这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图，整个流程是用Snakemake写的，这个图片也是Snakemake生成的。然后就被jimmy大佬点名了，受宠若惊，所以就有了本文。我是2016年从转录组学习小分队开始正式接触生信技能树，并走上了生信工程师的道路，我被jimmy大佬无私奉献的精神所折服，借此机会表示对jimmy大佬和生信技能树由衷的感谢！如果你也想从转录组开启你的生物信息学学习之旅，不妨考虑一下生信技能树的爆款入门：生信爆款入门-全球听（买一得五）（第4期），你的生物信息学入门课！
Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。
到目前为止，我们已经完成了所有工作，并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行！但是也可能很耗时，并且更容易出错。接下来，我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。
Snakemake是一款流行的生物信息学工作流管理系统，由Johannes Köster及其团队开发。它旨在降低复杂数据分析的复杂性，使生物信息学工作流的创建和执行变得更加容易和可重复。Snakemake的设计灵感来自于Makefile，但它是专门为生物信息学和数据密集型科学工作流设计的，使用Python语言进行工作流的定义，这使得它在生物信息学社区中特别受欢迎。
snakemake由不同的rule组成，每一个rule执行一个任务，通过不同的rule串联完成流程，snakemake还支持断点重启。
数字游民第三波有你吗 https://mp.weixin.qq.com/s/q864LQvsOOmd9nUyxk939w
这个snakemake workflow 主要包括：mapping, sort >> index >> call variants
这里, 我们新建两个配对的RNA-seq数据, 格式是FASTQ的文件, 然后经过下面两步处理:
注意: 这里要把生成的文件{1,2,3}_add_a.txt写出来, 命令才可以运行.
https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/snakemake-chap.html
我在stackoverflow中问了一个问题, 获得了答案, 对snakemake的理解也加深了一步.
对于工作流来说，Directed acyclic graph，有向非循环图是一个非常不错的展示的策略。
https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/
The Snakemake workflow management system is a tool to create reproducible and scalable data analyses. Workflows are described via a human readable, Python based language. They can be seamlessly scaled to server, cluster, grid and cloud environments, without the need to modify the workflow definition. Finally, Snakemake workflows can entail a description of required software, which will be automatically deployed to any execution environment.
但通常来说，测序文件也会对应一些metadata。比如通过ENA 下载测序数据，就可以选择需要的信息：
我自己一直在寻求可以将不同的工作流串接的方式。之前尝试了nextflow，但发现语法让我头疼。无奈发现了基于python 框架的snakemake，如释重负，立马学一下。
如bwa 等软件，我们可以分配多线程以提高任务的执行速度的。同样，我们可以把线程的信息配置在规则中：
这里rule all的作用还是没有搞明白，看有的文档说是最终保留的文件 ，我这里rule all 只写了了最终的html和json，但是最终的结果里是有过滤后的fastq文件的
我们都知道生物信息学（Bioinfomatics）包含两个部分：bio和informatics，即利用生物数据通过计算机学或统计学或数学的方法发现这些数据背后所具有的生物学意义。而随着高通量测序技术的不断发展，各种组学大数据正形成井喷的局面，我们越来越多地将目光聚焦在怎么才能准确、高效、低耗利用好这些数据。好在时至今日，已经有很多科学家开发了非常多优秀的算法及软件，很多时候我们要做的是怎么将这些软件串联起来并构建成生信分析流程，而这项技能通常是各大公司考核应聘者的项目之一。
简述shell 命令与 非shell命令区别 shell命令不用先adb shell进入界面执行 非shell命令必须要 adb shell进入界面执行 基础非shell命令 1.安装app adb install apk文件的绝对路径 2.卸载app adb uninstall 包名 3.将设备文件拉取本地 adb pull 设备文件路径 本地保存路径 4.将本地文件上传到设备 adb push 本地文件路径 设备文件保存路径 5.截屏 adb shell screencap -p 截图文件保存设备上的
本文主要给大家介绍了关于在php中如何执行linux命令的相关内容，下面话不多说了，来一起看看详细的介绍吧
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本文主要给大家介绍了关于在php中怎么执行linux命令的相关内容，下面话不多说了，来一起看看详细的介绍吧
system和exec函数可能被配置文件禁用，可以通过修改php配置文件删除被禁用的函数。
你是否遇到过这样的情况：从终端软件登录远程的Linux主机，将一堆很大的文件压缩为一个.tar.gz文件，连续压缩了半个小时还没有完成，这时，突然你断网了，你登录不上远程Linux主机了，那么前面的半个小时就会前功尽弃，你非常气愤……
reconfigreset 重置系统 (nPartition) 进行重新配置；nPartition 保持非活动状态(为进行重新配置而关闭的状态)。
shell是外壳的意思，就是操作系统的外壳。我们可以通过shell命令来操作和控制操作系统，比如Linux中的Shell命令就包括ls、cd、pwd等等。总结来说，Shell是一个命令解释器，它通过接受用户输入的Shell命令来启动、暂停、停止程序的运行或对计算机进行控制。
配置和使用WebSphere MQ A.设置环境变量 在shell中执行MQ的控制命令： ctrmqm strmqm 若识别这些命令，则说明PATH环境变量已配置好了； 若提示找不到命令，则说明需配置Linux环境变量，指定MQ的bin路径到PATH： 可选择修改系统的环境变量（/etc/profile文件，对全部用户可见）， 或只修改用户mqadmin的环境变量（/var/mqm/.bash_profile，只对当前用户可见。 下面列出前者的修改方式
通过编写Shell命令发送给linux内核去执行, 操作就是计算机硬件. 所以Shell命令是用户操作计算机硬件的桥梁,
Shell简介 Shell 是一个 C 语言编写的脚本语言，它是用户与 Linux 的桥梁，用户输入命令交给 Shell 解释处理Shell 将相应的操作传递给内核（Kernel），内核把处理的结果输出显示到屏幕给用户. Shell分为两类 图形界面 Shell（GUI Shell） GUI为 Unix 或者类 Unix 操作系统构造一个功能完善、操作简单以及界面友好的桌面环境。主流桌面环境有 KDE，Gnome 等。 命令行界面 Shell（CLI Shell） CLI是在用户提示符下键入可
adb devices 查询电脑已连接的设备 adb shell pm list packages 列出目标设备中已安装的应用程序包 adb shell pm list packages -f 列出目标设备中已安装的应用程序包的具体位置 adb uninstall xxx 卸载或删除的应用包xxx adb pull /data/app/com.tencent.tbs-1/base.apk 将手机已安装程序的apk下载到你所在的文件夹
上一篇文章更新还是在51前，最近发生了很多事情了，全国各地的疫情又有蔓延的趋势，北京朝阳区都已经开始实施居家办公。各位小伙伴请注意安全，安全平安的度过这个疫情。
嵌入式开发用的最多就是Shell命令，Shell命令是所有的Linux系统发行版所通用的，并不是说我在Ubuntu下学会了Shell命令，换另外一个Linux发行版操作系统以后就没用了，所以学习Shell命令非常有必要。
平时工作中，主要任务是改代码，然后才是写代码，很多代码可以复用，很多分析可以批量进行。今天介绍一下在Linux下批量执行代码的方法。复杂的可以用snakemake编写定义规则，简单的用shell直接写就可以。
在Linux下可通过history命令查看用户所有的历史操作记录，同时shell命令操作记录默认保存在用户目录下的.bash_history文件中，通过这个文件可以查询shell命令的执行历史，有助于运维人员进行系统审计和问题排查，同时，在服务器遭受黑客攻击后，也可以通过这个命令或文件查询黑客登录服务器所执行的历史命令操作，但是有时候黑客在入侵服务器后为了毁灭痕迹，可能会删除.bash_history文件，这就需要合理的保护或备份.bash_history文件。下面介绍下history日志文件的安全配置方法。
Linux Shell是Linux操作系统提供给用户访问linux内核的“外壳”，也就是说用户通过编写Shell命令发送给linux内核去执行，然后由内核去操作计算机硬件， 所以Shell命令是用户操作计算机硬件的桥梁。
这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息，防止它们在我的脑袋里走丢了。
刘小乐教授的CRISPR-Screen的分析工具除了MAGeCK之外，还有MAGeCK-VISPR 其实从名称看，我一度以为VISPR就只更加侧重于可视化，但当我实操的时候我发现其可以自动生成snakemake文件，实现分析的流程化。
本篇聊一聊 新的主题：《反弹shell-逃逸基于execve的命令监控》，打算写一个专题，预估可以写三篇，内容确实有点多，也是最近研究了一些有意思的东西，想给大家分享一下。喜欢的话，请大家一定点在看，并分享出去，算是对我原创最大的支持了。
我有10个基因组，然后又12个转录组数据，然后将这个12个基因组数据分别比对到这个10个基因组，每个基因组得到12个bam文件，然后将每个基因组的12个bam文件合并 ，最终得到10个合并的bam文件
HDFS是存取数据的分布式文件系统，那么对HDFS的操作，就是文件系统的基本操作，比如文件的创建、修改、删除、修改权限等，文件夹的创建、删除、重命名等。对HDFS的操作命令类似于Linux的shell对文件的操作，如ls、mkdir、rm等。
构建生信分析流程是生物信息学从业人员必备的技能之一，对该项能力的评估常常是各大公司招录人员的参考项目之一。
我希望在ubuntu服务器上部署的nginx + uwsgi应用，运行出现错误时我能尽快知道并解决。应用运行中，运行日志保存在/tmp/ypk.log文件中，若出新错误，日志中会写入如DataError: invalid input syntax for type date: "3年"……类似记录。我的思路是定时扫描这个日志文件，如果出现新的Error关键字，就将相关的信息发至我的邮箱。这样的任务，非Shell脚本语言不能实现。
离线数据分析平台实战——030Hadoop Shell命令02 hdfs命令 hdfs命令是hadoop提供的操作HDFS分布式文件系统的shell命令客户端， 我们可以通过该命令对分布式文件系统进行文件的增删查操作， 也可以通过该命令获取到一些hadoop的相关配置信息， 而且我们启动hdfs相关服务进程都是通过该命令进行的。 hdfs命令主要分为两类， 一类是用户命令：dfs, fsck等， 一类是管理员命令：dfsadmin，namenode，datanode等。 http://archi
前言 平常工作需要频繁使用终端工具，有一个好的命令行终端工具是非常重要的。 尤其是使用mac的小伙伴，估计不少人都觉得iterm2才是最好的终端工具。 其实起初我也是这么觉得的，但是最近直到我使用了这款开源的终端工具，我可以负责任的说，iterm2可以放在角落吃灰去了。 我重度使用了2天，无论从颜值，性能，效率和创新上，都碾压同类的终端工具。我完全找不到任何理由来放弃这么优秀的一款工具。整个使用的体验非常舒服，甚至于觉得，这，就是我心中现代化终端工具该有的样子！ 介绍 这款终端工具叫：Warp 或许有的小伙伴在其他平台曾经看到过。那没关系，我这里再给安利下。 这款工具是完全开源的，开源托管仓库在github上: Github：https://github.com/warpdotdev/Warp 官网：https://www.warp.dev/ 官网长这样：
好了，在有了以上知识的基础上，我们再来看开头提到的>/dev/null 2>&1。这条命令其实分为两命令，一个是>/dev/null，另一个是2>&1。
为何给靶机发送这条执行命令就会自动连接到本地计算机,并且出发实时通讯机制(ps:有点类似oicq,前生就是用的这种模式开发的即时通讯)
本文中的数据库实例这一称谓应该换做数据库更为准确，数据库可以理解为是一个物理的静态概念，主要包括一些物理存在的数据库文件，而数据库实例则是一个动态概念，包括一些内存区域以及若干进程，数据库实例是对数据库进行操作的执行者。（20090714修改）
Windows 7 64位下使用ADB驱动 什么是ADB? adb的全称为Android Debug Bridge，就是起到调试桥的作用。通过adb我们可以在Eclipse中方面通过DDMS来调试An
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