文档建议反馈控制台
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

PMLR｜基于片段的分子深度生成模型

该模型使用分子片段作为基本单位，而不是原子，从而解决了传统基于分子文本表示方法中的两个问题：产生无效分子和重复分子。...而基于字符串表示的方法训练与采样方面效率更高，但在生成时却往往产生大量化学无效与重复的分子。在本文中，作者解决了基于字符串表示的生成模型的两个主要缺点。避免了生成化学无效的分子和重复分子。...“Dummy”原子(原子序数为0)附着在断裂位点的每一端，标记两个碎片可以连接在一起的位置。BRICS断裂规则旨在保留有价值和功能的结构。算法按顺序扫描SMILES编码的原子。...其中h0是零向量。在上述公式中，ri是重置门向量，ui是更新门向量，W和U是权重矩阵。序列中最后一个片段的隐藏表示，称之为h，用作整个序列的潜在表示。...作者使用贪心策略并对最有可能的片段进行采样，这将成为下一个解码步骤的输入。每当采样EOS token时，生成过程就会中断。得到的片段序列最终被重新组装成一个分子。图2b说明了生成过程。 ? 图2.

1.3K10

R语言的数据结构（包含向量和向量化详细解释）

1 几个概念：向量，向量化，标量，元素，组件，标签，原子向量，递归向量 以下叙述参考书籍加自己理解，有叙述不妥的留言 向量vector和标量 个人理解，向量是有方向的，由大于等于2个元素构成的数据类型...向量有哪些基本类型 两大类，原子向量和列表（又叫递归向量） 原子向量有6种类型：逻辑型，整型，双精度型，字符型，复数型和原始型。整型和双精度型统称为数值型向量。...2向量的循环补齐 两个向量使用运算符，如果两个向量长度不同，R会自动循环补齐（recycle），也就是它会自动重复较短的向量，直到与另外一个向量匹配。...3向量化及向量化函数 3.1向量输入，向量或矩阵输出 向量输入，向量输出 向量化就是对向量的每一个元素应用函数，如果一个函数使用了向量化的运算符，那么它也被向量化了，代码运行速度会提升。...上面的+，还有*，/等都是向量化运算符。

7K20
您找到你想要的搜索结果了吗？
是的
没有找到

稀疏分解中的MP与OMP算法

后来发现原来稀疏分解先于压缩感知提出，信号稀疏表示的目的就是在给定的超完备字典中用尽可能少的原子来表示信号，可以获得信号更为简洁的表示方式，从而使我们更容易地获取信号中所蕴含的信息，更方便进一步对信号进行加工处理...再如，带有孤立不连续点的平滑信号可用小波基稀疏表达，但小波基在表达傅里叶频谱中有窄带高频支撑的信号时却是无效的。 　　现实世界中的信号经常包含有用单一基所不能表达的特征。...这些归一化向量叫做原子。如果字典的原子张成了整个信号空间，那么字典就是完全的。如果有原子之间线性相关，那么字典就是冗余的。在大多数匹配追踪的应用中，字典都是完全且冗余的。         ...(4)对残差迭代执行(2)、(3)步； ? 其中I为单位阵。需要注意的是在迭代过程中Φt为所有被选择过的原子组成的矩阵，因此每次都是不同的，所以由它生成的正交投影算子矩阵P每次都是不同的。...》提出一个问题 OMP是怎么实现与所有选择过的原子正交的？ →施密特正交化 　　在现代数学引论中有学习过，但是和线性代数中的表达式不太一样，对两者进行了比较，发现其实本质是一样的。

5.5K71

Scheme语言实例入门--怎样写一个“新型冠状病毒感染风险检测程序” 1，表达式2，原子3，表（list） 4，点对(pair)5，向量(vector)6，变量7，

例如下面这个计算两个数相加的简单表达式： > (+ 1 2) 3 通过这个程序示例看到，Scheme的表达式是前缀表达式，也就是说把运算符放在最左侧。这样做的优点是可以定义带任意个数的实参过程。...2，原子 Lisp中有一个叫原子的东西，不可再分，是一个很基础的概念。原子可以是任何数，分数，小数，自然数，负数等等。原子可以是一个字母排列，当然其中可以夹杂数字和符号。...除了表和所有函数以外均是原子。 Scheme没有直接说原子这个概念，但Scheme作为Lisp的方言，在形式上还是有原子这样的东西。...所有的 Lisp/Scheme 表达式，要么是 1 这样的数原子，要么是包在括号里，由零个或多个表达式所构成的列表。所以可以这样说，List程序里面就是原子和表。...5，向量(vector) 向量可以说是一个非常好用的类型 ，是一种元素按整数来索引的对象，异源的数据结构，在占用空间上比同样元素的列表要少，在外观上： 列表示为： (1 2 3 4) VECTOR表示为

1.5K20

温故知新--R基础知识（上）

, “banana”, “apple”, “peach”) > lunch<- fruit[c(“apple”,“orange”)];lunch apple orange 1 5 三、运算符...算术运算符： + - * / 逻辑运算符： ，>=，==,!...实数或复数向量，逻辑向量和字符串向量之类的对象属于"原子"型的对象，因为它们的元素都是一样的类型或模式。R的对象类型包括数值型，复数型，逻辑型,字符型和原生型。向量必须保证它的所有元素是一样的模式。...因此任何给定的向量必须明确属于逻辑性，数值型，复数型，字符型或者原生型。 列表是任何模式的对象的有序序列。列表被认为是一种"递归"结构而不是原子结构,因为它们的元素可以以它们各自的方式单独列出。...，paste()可以把单独的字符连成字符串，可以有任意多的参数，运算符有算术运算符、逻辑运算符、数学函数，控制语句有if...else,for,while,repeat,seq()是数列生成中最为常用的工具

1.1K30

妙用JavaScript绕过XSS过滤-----小白安全博客

如果Mavo遇到无效的MavoScript，那么它将把无效的MavoScript当成JavaScript来处理。如果我们想要强制执行JavaScript模式，那么可以在表达式开始的地方使用注释。...Mavo还将“＆”定义为一个concat运算符，因此在我的POC中使用该“&”来连接字符串，感兴趣的读者可以点击查看相关的POC攻击向量 。 ...Mavo还将“＆”定义为一个concat运算符，因此在我的POC中使用该“&”来连接字符串，感兴趣的读者可以点击查看相关的POC攻击向量 。 ...MavoScript将“或”定义为一个运算符，由于该运算符没有在JavaScript中定义，因此NoScript不会对它进行检测。...注意mod是一个运算符，因此允许1跟随运算符后面即使没有空格也可以，示例代码如下所示： [self.alert(1)MOD1] 最后结合Mavo允许使用无引号字符串或者直接使用跟随在“and”等关键字之后的无引号字符串

1.8K120

Apache Pig

将逻辑计划转为一系列MapReduce作业； Execution engine：提交MapReduce作业到Hadoop； DataType in Pig Atom：任何单个值，无论其数据类型，都认为是原子的...； Tuple：存储一系列字段值，可以是任何类型，类似行； Bag：一组无序的元组，每个元组中字段数量任意，也就是不需要对齐； Map：key-value对，key需要是chararray类型且需要唯一...:三元运算符 CASE WHEN THEN ELSE多选语句； 比较运算符：== !...= > = <= matches模式匹配； 类型结构运算符：()-Tuple、{}-Bag、[]-Map； 关系运算符：LOAD（将数据从fs加载到关系）、STORE（将数据从fs存储到关系）、FILTER...GENERATE、STREAM（使用外部程序转换关系）、JOIN（连接两个或多个关系）、COGROUP（将数据分组为两个或多个关系）、GROUP（在单个关系中对数据分组）、CROSS（创建两个或多个关系的向量积

78220

db2 terminate作用_db2 truncate table immediate

10606 没有上下文项用来处理 XQuery 函数或运算符。10607 在处理 XQuery 函数或运算符时遇到了名称空间错误。10608 在 XQuery 函数或运算符的参数中遇到了错误。...10611 在处理 XQuery 函数或运算符时遇到了未标识的错误。10901 XQuery 原子值超出了 DB2 XQuery 数据类型的范围。...10902 XQuery 原子值超过了 DB2 XQuery 运算符或函数的长度限制。10903 已超过相匹配的 XQuery 节点数的内部限制。...21501 对自引用表进行多行 INSERT 是无效的。21502 主键的多行 UPDATE 是无效的。...428DV 解析引用运算符的左操作数无效。 428DW 不能使用解析引用运算符来引用对象标识列。 428DX 对象标识列是定义一个类型表或带类型视图层次结构的根表或根视图所必需的。

7.5K20

BMC Bioinform | 拓扑增强的分子图表示用于抗乳腺癌药物的筛选

同时，为了客观评估每种有机化合物的药代动力学特性和安全性，数据集使用5个特性标签对其进行量化：吸收、分布、代谢、排泄和毒性（ADMET）。...在拓扑分子图表示阶段，采用图神经网络对药物结构进行原子化建模，以三维学习拓扑分子特征，最终表示ABCD-GGNN。由于原子节点信息在图结构中全局交互，拓扑结构和子结构特征都可以很好地表示和集成。...每个原子描述符被转换为一个独热向量，并连接起来形成一个39维向量，作为原子特征的初始化。...因此，ABCD-GGNN还通过SMILES对编码（pair encoding）算法从分子的SMILES中提取子结构[4]。...使用排名运算符，可以基于这些重要指标促进药物选择研究。ABCD-GGNN表示方法从拓扑上学习候选药物的隐式结构和亚结构特征，然后将它们与显式离散分子描述符深度集成，以增强分子水平的表示。

48520

AGI之 概率溯因推理超越人类水平

如图1a所示，这导致混合模式不明确，因为 所有四个原子项目的模式是共同激活的，这导致对不可用对象(如红色三角形或蓝色正方形)的“幽灵”或“虚假”记忆。...在VSA中，从原子到复合结构的所有表现都是相同的固定维度的高维全息向量。...字典的构造可以通过对VSA编码的概念应用VSA运算来完成，如下所述。让我们把对象属性看作原子概念。...每个码本包含与属性值一样多的原子d维向量。因此，它为单个原子矢量提供了一个象征意义。为了描述具有这两个属性的对象，可以通过绑定两个向量来计算乘积向量w，从每个码本中提取一个向量(见图1b)。...综上所述，VSA可以建设更高层次 通过组合单个对象的低级符号和更基本的对象符号来表示多个对象的符号 属性，方法是使用它的保维运算符。

19920

AGI之 概率溯因推理的高效DL实现

如图1a所示，这导致混合模式不明确，因为 所有四个原子项目的模式是共同激活的，这导致对不可用对象(如红色三角形或蓝色正方形)的“幽灵”或“虚假”记忆。...在VSA中，从原子到复合结构的所有表现都是相同的固定维度的高维全息向量。...字典的构造可以通过对VSA编码的概念应用VSA运算来完成，如下所述。让我们把对象属性看作原子概念。...每个码本包含与属性值一样多的原子d维向量。因此，它为单个原子矢量提供了一个象征意义。为了描述具有这两个属性的对象，可以通过绑定两个向量来计算乘积向量w，从每个码本中提取一个向量(见图1b)。...综上所述，VSA可以建设更高层次 通过组合单个对象的低级符号和更基本的对象符号来表示多个对象的符号 属性，方法是使用它的保维运算符。

15320

Pinterest 搜索系统实时化的挑战和建设实践

由于删除运算符只是将文档标记为已删除，而不是物理删除它们，因此压缩线程还会保留这些已删除 / 过期的文档。 在每个刷新和压缩运算符之后，将生成一个由所有静态段组成的新索引清单。...文档原子性 现在有了仅追加的向量，我们就可以实现单个发布列表的原子性。但是，文档可以包含一个 term 列表，并且我们最终可能会返回带有部分更新索引的意外文档。...为了解决这个潜在的问题，我们引入了一个文档级别提交，以保证文档的原子性。在服务管道中使用了一个额外的过滤器来确保仅返回已提交的文档。 说到文档原子性，文档更新是这里值得一提的另一种情况。...对于每次文档更新，我们特意将其转换为两个运算符：添加新文档，然后从索引中删除旧文档。尽管每个运算符都是原子的，但加在一起我们就不能保证原子性了。...从离线构建索引中恢复 有时，以给定的速度对整个数据集进行回填会非常耗时。我们支持的另一种更快的索引刷新方法是离线构建索引，然后使用离线构建索引和 Kafka 流之间的同步机制来从离线索引中恢复索引。

68510

命题逻辑详解

一个为真，一个为假，即{0，1}或{F，T} 2.原子命题与复合命题 原子命题：其中没有逻辑联结词，不再进行分解。又称为简单命题。...注意：原子命题的真值由它是否符合客观实际或是否符合人们的认知决定；复合命题的真值由原子命题的真值和逻辑联结词的性质决定。...1.逻辑等值定义： 对任意的真值赋值，命题逻辑公式A和B的真值都相同，则称A和B逻辑等值，简称等值，记为A ≡ B。 也称A ≡ B为逻辑等值式。...极大项和极小项的概念可以类比线性代数中的最小线性无关向量集合等。 ​ 公式的主析取范式的极小项编码与其主合取范式的极大项编码集互补。...命题逻辑公式由命题变量和逻辑运算符构成。

1.9K30

助你Carry全场的独家面试题

为什么Java不支持运算符重载？ 为什么 C++ 支持运算符重载而 Java 不支持? 有人可能会说+运算符在 Java 中已被重载用于字符串连接。 与 C++ 不同，Java 不支持运算符重载。...Java 不允许用户定义的运算符重载，因为如果允许程序员进行运算符重载，将为同一运算符赋予多种含义，这将使任何开发人员的学习曲线变得陡峭，事情变得更加混乱。...如果下一级的try语句没有对某种异常进行处理，异常栈就会执行出栈操作，直到遇到有处理这种异常的try语句或者最终将异常抛给JVM。 4....什么是原子操作？ 原子操作（atomic operation）意为”不可被中断的一个或一系列操作” 。 处理器使用基于对缓存加锁或总线加锁的方式来实现多处理器之间的原子操作。...原子操作是指一个不受其他操作影响的操作任务单元。原子操作是在多线程环境下避免数据不一致必须的手段。

29710

J Cheminform｜ScaffoldGVAE：基于多视图的图神经网络和变分自编码器生成药物分子骨架

作者通过对模型生成的分子进行验证，证明了ScaffoldGVAE生成新化合物的有效性。这种新方法也可以应用于各种疾病的其他蛋白质靶点，从而有助于未来新药的开发。...图中的每个节点都与一个节点特征向量相关联，该特征向量捕获原子的基本属性，如原子类型、原子价和其他相关特征。类似地，图中的每条边都由一个封装键类型的特征向量表示。...这两个嵌入作为初始隐藏向量输入到RNN中。然后使用RNN模型的自回归特性对骨架进行采样。随后，参考分子的侧链被组装到新采样的骨架上。这一过程产生了具有新型骨架的分子。侧链的剪接如图1C所示。...列举所有可能的侧链安装在采样的骨架上；(2)计算添加侧链后的分子与原分子拓扑指纹的相似度；(3)采用添加侧链的方式，使生成的分子尽可能与原分子相似；(4)检查生成的分子的有效性，如果存在价键错误或侧链无法连接等情况，则认为该分子无效...首先，骨架对骨架的编解码策略会丢失侧链的信息，难以保证生成适合侧链的骨架。其次，分子间编码-解码策略不能同时保证骨架跳跃和侧链保留。

20710

Unity基础教程系列（十）——卫星（Shape Relationships）

下一步，需要找到位于轴定义平面内的任意偏移向量。可以通过取轨道轴与另一个随机向量的叉积来实现。这给了我们一个投影到轨道平面上的随机向量，该向量很可能不是单位长度，因此我们应该对其进行归一化。 ?...这是有效的，除非第二个随机向量最终与轨道轴相同或为负轴。这将导致零向量，无法对其进行归一化。具体地说，当向量3的长度太短而无法归一化时，Vector3.normalized将返回零向量。...但是我们可以通过向ShapeInstance添加强制转换运算符来使代码更短。运算符的定义类似于方法，但它是静态的，包括operator关键字，并且没有方法名。...这是可行的，除非焦点形状最终在卫星的第一次游戏更新之前无效时，虽然概览很低但仍然有可能。在这种情况下，先前的位置向量是任意的，对于新行为而言则为零，或者仍包含回收的卫星行为的值。...5.5 处理无效实例 到目前为止，我们已经假设所有形状实例在游戏保存时都是有效的，但这事故不能被保证的。我们需要能够处理无效实例的保存和加载。可以通过写-1来指示无效的形状实例。 ?

1.5K21

Prometheus监控学习笔记之PromQL操作符

如果是瞬时向量与瞬时向量之间进行数学运算时，过程会相对复杂一点，运算符会依次找到与左边向量元素匹配（标签完全一致）的右边向量元素进行运算，如果没找到匹配元素，则直接丢弃。...集合运算符 使用瞬时向量表达式能够获取到一个包含多个时间序列的集合，我们称为瞬时向量。 通过集合运算，可以在两个瞬时向量与瞬时向量之间进行相应的集合操作。...一对一匹配 一对一匹配模式会从操作符两边表达式获取的瞬时向量依次比较并找到唯一匹配(标签完全一致)的样本值。...多对一和一对多 多对一和一对多两种匹配模式指的是“一”侧的每一个向量元素可以与"多"侧的多个元素匹配的情况。...在限定匹配标签后，右向量中的元素可能匹配到多个左向量中的元素 因此该表达式的匹配模式为多对一，需要使用 group 修饰符 group_left 指定左向量具有更好的基数。

2.4K40

PromQL，让你轻松实现监控可视化！快来了解一下吧！

比较运算符就是大于、小于、等于、不等于之类的，简单但意义重大， 告警规则的逻辑就是靠比较运算符支撑的。...这些函数接收范围向量，因为范围向量是一个时段内有多个值， 就是对这多个值做运算。 # [2m]：获取这个指标最近 2 分钟的所有数据点。...若15秒采集一个点，2min就是8个点 # max_over_time：对这8个点求最大值，相当于对各个时间序列做横向拟合 max_over_time(target_up[2m]) 3 容易误解的函数...4 总结 PromQL核心价值： 筛选 靠查询选择器，查询分为即时查询和范围查询 计算 有算术、比较、逻辑、聚合运算符，还有向量匹配逻辑 5 FAQ Prometheus 中提供了一个函数叫...对于 Absent 函数最佳使用场景，它可以过滤掉一些无效的告警，比如对于一些稀有的事件或者异常数据点，当这些事件或者数据出现时我们就需要告警，但是如果出现的很少，我们就会被一堆“false”positive

2.1K50

图神经网络12-分子指纹GCN：Neural FPs

这些神经图指纹比固定指纹有几个优点: 预测能力强：通过实验比较可以发现，我们的模型比传统的指纹向量能够提供更好的预测能力。 模型简洁：为了对所有可能的子结构进行编码，传统的指纹向量必须维度非常高。...ECFP 是对Morgan 算法的改进，旨在以无关于原子标记顺序atom-relabling的方式来识别分子中存在哪些亚结构。...每个原子在其特征向量的哈希值确定的索引处，将指纹向量的单个比特位设置为1，每个原子对应一个1 。这种操作类似于池化，它可以将任意大小的Graph 转换为固定大小的向量。...实现这种不变性的一种方式是：在算法过程中，根据相邻原子的特征和键特征对相邻原子进行排序。论文里尝试了这种排序方案，还对局部邻域的所有可能排列应用了局部特征变换。...初始化指纹向量： 遍历每个原子 ，获取每个原子的特征: 遍历每一层。

1.1K41
点击加载更多

扫码

添加站长 进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

扫码加入开发者社群

相关资讯

热门标签

更多标签

活动推荐

    运营活动

    活动名称
    广告关闭

    腾讯云开发者

    扫码关注腾讯云开发者

    扫码关注腾讯云开发者

    领取腾讯云代金券

    热门产品

    热门推荐

    更多推荐

    Copyright © 2013 - 2024 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有

    深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 深公网安备号 44030502008569

    腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号 | 京公网安备号11010802020287

    领券