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为什么是AUC不是GSEA来挑选转录因子呢

首先批量计算AUC 如果是单细胞转录组数据里面,每个单细胞都是有一个geneLists,那么就是成千上万个这样的calcAUC分析,非常耗费计算资源和时间,就需要考虑并行处理,我们这里暂时不需要,所以直接...基因集的转录因子富集分析 motifs_AUC <- calcAUC(geneLists, motifRankings, nCores=1) motifs_AUC 可以看到是 24453个motifs的AUC都被计算了..., border="darkred") nes3 <- (3*sd(auc)) + mean(auc) abline(v=nes3, col="red") 可以看到 24453个motifs的AUC看起来满足正态分布...GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) GSEA的统计学原理试讲 GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 但实际上,绝大部分读者并没有去细看这个统计学原理,也不需要知道gsea分析的nes如何计算...不理解原理并不影响大家使用,知道这个概念,知道如何根据AUC去判断结果就好。

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Python和java中的垃圾回收机制

标记清除   为什么python没有标记清除机制,       因为python的标记就是引用数,是模仿Ruby的标记清除机制,为什么Ruby要用标记清除机制,因为Ruby在代码开始执行之前就已经创建了成百上千个对象...JAVA中    如何判断对象是否存活   引用计数法   给对象添加一个引用计数器,每当有一个地方引用它时,计数器就加1,如果引用失效,计数器减1,所以当该计数器的为0时,就表示该对象可以被回收了...如果发现对象不可达时,将会进行第一次标记,此时如果该对象调用了finalize()方法,那么这个对象会被放置在一个叫F-Queue的队列之中,如果在此队列中该对象没有成功拯救自己(拯救自己的方法是该对象有没有被重新引用...此算法有两个不足:一是效率问题,标记和清除两个过程效率都不高;二是空间问题,标记清除后会产生大量不连续的内存碎片,内存空间碎片太多的话会导致以后程序在运行中想要分配较大对象的时候,无法找到一连续的内存空间导致不得不进行又一次的...标记—清除算法   复制算法   把内存按容量划分为大小相等的两区域,每次只使用其中的一,当这一的内存空间用完了,就把还存活的对象复制到另一内存中去,然后把已经使用的过的内存空间一次性清理掉。

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Stack Overflow 上的这些问题,加快了程序员的 秃头 速度...

作者 | Nick Roberts 编译 | AI 科技大本营(ID:rgznai100) 自 2008 年成立以来,Stack Overflow 一直在拯救所有类型的开发人员。...Ruby ? Ruby 首次出现在 90 年代中期,现在已经成为服务器端框架 ruby-on-“ rails ”(右上方)的主要语言。 C# ?...3D 视频游戏的基本视觉构建是多边形,多边形的基本构建是 “vector”(中 右)。 Java ? Java(1995)作为一种通用的 “一次写入,随处运行” 的语言创建。...这就解释了为什么我们看到在 SQL 中 “ database ” 是一个普遍被讨论的概念,但在 Objective-C 等语言中却不是这样。...例如字符串和数组(显然不是整数、浮点数或布尔)的基本数据类型是常见的痛点,这导致所有有信条的开发人员转向 Stack Overflow。

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《Effective-Ruby》读书笔记

很重要的一点是,模块永远不会重载类中的方法,因为模块插入的位置是包含它的类的上方, Ruby 总是会在向上检查之前先检查类本身。 (好吧······这不是全部的事实。...中多数对象都是通过引用不是通过实际来传递的,当将这种类型的对象插入容器时,集合类实际存储着该对象的引用不是对象本身。...| accumulator + element end end # 另一个快捷操作方式对处理本身很方便:可以给 reduce 传递一个符号(symbol)不是。...# 传给 Hash::new 的可以有选择地接受两个参数:哈希本身和将要访问的键 # 这意味着我们如果想去改变哈希也是可的,那么当访问一个不存在的键时,为什么不将其对应的设置为一个新的空数组呢?...Ruby 2.1 的槽大小为 40 字节,然而并不是所有的对象都是这么大。 比如,一个包含 255 个字节的字符串对象。如果对象的大小超过了槽的大小,Ruby 就会额外向操作系统申请一内存。

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​什么问题最让程序员头秃?我们分析了11种语言的11000个问题

导读:自 2008 年成立以来,Stack Overflow 一直在拯救所有类型的开发人员。自那时以来,开发人员提出了数百万个关于开发领域的问题。...04 Ruby ? Ruby 首次出现在 90 年代中期,现在已经成为服务器端框架 ruby-on-“ rails ”(右上方)的主要语言。 05 C# ?...3D 视频游戏的基本视觉构建是多边形,多边形的基本构建是“vector”(中右)。 07 Java ? Java(1995)作为一种通用的“一次写入,随处运行”的语言创建。...这就解释了为什么我们看到在 SQL 中“ database ”是一个普遍被讨论的概念,但在 Objective-C 等语言中却不是这样。...例如字符串和数组(显然不是整数、浮点数或布尔)的基本数据类型是常见的痛点,这导致所有有信条的开发人员转向 Stack Overflow。

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哪些开发问题最让程序员“头秃”?我们分析了Stack Overflow的11000个问题

作者 | Nick Roberts 编译 | AI科技大本营(ID:rgznai100) 自 2008 年成立以来,Stack Overflow 一直在拯救所有类型的开发人员。...Ruby ? Ruby 首次出现在 90 年代中期,现在已经成为服务器端框架 ruby-on-“ rails ”(右上方)的主要语言。 C# ?...3D 视频游戏的基本视觉构建是多边形,多边形的基本构建是“vector”(中右)。 Java ? Java(1995)作为一种通用的“一次写入,随处运行”的语言创建。...这就解释了为什么我们看到在 SQL 中“ database ”是一个普遍被讨论的概念,但在 Objective-C 等语言中却不是这样。...例如字符串和数组(显然不是整数、浮点数或布尔)的基本数据类型是常见的痛点,这导致所有有信条的开发人员转向 Stack Overflow。

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​哪些开发问题最让程序员“头秃”?我们分析了Stack Overflow的11000个问题

作者 | Nick Roberts 编译 | AI科技大本营(ID:rgznai100) 自 2008 年成立以来,Stack Overflow 一直在拯救所有类型的开发人员。...Ruby ? Ruby 首次出现在 90 年代中期,现在已经成为服务器端框架 ruby-on-“ rails ”(右上方)的主要语言。 C# ?...3D 视频游戏的基本视觉构建是多边形,多边形的基本构建是“vector”(中右)。 Java ? Java(1995)作为一种通用的“一次写入,随处运行”的语言创建。...这就解释了为什么我们看到在 SQL 中“ database ”是一个普遍被讨论的概念,但在 Objective-C 等语言中却不是这样。...例如字符串和数组(显然不是整数、浮点数或布尔)的基本数据类型是常见的痛点,这导致所有有信条的开发人员转向 Stack Overflow。

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通过 for 循环,比较 Python 与 Ruby 编程思想的差别

Ruby 与 Python 之间的差异在很大程度上可通过for循环看出本质。 Python 拥有for语句。对象告诉for如何进行协作,for的循环体会处理对象返回的内容。 Ruby 则相反。...Ruby 将过程代码放在代码中,这样它们就可以被用于传递。 然后,在each方法中,使用yield与代码进行交互,将传递给代码来做你需要做的事情(对于任何方法,代码都是一种隐式参数)。...然而,Ruby 却将其颠倒过来。Ruby 将面向对象作为金字塔的基础。Ruby 在代码中包含了混乱的过程世界,让对象使用这些过程。...也许这就是为什么它在系统资源密集的数值计算领域中,找到了用武之地。 难怪 Ruby 很适合开发人员构建更流畅、也许更安全的 API 和 DSL。...Ruby 希望程序员对领域进行建模,不是对编程环境进行建模,这对于许多工作来说,似乎是正确的方法。

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通过 for 循环,比较 Python 与 Ruby 编程思想的差别

对象告诉for如何进行协作,for的循环体会处理对象返回的内容。 Ruby 则相反。在 Ruby 中,for本身(通过each)是对象的一个方法。调用者将for循环体传递给这个方法。...Ruby 将过程代码放在代码中,这样它们就可以被用于传递。 然后,在each方法中,使用yield与代码进行交互,将传递给代码来做你需要做的事情(对于任何方法,代码都是一种隐式参数)。...然而,Ruby 却将其颠倒过来。Ruby 将面向对象作为金字塔的基础。Ruby 在代码中包含了混乱的过程世界,让对象使用这些过程。...也许这就是为什么它在系统资源密集的数值计算领域中,找到了用武之地。 难怪 Ruby 很适合开发人员构建更流畅、也许更安全的 API 和 DSL。...Ruby 希望程序员对领域进行建模,不是对编程环境进行建模,这对于许多工作来说,似乎是正确的方法。

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通过 for 循环,比较 Python 与 Ruby 编程思想的差别

对象告诉for如何进行协作,for的循环体会处理对象返回的内容。 Ruby 则相反。在 Ruby 中,for 本身(通过 each)是对象的一个方法。调用者将for循环体传递给这个方法。...Ruby 将过程代码放在代码中,这样它们就可以被用于传递。 然后,在each方法中,使用yield与代码进行交互,将传递给代码来做你需要做的事情(对于任何方法,代码都是一种隐式参数)。...然而,Ruby 却将其颠倒过来。Ruby 将面向对象作为金字塔的基础。Ruby 在代码中包含了混乱的过程世界,让对象使用这些过程。...也许这就是为什么它在系统资源密集的数值计算领域中,找到了用武之地。 难怪 Ruby 很适合开发人员构建更流畅、也许更安全的 API 和 DSL。...Ruby 希望程序员对领域进行建模,不是对编程环境进行建模,这对于许多工作来说,似乎是正确的方法。

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通过 for 循环,比较 Python 与 Ruby 编程思想的差别

Ruby 与 Python 之间的差异在很大程度上可通过for循环看出本质。 Python 拥有for语句。对象告诉for如何进行协作,for的循环体会处理对象返回的内容。 Ruby 则相反。...Ruby 将过程代码放在代码中,这样它们就可以被用于传递。 然后,在each方法中,使用yield与代码进行交互,将传递给代码来做你需要做的事情(对于任何方法,代码都是一种隐式参数)。...然而,Ruby 却将其颠倒过来。Ruby 将面向对象作为金字塔的基础。Ruby 在代码中包含了混乱的过程世界,让对象使用这些过程。...也许这就是为什么它在系统资源密集的数值计算领域中,找到了用武之地。 难怪 Ruby 很适合开发人员构建更流畅、也许更安全的 API 和 DSL。...Ruby 希望程序员对领域进行建模,不是对编程环境进行建模,这对于许多工作来说,似乎是正确的方法。

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display属性,及其区别

; display: ruby-text; display: ruby-base-container; display: ruby-text-container; /* values...设置了inline-block的元素虽然会有内联元素的效果,但是却可以设置宽高margin,padding等 其他 display:block的元素和级元素并不是一个概念。...例如,元素默认的display是list-item,元素默认的display是table,但是它们均是“级元素”,因为它们都符合级元素的基本特征,也就是一个水平流上只能单独显示一个元素...,多个级元素则换行显示 display:inline-block的元素为什么可以设置宽高?...于是,为block的元素实际由外在的“级盒子”和内在的“级盒子”组成,为inline-block的元素则由外在的“内联盒子”和内在的“级盒子”组成,为inline的元素则内外均是“内联盒子”

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Java转Ruby【快速入门】

动态类型 Ruby 中的数据更像是一种符号,在使用的时候不检查类型,而是在运行时动态的检查。 为什么Ruby ?...Ruby 用户可以尝试 WxRuby、 FXRuby、 Ruby-GNOME2、 Qt 或 Ruby 内置的 Tk。 定义像类这样的东西时,可以使用 end 关键字,不使用花括号包裹代码。...构造器总是命名为“initialize” 不是类名称。 作为接口的替代,你将获得“混入(mixins)”。 相比 XML,倾向于使用 YAML。 nil 替代 null。...end end 当访问一个数组的第一个或者最后一个元素,倾向使用 first 或 last 不是 [0] 或 [-1]。 优先使用 字符串插 来代替 字符串串联。...符号是唯一的标识符,表示静态字符串表示更改的

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SASS学习笔记(一)

一、为什么使用SASS CSS不是编程语言,没有变量、条件语句等等,只是单纯的描述,因此为CSS加入编程元素(即“CSS预处理器”)。...语言写的(但是两者语法没有关联,没有Ruby的基础没关系),所以安装SASS之前必须先安装Ruby。...以下均在Windows7操作系统下 1)http://rubyinstaller.org/downloads/  下载ruby(我选择的是Ruby2.2.3(x64)) 2)正常安装,选择框均全选(添加...允许一个选择器继承另一个选择器,@extend 命令 .class1{    color : red; } .class2{   @extend : .class1; } 2)Mixin,使用@mixin 命令定义代码,...用@include 调用这个代码 2.1)@mixin left{   float:left; } div{   @include  left; } 2.2)用mixin指定参数和缺省 @mixin

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Google 是如何设计 Ruby Serverless Runtime 的?

Google 在设计 Ruby Serverless Runtime 时面临的一些设计问题,做出的决策以及为什么做出这些决策。...当我们编写代码并将其封装在 def 中时,我们正在编写一个方法,这是响应发送给对象的消息运行的代码。这是一个重要的区别,因为组成方法调用上下文的对象和类不是 Serverless 抽象的一部分。...这就是为什么这种“顶级”方法在简单的单文件 Ruby 脚本和 Rakefiles 中很常见,但在大型 Ruby 应用程序中不推荐使用。...它不必是合法的 Ruby 方法名称,也不必担心它与 Ruby 关键字冲突。 比方法具有更多的传统词法作用域,因此其行为与其他语言中的函数更相似。 语法使管理函数定义更加容易。...这实际上是我们选择使用语法不是方法语法的另一个原因。方法隐含对象,对象以实例变量的形式携带状态,这些状态在无状态 FaaS 环境中可能无法正常工作。

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java提高篇之异常(下)

1、———–1 对于这个try…catch,我想他的真正目的是捕获SQL的异常,但是这个try不是包含了太多的信息了。这是我们为了偷懒养成的代码坏习惯。...有些人喜欢将一大的代码全部包含在一个try里面,因为这样省事,反正有异常它就会抛出,不愿意花时间来分析这个大代码有那几块会产生异常,产生什么类型的异常,反正就是一篓子全部搞定。...这就想我们出去旅游将所有的东西全部装进一个箱子里面,不是分类来装,虽不知装进去容易,找出来难啊!!!所有对于一个异常,我们应该仔细分清楚每块的抛出异常,因为一个大代码有太多的地方会出现异常了。...为什么!首先我们需要明白catch所表示是它预期会出现何种异常,并且需要做何种处理,而使用Exception就表示他要处理所有的异常信息,但是这样做有什么意义呢?...对于异常还有以下几个注意地方: 六、不要在finally中处理返回。 七、不要在构造函数中抛出异常。

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JVM(三)对象的生死判定和算法详解

如何在垂死的边缘“拯救”一个将死对象?判断对象的生死存活都有那些算法?本文带你一起找到这些答案。 在正式开始之前,我们先来了解一下垃圾回收。...为什么要学习GC? 1、排查内存溢出和内存泄露的问题。 2、系统调优,处理更高的并发瓶颈。 GC的作用 1、找到内存空间的垃圾。 2、回收垃圾。...在JDK1.2之前,引用的定义很传统:如果reference类型的数据中存储的数值代表的是另一内存的起始地址,就称这块内存代表着一引用。...jvm会确保在抛出OutOfMemoryError之前,清理软引用指向的对象。 弱引用:非必需对象,但它的强度比软引用更弱,被弱引用关联的对象只能生存到下一次垃圾收集发生之前。...死亡标记与拯救 在可达性算法中不可达的对象,并不是“非死不可”的,要真正宣告一个对象死亡,至少要经历两次标记的过程。

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