首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

Slurm作业数组提交严重未充分利用可用资源

Slurm作业数组提交是一种在高性能计算环境中,通过将多个相似的任务组织成一个作业数组来提高资源利用率的方法。下面是对该问题的完善且全面的答案:

概念: Slurm是一种开源的作业调度系统,用于管理和调度大规模的计算集群。作业数组提交是Slurm中的一种特性,允许用户将多个相似的任务组织成一个作业数组进行提交和调度。

分类: 作业数组可以分为两种类型:均匀数组和非均匀数组。

  • 均匀数组:所有任务在资源需求和执行时间上都是相同的。
  • 非均匀数组:任务在资源需求和执行时间上存在差异。

优势: 作业数组提交可以带来以下优势:

  1. 提高资源利用率:通过将多个相似的任务组织成一个作业数组,可以更好地利用可用资源,避免资源的浪费。
  2. 简化管理:作业数组可以简化任务的管理和调度过程,减少用户的工作量。
  3. 提高效率:作业数组可以并行执行任务,从而提高整体的计算效率。

应用场景: 作业数组提交适用于以下场景:

  1. 批量任务:当需要同时运行多个相似的任务时,可以将它们组织成一个作业数组进行提交,提高效率。
  2. 参数扫描:当需要对一组参数进行扫描或优化时,可以使用作业数组提交来并行执行不同参数的任务。
  3. 数据处理:在大规模数据处理场景下,可以将数据分成多个任务,通过作业数组提交并行处理,加快处理速度。

推荐的腾讯云相关产品: 腾讯云提供了一系列适用于高性能计算的产品和服务,以下是一些推荐的产品:

  1. 弹性计算Elastic Compute (EC2):提供灵活的计算资源,可用于部署和运行作业数组。
  2. 批量计算BatchCompute:提供高性能的批量计算服务,支持作业数组提交和管理。
  3. 弹性容器实例Elastic Container Instance (ECI):提供轻量级的容器实例,可用于快速部署和运行作业数组。

产品介绍链接地址:

  1. 弹性计算Elastic Compute (EC2):https://cloud.tencent.com/product/cvm
  2. 批量计算BatchCompute:https://cloud.tencent.com/product/bc
  3. 弹性容器实例Elastic Container Instance (ECI):https://cloud.tencent.com/product/eci

请注意,以上推荐的产品和链接仅为示例,实际选择产品时应根据具体需求进行评估和选择。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

【科研利器】slurm作业调度系统(四)

在我们实际操作过程中,最常见的一种情况就是我提交作业却没有被运行。前面的教程【科研利器】slurm作业调度系统(一)中我们说过,超算集群上不只有我们在使用,还有很多的用户同时也在提交作业、运行程序。...而超算上的计算资源却是有限的。所以当作业提交以后,其能否运行会取决于用户申请的资源配置情况以及当前系统内计算资源被使用的情况。...其中 NODELIST(REASON) 一栏包含很多非常有用的信息,在作业运行时,它会显示运行的原因;当作业在运行时,它会显示作业是在哪个节点运行的、运行了多长时间等信息。...其中的加粗部分表示异常原因,用户需要修改 slurm 脚本或联系管理员。这里需要注意的是,用户申请的资源超过当前 QoS 限制时,slurm作业调度系统会直接拒绝该任务。...可以通过以下命令可以查看不同分区下可用的qos,在作业脚本在进行相应的修改。

3K40

Slurm 快速入门:资源管理与作业调度系统

目标 slurm 实体 让用户请求计算节点进行分析(作业) 提供一个框架(命令)来启动、取消和监控作业 跟踪所有作业,以确保每个人都可以有效地使用所有计算资源,而不会互相干扰。 3....命令 command Description sbatch 向 SLURM 提交批处理脚本 squeue 列出当前正在运行或在队列中的所有作业 scancel 取消提交的工作 sinfo 检查所有分区中节点的可用性...它可以显示所有使用超级计算机的人提交SLURM 调度程序的所有作业的列表。此命令可以告诉您超级计算资源的繁忙程度以及您的作业是否正在运行。...的名称 USER 提交作业的用户名 ST 作业状态,running(R), PenDing(PD) NODES 请求的节点数 NODELIST(REASON) 作业在哪个节点上运行(或运行的原因)...3.3. sbatch sbatch 命令是最重要的命令,用于向超级计算集群提交作业作业是在计算资源上运行的脚本。该脚本包含您要在超级计算节点上运行的命令。

2.3K50

Slurm学习笔记(二)

• State:状态: – UP:可用作业可以提交到此队列,并将运行。 ​ – DOWN:作业可以提交到此队列,但作业也许不会获得分配开始运行。已运行的作业还将继续运行。 ​...– DRAIN:不接受新作业,已接受的作业可以被运行。 ​ – INACTIVE:不接受新作业,已接受的作业开始运行的也不运行。 ​ • TotalCPUs:总CPU核数。 ​...• AvailableFeatures:可用特性。 • ActiveFeatures:激活的特性。 • Gres:通用资源。如上面Gres=gpu:v100:2指明了有两块V100 GPU。...• Version:Slurm版本。 • OS:操作系统。 • RealMemory:实际物理内存,单位GB。 • AllocMem:已分配内存,单位GB。 • FreeMem:可用内存,单位GB。...• Gres:通用资源。 • Reservation:预留资源。 • OverSubscribe:是否允许与其它作业共享资源,OK允许,NO不允许。

3.7K20

slurm学习笔记(一)

Slurm 维护着一个待处理工作的队列并管理此工作的整体资源利用,它以一种共享或非共享的方式管理可用的计算节点(取决于资源的需求),以供用户执行工作,所有需运行的作业无论是用于程序调试还是业务计算均必须通过交互式并行...srun、批处理式sbatch或分配式salloc等命令提交提交后可以利用相关命令查询作业状态等,Slurm 会为任务队列合理地分配资源,并监视作业至其完成。...交互式作业提交(采用srun命令提交): 资源分配与任务加载两步均通过srun命令进行: 当在登录shell中执行srun命令时, srun首先向系统提交作业请求并等待资源分配,然后在所分配的节点上加载作业...实时分配模式作业(采用salloc命令提交): 分配作业模式类似于交互式作业模式和批处理作业模式的融合。 用户需指定所需要的资源条件,向资源管理器提出作业资源分配请求。...提交后,作业处于排队, 当用户请求资源被满足时,将在用户提交作业的节点上执行用户所指定的命令, 指定的命令执行结束后,运行结束,用户申请的资源被释放。

5.2K21

【科研利器】slurm作业调度系统(二)

前面我们对slurm作业调度系统进行了一个简单的介绍【科研利器】slurm作业调度系统(一),今天我们继续对如何用slurm提交批处理任务以及使用 sinfo、squeue、scontrol命令查询作业信息进行具体的介绍...1 查看可用资源 咱们在提交任务之前,务必先检查一下超算上可用的节点信息,比如计算资源是否充足、节点是否正在运行作业等。...脚本 在slurm作业调度系统下,主要支持两种作业形式:提交交互式任务和提交批处理任务。...slurm 脚本可以在本地编写后上传,也可以直接在超算上编辑。一个 slurm脚本可设置很多内容,比如作业提交到的分区、运行的最大时长等。以下给出一个常用的模板: #!...3 提交任务 将slurm脚本编写完毕并上传超算后(或直接在超算编辑),进入 slurm脚本的目录,使用如下命令完成脚本(test.slurm)的提交

3.8K22

CONQUEST 编译安装指南 Slurm

前言   在实际的生产环境中,使用单用户模式直接运行命令的机会不是很多,通常是采用提交作业任务给集群计算的方式。...PBS 简介   PBS (Protable Batch System) 作业管理系统会根据一个集群上的可用计算节点的计算资源管理和调度所有计算作业(无论是批处理作业还是交互式作业)。...PBS 常用命令 作业控制 qsub:提交作业 qdel:取消作业 qsig:给作业发送信号 qhold:挂起作业 qrls:释放挂起的作业 qrerun:重新运行作业 qmove:将作业移动到另一个队列...Slurm 常用命令 下面是一些最常用的 SLURM 命令: sacct:查看历史作业信息 salloc:分配资源 sbatch:提交批处理作业 scancel:取消作业 scontrol:系统控制 sinfo...workq(可根据实际进行修改,如与实际不一致 Slurm 主服务会启动不了),配置单用户可提交多个任务同时进行,并取消了资源使用的限制。

2.3K10

【科研利器】slurm作业调度系统(三)

上一期我们介绍了提交批处理任务的整个流程,包括查看资源、编写脚本、提交作业、查询作业信息等内容。...如果集群中部分机器是私有的,那么设置分区还可以使得只有部分用户能在这个分区提交作业,减少作业的排队时间。 不同分区除了计算资源的配置不同外,他们的最长作业时间限制也大多不同(从上表可以看出)。...为这样的作业设计 QoS 是非常有必要的。如下表所示两种 QoS,用户可根据需求自行选择。从中可以看到 debug 的 QoS 优先级高,但对每个用户的可用资源也相应变少。...通过sacctmgr 命令可以查询每个用户在每个分区下可用的QoS,具体可以通过 -h 参数进行学习。...如果作业恰好还没有运行我们是可以通过 scontrol 命令来修改作业的属性。 由于可修改的属性非常多,我们可以借助 slurm 自动补全功能来查看可修改的内容。

2.1K10

【科研利器】slurm作业调度系统(一)

1 Slurm作业调度系统简介 什么是作业调度系统呢?...这里,就需要用到作业调度系统了,可以进行计算资源的分配等工作。...3 一个案例 在这里,我们先给出一个使用slurm作业系统最常用的方式:提交 SLURM 作业脚本的批处理方式。至于slurm的具体使用及参数介绍,我们会在后面另推出文章进行讲解。...接着我们需要提交任务到超算上。在准备好slurm脚本后,使用如下命令就可以将刚才的任务提交上去,这里 sbatch 是提交 SLURM 脚本的命令。...2、编写 SLURM 脚本,设置作业属性(例如占用的资源,最长运行时间)。 3、提交作业脚本,检查任务状态(使用 squeue)。 4、等待运行结束,验收结果。 参考资料:北大超算指导手册

3.3K21

SLURM使用教程

我现在经常在实验室服务器上跑程序,而老师要求我们使用SLURM作业管理系统,网上资料零零散散,这篇文章算是一个简单的汇总 常用术语 user:用户名 node:计算节点 core:cpu核 job:作业...,一般指输出到屏幕的信息 命令 sbatch:提交作业脚本。...PARRITION:节点所在分区 AVAIL:分区状态,up标识可用,down标识不可用 TIMELIMIT:程序运行最大时长,infinite表示不限制,如果限制格式为days-houres:minutes...批处理模式提交作业 1.用户编写作业脚本 2.提交作业 3.作业排队等待资源分配 4.在首节点加载执行作业脚本 5.脚本执行结束,释放资源 6.用户在输出文件中查看运行结果 ?...开头,指定解释程序 脚本中可通过srun加载计算任务 一个作业可包含多个作业步 脚本在管理节点上提交,实际在计算节点上执行 脚本输出写到输出文件中 以下是一些常见的作业资源需求参数,使用#SBATCH

7.9K21

slurm--高吞吐量计算管理指南

这篇文章包含了Slurm管理员的信息,专门针对高吞吐量计算,即执行许多短作业。为高吞吐量计算获得最佳性能需要一些调整。.../proc/sys/net/ipv4/ip_local_port_range:识别可用的外部端口,这些端口用于许多Slurm通信。这个值可以提高以支持大量的通信。...设置选项 batch_sched_delay 将控制批处理作业的调度可以延迟多长时间。这只影响批处理作业。例如,如果每秒有许多作业提交,试图调度每个作业的开销会对作业提交速度产生不利影响。...设置选项defer将避免在作业提交时试图单独安排每个作业,而是推迟到以后可能同时安排多个作业的时候。当大量作业(几百个)同时提交时,这个选项可能会提高系统的响应速度,但它会延迟单个作业的启动时间。...当它们被启用时,必须为每个作业启动(或作业阵列的任务)创建一个单独的slurmctld线程。目前的架构需要在每个线程中获取一个作业写锁,这是一个昂贵的操作,严重限制了调度器的吞吐量。

1.2K00

slurm--核算和资源限制

概览 Slurm可以被配置为收集每个作业作业步骤执行的核算信息。核算记录可以被写入一个简单的文本文件或一个数据库。目前正在执行的作业和已经终止的作业的信息都是可用的。...sacct命令可以报告正在运行或已经终止的作业资源使用情况,包括单个任务,这对于检测任务之间的负载不平衡非常有用。sstat命令可用于仅对当前正在运行的作业进行统计。...我们建议将系统内存的很大一部分分配给它,记住运行MySQL/MariaDB的机器上的其他资源需求,大约在可用内存的5%到50%之间。...任何试图使用其他账户的行为都会导致作业被中止。如果他没有在作业提交命令中指定一个账户,那么账户test将是默认的。 还可以创建与特定分区绑定的关联。...DefaultAccount= 用户的默认账户,当提交作业时没有指定账户时使用。(创建时需要) DefaultWCKey= 用户的默认wckey,在提交作业时没有指定wckey时使用。

2.8K20

Slurm集群资源管理器的简单使用

Slurm是一个开源,容错,高度可扩展的集群管理和作业调度系统,适用于大型和小型Linux集群。...主要有三个功能: 它在一段时间内为用户分配对资源(计算节点)的独占和/或非独占访问,以便他们可以执行工作。 它提供了一个框架,用于在分配的节点集上启动,执行和监视工作(通常是并行作业)。...它通过管理待处理工作的队列来仲裁资源争用。 简单来说,slurm可以合理安排资源,让资源利用最大化。 举一个简单的例子: 1.构建一个脚本 test.sh #!..." srun sh try.sh # 提交任务也可以是任何别的命令 echo "END!..." 2.提交 sbatch sbatch test.sh 3.查看任务 squeue 类似于top命令。

2.3K20

【科研利器】slurm作业调度系统(五)

上一期我们给出了一些在slurm作业系统中常见的报错提示的含义及解决方法。今天我们主要来看看如何在超算中配置运行环境。”...但超算上的用户之多,我们在进行自己的作业任务时,难免会用到超算上没有具备的环境,又或者当前超算上的软件版本已经老旧,不适合我们的任务了。这时候我们便会用到本文所将介绍的内容,配置任务的运行环境。...2 查看超算中可用的的module 在我们运行一个作业任务之前,首先需要查看任务中用到的软件所需要的运行环境是否满足,否则可能无法使用该软件或者使用错误的版本。...那我们通过 slurm 脚本提交任务时,会分配到不同的计算节点上,并非我们的个人账户所在的节点。...对于这种情况,方便的做法是直接将 module 命令这一行写在slurm脚本中,随着它的运行自动在分配到的节点中加载所需 module 。 #!

1.7K40

服务器集群任务调度系统大比拼!

广州超算天河二号 普通刀片节点配备 两颗 Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2692 v2 @ 2.20GHz 共24物理核,内存为64G 调度系统为 Slurm, 以下为常用指令 yhi...(sinfo): 显示系统资源使用情况 yhi命令可查看当前账号可用队列的状态信息,主要用于查看队列中空闲节点情况,常用命令还有yhi -n cn12345查看指定节点信息, yhi -p paratera...平台普通节点配备两颗 Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2680 v3 @ 2.50GHz CPU,共24物理核,内存为128G 调度系统不明,可能是自研的, 以下为常用指令 qload -w: 显示可用队列资源使用情况.../path/job.sh bjobs: 查看已提交作业 bkill JOBID: 取消已提交作业 自建计算集群 调度系统为 SGE, 以下为常用指令 qconf -sql: 显示队列 qconf -sq...QUEUE: 显示指定队列信息 qhost: 查看计算节点使用情况 qsub: 提交作业 qstat:查看已提交作业 qdel JOBID: 取消已提交作业 分布式管理系统常用指令速查表 ?

5.2K41

slurm--大型集群管理指南

Slurm在更大数量级的系统上的运行已经通过仿真验证。在这种规模下获得最佳性能确实需要一些调整,本文件应该有助于让你有一个好的开始。对Slurm的工作知识应该被认为是本资料的先决条件。...通过使用可用的参数(RealMemory、CPU和TmpDisk)指定预期配置来优化性能。如果发现节点包含的资源比配置的少,它将被标记为 "下降 "而不被使用。...虽然Slurm可以很容易地处理一个异构的集群,但使用slurm.conf中最少的行数来配置节点,既可以使管理更容易,也可以使性能更好。...如果预计作业的吞吐量很高(即大量作业的执行时间很短),那么将MinJobAge配置为对你的环境实用的最小的间隔时间。MinJobAge指定了Slurm的控制守护程序在清除前保留已终止作业的最小秒数。...注意,即使消息丢失,也会被重新传送,但这将导致重新分配资源给新作业的延迟。 其他 Slurm在slurmd守护进程之间使用分层通信,以增加并行性和提高性能。TreeWidth配置参数控制消息的扇出。

1.8K20

生信自动化流程搭建 06 | 指令

可用的错误策略表: 名称 Executor terminate 报告错误情况后立即终止执行。待处理的作业被杀死(默认) finish 当出现错误情况时,启动有序的管道关闭,等待任何提交作业的完成。...lsf 该过程是使用Platform LSF作业计划程序执行的 slurm 该过程使用SLURM作业调度程序执行 pbs 使用PBS / Torque作业计划程序执行该过程 pbspro 该过程使用PBS...在Nextflow配置文件中定义时,可以使用规范的关联数组语法定义容器设置。...当它大于100时,作业将被提交到队列long,否则short将使用该作业。...动态重试 在某些情况下,所需的执行资源可能是暂时不可用的,例如网络拥塞。在这些情况下,立即重新执行任务可能会导致相同的错误。

1.6K10

slurm--cgoup v2插件

本文档概述了它是如何设计的,目的是为了更好地了解当Slurm用这个插件约束资源时系统上发生了什么。 在阅读本文档之前,我们假设你已经阅读了cgroup v2内核文档,并且熟悉了大部分的概念和术语。...slurmstepd最初被迁移到等待新stepds的区域,系统目录,并且立即,当它初始化作业层次时,它将把自己移到相应的job_x/step_y/slurm_processes目录。...如果两者都设置了,slurmd 将检查 /sys/fs/cgroup 中所有可用的控制器,并递归地启用它们,直到达到 slurmd 的水平。...cgroup v2上的PAM Slurm Adopt插件 pam_slurm_adopt插件与cgroup/v1的API有依赖关系,因为在某些情况下,它依赖于作业的cgroup创建时间来选择哪个作业id...在v2版本中,我们希望消除这种依赖性,不依赖cgroup文件系统,而只是依赖作业ID。这并不能保证 sshd 会话被插入最年轻的作业中,但可以保证它被放入最大的作业 ID 中。

1.6K10

Docker 快速部署 Slurm 集群

前言   前段时间为了能让运行的 CONQUEST 任务在后台运行、并尽可能地进行资源调控,特别采用了 Slurm 作业管理系统。...随着对 Slurm 的深入了解,笔者发现 Slurm 在集群部署上比其他作业管理系统更加简单方便,因此有了在多机集群上部署一个 Slurm 集群的想法。...本人目前的条件和需求如下: 拥有若干台服务器的非 root 权限用户账号和 Docker 运行权限; 服务器之间共用了同一个 NAS 服务器; 想要在这些服务器上搭建一个可用的高性能 Slurm 集群。...所以产生了一个大胆的想法——如果没有 Docker 集群,能不能部署可用的高性能 Slurm 集群呢?这个想法其实在上面提到的开源项目的架构图(下图)中就找到了答案。...至此,一个可用Slurm 高性能集群就搭建成功了,是不是觉得有点简单哈? 问题解决 问题 问题描述:偶然发现 Slurm 集群中某些节点状态变成了 Unknown 怎么办?

5K20

Kubernetes上的高性能计算 (HPC)

随着大数据应用程序从低级分布式计算库(如 MPI)演变为 Spark 和 Ray 等框架,Slurm 和 LSF 等底层平台也受到 Kubernetes 的挑战,Kubernetes 可以适应以提供 HPC...此项目有效地将您的 K8s 集群转换为 Ray 平台,该平台可用于为任何团队提供自助 Ray 集群和作业。...(Spark Operator GitHub) Volcano 虽然前两个项目为分布式系统提供了一个 Pythonic 入口点,但确保作业以有效利用云资源的方式可靠执行非常重要。...未决作业存储在集群配置存储 (etcd) 中,这可能会根据作业队列的大小造成可用性风险。 Armada 通过使用其自己的控制平面(而不是使用 Kubernetes 控制平面)提供此功能来解决此问题。...HPC 用户可以直接向 Armada API 提交作业,当作业准备就绪时,API 将逐渐将作业提交给 Kubernetes 控制平面。

12210
领券