新版本的Rstudio, 需要R包:reticulate在1.10以上, 如果是1.09会报错, 而如果你的R是microsoftR是老版本的话, CRAN不是默认的镜像, 安装不成1.10版本. 解决方法: 使用github安装:
一直以来我们学习、测试python都会提到 Pycharm，不仅好用，还支持使用 R 语言。
我仔细看了一下，原来Rstudio新建的脚本，默认的是R脚本，如果想要运行Python，需要新建Python脚本。
初级统计函数 max() ，min() ， mean() ， median() ，var()方差 ， sd()标准差 ， sum()总和， length(x) # 长度（x中元素的个数）， unique(x) #去重复（第一次出现不为重复，第二次出现为重复），duplicated(x)#检查重复值 ， table(x) 重复值(因子）统计 ，sort(x) #排序 ， dim() 查看行列数， nrow()查看行数，ncol() 查看列数
输入后会在Rstudio右上角框框Environment中显示，在控制台中输入x，回车后就会显示1+4的值，即5。
When you click the Knit button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。
热图绘制 热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵都可以通过合适的方式用热图展示。 本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程，并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具，只需要提供矩阵，即可一键绘图。 上一篇讲述了Rstudio的使用作为R写作和编译环境的入门，后面的命令都可以拷贝到Rstudio中运行，或写成一个R脚本，使用Rscript heatmap.r运行。我们还提供了Bash的封装，在不修
另外，最近几期有关挖掘GEO速成SCI文章的系列教程中，先是讲解了一些基本概念、数据库的构成，以及如何从GEO中快速锁定自己想要的目标数据。在获得数据之后，后续的分析过程同样也要借助R语言来实现。
今日学习任务：1、安装R和Rstudio；2、认识R和Rstudio；3、学会外观设置和基本操作；4、完成第一个R做的图
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？
(1)R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。
最近看到人民日报新媒体公布的疫情相关的图特别漂亮，想着利用疫情的数据学着画一画，R语言爬虫弱爆的我，只能想着站在“巨人的肩膀”学习，正巧Y叔更新公众号信息，Y叔竟然写了一个nCov2019的R语言包，简直太厉害了！nCov2019包的安装需要依靠remotes包，同时也要注意RStudio的版本是否适合，否则可能安装失败。
不使用下载速度会慢，甚至失败。如果你人在海外的话，在自己的电脑上安装，建议找一个离自己近的镜像地址。当然你也可以先试试看我们给大家推荐的这个，如果下载速度肉眼可见的非常慢，那再去找其他的镜像。
作图的时候常出现一个问题，我把windows系统字体Times New Roman指定为图形里的字体，虽然在RStudio图形窗口会显示指定字体，但是在保存为PDF时出现问题，出现字体类别错误，指定字体无法显示。
最近需要在服务器上用Rstuido，奈何课题组的服务器尚未开通Rstudio server，经过曾老师和永和的指点，最终实现在Windows和MacOS双系统下打开基于服务器的Rstudio。
这是专门为具有 R 和 RStudio 知识的朋友设计的 Docker 教程。该介绍旨在帮助需要 Docker 进行项目的人们。我们首先解释 Docker 是什么以及为什么有用。然后，我们将详细介绍如何将其用于可复制的分析项目。
从RStudio官网下载MacOS版本RStudio安装包。对于MacOS，安装选择默认路径即可。
具体细节可参考：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/update-date.html
当你开始编写应用程序时，几乎可以确定会出错。导致大多数错误的原因是我们心里的 Shiny 设计模型与 Shiny 实际的运行情况的不匹配。当你阅读本文时，你的思维模式将得到改善，从而减少犯错，而一旦犯错，就更容易发现问题。但是，要想首次使用代码就可以可靠地解决复杂的问题，就需要使用多种语言的多年经验。这意味着你需要构建一个强大的工作流来识别和修复错误。
CentOS 7系统不知道如何配置，下面介绍一下CentOS 7系统如何安装Rstudio-server：
文件保存的位置叫工作目录。working directory 即脚本，图片，文件的默认保存位置，也是文件读取的默认位置。
如果你已经购买服务器，登陆这里就不多说了，这里用的是腾讯云服务器CentOS 7系统
这一步骤先检查上一步书写语法是否有误以及是否有遗漏等其他错，之后将注释信息和函数转换为Rmd文档。
本章主要是代码标准与技术的内容，需要安装的包是lubridate和dplyr，这些包用来演示良好的实践。高效协作的5条高级技巧：
如果你的用户名不幸是中文的，那就必须改为英文，否则无法安装Rstudio,中文处理方法，参考
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这里我们参考Hadley Wickham 大神给的“良好代码风格”，http://adv-r.had.co.nz/Style.html。它基于google 的R style：https://google.github.io/styleguide/Rguide.xml
R本身提供了超过50个数据集，同时在功能包(包括标准功能包)中附带了更多的数据集。R自身提供的数据集存放在自带的datasets程序包中。
不知不觉cellranger已经更新到6.0了。前面已经介绍了4、5，今天介绍下6.0
Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具，运用 rmarkdown 撰写文章，既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文本，也可以在 rmarkdown 中插入代码块，并将代码运行结果输出在 markdown 里。R Markdown 格式，简称为 Rmd 格式， 相应的源文件扩展名为.Rmd。输出格式可以是 HTML、docx、pdf、beamer 等。
shiny是R中专门用于开发轻量级web应用的框架，在本地写一个shiny应用并调用非常方便，但如果你希望你的shiny应用能够以远程的方式提供给更多人来使用，就需要将写好的shiny应用部署到服务器上，主要有两种方式，第一种是将shiny应用发布在shinyapps上，第二种是将你的shiny应用部署到自己租用的服务器上，前者比较方便但遇到一些R包环境或中文显示等问题时几乎是无解的，而后者虽然麻烦，但更为自由，且从0开始自己动手的过程又何尝不是一种极大的乐趣呢，本文就将针对在ubuntu 16.04服务器上部署shiny server的流程进行详细的说明；
R适用于统计分析，绘图的一款编程软件，R属于开源，自由，免费的软件。随着生物信息学的发展，R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图，都使用R语言来完成的。最近有一位小伙伴要发SCI论文，给我发了3w多条数据，问我可不可以画和下图基本相似的图。大家都知道论文的发表除了实验和数据以外，图片也非常重要。一般图画的越好，那么论文发表的问题也不大。我仔细想了一下自身的实力，觉得可以试一下。那么下面我就用所学R知识不多的情况下教大家绘制这幅SCI配图。
在用RStudio的ggplot2包进行画图时常常记不住对应的美化代码，检索又要花费大量的时间。今天给大家推荐一款非常容易上手，且能够解决大家记不住代码痛点的RStudio扩展R包ggThemeAssist。
来源 | 伯乐在线 我妹妹正在念大四，主修社会学。她刚刚签了下个学期一份不错的分析员工作，对方告诉她工作中要用到 R 编程语言。她让我在寒假时教教她，我欣然同意了。还有什么比这更好的方式来消磨明尼苏达的冬天呢？[注1] 问题是：在原定教她的那天，我们俩都有空的时间只有一个小时。哎呀！ 不过我还是接受了这个挑战，用一个小时向我的社会学家妹妹介绍R。下面就是我所做的事情。我没有预先做功课，而且肯定犯了些错误，忽视了核心思想，纠缠于细枝末节。但妹妹给我的反馈是非常好（我确实对其他人的“一小时学会R”理念非常感兴趣
在前一篇 <<C++反射 - 基于反射的Lua中间层实现>> 中, 我们介绍了如何利用c++反射的基础设施来实现一个lua中间层. 其中也有一些注册代码的示例. 当项目比较简单的时候, 手动编写相关的反射注册代码不会占用太多的时间. 但当项目达到一定规模, 手动编写并维护这些注册代码费时费力, 相关接口改个名可能会涉及到多处关联注册代码的修改, 这肯定是我们所不能接受的. 所以大部分项目在使用反射, 或者类反射的脚本中间层生成的过程中, 都会开发一些自动生成工具来减少重复性的工作, 笔者所经历的项目也是如此. 得益于llvm的流行, 我们大部分相关工具都是以libclang解析源代码头文件生成AST作为基础的. 本文将结合笔者的项目经验, 介绍如何在C#中用一种逐层处理的方式完成前文中提到的反射注册信息的自动生成的.
安装 R 现在最新版的 R 语言是 3.6.2 版本 (2019 年 12 月 12 日发布)，该发行版的名字是 Dark and Stormy Night (漆黑暴风夜 ??)，事实上只要用 3.0
(1)下载R和RStudio 我对RStudio的印象不错，对于初学者来说，它既方便又很有帮助，对专业人士也很有用。尤其对于初学者：鼠标指向-点击式(point-and-click)的选项非常棒，工作区面板对于建立起对R环境的概念也非常有用。我甚至都不用再花精力向我妹妹介绍R默认的集成开发环境——我马上就让她下载了RStudio，不过你仍然需要下载普通版的R。下载之后，我意识到r-project.org网站真应该在设计上进行大修整，因为：(a)它不够漂亮（b)如果你不知道什么是“CRAN镜像”，下载R将
他的问题是拟合曲线和y=1相交，根据我自己的实际数据，比如y=15这里相交，首先在y=15这里添加水平线，使用到的是geom_hline()函数
新建——New directory——New project——选择路径——下次打开直接从文件夹里打开Rstudio
This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.rstudio.com.
导语 | 本文将结合笔者的项目经验，介绍如何在C#中用一种逐层处理的方式完成前文中提到的反射注册信息的自动生成的，希望为更多感兴趣的开发者提供一点经验和帮助。 在前一篇中:《C++反射：全方位解读Lura库的前世今生！》我们介绍了如何利用c++反射的基础设施来实现一个lua中间层。其中也有一些注册代码的示例。 当项目比较简单的时候，手动编写相关的反射注册代码不会占用太多的时间。但当项目达到一定规模，手动编写并维护这些注册代码费时费力，相关接口改个名可能会涉及到多处关联注册代码的修改，这肯定是我们所不能接受的
摘要： R语言现在能也进行深度学习了，而且和python一样好，快来试一试吧。 众所周知，R语言是统计分析最好用的语言。但在Keras和TensorFlow的帮助下，R语言也可以进行深度学习了。 在机器学习的语言的选择上，R和Python之间选择一直是一个有争议的话题。但随着深度学习的爆炸性增长，越来越多的人选择了Python，因为它有一个很大的深度学习库和框架，而R却没有（直到现在）。 但是我就是想使用R语言进入深度学习空间，所以我就从Python领域转入到了R领域，继续我的深度学习的研究了。这可能看
R是一种流行的开源编程语言，专门用于统计计算和图形。它被统计学家广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R的优势之一是允许用户创作和提交自己的包，因此它具有高度且易于扩展的特点。众所周知，R社区非常活跃，并且因为不断为特定研究领域添加用户生成的统计软件包而着称，这使得R适用于许多研究领域。
R 语言在统计作图方面有独特优势，目前已成为许多数据科学团队最常用的语言之一。本章简要介绍 R 语言的基础知识，让读者能够开启 R 语言的学习，首先要做的是准备工作环境。
自从上一次服务器重装系统之后，总感觉缺少了一些东西，安装R包很多依赖库报错，也可以解决，但总是存在，烦。
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