Snakemake找不到输出文件，给出MissingOutputException，而等待时间似乎被忽略了

Snakemake是一个用于构建和管理复杂的数据分析工作流的工具。它使用Python语言编写，可以帮助用户自动化数据分析过程中的各种任务，包括数据处理、模型训练、结果生成等。

当Snakemake找不到输出文件时，会抛出MissingOutputException异常。这通常是由于以下几个原因导致的：

1. 输出文件路径错误：检查Snakemake规则中定义的输出文件路径是否正确。确保路径与实际文件位置一致，包括文件名和文件夹路径。
2. 输入文件缺失：某些规则可能依赖于其他规则的输出文件作为输入。如果这些输入文件缺失或路径错误，Snakemake将无法找到输出文件。确保所有依赖文件都存在，并且路径正确。
3. 权限问题：如果输出文件所在的目录没有写权限，Snakemake将无法创建或写入文件。确保输出文件所在的目录具有适当的权限。
4. 并发冲突：如果多个任务同时尝试创建相同的输出文件，可能会导致冲突。Snakemake通常会自动处理这种情况，但如果存在并发冲突，可以尝试使用锁机制或调整任务的并发级别来解决。

对于等待时间被忽略的问题，Snakemake默认情况下会根据输入文件和输出文件的时间戳来判断任务是否需要重新运行。如果输入文件没有发生变化，且输出文件已经存在且时间戳较新，Snakemake会认为任务已经完成，不会重新运行。这样可以避免不必要的重复计算，提高效率。

如果等待时间被忽略，可能是由于以下原因：

1. 输入文件的时间戳未正确更新：确保输入文件的时间戳与其内容的最新修改时间一致。如果输入文件没有发生变化，Snakemake将不会重新运行任务。
2. 输出文件的时间戳未正确更新：确保输出文件的时间戳与任务的完成时间一致。如果输出文件的时间戳早于任务的完成时间，Snakemake可能会认为任务未完成，导致等待时间被忽略。
3. Snakemake配置错误：检查Snakemake的配置文件或命令行参数，确保没有禁用等待时间的设置。

总之，当Snakemake找不到输出文件并抛出MissingOutputException异常时，需要检查输出文件路径、输入文件的存在和路径、权限、并发冲突等问题。对于等待时间被忽略的情况，需要确保输入文件和输出文件的时间戳正确更新，并检查Snakemake的配置。