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「R」Shiny 教程笔记

整理之前知识星球打卡汇总的 Shiny 笔记,作为速学、速查使用和分享。 基于 https://shiny.rstudio.com/tutorial/ 视频而非文字教程写的笔记。...: 自己的 linux 服务器上管理和部署 shiny 的软件 Download Shiny Server - RStudio更多 shiny 内容:Shiny最后就是复习,第一部分总的下来是非常简单的...p12:使用 observeEvent 进行事件触发 有时候我们需要做一些按按钮才进行分析或者绘图的触发操作,在前端我们可以使用 actionButton,服务端我们需要使用 observeEvent...() 触发相应的工作代码。...除了 observeEvent(), observe 也可以用来进行触发,它更加底层,只需要输入一个表达式,表达式内部的响应值都将被监测,当有任何值改变时,整个表达式将重新执行。 ?

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R 语言中常见的 10 个错误,看到第 7 个会不会感觉很神奇?

通过纠正拼写错误。 > rnorm(1) [1] -0.7503872 CASE 2 : 或者(大多数情况下)您忘记了加载包含该函数的软件包。...错误消息中包含解决方案。 Correction : 错误消息中已经给出了如何校正的方法。您只输入了一个=,但条件必须用==编写。...Rmd 更加棘手,因为您没办法通过查看终端来检查确实已经发送给 R 的内容。 Correction : 已经修复了!现在,您已收到 R 发送的一条错误消息,重新启动您的指令,即可成功执行。 9....) { res <- input$go } shinyApp(ui, server) 您使用 Shiny 并尝试observe(),observEvent(),reactive(),render..., output, session) { r <- reactiveValues(x=NULL) observeEvent( TRUE ,once = TRUE, { r$x <- input

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把你的shiny网页工具部署云服务器

但是课题组后面很多的项目都基于这份核心种质资源,实验室成员常常需要检索分析某些基因的特定SNP,所以我自学了一段时间的Shiny之后就尝试着搭建了一个Shiny app并利用Shiny-server部署课题组的服务器上...具体就是这个包我是从CRAN安装的,但是利用rsconnect检测的时候显示genetics的来源是BioConductor,这就很尴尬了,Google发现很多用户都遇到个类似的问题,有的解决办法是从GitHub...上安装绕过了这个问题,genetics好像不能通过GitHub安装,所以没办法只能弃之,自己购买一个云服务器进行部署。...地域选择的话我选了华东(杭州),我不记得在哪看了篇博客,里面测试发现不同区域之间差别不大,所以我也没纠结,就选了所在城市地域。...所有准备环境准备好了之后,就可以将Shiny app文件上传到/srv/shiny-server目录里面,可能需要修改目录所属权限: sudo chown -R shiny:shiny shiny-server

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生信爱好者周刊(第 33 期):科研与生活

本周话题:科研与生活 硕博期间,你可能感受不到这个话题的意义,但正式步入工作,全盘接触人类的生活,操心吃喝拉撒,生活是必然的,生活也是必须处理和面对的。...在这个话题链接的文章中有一段话印象深刻:“你有没有时间陪孩子家人和你做啥工作有多忙真没太大关系,关键是你有没有真正把孩子家人放第一位,舍不舍得把时间给他们。”我们从小学会了被爱,但你我也会学会爱人。...此外,研究团队还发现肿瘤通过典型、独特的进化轨迹发展,干扰额外的肿瘤抑制因子可以加速肿瘤的进展。该研究以前所未有的规模和分辨率重建了从单一转化细胞到复杂、侵袭性肿瘤群体的肿瘤演化全过程。...31%的ecDNA样本中发现APOBEC3相关的kataegis事件和染色体外DNA(ecDNA)的共同出现,并将这种情况称为kyklonas事件。...高级R用户已经可以完成这里所涉及的一,但是使用janitor他们可以更快地完成,并把他们的想法留给有趣的东西。

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生信爱好者周刊(第 50 期):顶级1区期刊宣布:明年起将不再拒稿!

现在,科学与伪科学都在期刊里泛滥,阴性结果被大量隐藏,但期刊开放让整个科学环境逐步面向更广泛大众,但科学技术的专业性审稿人也未必能把握发表的界限,一公开透明是很好的方式:科学期刊编辑把握创新性和文章整体质量...,具体怎么评价交给公开透明的评审和能看到一的读者。...Murray、张鹏、戴晓晨等人在国际顶尖医学期刊 Nature Medicine 发表了5篇研究论文(Aticles),这一系列研究提出了一种标准化方法,量化了风险因素(例如吸烟、高血压、饮食)与健康结局之间关联的证据强度...作者初步想针对写作格式、英语写作和写作逻辑问题讲起,相关问题可通过Github上提出issue与作者进行交流。...本文通过测试数据对三种不同的转录组差异分析方法——edgeR, DEseq2和limma进行对比,从结果看三种差异分析方法整体一致性比较高。

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「R」Shiny:案例研究:急诊室受伤情况分析

后台的机器人关了,没时间搞懂用法,反而是一种干扰,如果之前有打扰到读者,抱歉抱歉~ 之前的推文中我们学习了一堆的知识与概念,为了帮助大家吸收,接下来我们将一起通过创建一个探究有趣数据集的 Shiny...因此,让我们制作一个 Shiny 应用! 原型 构建复杂的应用程序时,我强烈建议读者尽可能简单地开始,这样你就可以开始做更复杂的事情之前确认基本的机制是正常工作的。...快速让基础功能工作和规划 Shiny 应用的未来之间存在着复杂关系。...这是一种合理的通用模式:我们可以在数据分析中创建变量,以将分析分解为多个步骤,并避免多次重新计算,而响应式表达式 Shiny 应用程序中扮演相同的角色。...通常,启动 Shiny 应用程序之前花一点时间清理分析代码是个好主意,因此,增加反应性的复杂性之前,我们可以常规 R 代码中考虑这些问题。

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数据结构——树、森林和二叉树的转换

介绍树的存储结构时,就说到了树的孩子兄弟表示法可以将一棵树用二叉链表进行存储,所以借助二叉链表,树和二叉树可以互相转换。从物理结构上来看,它们的二叉链表也是相同的,只是介绍不太一样而已。...树转换为二叉树 将树转换为二叉树的步骤如下: 加线:在所有的兄弟结点之间加一条连线; 去线:对树中的每个结点,只保留它与第一个孩子结点的连线,删除它与其他孩子结点之间的连线; 层次调整:以树的根结点为轴心...森林转换为二叉树 森林是由若干棵树组成的,所以可以完全理解为,森林中的每一棵树都是兄弟,可以按照兄弟的处理办法来操作。...当所有的二叉树连接起来后就得到了由森林转换来的二叉树。 ? 二叉树转换为树 二叉树转换为树是树转换为二叉树的逆过程,也就是反过来做而已。...二叉树转换为森林 判断一棵二叉树能够转换为一棵树还是森林,标准很简单,那就是只要看这棵二叉树的根结点有没有右孩子,有的就是森林,没有的就是一棵树。

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只需训练一次,即可生成3D新场景!谷歌「光场神经渲染」进化史

通过训练和推理过程中强制执行几何约束,场景几何被隐含地从一组稀疏的视图中学习。 该模型多个正向和360°数据集上的表现优于最先进的模型,并且具有严重的视线依赖性变化的场景上有较大的余地。...LFNR最流行的视图合成基准(NeRF的Blender和Real Forward-Facing场景以及NeX的Shiny)上相比sota模型峰值信噪比(PSNR)的提升幅度高达5dB,相当于将像素级的误差减少了...与之前的方法如NeX和NeRF相比,它们就没办法重现与视线相关的效果,如NeX/Shiny数据集中的实验室场景中的试管的半透明性和折射率。 一次训练,泛化新场景 但LFNR也有局限性。...通过模型中增加一个Transfomre,使其在其他两个Transformer之前运行,并在所有参考图像的相同深度的点之间交换信息。...GPNRNeX/Shiny和LLFF的保持场景上生成的视图细节,没有进行任何微调。与IBRNet相比,GPNR可以更准确地再现叶片上的细节和通过镜头的折射。

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只需训练一次,即可生成3D新场景!谷歌「光场神经渲染」进化史

通过训练和推理过程中强制执行几何约束,场景几何被隐含地从一组稀疏的视图中学习。 该模型多个正向和360°数据集上的表现优于最先进的模型,并且具有严重的视线依赖性变化的场景上有较大的余地。...LFNR最流行的视图合成基准(NeRF的Blender和Real Forward-Facing场景以及NeX的Shiny)上相比sota模型峰值信噪比(PSNR)的提升幅度高达5dB,相当于将像素级的误差减少了...与之前的方法如NeX和NeRF相比,它们就没办法重现与视线相关的效果,如NeX/Shiny数据集中的实验室场景中的试管的半透明性和折射率。 一次训练,泛化新场景 但LFNR也有局限性。...通过模型中增加一个Transfomre,使其在其他两个Transformer之前运行,并在所有参考图像的相同深度的点之间交换信息。...GPNRNeX/Shiny和LLFF的保持场景上生成的视图细节,没有进行任何微调。与IBRNet相比,GPNR可以更准确地再现叶片上的细节和通过镜头的折射。

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中、英文与数字月份互转,总有一种你会用到!

也往往可以通过先转为规范的能识别的日期入手解决。...2 中英文月份和数字格式之间的转换问题,通常是因为显示形式的需要,所以,最常用的情况,其实是数字形式转为中文或英文,如图中的1和2,而这个,PQ里的处理也最简单。...当然,单纯从月份转换来说,这个转换需求也是有可能存在的。...3 前面我们讲过,各种格式之间的转换,可以通过先转为规范能识别的日期入手,所以,对于月份的转换,除上面提到的第4种特殊情况外,都可以先考虑给月份随便在前面加上年、后面加上日,构造成一个PQ能识别的日期...) 2、数字转英文 = Date.MonthName([月份转日期],"en-US") 3、英文转数字 = Date.Month([英文转日期]) 4、中文转数字 因为中文月份没办法转为日期

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甲方“又要快、又要好”我该怎么办?

它就如同那些 “五彩斑斓的黑”、“放大的同时缩小”一样令人头大,那么究竟有没有办法能够解决这个问题呢?...从创作者的⻆度看,好的品质一定是用时间换来的,作品的成败在于反复的推敲与修正。 老板的视角/Time=Money ? 而从老板的视⻆去看,时间即是金钱,降低时间成本,便便是让利益最大化的根本体现。...那么,是不是所谓的 “又快又好” 是一个没办法实现的难题呢?当然不是,一都是相对而言的。累死设计师的不是工作,而是工作方法。 如果在合理的时间内,工作进度依然向后拖延了很多,不不能按时完成手里的活。...有没有想过,是不是因为自己平时工作拖拉,低率、懒散、纠结、或许是工作方法上出了什么问题。那么我们在这里不妨一起来总结一下,日常工作中都有哪些因素会影响到你的工作时间。 ? ? ?...如果在一天之中,需要完成:工作、学习、生活、爱好、放松以及社交这六项任务,并且他们之间并不具备关联,我们就可以将时间划分成六个独立的区域。

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语言并不是使用Serverless跨不去的门槛

语言并不是使用Serverless跨不去的门槛 我们使用Serverless进行开发的时候,你有没有想过这个问题,Serverless支持Java,Python,NodeJS等一些主流语言,那么碰到我们不支持的语言的时候...当我们需要一些依赖的时候,我们也是通过函数引入依赖,然后一起打包给FaaS平台,进行使用,各个语言有不同的安装依赖的方式,但是都是想想办法将依赖放入应用服务中,交给FaaS平台。...但需要注意的是,FaaS平台对我们上传的代码大小是有限制的,不需要的依赖包尽量不引入,并想办法压缩一下。 自定义运行时 有了上面的安装依赖的过程,要解决我们让FaaS支持我们自定义的语言就没那么难了。...要让Serverless支持某种语言,我们需要做的就是FaaS中创建我们需要的运行环境,怎么创建呢,FaaS不帮我们做这件事情,我们能控制的就是函数,那么我们把这些运行环境和函数一起打包部署FaaS...至于触发触发函数的问题,在你自定义的语言中的函数实现一个Http服务,FaaS平台会将触发器事件转发到这个http服务中,与我们自定义的运行时之间通过http请求进行通信的。

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买鞋狂魔看过来,大数据告诉你怎么买到物美价廉的鞋子!

本文数据侠分析了美国鞋品消费数据,并通过可视化技术获得了一些洞察,快来看看吧! ▍项目概况 你是否也是个“买鞋狂魔”?是否也希望能时刻知道自己种草的牌子最近有没有打折?...作为一个视鞋如命的购物狂,我决定通过数据分析来帮自己购物前做更好的数据驱动的决定。...Kaggle上有一个现成的数据集,包含从Datafiniti产品数据库里爬取的从2014到2017年间的10000双女鞋的相关数据(值得一提的是,这是一个从上千个在线零售商处获取的9300万款产品以及...我还在Shiny App上通过可视化展示了这个项目,接下来我会分析以下问题: 鞋子的款式与品牌、价格以及经销商之间的关系是怎样的? 鞋子品牌与经销商和价格的关系是怎样的?...拉夫劳伦官网(ralphlauren.com)的鞋子价格区间分布最广 Sears.com是其中唯一一个销售奢侈品级鞋品的多品牌销售平台,有趣的是,它的平台上有各种款式的鞋子,唯独没有球鞋 大部分销售平台都会提供所有款式

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NFT 合约中优秀的开发模式

例如,你可以不为每一次铸币触发一个转移事件,而只触发一个事件,并在事件中指定整个批次的铸币。另一个例子是每个批次只更新一次所有者余额,而不是每一次铸币之后。...这个数据可以在运行时通过向左读直到找到所有者信息来推断。 每批只触发一个转移事件。...使用默克尔树的合约: Crypto Coven OKPC 可升级/可替换的元数据合约 如果你以后想升级你的 NFT 的展现,或者链上和链下的渲染之间切换,你应该让元数据合约可被替换。...你可以通过代币被铸造后才披露元数据来解决第一个问题(更多信息这里[9])。或者你可以使用分批渐进式披露。另外所有的链上数据都会被读取和利用。所以铸币开始前不要验证你的合约。...第二个问题可以通过随机化铸币顺序来解决。链上随机化是很难的。以太坊没有内置的随机数生成器,所以人们一直使用各种技巧,如使用当前区块号作为种子和/或将其与矿工地址相结合以获得额外的随机性。

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前端开发工程师有必须重视的几个性能指标

当用户访问一个页面: 2秒内得到照应时,会感觉系统照应很快; 2-5秒之间得到照应时,会感觉系统的照应速度还可以; 5-8秒以内得到照应时,会感觉系统的照应速度很慢,但可以承受; 而逾越8秒后依然无法得到照应时...TTST标明BODY中一静态脚本加载和实行的时间。...不支持DOMContentLoaded工作的浏览器中可以通过仿照获取近似值,首要的仿照办法有: 1)低版本webkit内核浏览器可以通过轮询document.readyState来结束 2)ie中可通过...可参看webPagetest的Speed Index算法; 2)一般影响首屏的首要要素是图片的加载,通过页面加载完后判别图片是否首屏内,找出加载最慢的一张即可视为首屏时间。...,标明原始文档和一引用的内容现已加载结束,用户最显着的感觉就是浏览器tab上loading状况完毕。

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Sentinel 隔离和降级

如果说在做服务调用的时候啊,异常的比例过高,触发了预值就会熔断该服务。 拦截访问该服务的一请求,那这样呢,就会把这个故障的服务隔离开了,不会让它影响到我们正常的服务。...而这个达成熔断的条件啊,Sentinel里边就叫做熔断的策略。 我们知道断路器要想从closed进入open的状态。需要判断服务有没有触发熔断的条件,而熔断条件的判断啊,就是依据熔断策略来完成的。...那十次里边,如果超过500毫秒的这种慢调用比例达到了一半以上啊,那也就是达到了五个。那么我就触发熔断,而熔断时间啊是五秒钟。 那下边呢,我们就通过一个案例来实践一下啊。...手动抛出异常,以触发异常比例的熔断: 2 设置熔断规则 下面,给feign接口设置降级规则: 规则: 5次请求中,只要异常比例超过0.4,也就是有2次以上的异常,就会触发熔断。...3 测试 浏览器快速访问:http://localhost:8088/order/102,快速刷新5次,触发熔断:

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数据偏度介绍和处理方法

皮尔逊中位数偏度是计算均值和中位数之间有多少个标准差。 真实的观测很少有刚好为0的皮尔逊偏中值。因为如果数据的值接近于0,则可以认为它具有零偏度,但是实际数据中很少有没有零偏度的分布数据。...那么公式如下: 如果该值介于: ·-0.5和0.5,值的分布几乎对称 ·-1和-0.5之间为负偏斜,0.5到1之间为正偏斜。偏度适中。...特别是如果偏斜是轻微或中度的,最好的办法就是忽略它。 数据转换:通过对数据应用某种变换,可以调整数据的分布形状,使其更接近对称分布。常见的数据转换方法包括取对数、开方、平方根等。...比如说非参数方法:如果数据的偏度较大,而且无法通过简单的转换来纠正,可以考虑使用非参数统计方法。...它描述了数据分布的尾部平均值的哪一侧更重或更长。通过计算偏度,可以更好地了解数据的分布特征,并在需要时采取适当的数据处理或分析方法。

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