第三单元第十二+十三讲：使用作者代码重复结果 课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?...sep="\t") > plate1_raw[1:3,1:3] gene A3 A6 1 Adora1 0 0 2 Sntg1 0 0 3 Prim2 0 0 作者这里考虑到重复基因名的问题...# 的确存在重复基因名 > length(as.character(plate1_raw$gene)) [1] 24490 > length(unique(as.character(plate1_raw...(as.character(plate1_raw$gene))] # 看一下make.unique的用法 > make.unique(c("a", "a")) [1] "a" "a.1" # 将重复基因名变为唯一的名字...最后就是拿这5000多个基因做下游分析 看第三个R脚本 Dimensionality_reduction.R 这个脚本需要RPKM结果，因此需要先跑完上面第二个完整的脚本 降维主要使用tSNE，聚类使用
数据操作语言：去除重复记录 结果集中的重复记录 假如我们要查询员工表有多少种职业，写出来的 SQL 语句如下： 去除重复记录 如果我们需要去除重复的数据，可以使用 DISTINCT 关键字来实现 SELECT...SELECT job FROM t_emp; SELECT DISTINCT job FROM t_emp; 注意事项 使用 DISTINCT 的 SELECT 子句中只能查询一列数据，如果查询多列，去除重复记录就会失效
DISTINCT 使用 DISTINCT 关键字可以去掉查询中某个字段的重复记录。...表有如下记录： uid username 1 小李 2 小张 3 小李 4 小王 5 小李 6 小张 SQL 语句： SELECT DISTINCT(username) FROM user 返回查询结果如下...： username 小李 小张 小王 提示 使用 DISTINCT 关键字去掉重复记录具有较大的局限性。...DISTINCT() 只能包含一个字段且查询结果也只返回该字段而非数据完整记录（如上例所示）。...上面的例子如果要返回如下结果（这往往是期望中的）： uid username 1 小李 2 小张 3 小王 这时候就要用到 GROUP BY 关键字。
重复的结果没显示出来 2 select * from a left join(select id from b group by id) as b on a.id=b.aid 拿出b表的一条数据关联...on a.id=b.aid 拿出b表的最后一条数据关联 PS： 解释distinct，如下例子： table id name 1 a 2 b 3 c 4 c 5 b 比如想用一条语句查询得到name不重复的所有数据...，那就必须使用distinct去掉多余的重复记录。...select distinct name from table 得到的结果是: name a b c 好像达到效果了，可是，如果还想要得到的是id值呢？...不过他同时作用了两个字段，也就是必须得id与name都相同的才会被排除 采用唯一键去关联做链接查询 left join的关键字（字段）在product表不唯一，所以这部分不唯一的数据就产生了笛卡尔积，导致执行结果多于预期结果
背景 pg单字段排序，排序字段中可能会出现重复，这样就会导致我们在进行分页查询时会出现一些和预期不相符的现象，如这个数据在第一页出现了，然后再第二页又出现。...3; id name age 2222 aa 12 6666 aa 12 7777 aa 12 可以明显看到，两次分页查询出现了同一条id为2222的记录，但实际上数据库里只有一条2222，查询结果莫名出现了重复数据
不过，有时候虽然文章发表了，但是其文章的可重复性令人担忧。对于制药公司，需要重复这些结果时，就遇到了麻烦。...但由于成本上涨及很难得到合适的材料，项目最终削减到 18 个，其中 13 个重复项目在 eLife 已经发表：6 个大部分是可重复的，4 个是不确定的，3 个研究是否定的，超过一半的研究论文的结果不能被重现...怎么规避不能重复实验，主要有以下方面：研究文章需要披露更多的实验细节，从原来研究团队得到原始材料，原始研究需花更多时间排除假阳性结果等方面。 ?...【2】结论 2 能重复：研究人员测试了外泌体依赖性 Met 信号传导对原发性肿瘤生长和转移的影响，与原始研究中的结果相似，研究人员未发现原发肿瘤生长的统计学显著变化； 【3】结论 3 部分重复：测量肺和股骨转移...：Elife 重复结论：3 个结论都能重复 总结：结果能重复，但是程度不一样 ?
SPARQL即SPARQL Protocol and RDF Query Language的递归缩写，被专门设计用来访问和操作RDF数据，是语义网的核心技术之一。...2008年1月15日，SPARQL正式成为一项W3C推荐标准。...mbox from foaf 查询结果: name mbox "Johnny Lee Outlaw" mailto:jlow@example.com "Peter Goodguy" mailto:peter...mbox } } 查询结果 name mbox "Alice" mailto:alice@example.com "Alice" mailto:alice@work.example "Bob...title } } Query result: title "SPARQL Protocol Tutorial" "SPARQL" "SPARQL (updated)" "SPARQL Query Language
当然也可以根据项目需求采用传统的机器学习或深度学习模型进行抽取、特定领域的新词发现等（难度较高、而且不完全适用，依领域而定） 人工非结构化数据抽取（众包标注平台）、人工辅助修正 以构造的实体为出发点在相关的平台爬虫爬取结构化数据作为补充，可重复迭代...内置的用于存储RDF的组件 Jena提供了RDFS、OWL和通用规则推理机（http://jena.apache.org/download/index.cgi），除此之外，可以嵌入主流的对比效果更好的推理机 SPARQL...：(SPARQL Protocol and RDF Query Language)，是为RDF开发的一种查询语言和数据获取协议，它是为W3C所开发的RDF数据模型所定义，但是可以用于任何可以用RDF来表示的信息资源...可以大幅度地提高本体信息的检索速度 Fuseki：Jena提供的SPARQL服务器，也就是SPARQL endpoint（http://central.maven.org/maven2/org/apache.../jena/apache-jena-fuseki/3.8.0/） 后台搭建 基于java的后台框架Springboot，SSM等 利用Jena进行本体数据处理，采用SPARQL作为检索语言 前端 基于Html
SPARQL 7. RDB2RDF 8. D2RQ 9. 知识图谱存储方案 10. Protege 1....包括对局部值域的属性定义，类、属性、个体的等价性，不相交类的定义，基数约束，关于属性特征的描述等。因此W3C提出了OWL语言扩展RDF(S)，作为语义网上表示本体的推荐语言。...SPARQL SPARQL即SPARQL Protocol and RDF Query Language的递归缩写，被专门设计用来访问和操作RDF数据，是语义网的核心技术之一。...2008年1月15日，SPARQL正式成为一项W3C推荐标准。...SparqlMap A SPARQL to SQL rewriter based on R2RML specification.
： RDF三元组库和原生图数据库 查询语言 知识图谱查询语言： SPARQL、Cypher、Gremlin、PGQL 和 G-CORE 语法 / 语义 / 特性 SPARQL Cypher Gremlin...PGQL G-CORE 图模式匹配查询 语法 CGP CGP CGP(无可选)1 CGP CGP 语义 子图同态、包 2 无重复边、包 2 子图同态、包 2 子图同构 3、包 2 子图同态、包 2...增加反向边和属性集上的否定) RPQ 子集 (* 只能作用在单边) RPQ 超集 (增加通过表达式比较属性值) RPQ 超集 (增加比较路径上的顶点和边) RPQ 超集 (增加复杂路径表达式) 语义 任意路径、集合 4 无重复边...社区版与企业版的差异 整体上来说，社区版比企业版少一些可视化以及图算法 测试硬件环境 性能对比 我们使用不同量级的图从入库时间，一度好友查询，二度好友查询，共同好友查询几个方面进行了对比，结果如下： 可以看到在导入性能上...可视化对比 在可视化方面，所有的平台都还只处于可用状态，Nebula Graph 的选择性扩展在团伙挖掘中是一个加分项，但是在二度结果展示流畅度，展示结果自定义展示方面还有优化空间。
com. } 结果： ?...= SPARQLWrapper("http://dbpedia.org/sparql") sparql.setQuery(""" PREFIX rdfs: <http://www.w3.org...com. } """) #英语的过滤语言的简写是EN,在这里中文语言是ZH,FILTER是一个过滤器 sparql.setReturnFormat(JSON) results = sparql.query...itemLabel) 解释 所有属性是猫的实体， wdt表示关系，P31表示性质 wd表示实体，Q146表示猫 3、查询结果 ?...personLabel) 结果： ? image.png
（1）描述逻辑系统 一个描述逻辑系统由四个基本部分组成： 最基本的元素：概念、关系、个体； TBox术语集：概念术语的公理集合； Abox断言集：个体的断言集合； TBox 和 ABox上的推理机制；...下面对四个组成部分进行介绍： 最基本的元素：概念、关系、个体。...\mathrm{Person} Mother⊑∃has_child.Person ABox断言集——具体个体的信息 包含：外延知识(又称为断言(Assertion)), 描述论域中的特定个体。...S P A R Q L → D a t a l o g → S Q L \mathrm{SPARQL→Datalog→SQL} SPARQL→Datalog→SQL 基本流程： （2）示例 Q：...用 SPARQL 表示为： SELECT ?r ?p WHERE { ?r exp:worksFor ?p . ?
此外，本文还提出了结果导向注意和多步解码策略，以引导我们的模型专注于相关的特征来产生结果。在两个基准数据集上的实验表明，本文提出的模型在生成信息丰富、对话流畅方面具有较强的鲁棒性。 ? ?...现有的方法是分别解决这两个任务，这需要大量的重复工作，并且忽略了任务之间丰富的关联信息。在本文中，我们通过多任务学习(MTL)同时处理答案选择和KBQA任务。...这类任务将一个自然语言问题映射到一个可执行的表单，例如SPARQL，这样就可以从给定的知识库中提取答案。...到目前为止，提出的大多数解决方案是单语的，且并依赖一组硬编码规则来解释问题，最后将它们映射到SPARQL查询中。...实验结果表明，上下文信息可以提高简单问题的回答结果。 ? ? ?
RDFox https://www.cs.ox.ac.uk/isg/tools/RDFox/ 由牛津大学开发的可扩展、跨平台、基于内存的 RDF三元组存储系统 支持并行Datalog推理、SPARQL...RDFox实战 代码 (Java) 数据导入 代码 (Java) 推理 结果输出 基于一阶查询重写的方法 查询重写的目的 高效地结合不同数据格式的数据源 ...以及数据库重写过来的Datalog规则整合进行查询 相关工具介绍 Ontop 最先进的OBDA系统 兼容RDFS、OWL 2 QL、R2RML、SPARQL标准 支持主流关系数据库...TBox与ABox均以三元组的形式输入 创建Triple类,每个三元组都以该类的对象输入 实例 自定义规则 DRL文件示例 Drools工程结构 代码示例 结果输出... 注: 此处推理结果与RDFox略有不同是因为Drools只进行规则推理 实践展示: 使用Jena进行知识推理 使用Jena完成示例图谱知识上的上下位推理、缺失类别补全和一致性检测等
，转换成如下SPARQL查询语句需要经过哪些步骤呢？...= SPARQLWrapper(endpoint_url) def get_sparql_result(self, query): """ 根据查询条件,得到查询结果...def parse_result(query_result): """ 解析返回的结果 :param query_result:...return query_head, query_results except Exception as err: print('解析结果错误...' + str(err)) def get_sparql_result_value(self, query_result): """ 列表存储结果值
操作和约束）:RDF 图模型和属性图模型语法 / 语义 / 特性SPARQLCypherGremlinPGQLG-CORE图模式匹配查询语法CGPCGPCGP(无可选)1CGPCGP语义子图同态、包 2无重复边...增加反向边和属性集上的否定)RPQ 子集 (* 只能作用在单边)RPQ 超集 (增加通过表达式比较属性值)RPQ 超集 (增加比较路径上的顶点和边)RPQ 超集 (增加复杂路径表达式)语义任意路径、集合 4无重复边...GraphDB商业RDF 图 / 三元组索引SPARQL支持语义 Web 标准的主流产品, 支持 SAIL 层推理功能BlazeGraph商业RDF 图 / 三元组索引SPARQL/ Gremlin基于...社区版与企业版的差异整体上来说，社区版比企业版少一些可视化以及图算法测试硬件环境性能对比我们使用不同量级的图从入库时间，一度好友查询，二度好友查询，共同好友查询几个方面进行了对比，结果如下：可以看到在导入性能上...可视化对比在可视化方面，所有的平台都还只处于可用状态，Nebula Graph 的选择性扩展在团伙挖掘中是一个加分项，但是在二度结果展示流畅度，展示结果自定义展示方面还有优化空间。
【查询模板】 要从知识图谱中提取答案，需要有对应的查询语句——SPARQL，它的形式接近SQL。例如"清政府干了些什么？"，即(清政府,?x,?y)，就可以翻译成下面的SPARQL。...（简化起见，上例省略了命名空间）有关RDF、SPARQL等概念的教程，这个网站上有不错的资料：https://www.cambridgesemantics.com/blog/semantic-university...首先由问句的主谓宾解析结果得到候选的问题模板集，它们会限制回答句式。比如仅仅解析结果(清政府,?x,?y),一般不会对应"清政府签订了xxx？"...实体类型也应当限制回答的方式，比如对于#人名#，在回答中用"他/她"干了什么来开头更加自然，而对于#机构名#，我们则可以在回答中重复机构名。...y)，中包含的贡献一词，尽管不在解析结果中，但它指示我们寻找正面的结果。比如我们询问(孙中山,?x,?y)，对于模板#人名#作了哪些事情？
他使用的查询语言主要是Cypher、Gremlin和Sparql三种，这里我们专注介绍Sparql，本文主要是介绍如何一步步优化，达到我们的目标。...脱离页面测试工具 如果需要服务端爬取，那么最基本的就是你需要用代码的方式来运行，wikidata的好处在于可以将查询结果灵活获取后分析结果数据，通过代码的方式落入我们自己需要的数据存储中。...属性扩充 大家上面看到的是赵薇，赵薇在维基百科只有一个，因此相对来说查询较为简单，直接使用名字就好，但是如果查询的时候出现很多相似接口内，比如说alan walker，我们应该如何筛选出，哪些是我们需要的结果呢...，这里就需要根据你的应用场景来了，因为我们需要查询艺人，所以我们可以对查询的结果针对属性进行限制，增加如下限制条件，查询优化如下： SELECT DISTINCT ?...，这时候需要分析限制条件是否需要进一步扩充来满足更多的查询结果，下面是基于我们查询的是歌曲艺人相关信息做的属性扩充。
查询 最后一条可能会让没用过SPARQL的逆陷入困境，但没关系，我们马上介绍它。...SPARQL的理念和概念 ---- ---- SPARQL是RDF数据库的查询语言。与SQL等关系数据库相比不同的是，项目不是任何表的一部分，而是像图表或网络一样相互链接的： ?...这是SPARQL的一大优势。 不限于关系数据库的特定结构，并且可以轻松添加新信息。 如何查询维基数据中的数据？...使用Wikidata查询服务作为端点为我们提供了以下结果： https://query.wikidata.org/ 现在，我们只能获得成员国的标识码。...我推荐的是查看查询结果的维基百科。 了解法国是欧盟的成员之一，我会检查其维基数据项目： 1. 在Wikipedia中打开法国以查看其Wikidata项目： ? 2. 检查WikiData项： ?
create database kg_demo_movie; use kg_demo_movie; source /var/lib/mysql-files/kg_demo_movie.sql; -- 查看结果...o } LIMIT 10"; 有趣的是，该工具提供了SPARQL查询的webUI，打开http://master:2020/snorql即可使用。..." ; # SPARQL query service fuseki:serviceQuery "query" ; # SPARQL query service (alt name) fuseki:serviceUpdate..."update" ; # SPARQL update service fuseki:serviceUpload "upload" ; # Non-SPARQL upload service fuseki...graph store endpoint: fuseki:serviceReadGraphStore "get" ; # SPARQL Graph store protocol (read only)
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