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vasp-vtst过渡态计算过程

——课题组概况vasp-vtst计算过渡态1935年,Eyring,Evans和Polanyi在统计热力学和量子力学的基础上提出了过渡态理论,可以通过基本物性(分子震动频率、质量、核间距等)计算反应速率常数 NEB方法:撒点,弹簧力CL-NEB方法:其中一个点跑到势能面鞍点,即过渡态vasp-vtst提供的NEB优化算法(IOPT参数)VASP计算过程过渡态计算的收敛准则只与力相关,即设置EDIFFG为合理的值即可 #通知VASP使用vtst计算;ICAHIN=0 #通知VASP使用vtst计算;IMAGES=7 #之前添加的图像数量N image number;IBRION =3 #specify that VASP does molecular dynamics;POTIM=0 #zero time step so that VASP does not move the ions; 这里其实是抛弃VASP自带的优化

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Python量子力学计算模拟以及数据可视化

VASPy是一个纯Python编写的处理VASP文件数据以及进行数据快速可视化的库,基于OOP的思想提供了操作VASP文件的友好的接口,可以帮助使用者快速编写处理VASP相关文件的脚本,以提升效率。 VASP简介对于广大做计算化学或者材料模拟的同学肯定听说过VASP的大名或者其科学研究与其息息相关。 关于VASP的详细介绍可以参见其官方主页? 类可以抽取文件中的晶格结构信息并结合VASP相关的类进行VASP文件的创建,同样可以方便的讲VASP的文件生成相应的用Material Studio可以显示的文件包括讲XDATCAR生成相应的*.arc 由MaterialStudio的xsd文件生成VASP输入文件的脚本由VASP的输出文件生成相应的MaterialStudio可以显示的xsd文件的脚本由MaterialStudio的轨迹文件生成VASP

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    python利用pysvn发布lib的小程序

    input();if y== res: print(now start);else: exit(); ###################创建文件夹和文件######################vasp = dest_path++vasp;vaspadp = dest_path + + vaspadp;svn_txt = dest_path + +svn.txt; isExists=os.path.exists isExists: os.makedirs(dest_path);else: print(AR_lib发布文件夹已存在,看看是否搞错了); exit(); isExists=os.path.exists(vasp )if not isExists: os.makedirs(vasp); isExists=os.path.exists(vaspadp)if not isExists: os.makedirs(vaspadp (code_path,True); client.update(code_path,True,pysvn_current_br_num,False); client.export(code_path+vasp

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    4.2 VASP计算单晶硅的振动分析在对VASP计算的振动分析进行可视化之前,我们需要振动计算后得到的OUTCAR和CONTCAR文件 (见PyVibMS-masterexamplesVASPoriginal-data 接着,回到PyVibMS界面后,将文件类型XYZ调成VASP 5.x。因为这个VASP输出文件既包含了PBC盒子的信息,又包含了振动模式的信息,我们勾选 Has PBC 和 Has Vib.

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