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SCP—单细胞分析设计端解决方案

技术层面上问题例如基因究竟在一个细胞中表达与否、数据集之间批次效应如何消除,等等;生物层面上问题例如如何定义一个细胞类型或状态、细胞从哪来到哪去、基因或细胞之间是如何协同,等等。...然而一旦模糊界限被打破,就已无法回避。 生信开发领域中已经诞生了大量优秀算法、软件,来解决上述各类问题。...但如同机器学习领域一样,许多算法存在有限泛化能力,导致在生信应用领域中,会在错误时刻发生错误调用及解读。...这里”技术”强调下,它并不指代编程能力,也不指代算法开发上能力,而是指一种在”生物信息”角度上对科学辩证思维:时刻围绕着中心法则构建和完善生物世界观,并对所有生物数据是如何产生、如何反应生物本身等进行不断质疑与推断...---- SCP (Single-Cell Pipeline) SCP是一个端端单细胞数据分析管道,可实现数据从下机后处理、分析、共享和发表全部工作。

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Linux下Unicorn服务器配置

Rack 应用程序设计 HTTP server 2. 是一个利用Unix高级特性开发 3. 具备低延迟,高带宽连接客户服务 特性: 1.... Rack, Unix, 快速客户端和易调试而设计。 2. 完全兼容 Ruby 1.8 和 1.9。 3....进程管理:Unicorn 会获取和重启因应用程序出错导致死亡任务,不需要自己管理多个进程和端口。Unicorn 可以产生和管理任何数量任务进程。 4. 负载均衡完全由操作系统(Unix)核心完成。...= 'production' 启动: 进入工程根目录 cd /work/new_sxcoalts2.0/ unicorn_rails -c /work/new_sxcoalts2.0/config/...在此目录下添加所有需要工程配置(可放置多个) 例如:project1.conf 内容 RAILS_ROOT=/work/project1 RAILS_ENV=production 编写unicorn

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2017年度盘点丨基础架构演化:从“以资源中心”“以应用为中心”迁移...

它不仅涉及IDC、机房、机架、网络、主机、存储等硬件资源,也涉及操作系统、系统软件、日志管理、应用管理监控等基础软件资源。...从IaaS、PaaSCaaS IaaS 基础架构涉及IDC、机房、网络、主机等基础资源、机架设计和交付、网络架构设计、数据架构规划、操作系统、系统软件、环境交付和机器报废替换等。...标准化程度和灵活性不够,限制了PaaS平台进一步广泛使用。不过,虽然PaaS平台未能够被进一步广泛使用,但是它是从“以资源中心”“以应用为中心”一次有效尝试。...同时,通过动态资源分配和调整机制,能够帮助节省成本。 多环境管理:多环境管理不仅指私有数据中心、混和云等多个线上环境、也包括应用开发、测试环境。...从IaaS,PaaSCaaS,我们逐步摆脱了对资源关注,从不关注机房网络机架等,不关注应用所使用资源物理位置。

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2017年度盘点丨基础架构演化:从“以资源中心”“以应用为中心”迁移

一般说来,我们将支撑应用研发部署底层软硬件集合叫做基础架构。它不仅涉及IDC、机房、机架、网络、主机、存储等硬件资源,也涉及操作系统、系统软件、日志管理、应用管理监控等基础软件资源。...从IaaS、PaaSCaaS IaaS 基础架构涉及IDC、机房、网络、主机等基础资源、机架设计和交付、网络架构设计、数据架构规划、操作系统、系统软件、环境交付和机器报废替换等。...标准化程度和灵活性不够,限制了PaaS平台进一步广泛使用。不过,虽然PaaS平台未能够被进一步广泛使用,但是它是从“以资源中心”“以应用为中心”一次有效尝试。...同时,通过动态资源分配和调整机制,能够帮助节省成本。 多环境管理:多环境管理不仅指私有数据中心、混和云等多个线上环境、也包括应用开发、测试环境。...从IaaS,PaaSCaaS,我们逐步摆脱了对资源关注,从不关注机房网络机架等,不关注应用所使用资源物理位置。

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以金山界面库(openkui)例思考和分析界面库设计和实现——资源读取模块分析

按照软件执行流程,我们首先遇到《以金山界面库(openkui)例思考和分析界面库设计和实现——问题》中提出最后一个问题:界面描述文件放置位置。...在Sample1工程资源文件中,上图中sample1.kui将作为一个类型“SKIN”,名字“KUIRED.DAT”资源。 ?        ...OpenResPack还多了一个判断:判断已读取m_memZipRes是否空,如果空,则再从资源文件中读取界面描述块内存中。...,存在一定漏洞:假如资源文件第一个字符就是\0,则就会认为这段读取数据空了。...我在之后附加工程中,会将这个函数提炼一个名字 GetResInResfile函数中。         我们接着看之后对数据读取和保存。

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使用Python拆分一个字符串多个子串多功能函数代码设计

Python把字符串拆成多个子串方法要想将Python字符串拆成多个子串,可以使用字符串对象split()方法。...现罗列在下方:子串之间存在一样分隔符,比如“A、B、C”字符串中三个子串“A”、“B”和“C”之间都使用“、”间隔开来,那么就可以将“、”字符作为参数传递给split()方法,一次性将Python字符串拆分成多个目标子串...;子串之间不存在一样分隔符,比如“C、D,E”,那就需要多次使用split()方法来拆分字符串以得到目标子串;Python把字符串拆成多个子串函数设计我们应该设计一个函数既可以在具有相同分隔符情况下一次性拆分字符串...,可评论留言,这是自己设计,有些复杂。...原文:Python如何把一个字符串拆成多个子串,多功能函数设计免责声明:内容仅供参考!

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架构之美:教你如何分析一个接口?

Rails一个重要设计理念就是约定优于配置,无需配置,按照缺省风格就可以完成基本功能,这样理念贯穿在Rails各个接口设计中。...REST如今已经成为很多人耳熟能详名词,它把Web 各种信息当作资源。...resources :articles ... end 在用Rails写程序时候,你只要添加一个resource进去,它就会替你规划好这个资源应该如何去写、怎么设计URL、用哪些HTTP动词,以及它们对应到哪些方法...比如,每篇文章可以有多个评论,用Rails方式写出来是这样: class Article < ApplicationRecord has_many :comments ... end 而如果用传统...Rails里面类似的代码有很多,包括我们前面提到find_by。所以,如果你去读Rails写成应用,会觉得代码可读性要好得多。 由于Rails蓬勃发展,人们也开始注意好接口重要性。

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如何在Ubuntu 14.04上使用Puma和Nginx部署Rails应用程序

由于Puma不是用户直接访问而设计,因此我们将使用Nginx作为反向代理,以缓冲用户与Rails应用程序之间请求和响应。...使用以下命令退出PostgreSQL控制台: \q 现在,我们已准备好使用正确数据库连接信息配置您应用程序。 配置数据库连接 确保您位于应用程序根目录(cd ~/appname)中。...创建生产数据库 既然您应用程序已配置与PostgreSQL数据库通信,那么让我们创建生产数据库: RAILS_ENV=production rake db:create 生成控制器 如果您跟随示例,...,并将其绑定服务器公共IP地址(替换服务器公共IP地址): RAILS_ENV=production rails server --binding=server_public_IP 现在,在Web...在您喜欢编辑器中打开Gemfile(确保您在应用程序根目录中): vi Gemfile 在文件末尾,使用以下行添加Puma gem: gem 'puma' 保存并退出。

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如何在Ubuntu 14.04上使用Unicorn和Nginx部署Rails应用程序

由于Unicorn不是设计成能够直接被用户访问,所以我们将使用Nginx作为反向代理,它将缓冲用户和Rails应用程序之间请求和响应。...使用以下命令退出PostgreSQL控制台: \q 现在,我们已准备好使用正确数据库连接信息配置您应用程序。 配置数据库连接 确保您位于应用程序根目录(cd ~/appname)中。...创建生产数据库 既然您应用程序已配置可以与PostgreSQL数据库通信,那么让我们创建生产数据库: RAILS_ENV=production rake db:create 生成控制器 如果您跟随示例...为此,请运行以下命令: RAILS_ENV=production rake assets:precompile 测试应用 要测试您应用程序是否有效,您可以运行生产环境,并将其绑定服务器公共IP地址...在您喜欢编辑器中打开Gemfile(确保您在应用程序根目录中): vi Gemfile 在文件末尾,使用以下行添加Unicorn gem: gem 'unicorn' 保存并退出。

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Ruby vs Elixir | 2022 该选哪个?

RoR 改变了 Web 应用开发领域,通过引入工具促进应用程序快速开发并且使得编写代码变得有了更多乐趣,ROR 也之后一些 Web 框架确立了方向。...使用越久,就越来越意识 Ruby 还有很大可改进地方,它最大一个关注点 - Ruby 代码在并发和吞吐量方面的限制已经被解决,José Valim 明确了自己要做什么,那就是基于 Ruby...下表 Ruby, Elixir, RoR, 和 Phoenix 简单比较 Ruby Elixir Ruby on Rails Phoenix 时间 1993 2012 2004 2014 作者 Yukihiro...使用 Elixir 一个最大好处就是你可以使用单核服务器上单核 CPU 或者多核服务器上多个 CPU 核心 plus:早期语言如 Python、C 只能使用服务器单核进行计算(即使服务器有多核...周到语法设计 Elixir 有非常清晰语法、模式和设计,有助于开发者可以更容易理解函数式编程语言中那些晦涩难懂概念。

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Git——Docker搭建GitLab&简单Runner配置

通过 innersourcing 让不在权限范围内的人访问不到该资源; 所以,从代码私有性上来看,GitLab 是一个更好选择。但是对于开源项目而言,GitHub 依然是代码托管首选。...['smtp_enable'] = true # SMTP服务地址 gitlab_rails['smtp_address'] = "smtp.qq.com" # 端口 gitlab_rails['smtp_port...你可以想象一下:Runner就像一个个工人,而GitLab-CI就是这些工人一个管理中心,所有工人都要在GitLab-CI里面登记注册,并且表明自己是哪个工程服务。...是Runner是否能被指定其它项目 其中Token是需要登录GitLab后获取: 当你注册了git-runner容器后,就可以获取Runner 令牌 通过CI简单配置运行Runner...1、根目录创建一个 .gitlab-ci.yml 文件 通过配置.gitlab-ci.yml文件来告诉CI要对你项目做什么。

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使用Capistrano,Nginx和Puma在Ubuntu 14.04上部署Rails应用程序

我们将使用Capistrano自动执行常见部署任务,因此每次我们必须将新版本Rails应用程序部署服务器时,我们都可以通过一些简单命令来实现。...RVM允许您在同一系统上轻松安装和管理多个rubies,并根据您应用使用正确一个。当您必须升级Rails应用程序以使用更新ruby时,这会让生活变得更加轻松。...,在Rails应用程序中Nginx和Capistrano创建配置文件。...输入以下命令来捆绑您Rails应用程序: $ bundle 捆绑后,运行以下命令配置Capistrano: $ cap install 这将创建: Capfile 在您Rails应用程序根目录中...,可帮助您管理应用程序版本并在进行部署时自动执行某些任务: 使用production作为Rails应用程序默认环境 自动管理应用多个版本 使用优化SSH选项 检查您git遥控器是否是最新 管理您应用日志

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不是 Ruby,而是你数据库

做好这种权衡是值得。通常情况下,开发迅速、成本低廉、发布迅速,这些都是值得应用程序投入额外资源(如服务器、硬件、SAAS)以保持性能可接受。 虽然并非始终如此,但时常亦是如此。...这是一个简化版本(而我实际版本使用 CSV 是这里使用例子十倍)。这个例子计算了一部电影票数,并对这些票数进行分组:0 10 票之间,10 100 票之间等等。...(好吧,不是从一分钟下一分钟运行时,而是经过小更改)。...使用 Rails 人性化 active-record API,很容易忘记你仍然只是在查询一个复杂关系数据库。它需要微调、调优和调整,以便在合理时间内你提供数据。...[3] 一个快速 grep:超过 9000 个类,超过 33000 个方法;不包括所有神奇动态方法,比如围绕数据库模型方法。这还不包括 rails 本身附带 70 多个依赖项。

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rails, django, phoenix,你们错了

我们看通常情况下一个 rails 程序员如何开始构建其后端: 设计数据库结构:User / Content / Bookmark / Review / ... rails new mooc rails...generate model 把数据库设计映射到 rails model 中 rails generate controller 撰写各个页面的 controller 和 view (如果有时间)撰写...,那么我们就无法使用 数据是强耦合,比如 User 和 Content 间有一张 enroll 表作为用户注册哪个课程凭证 一个 controller 可以跨越多个 model 获取数据,并提供给某个...然而它并不能避免横向耦合,比如 model 和 model 耦合,controller 和多个 model 耦合。而 web framework 却有意无意地在倡导这种耦合。...说句不太好听的话,rails 等 framework 很容易引导人们走向一个 web 前端中心歧路。这里所说「前端」,是指后端前端。

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