发现配合RMarkdown可以自动化分析数据然后生成对应的分析报告。...这里使用snakemake 来实现一个ATAC-Seq的分析流程，同时采用Rmarkdown 来生成一个简单的分析报告。...Reads 显著富集的区域（称为 Peak），这些区域在不同的实验中表 示不同的研究重点，在组蛋白/转录因子的 ChIPseq 和 CUT&Tag 实验中为组蛋白的修饰位点/转录因子结合位点，ATACseq...MACS2 在 Call Peak 时，可以选择使用 narrow 或 broad 参数进行分析，这两个参 数寻找 Peak 的方法略有不同，找到的 Peak 的峰形也不同，narrow 峰形较窄，broad...```{r, echo=FALSE, message=F} ### 显示peak注释表格 knitr::kable(new_peak_anno_df[1:10, -c(5, 6,10,11,12,13)
1. stargazer 简介 stargazer 包中只有 stargazer()函数，其主要优势在于支持的模型数量多、易于使用以及表格的清楚美观。...2.2 本文说明 由于 stargazer() 的参数 type 中可以指定输出 LATEX 代码、HTML 代码或 ASCII 文本，可将 R 中的输出结果粘贴到对应的编辑器上得到表格（例如 LATEX...本文使用 R 中自带的数据集 mtcars 来简要说明 stargazer() 函数的用法。 3. 使用方法 数据集 mtcars 中有 mpg 、 cyl 等 11 个变量， 32 个观察值。...汇总统计表 3.2 多个模型并排 例 2 构建两个线性模型和一个 probit 模型并并排显示在表格中，如 Fig 3 所示。...结合 rmarkdown 由于 rmarkdown 兼容 LATEX 格式，还可以直接输出 HTML、pdf 等格式的文档，因此 stargazer() 结合 rmarkdown 非常方便，省去了粘贴的步骤
代码块可以包含任何有效的R代码，并且可以在文档中的不同位置重复使用。 多种输出格式：R Markdown支持多种输出格式，包括HTML、PDF、Word、Markdown等。...你可以根据需要选择适合的输出格式，并使用相应的R包和设置来生成最终的文档。 可嵌入文本和标记：除了R代码，你还可以在R Markdown文档中嵌入文本、标题、段落、列表、链接、图片等。...你可以使用Markdown或HTML标记语言来格式化文本和添加样式。 动态生成结果：R Markdown可以自动执行R代码块，并将结果嵌入到文档中。...这意味着你可以在文档中显示数据摘要、统计摘要、图表、表格和其他分析结果，而无需手动复制和粘贴。...引自chatGPT的解释，BioinfoArk提供的中国区chatGPT Rmarkdown使用 新建：打开Rstudio，在New File里面选择RMarkdown 设置相应的开头部分：输入标题、
在R语言中绘制表格的包我们介绍了非常多，除了专门绘制基线资料表的compareGroups/tableone/table1，还介绍了绘制普通表格的gt，以及扩展包gtExtra。...自动识别常见的回归模型，如逻辑回归和Cox比例风险回归，会在表格中自动填充适当的列标题(即优势比和风险比)。 高度自定义的表格。字体字号、增加P值，合并单元格等，通通支持自定义。...联合broom/gt/labelled等R包，可以直接生成发表级的结果，配合rmarkdown，可自定输出到Word、PDF、HTML等多种文件中。...修改统计方法 可以为不同的列自定义不同的统计方法。...使用as_gt()函数转换为gt对象后们就可以使用gt包的函数了。
Rmarkdown的主题格式 Rmarkdowm作为可复用报告的优秀工具，除了提供文档编辑、图表输出外，还有许多主题格式供使用者选择。...(中文pdf，强烈推荐！)...编译后得到的结果，这是他模板原始的样子，如果想调整页面行间距，字体颜色等，请见下次推文（公众号：庄闪闪的R语言手册），我将会把这些小细节进行汇总。 ?...接下来我对部分相对不错的模板进行展示，你可以直接复制我的头部文件到.rmd格式中，或者打开模板窗口进行选择（操作在下面）。...以下模板也可以通过这种方式构建，前提是你安装了这个包，这样你就可以在From Template中找到该包对应的模板了。
点击下方公众号，回复资料分享，收获惊喜 简介 师弟师妹的文章需要修改，所以趁这个机会，把一些科研写作中容易出现的坑整理出来。庄小编打算开个新的系列，整理自己在科研写作方面的笔记。...写作逻辑问题； 第一部分来讲讲 LaTeX 中的写作格式可能出现的问题。 写作格式问题： 1. 符号问题： 与中文不同，英语标点符号后面需要空格（, . : ） 2....公式中的括号需要使用 \left( \right)，不要直接使用()。其他括号{},[]类似操作。 错误示范 正确示范 e....公式中的文字需要使用 \text{}，例如：x \quad \text{and} \quad y，并前后可以适当添加空格\quad。 f....最好将图片放到新的文件夹中（例如：figure，然后使用上述（figure/xx.pdf）加载图片）。 d.
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