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2024年04月_生信入门班_微信群答疑笔记

【网络】为啥用无线网就装不起来,换成热点就可以 你无线网络访问清华镜像存在问题。 【R安装】运行上述代码这个报错了如何解决 请查看群公告答疑文档,缺啥就安装啥。...【R安装】这是手残点了好多次run结尾,这是正常吗? 没有关键词error就可以不用管。 【R安装】这算是运行完了吗 成功了,很棒。 【课前准备】重新按照从第一行顺序来一遍吗?...【Rmarkdownrmarkdown输出pdf时候,报错没有安装latex 输出html即可。 【R】为什么read.csv在R script中正常运行,但rmd中报错呢? 工作目录不对。...【R安装】能指导一下为什么qlcMatrix安装失败么 报错提示缺依赖。 【实战】这用是鼠物种,该怎么修改内容啊 加载一下老鼠注释,然后改一下括号里面的orgdb。...【Linux操作】为什么这里用tr会报错呀,代码就是按“命令 参数 文件”顺序来呀,为什么会报错呢 tr这个命令接受输入是标准输入,比较特殊,要用 tr 'a' 'A' < readme.txt

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使用markdown,knitr和pandoc在R语言中编写可重现报告

首先,让我们回顾一下进行良好分析关键组成部分: 数据 用于分析数据代码 代码生成图表 文本,解释图形和结果,并描述方法。 这些元素以报告形式合并在一起。作为科学家,我们写了许多大小报告。...为什么要使用Markdown? 此Markdown目标是“ 在可行情况下尽可能易于阅读和编写 ”。...knitr 报告 该 knitr 软件编写是在单个文档中结合了RMarkdown和R代码元素 。从一个例子开始。...打开Rstudio并安装Knitr软件 install.packages(knitr) 然后打开 此演示文件 并单击 knit HTML 按钮 ​ 该文件是用RMarkdown编写,包括一些文本和代码...它还可以在安装LaTeX系统上产生PDF输出。”” 首先,您需要下载并 安装pandoc。安装后,您便可以使用pnadoc knitr软件随附 功能将生成md文件转换为所需任何格式。

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2023-11月马拉松在线互动授课答疑精选

12【R】请问这个报错是为什么? 请依次检查 是否安装了Rtools; 有没有改过哪些系统设置?R语言和 Rstudio 有都安装到C盘吗? 13【R】想问一下为什么分开了还是会提示这样?...是路径问题,答疑文档最后一个,有提到如果你这两个 gz 下载之后放在桌面,在Rstudio里install 时候,需要给对路径。 14【R为什么还是报错呀?...如果更新R版本,部分R要重新安装,不过不难。 19【R为什么是b报错然后加引号后就能出结果,但a没加引号不报错? 这里是因为a<-1 是程序识别为 a <- 1。<-是赋值符号。...24【R实战】为什么出现这个 拼写错误,P要大写! 25【R实战】这是为啥呢? 跑代码时候是不是漏掉了赋值api_key呢? 26【R实战】是因为网络问题报错吗?该怎么解决呢? 看起来是网络问题。...,如果运行失败,说明大家r版本有问题哦,因为上面的代码是测试数据和示例代码,理论上任何人任何电脑设备都是联网就可以运行

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R沟通|Bookdown中文书稿写作手册(上)

前言 今年接了 5 本与贝叶斯近似计算INLA相关翻译书,将由高等教育出版社出版。在准备翻译时候,静下来思考了一下二个问题。一是互联网时代在兼顾图书质量同时怎么充分考虑读者阅读体验?...而同期中科院吴凌云博士等在普及 TEXTEX 同时开发 TEXTEX 中文套餐 CTEX 相当成功,主要是针对汉字排版ctex宏,并对三个主流文档类book, article, report进行了定制...,推出了相应中文文档类ctexbook, ctexart, ctexrep, 由此避免了传统基于CJK宏需要大幅定制,同时保证了与原有 TEX 系统兼容性。...基于 TEXTEX 排版存在三个明显缺陷或不足: 大量 TEXTEX 命令需要记忆; 对于代码排版非常不便,特别是R或Python代码执行后输出,尤其是图形与表格; 代码以listing等来呈现...Rmarkdown 视频新增两节视频(写轮眼幻灯片制作)需要视频内文档,可在公众号回复【rmarkdown】 R沟通|Rmarkdown教程(4) R沟通|Rmarkdown教程(3) R沟通

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2024-03-05数据挖掘答疑

A5:那应该是用rmarkdown,然后可以形成没有理由 Q6:老师好,这个BiocManager一直安装不上,用测试代码download.file可以下载,切换镜像也没有用 A6:这个报错可能原因是.../CRAN/")) options(BioC_mirror="http://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor/") Q7:想问下这样赋值为什么会输出这种结果 A7:...Q9:为dataframe赋值这里为什么= 和 <- 是有区别的嘞?看help文档里也是用<-赋值 A9: Q10:请问之前讲从列表取单个元素,想一次取多个应该怎么做呢?...A23:那应该是用rmarkdown,然后可以形成没有理由 Q24:一开始下载r按照步骤挺好滴,昨晚上课老师说如果是中文可以重新下载一下,最好改到英文,重新下载之后安装r就有30个包了,这正常嘛...看视频上需要二百多个 A24:正常 Q25: A25:这是R兼容问题,需要安装特定版本Matrix,提示信息里有 Q26:为什么老师你在昨天数据过滤中,要查看开头为MT 细胞百分比?

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「R」事实不等于标签:关于真假 png 找 bug 记录

之前也遇到过这种报错,后来莫名其妙好了,也就没管了。今天不知道为什么又出现这种情况,所以还是自动动手想办法解决吧。...在 RStudio code chunk 运行中,正常看到预览图片,按理来说没有问题。...面对这个重复报错,越想越偏,看到 png 包在读入数据时底层应该是调用了 C(++) 代码,难道是 png 问题?重装它还是没解决,又试着安装源码,还是有问题。。。... Ca,怎么有失败。...因为它们都是 png 文件,所以我觉得没什么不同,也就没有额外注意。 既然格式不对,那就得想办法知道报错图片格式。试了下 jpeg::readJPEG(),发现还是报错。

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谈 DevOps 平台实施:在本地跑明明成功为什么在你平台跑就报错?

在本地跑明明成功为什么在你平台跑就报错? 用户在 Jenkins 上跑构建时,失败了,把日志截图给我看,如下图: ?...这样日志,通常回:请检查你们依赖,是不是有依赖没有上传到咱们 Nexus 仓库。验证方法是先在本地删除你 .m2 目录,然后再执行一次构建。...用户对于依赖管理不重视,或者没有依赖管理意识。 用户根本不看日志。 面对这三个原因,就在思考:我们 DevOps 平台能做些什么呢?...如果检测到缺少依赖放在哪个代码仓库就更好了。因为这样,就可以提示用户直接到该代码仓库 deploy 了。 这样技术,称为依赖AI管理技术(笑)。当然,这样技术,应该可以应用于所有的语言。...来来回回检查了好几次,查了好久才知道,是因为用户 deploy 依赖到 Nexus 时,deploy 是相同版本号,就是覆盖了原来版本,但是版本没有升级。

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TCP之拥塞窗口

NewReno 在Reno版本中,若同时有多个数据丢失,则大部分必须等到TimeOut之后,才进行重传。这是因为在Reno中,同时有多个数据失时,只要收到部分丢失数据ACK,便退出快速恢复。...而之所以收到部分丢失数据ACK,这是因为在快速重传阶段,只重新发送了部分丢失数据。...这就使得NewReno在遇到多个数据同时丢失时,不需要等待TimeOut,便可重新发送所有丢失数据,进而减小TimeOut对性能影响。...2、为什么发生拥塞时,还增加cwnd? 在检测到时,窗口为CWND。这时候网络中最多有cwnd个(传输中 < CWND)。每当收到一个重复ACK,则说明有数据离开网络,达到接收端了。...而实际上,在fast recovery期间发送新数据比起发生CWND来说,已经是大大减少了。

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Kubernetes 网络疑难杂症排查分享

conntrack -S 看到 insert_failed 数量在不断增加,也就是 conntrack 在插入很多新连接时候失败了,为什么会插入失败什么情况下会插入失败? ?...看起来延时应该就是之前已知 conntrack 导致 dns 5s 超时重试导致。但是为什么会去解析域名?...为什么 alpine 镜像容器在这个节点上有问题在其它节点上没问题?为什么其他镜像容器都没问题?它们跟 alpine 区别是什么?...试了开启这个参数,确实在 cbr0 收到来自 LB 探测报文了,说明报文被 pod 收到,但抓 eth0 还是没有给 LB 回。 ? 为什么没有回?...就是因为 CLB 不做 SNAT,正常来自客户端报文是可以发送到 nodeport,但健康检查探测报文由于源 IP 是 LB IP 被绑到 kube-ipvs0 导致被忽略,也就解释了为什么健康检查失败

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Kubernetes网络疑难杂症排查分享

conntrack -S 看到 insert_failed 数量在不断增加,也就是 conntrack 在插入很多新连接时候失败了,为什么会插入失败什么情况下会插入失败? ?...看起来延时应该就是之前已知 conntrack 导致 dns 5s 超时重试导致。但是为什么会去解析域名?...为什么 alpine 镜像容器在这个节点上有问题在其它节点上没问题?为什么其他镜像容器都没问题?它们跟 alpine 区别是什么?...试了开启这个参数,确实在 cbr0 收到来自 LB 探测报文了,说明报文被 pod 收到,但抓 eth0 还是没有给 LB 回。 ? 为什么没有回?...就是因为 CLB 不做 SNAT,正常来自客户端报文是可以发送到 nodeport,但健康检查探测报文由于源 IP 是 LB IP 被绑到 kube-ipvs0 导致被忽略,也就解释了为什么健康检查失败

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Kubernetes 网络疑难杂症排查分享

conntrack -S 看到 insert_failed 数量在不断增加,也就是 conntrack 在插入很多新连接时候失败了,为什么会插入失败什么情况下会插入失败?...看起来延时应该就是之前已知 conntrack 导致 dns 5s 超时重试导致。但是为什么会去解析域名?...为什么 alpine 镜像容器在这个节点上有问题在其它节点上没问题? 为什么其他镜像容器都没问题?它们跟 alpine 区别是什么?...试了开启这个参数,确实在 cbr0 收到来自 LB 探测报文了,说明报文被 pod 收到,但抓 eth0 还是没有给 LB 回。 [1k7e4epc1z.png] 为什么没有回?...就是因为 CLB 不做 SNAT,正常来自客户端报文是可以发送到 nodeport,但健康检查探测报文由于源 IP 是 LB IP 被绑到 kube-ipvs0 导致被忽略,也就解释了为什么健康检查失败

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Kubernetes 网络疑难杂症排查分享

看起来延时应该就是之前已知 conntrack 导致 dns 5s 超时重试导致。但是为什么会去解析域名?...为什么 alpine 镜像容器在这个节点上有问题在其它节点上没问题?为什么其他镜像容器都没问题?它们跟 alpine 区别是什么?...那么问题来了: 为什么会全不健康,这个 Service 有对应 pod 实例,有些节点上是有 endpoint 为什么它们也不健康LB 健康检查全不健康,但是为什么有时还是可以访问后端服务跟 LB...试了开启这个参数,确实在 cbr0 收到来自 LB 探测报文了,说明报文被 pod 收到,但抓 eth0 还是没有给 LB 回为什么没有回?...就是因为 CLB 不做 SNAT,正常来自客户端报文是可以发送到 nodeport,但健康检查探测报文由于源 IP 是 LB IP 被绑到 kube-ipvs0 导致被忽略,也就解释了为什么健康检查失败

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R文档沟通|Dashboards入门(1)

简介 在本章中,我们将介绍基于 flexdashboard[1] 仪表盘。 仪表盘在业务风格报告中特别常见。它们可以用来突出报告概要和关键内容。...入门 首先要安装这个 install.packages("flexdashboard") 创建一个仪表盘,你可以使用以下任意一种方式: 输出格式 flexdashboard::flex_dashboard...", template = "flex_dashboard", package = "flexdashboard" ) 注:flexdashboard 完整文档如下:https://rmarkdown.rstudio.com...官网例子 你可以直接点击进入你感兴趣例子,然后点击右上角Source code查看源代码,之后可以再此基础上进行修改(这是快速实现自己项目的一个很好方式) ?...这一节稍微介绍下,之后我们会介绍一些 flexdashboard 基本特性和用法。 最近有幸加入了Rmarkdown中文书写作及翻译队伍中,这个应该算是任务中一部分吧(初稿)。

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Go进阶训练营 – 微服务概览与治理三:gRPC & 服务发现

IDL:代码文档,避免接口文档未更新情况。 快速生成接口服务端、客户端代码,服务端已定义好接口,自己实现下就行。...退出容器 新版本创建 创建容器 通过外挂方式,检查应用状态。 应用启动完毕后,设置gRPC服务状态设置为健康。 外挂辅助脚本检测到应用健康,进行注册到注册中心。 为什么不是应用自己去注册?...Availability 可用性,整个分布式系统正常对外提供服务。 为什么一致性和可用性不能同时满足? 假如节点之间数据同步失败,整个系统还是要对外提供服务,也就是以分区容错为基础。...向前纠错:每个数据除了它本身内容之外,还包括了部分其他数据数据,因此少量可以通过其他冗余数据直接组装而无需重传。... 某些原因下会出现,例如网络阻塞:某个网络设备处理不了这么多数据,有的数据排队很久了,就可能会被丢掉。

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优雅!太优雅了!竟能如此顺滑攻破K8s疑难杂症!

conntrack -S 看到 insert_failed 数量在不断增加,也就是 conntrack 在插入很多新连接时候失败了,为什么会插入失败什么情况下会插入失败?...为什么 alpine 镜像容器在这个节点上有问题在其它节点上没问题?为什么其他镜像容器都没问题?它们跟 alpine 区别是什么?...那么问题来了: 为什么会全不健康,这个 Service 有对应 pod 实例,有些节点上是有 endpoint 为什么它们也不健康?...我们试了开启这个参数,确实在 cbr0 收到来自 LB 探测报文了,说明报文被 pod 收到,但抓 eth0 还是没有给 LB 回为什么没有回?我们分析下五元组,要给 LB 回。...就是因为 CLB 不做 SNAT,正常来自客户端报文是可以发送到 nodeport,但健康检查探测报文由于源 IP 是 LB IP 被绑到 kube-ipvs0 导致被忽略,也就解释了为什么健康检查失败

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Web前端WebRTC攻略(三) 传输协议UDPRTPRTC

而TCP在传输数据时,如果发生了或者接收方检查了误码(此时会接收方会丢弃),接收方不会回确认报文,则触发接收方超时重发。...为什么选择UDP 既然TCP有这么多优点特性,那么为什么在实时音视频传输中使用UDP呢? 原因在于实时音视频对于延迟特别敏感,而基于TCP协议做不到足够低。...试想一下在情况下,TCP协议超时重传机制中RTT是以2指数增长。如果7次重传任然失败,理论计算会达到2分钟!...,并在Protocol列清楚看到它们协议。...但常常即便你已经清楚如何使用它,不代表你发挥出它本身最大优势。认为运用一项技术所达到上限,往往取决于你对它底层理解有多深入。

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精读文章:高级软件工程师成长秘诀

答:那是被打包到一起,可以被安装到系统上代码。 问:为什么需要软件? 答:它们提供了一种一致方法,可以将你所需所有文件放在正确位置。没有它们,东西很容易一团糟。...你需要确保每个文件都在它该在地方,设置了系统路径,并且依赖可用。 问:软件与我可以在自己系统上安装应用程序有什么不同? 答:想法很相似!...Windows 安装像是一个包管理器,能够帮助安装应用程序。类似地,DPKG 和 rpm 有点儿像.exe文件,可以安装在 Linux 系统上。...你可以借助于apt和yum包管理器,它们有点儿像 Windows 安装。 问:明白了。所以 python 中setup.py如何转换成一个dpkg?那是如何工作?...相反,在协调哪些变更应该在什么时候进行(这是一个很复杂冲刺),测试它们是否工作良好,做了很多代码评审,提了很多候补设计建议,并在任何可以解决问题地方结对编程。

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什么时候不能在 Node.js 中使用 Lock Files

When Not to Use Lock Files with Node.js “可是在机器上工作啊!”这种场景可能是调试 bug 时最常见问题。...但是当你在开发要发布到 npm 时,应避免使用这类 lock file 。在本文中,我们将讨论为什么要这样。...: 安装每个依赖项实际版本 每个依赖项依赖项 已解决软件中用校验和验证软件完整性 既然 lock file 中已经列出了所有的依赖项,拿为什么还要将它们写在 package.json 中呢...为什么我们需要两个文件? package.json vs. Lock File package.json 中 dependencies 字段显示你项目应该安装依赖项,但不显示这些依赖项依赖项。...这可能会导致“在机器上能够工作”意外,因为你 CI 和开发环境可能会选择不同依赖项版本。那么我们可以做些什么呢?

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R用于研究,Python用于生产

它帮助您完成研究任务——处理数据、可视化结果,从构思迭代到代码————毫无压力,更准确地说,是乐在其中。下面用终极 R 速查表来解释为什么说 R 用于研究。 ?...我们可以找到许多解决特定问题更小 R ,但以下是最重要 R : Dplyr&ggplot2 两个强大帮助您完成日常决策是 dplyr 和 ggplot2,它们非常适合用于数据处理和可视化...这是Python真正优势,因为我们可以用OpenCV进行疯狂酷事,比如目标检测。 ? 但是,这对日常生活有多大作用呢?大约为零。为什么?因为是用 SQL 数据库商业分析师和数据科学家。...更多兴趣是 Python 如何帮助我更好地挖掘信息并将结果用于生产。 ? 让我们用终极 Python 速查表来检查 Python 生态(注意,这与之前展示R速查表不同)。 ?...请记住,挑战不是输入代码,而是将您想法变成代码。这是 tidyverse 真正强大地方。 Python 主要优势在于 Production ML OK,那么 Python 为什么对商业很有用?

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