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转录组RNA-Seq使用docker+bioconda搭建分析环境

bash get_docker.sh --mirror Aliyun 极速安装docker-compose #从以下网址下载docker-compose,将docker-compose文件放在path...变量目录下如:/usr/local/bin https://github.com/docker/compose/releases 选择docker镜像并构建基础镜像 因为之前Ubuntu16.04...etc/rstudio/rserver.conf #添加如下语句 ###在两个配置文件中添加以下语句 ##系统R程序所在位置,如果个人目录下有利用anaconda安装R,可能会报错 rsession-which-r...=/usr/bin/R www-port=8787 ### 通过ip8787端口连接 vi /etc/rstudio/rsession.conf #添加如下语句 www-port=8787 #...## 通过ip8787端口连接 #添加用户sliver,用于登录RStudio Server useradd sliver passwd sliver #创建该用户home目录,否则登录成功,但是会报错

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高效使用R笔记3

一、 R启动文件 每次R语言启动读入.Renviron和.Rprofile两个文件,前者主要是环境变量,程序位置和API密钥等;后者是启动进需要运行几行R代码。.../local/bin/less Startp> ##D Startp> ##D ## Example .Renviron on Windows Startp> ##D R_LIBS=C:/R/library...小插曲:关于不同操作系统路径冲突问题,经常看到说反斜杠或者双斜杠解决,这里看到了另外两种解决方案:file.path("."...2、 .Renviron R_LIBS是这个文件典型应用,Sys.getenv("R_LIBS") 二、 Rstudio Rstudio我们都很熟悉了,看下有什么更值得学习和记录东西,杰出调试支持...1)自动完成功能 R语言里有一些基本自动完成,Rstudio更好用。最近很火kite号称可以人工智能自动补全,应该是更更好用了。

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手把手教你配置在线版 Rstudio(图文详解)

相信大家都用过本地版 Rstudio,也时常被电脑卡死所困扰,也有用自己笔记本处理单细胞数据内存不够 error,怎么解决?...Rstudio 官方其实有个可以在本地服务器安装 server 版,也就是使用服务器硬件配置,用自己工作电脑登录浏览器就可以使用,避免以上问题。...监听端口,默认为 8787 www-port=8787 # 地址,默认为0.0.0.0,会接收任何IP连接 www-address=0.0.0.0 # 指定库文件路径,一般不需要改动,可以用于添加系统标准库...,第三方外部库文件依赖 rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someapp/lib # 指定 R 路径 rsession-which-r...=/usr/local/bin/R # 设置用户权限 auth-required-user-group=rstudio_users 2 rsession.conf 配置清单 # 会话超时,默认 2

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Linux安装JDK+Tomcat+MySQL及发布项目教程

/java/jdk1.8.0_161 JRE_HOME=$JAVA_HOME/jre PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/bin CLASSPATH=..../bin 编辑 catalina.sh 文件 vim catalina.sh 找到 # OS specific support,然后在这行下面添加以下配置: CATALINA_HOME=/usr/local...打开linux设置开机启动文件,将下面的配置文件写入此文件最后,注意,是文件最后,以后若还要增加其他开机启动, 只能加在这前面,总之一句话,要保持下面这句话一直在文件最后。...打开开机启动文件 /etc/rc.d/rc.local vi /etc/rc.d/rc.local 添加如下代码: # java配置 环境变量 export JAVA_HOME=/usr/local.../bin # tomcat 配置 环境变量 export CATALINA_HOME=/usr/local/tomcat7 # tomcat自启动 /usr/local/tomcat7/bin/startup.sh

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Ubuntu 服务器安装远程 Rstudio(图文详解)

Rstudio,也时常被电脑卡死所困扰,也有用自己笔记本处理单细胞数据内存不够 error,怎么解决?...Rstudio 官方其实有个可以在本地服务器安装 server 版,也就是使用服务器硬件配置,用自己工作电脑登录浏览器就可以使用,避免以上问题。...配置清单 # 监听端口,默认为 8787 www-port=8787 # 地址,默认为0.0.0.0,会接收任何IP连接 www-address=0.0.0.0 # 指定库文件路径,一般不需要改动,可以用于添加系统标准库...,第三方外部库文件依赖 rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someapp/lib # 指定 R 路径 rsession-which-r...=/usr/local/bin/R # 设置用户权限 auth-required-user-group=rstudio_users rsession.conf 配置清单 # 会话超时,默认 2 小时 Rstudio

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更现代R代码编辑器----本地VSCode-R搭建

引言 每一位初学者接触R,想必都是从RStudio开始,甚至将RStudio当作R本身也不在少数。尽管RStudio是一个非常受欢迎R编程环境,但它也有一些缺点。...其次,RStudio界面不够灵活。相信不是只有我一个人觉得右下角文件导航窗没用吧,RStudio默认布局可能不适合每个用户需求,而且更改布局需要花费一定时间和努力。...最后,RStudio可扩展性不如其他IDE。虽然RStudio支持许多有用插件和扩展,但它扩展生态系统相对较小,没有像其他IDE那样广泛社区支持和开发者社区。...图片 图片 这是设置json文件: { "r.rterm.option": [ "--no-site-file", "--r-binary=/usr/local/bin..."r.rpath.mac": "/usr/local/bin/R", "r.lsp.debug": true, "r.lsp.path": "/usr/local/bin/R"

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Linux下Node.js安装与配置

在终端执行echo $PATH可以获取PATH变量包含内容,系统默认PATH环境变量包括/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:...所以我们可以将node和npm链接到/usr/local/bin 目录下如下执行: ln -s ~/node-v7.4.0-linux-x64/bin/node /usr/local/bin/node...环境变量配置 在node目录下执行pwd 获取node所在目录,要把这个目录添加PATH环境变量: ➜ bin pwd /home/nodejs/node-v6.9.4-linux-x64/bin...上一行添加如下内容 (环境变量内容 是以冒号分割): PATH=$PATH:/home/nodejs/node-v6.9.4-linux-x64/bin 退出vim并保存。...执行source /etc/profile 可以是变量生效, 然后执行 echo $PATH ,看看输出内容是否包含自己添加内容。

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客户端快速启动redis

由于每次启动redis时都要去指定bin目录下启动,非常麻烦,想到之前配置过JDK、nginx环境变量,简直是一模一样。...我安装redis路径在/usr/local/redis下,由于之前配置过redis.conf文件中启用在允许后台启动。 没有配置环境变量之前启动方式是在/usr/local/redis下启动 ..../bin/redis-cli 环境变量设置跟Windows下差别不大,打开 /etc/profile/ 文件 vim /etc/profile 添加redis所在根目录: export REDIS_HOME...=/usr/local/redis 导入环境变量中,下面是我之前已经配置过java环境变量,直接在$PATH前面加个 export PATH=$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/bin:...$REDIS_HOME/bin:$PATH 这里“.”表示当前路径,“:”表示分隔符,$PATH表示当前变量 重新加载使配置生效 source /etc/profile 接着随便在哪个目录下启动

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一文理解linux环境变量(初学者之友)

/.local/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:...\n' /trainee/vip18/bin /trainee/vip18/.local/bin /usr/local/sbin /usr/local/bin /usr/sbin /usr/bin /sbin.../bin /usr/games /usr/local/games /snap/bin 其实,PATH就是记录了很多以bin或者sbin为结尾目录,这些目录下面就包涵了很多可执行文件,比如我们上面提到...当然,我们最终解决办法还是要把环境变量改回来,一个方法就是删掉最后一行,也就是我们前面追加一行代码,如: /bin/sed -i '$d' .bashrc 最后在重新登录服务器就ok了。...后记 修改PATH也许并不是一个好习惯 ? 如果每次安装一个软件就添加其路径到环境变量,最后我们PATH会变得非常臃肿,通常并不建议这种方式管理软件。

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这个40M小工具助你在windows下处理数据如虎添翼!!

然后我们在RstudioTools选择New Terminal,就可以看到出现了一个有彩色字母Terminal界面,并且命令行最前面以$开头,这个界面就和我们之前打开Git Bash界面一样,都可以输入...\Git\usr\bin”)放到系统环境变量中,然后重开RstudioTerminal就没有问题了。...ls /usr/bin/*.exe wget是下载文件利器,如果我们知道文件下载地址我们就可以直接在命令行使用wget下载,而Git for windows 提供可以使用Linux命令并不包括wget...然后用解压软件把安装包下所有文件解压到存放Git中Linux命令文件夹(注意解压后wget.exe这个文件要放在Git安装目录usr/bin/目录下),当然也可以解压到别的文件夹,但要注意是都要把...下面我们看看怎么把wget.exe所在文件夹路径放到环境变量里。 对环境变量Path变量进行编辑,然后点击确定,之后打开Git bash就可以使用wget了。

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