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读取文件时的大坑(python的scanpy库)

基于《python的scanpy库读取几种常见的格式的单细胞数据文件汇总》的文章,不知道有没有细心的小伙伴发现,在使用scanpy读取单细胞数据txt文件或者其他格式文件时,得到的AnnData数据对象有点奇怪...在使用scanpy的read_text()进行读取txt文件时,要注意了哦!...注意:如果你使用的scanpy的其他的读取文件函数进行读取不同格式的文件,一定要小心了哦,一定要查看读取后Anndata的obs是不是存储细胞信息,var是不是存储基因信息!..."填坑" 如果你也使用scanpy的read_text()这个函数来读取txt文件,或使用scanpy别的读文件函数读取别的格式文件,读取后的AnnData也出现上述的这种情况,别慌!...可以看出var存储的都是基因信息 哈哈,我们通过"补救措施"把它变成了一个正常的AnnData数据对象了。 如果你在使用scanpy的读文件函数要注意哦,一定要先查看obs和var存储的是什么!

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List.add 方法添加元素时只会添加最后一条元素的问题与解决

List.add 方法添加元素时只会添加最后一条元素的分析解决 前言 一、问题描述 二、原因分析 1.简化分析 2.回归本题 总结 ---- 前言 在之前编写业务代码时, 遇到了一个比较神奇的现象,...如标题中描述的那样: 在对list 集合使用 add/set 方法并且遍历的去添加对象时, 只会添加最后一个元素的问题 ...., 而且遍历几遍就有几条相同的元素 对上述代码进行断点调试 由我们对每次循环对象属性和 userList 中属性对比可知: 在每次循环结束后, userList 中所有的数据都会变成最后一次遍历数据...List 中的 add, set 方法在添加对象(Object) 或者是集合(Collection)时, 添加的是对对象的引用 2....在循环外声明对象或集合, 在循环内使用list.add 就会导致list 中引用的数据地址全部都是最后一次添加的元素地址 如果想要避免.

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    详解Pandas读取csv文件时2个有趣的参数设置

    导读 Pandas可能是广大Python数据分析师最为常用的库了,其提供了从数据读取、数据预处理到数据分析以及数据可视化的全流程操作。...其中,在数据读取阶段,应用pd.read_csv读取csv文件是常用的文件存储格式之一。今天,本文就来分享关于pandas读取csv文件时2个非常有趣且有用的参数。 ?...01 sep设置None触发自动解析 既然是csv文件(Comma-Separated Values),所以read_csv的默认sep是",",然而对于那些不是","分隔符的文件,该默认参数下显然是不能正确解析的...02 parse_dates实现日期多列拼接 在完成csv文件正确解析的基础上,下面通过parse_dates参数实现日期列的拼接。首先仍然是查看API文档中关于该参数的注解: ?...; 传入嵌套列表,并尝试将每个子列表中的所有列拼接后解析为日期格式; 出啊如字典,其中key为解析后的新列名,value为原文件中的待解析的列索引的列表,例如示例中{'foo': [1, 3]}即是用于将原文件中的

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    在genome browser中添加自己的注释文件

    不过有时候我们需要用自己的注释文件,主要有两种方式可以实现:add custom track或者将GTF文件转为bigBed文件写到trackDb.txt中。...1. add custom track 在track hubs的页面的最下面选择add custom track: ? 在以下界面填写url或者直接上传文件: ?...然后在如下界面点击go就可以了: ? 这样方便快捷,但是有个很大的弊端,就是这样自己看可以,但是当我们把链接(http://genome-asia.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?...所以我们在custom track中添加的GTF也就不会被别人看到。 我们可以将GTF 转为bigBed写在hub.txt中,这样就可以被别人看到了。 2....(但是如果将同样的文件医add custom track的情况加入的话则可以) ?

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    在 Roslyn 分析语法树时添加条件编译符号的支持

    我们在代码中会写 #if DEBUG 或者 [Conditional("DEBUG")] 来使用已经定义好的条件编译符号。...而定义条件编译符号可以在代码中使用 #define WALTERLV 来实现,也可以通过在项目属性中设置条件编译符号(Conditional Compilation Symbols)来实现。...然而如果我们没有做任何特殊处理,那么使用 Roslyn 分析使用了条件编译符号的源码时,就会无法识别这些源码。...我们在使用 Roslyn 分析语法树时,会创建语法树的一个实例。如果使用默认的构造函数,那么就不会识别设置了条件编译符号的语句,如下图: ?...而实际上构造函数的参数中带有 preprocessorSymbols 参数,即预处理符号。在传入此预处理符号的情况下,Roslyn 就可以识别此符号了: ?

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    链表----在链表中添加元素详解--使用链表的虚拟头结点

    在上一小节中关于在链表中头部添加元素与在其他位置添加元素在逻辑上有所差别,这是由于我们在给链表添加元素时需要找到待添加元素位置的前一个元素所在的位置,但对于链表头来说,没有前置节点,因此在逻辑上就特殊一些...size = 0; } (3)改进之前的add(int index,E e)方法,之前对在头结点添加元素单独做了处理(if-else判断),如下: 1 //在链表的index(0--based...//在链表的index(0--based)的位置添加新的元素e (实际不常用,练习用) public void add(int index, E e) { if (index...new Node(e, prev.next); size++; } (4)改进addFirst()方法,该方法依托于add(int index,E e)方法 //在链表头添加新的元素...e 80 public void addFirst(E e) { 81 add(0, e); 82 } 83 84 //在链表末尾添加新的元素 85 public

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    在Python中按路径读取数据文件的几种方式

    img 其中test_1是一个包,在util.py里面想导入同一个包里面的read.py中的read函数,那么代码可以写为: from .read import read def util():...img 现在,我们增加一个数据文件,data.txt,它的内容如下图所示: ? img 并且想通过read.py去读取这个数据文件并打印出来。...img pkgutil是Python自带的用于包管理相关操作的库,pkgutil能根据包名找到包里面的数据文件,然后读取为bytes型的数据。...如果数据文件内容是字符串,那么直接decode()以后就是正文内容了。 为什么pkgutil读取的数据文件是bytes型的内容而不直接是字符串类型?...所以使用pkgutil可以大大简化读取包里面的数据文件的代码。

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    盘点一个文件读取时utf-8错误的解决办法

    一、前言 前几天在Python白银交流群有个叫【大侠】的粉丝问了一个Python读取文件的时候报错的问题,这里拿出来给大家分享下,一起学习下。 二、解决过程 看上去代码有报错,截图如下。...这个错误倒是很常见,因为数据没有给utf-8编码,或者读取的时候,没有指定utf-8编码,都会报类似的错。 上图是他的代码,15行那里指定一下编码就可以了。 指定编码之后,就完美解决啦!...这篇文章主要分享了一个文本文件读取时utf-8错误的解决办法,针对该问题给出了具体的解析和代码演示,帮助粉丝顺利解决了问题。 最后感谢粉丝【大侠】提问,感谢【dcpeng】给出的具体解析和代码演示。

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    Shell 命令行,svn add 需要添加很多文件时的简化脚本

    Shell 命令行,svn add 需要添加很多文件时的简化脚本 我一直使用 git 版本管理工具,对于 svn 很不熟悉。现在接到一个项目是用 svn 进行管理的。...我简单看了一下 svn 的管理命令,就开始上手工作了。 结果发现,svn 貌似没有 git 的 git add -A 这样的添加所有未添加文件的命令。 或许有,我没有更深的研究,因为用过就不用了。...表示未添加的文件 我们可以用 grep ? 过滤出来需要添加的文件。 sed 可以过滤掉 ?...和 空格,只留下这些要上传的文件的路径 使用一个 for 循环,在文件路径前面加上 svn add 就可以实现添加文件了。 整体代码非常短,也非常简单,但是避免了我一次次的输入。...最后,我把这个代码写成全局的命令,命名为 svnadd 就可以在任何地方使用了。 实现方式2 上面用了循环,其实,svn add 是可以接受多个文件参数的,也就是可以通过命令,来添加所有的文件。

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    在查找预编译头时遇到意外的文件结尾。是否忘记了向源中添加“#include StdAfx.h”?

    在查找预编译头时遇到意外的文件结尾。是否忘记了向源中添加“#include "StdAfx.h"”?...右键选择该文件.cpp格式的->属性->预编译头,→ 不使用预编译头 错误描述:fatal error C1010: 在查找预编译头时遇到意外的文件结尾。...是否忘记了向源中添加“#include "stdafx.h"”? 错误分析: 此错误发生的原因是编译器在寻找预编译指示头文件(默认#include "stdafx.h")时,文件未预期结束。...(因为工程中的每个cpp文件属性默认都是使用预编译头(/YU)的,但是添加的第三方文件并没有 #include "stdafx.h" 预编译指示头,所以编译器在此cpp文件中一直到末尾都没有找到它)...我的这个问题发生于我通过添加文件的方式,向MFC内添加现有的一大坨.h和.cpp文件。

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