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表达量矩阵分组复杂可以使用limma3大策略

论一个复杂分组到底该怎么办 ? 第一次看到这么多分组头都大了。首先要考虑如何分组得到grouplist,其次考虑如何在limma包中分组分析。...之前都是直接处理两个分组,或者从多个分组中选取两个分组分析,昨天处理数据全是乱七八糟分组..刚开始直接就做了,3个分组limma分析直接用2个分组套路分析,然后后来某一刻顿悟...发现哦这样不行...,于是想起来之前小洁老师讲过一篇GSE474例子,于是可以完美的借用呀。...呃以前就是走流程来分析,现在好歹多了解了一点点细节,哦统计计算方面的问题不予评价。...limma) design=model.matrix(~factor(group_list)) design fit=lmFit(genes_expr,design) fit=eBayes(fit) ###可以调节分组

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cutecharts | 你可视化可以Q,推荐!

前言 今天是我可视化课程上线第302天,目前学员451人,每篇原创公众号都会记录这个人数,用来督促和激励我原创内容。...目前课程主要方向是 科研、统计、地理相关学术性图形绘制方法,后续会增加商务插图、机器学等、数据分析等方面的课程。课程免费新增,这点绝对良心!...「cutecharts」-可视化可以Q,好吧~~ 今天我们介绍可视化工具是「cutecharts」,这是一个纯 Python 语言编写可视化工具,就像其名字一样,这是一个可以产生 cute 版图表工具...cutecharts库介绍 「cuteCharts」是一个简单易用 Python 可视化工具包,它可以帮助用户快速生成各种类型「手写风格(Hand drawing style)」 图表,如柱状图、折线图...最重要是,它可以将绘图结果直接在Juoyter Notebook上展示,特别方便可视化绘制。

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没有外部验证预测模型为什么可以发6分+SCI?

数据获取和整理 从TCGA数据库中下载了579个卵巢浆液性膀胱腺癌EOC样品RNA测序数据作为实验组;从GTEx数据库中下载了89个正常卵巢组织RNA测序数据作为对照组;从TCGA检索到相应临床数据被整合到进一步分析中...为了评估该模型是否可以作为EOC独立OS / DFS预测因子,进行了包括临床因素和风险评分在内单变量和多变量Cox回归分析。...结果表明,该预后预测模型可以作为EOC患者OS / DFS独立预后指标。 ? 图3 OS预测模型KM分析、风险评分分析和ROC分析 ?...校准图表明,列线图可以准确估计死亡率(图5B)。1年、3年和5年OS列线图AUC为0.70、0.653、0.723(图6A-C)。...本文进一步发现TMB在低危组患者中表现出更高表达,并伴有更长DFS(图9E-H)。 ? 图9 基于OS低风险和高风险人群之间突变谱和TMB 10.

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ICLR 2020 | 加密算法可以不那么复杂:上交大提出面向中层特征隐私保护复数神经网络

总的来说,本文提出算法类似于同态加密,但是相比于传统同态加密算法极高计算复杂度,该复数神经网络可以非常高效地进行运算,仅仅将计算复杂度提高到传统网络两倍,提升了加密算法应用潜力。...复数神经网络总 Loss 可以写成下式: ?...由于在复数神经网络编码部分引入了 GAN 结构,为了公平比较,在这里对网络结构进行同样修改,但不引入对抗训练。...研究者针对以下几种攻击方式设计了实验: 基于重建图像攻击 此类攻击可能直接使用加密后特征进行图像重建,可能利用辨别器找到最佳角度θ ̂后,用解密后特征 a^*=dec(R(xe^(-iθ ̂ )...前三种攻击类型实验曲线如下图所示 ? 第四种攻击结果见下表,该表中还提供了各个网络分类错误率与图片处理速度。可以看出,尽管引入了少量计算量,复数神经网络可以有效地抵抗针对敏感信息推断攻击。

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XML Schema

6、利用组合器控制结构 1、sequence组合器,定义了一列元素必须按照模式中指定顺序显示(如果是可选可以不显示)。...   3、简单类型   简单类型是对一个节点可能值进一步限制自定义数据类型。...7、复杂类型   复杂类型定义必须使用complexType元素,在这里可以包含属性和元素。在复杂类型使用中,主要是complexType和simpleType配合使用。   ...lax:与strict类似,只是如果处理器找不到模式文档,不会出现错误。 skip:不利用模式文档验证XML文档。   上述模式一个有效实例: <?...奇怪,按照书上说,添加一个XML Schema文件之后,工具箱会有很多工具,但是我Visual Studio 2010里面并没有添加任何工具。此处留到以后再补充。

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Java 中文官方教程 2022 版(三十八)

,告诉它实现无验证、DTD 验证XML Schema 定义(XSD验证或针对特定模式源文件 XSD 验证。...(这些选项描述 -dtd、-xsd 和 -xsdss 被添加到 usage() 方法中,但这里没有显示。)然后,工厂被配置为在调用 newSAXParser 时生成适当验证解析器。...在学习更多关于命名空间知识后,您将了解如何使用 XML Schema 来验证使用它们复杂文档。这些想法在文档对象模型使用多个命名空间进行验证中讨论。...如果这些异常没有被抛出,则验证错误将被简单地忽略。一般来说,SAX 解析错误是验证错误,尽管如果文件指定了解析器无法处理 XML 版本,会生成它。...这是一个这种结构示例,可以容易地在 JDOM 或 dom4j 中处理: Fred fred@home

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Shell解析处理XML方法汇总

前言 前几天干活时候遇到一个需要解析处理xml文件一个需求,当时考虑到逻辑比较复杂,因此用java慢慢搞了搞。...其实对于这种比较灵活功能,最方便高效做法是采用一些脚本语言,比如python,ruby等等,开发效率高,而且能处理一些复杂逻辑。但是由于种种原因,工作中有的机器没有安装这些语言解释器。...因此不得已,研究了一波用shell脚本解析xml方法。 说到底,shell还是不太适合处理复杂逻辑,但是对于一些简单查找替换等需求,用shell来搞还是挺方便。...功能 xmllint至少支持下面几个常用功能: 支持xpath查询语句 支持类shell交互式查询 支持xml格式验证 支持dtd,xsdxml校验 支持编码转换 支持xml格式化 支持去空格压缩...而xpath工具不是标准,在不同系统内默认版本之间甚至不互相兼容。

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XML技术详解

:返回该节点值 3.验证XML文档 使用DOM方式来操作XML文档时,会有大量编程和错误检查,不但需要处理文档中空白字符,还要检查是否与预期一样。...但是,XML能够自动校验某个XML文档是否具有正确结构。 我们可以自己指定文档结构,可以使用文档类型定义以及XML Schema定义,这就相当于一种规则,指定了每个元素合法元素和属性。...值得注意是,XML Schema能表达更加复杂验证条件。 文档类型定义 将定义纳入XML文档 <!...生成节点方法是createElementNS来创建所有的节点 创建完成后,我们就可以写出文档了。...本文参考: JAVA核心技术卷2:xml 感谢您阅读,欢迎指正博客中存在问题,可以跟我联系,一起进步,一起交流!

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XML概念定义以及如何定义xml文件编写约束条件java解析xml DTD XML Schema JAXP java xml解析 dom4j 解析 xpath dom sax

XML和properties(属性文件)比较        属性文件只能存储平面信息,而XML可以存储结构化信息;        解析属性文件只需要使用Properties类就可以了,而解析XML文档是复杂...XML注释 注释语法与 HTML 语法相似: 注:对中文命名标签元素不起作用 XML-验证约束 验证方式有两种: DTD    XML Schema 要理解限制本身含义,限制是对于XML文档结构限制 XML中文档主要内容可以说是  元素和属性...当然可以给名称空间命名为aa、bb之类名字,但这可能会导致名称空间重名问题。...可以这样说,Document对象就是XML文档在内存中表示形式。 在DOM中提供了很多接口,用来描述XML文档中组成部分。

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基于Spring可扩展Schema提供自定义配置支持(spring配置文件中 配置标签支持)

Spring标准Bean来配置,但配置较为复杂或者需要更多丰富控制时候,会显得非常笨拙。...一般做法会用原生态方式去解析定义好xml文件,然后转化为配置对象,这种方式当然可以解决所有问题,但实现起来比较繁琐,特别是是在配置非常复杂时候,解析工作是一个不得不考虑负担。...> 关于xsd:schema各个属性具体含义就不作过多解释,可以参见...http://www.w3school.com.cn/schema/schema_schema.asp 对应着配置项节点名称,因此在应用中会用people作为节点名来引用这个配置 和对应着配置项people...=META-INF/people.xsd 以上就是载入xsd文件 5)在Bean文件中应用 到此为止一个简单自定义配置以完成,可以在具体应用中使用了。

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XML 约束

XML Schema 则相反,它冗长,但也使用标签和 XML,因此 XML 作者应该发现 XML Schema 语法不那么令人生畏。...文件存放位置,它可以是相对于 XML 文档相对路径,可以是一个绝对路径; 第二种方式用来引用网络上公共 DTD 文件,“外部DTD文件URI” 是指,Internet 上一个绝对 URL...但是, DTD 本身合法性验证必须采用另外一套机制,而 XML Schema 则采用与 XML 文档相同合法性验证机制; XML Schema 对名称空间支持得非常好,而 DTD 几乎不支持名称空间...通过上面的比较可以发现,XML Schema 功能比 DTD 强大很多,但相应语法比DTD复杂很多。...这时,可以使用默认名称空间,默认名称空间声明时不需要加 “别名”,使用这些元素时,不用加前缀。 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?

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Spring面试高频题如何:自定义XML schema 扩展

如何实现一个自定义 XML 扩展 官网有介绍,要实现一个自定义XML Schema 总共需要4步: 编写一个 XML schema 文件描述节点元素。...Authoring the Schema 编写一个javajr.xsd 放入项目的resources/META-INF文件夹里面(这个可以是其他路劲) <?...,你如果需要有自己逻辑业务可以自行来实现。...JavajrDomain{weixin='javajr8', website='javajr.cn'} 到这里我们自己实现一个 XML schema 就完成了,是不是很简单,只要照着官方文档撸就可以了...总结 虽然现在XML schema 扩展用不多了,但是应该还有比较老项目在使用把,如果还是比较老项目,需要引入一个什么样框架,我们至少需要知道需要怎么去引入,网上虽然有很多文章可以借鉴,但是我们应该知其然知其所以然

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XmlSpy XSD 以及 验证

很早以前看过一句话:“XML就象空气”,在企业应用开发中XML是一个重要数据交换标准。而XSD可以用来校验XML数据格式是否正确。 一个典型XSD文件如下: 1 <?...,第一反应通常是头晕,幸好这些内容不用纯手动编写,已经有很多现成工具,比如XmlSpy可以方便以GUI方式,通过轻点鼠标,拖拖拉拉就能完成XSD开发。...这是XmlSpy中XSD可视化设计界面,还能切换不同视图,比如下面这样: 对于首次接触XmlSpy朋友,强烈推荐看下安装目录下Tutorial.pdf,这是一个不错入门教程,30分钟以前绝对可以快速浏览一遍...C#中可以方便使用XSD验证xml文件正确性,示例代码如下: 1 using System; 2 using System.Xml; 3 4 namespace XsdValidate...> XMLSpy中,该节点必须填写"^12345678$"才能验证通过,而如果用.NET/JAVA写代码验证的话,^、$能自动识别为"匹配字符开头/结尾" XSD还能方便生成

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Spring面试高频题如何:自定义XML schema 扩展

如何实现一个自定义 XML 扩展 官网有介绍,要实现一个自定义XML Schema 总共需要4步: ★ 编写一个 XML schema 文件描述节点元素。...Authoring the Schema 编写一个javajr.xsd 放入项目的resources/META-INF文件夹里面(这个可以是其他路径) <?...,你如果需要有自己逻辑业务可以自行来实现。...JavajrDomain{weixin='javajr8', website='javajr.cn'} 到这里我们自己实现一个 XML schema 就完成了,是不是很简单,只要照着官方文档撸就可以了...总结 虽然现在XML schema 扩展用不多了,但是应该还有比较老项目在使用吧,如果还是比较老项目,需要引入一个什么样框架,我们至少需要知道需要怎么去引入,网上虽然有很多文章可以借鉴,但是我们应该知其然知其所以然

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从一个范例看XML应用

在本文例子中,我们接收是一个XML字符串,那么如何对它进行验证呢?我们可以使用XML模式(XML Schema)来对它进行验证XML模式文件后缀名为xsd。...手工编写XML模式会很精细,但对于复杂XML文档来说是费力气。...上面有一个常见应用这里顺便说一下,可以注册XmlReaderSettings对象ValidationEventHandler事件,注册这个事件后发现不符合模式节点可以交给事件处理程序处理,而不会抛出异常...这个事件参数包含了错误详细信息,例如哪个节点验证失败,还可以区分是一个“警告”还是一个“错误”。...通过这篇文章,可以看到XML广泛应用,但是发现了实现这样一个简单功能却需要做如此繁杂工作。所以,我个人觉得如果想要一些更巧妙设计、更优良性能,那么可以采用这样方式。

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Xml基础01

如 : 西游记 ​ 西游记 ​ 吴承恩 标签之间可以有包含关系,互相嵌套关系(不过不建议使用,代码过于复杂不便于阅读...) xml元素和属性 属性: ​ 元素和属性区别: 同是存储数据方式 区别不大 元素不能进行复杂对象描述 xml声明 声明文件格式,版本,...) schema 常用XSD XML Schema Deinition language 在.net中称为XML架构,可以规定元素和属性数据结构,以.xsd文件方式存储 命名空间: http://...--schema 文档根路径(元素) element 结点 choice 复杂结点 maxOccurs 节点数量限制 unbounded 是否有限制 complexType 指定该标签下元素类型->...(""); //可以xml文件读取并转换为xsd文件 xsd几个常见默认值: xmlns:xs=http://www.w3.org/2001/XMLSchema schema规范中定义了一些基本数据类型命名空间

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WCF系列教程之WCF服务配置

当然WCF提供硬编程方式,通过在代码中直接设置相关对象属性来完成服务端与客户端配置,然而这种方式并不利于后期程序更改和扩展。...4、endpoint节点:该节点指定用于公开服务终结点绑定、协定和地址属性,与WCF所有通信是通过该服务终结点进行,利用终结点,WCF服务可以访问WCF提供功能。...XSD好处显而易见, 基于XML,没有专门语法,XML Schema支持一系列数据类型(int、float、Boolean、date等),可扩充数据模型,支持综合命名空间,支持属性组等.而这些正式...而暴露服务元数据重要原因就是解决了异构客户端服务交互关键问题。 元数据基于XML,自描述。客户端可以根据服务元数据反序列换生成本地代码,无论是c#,vb还是java语。...绑定信息可能复杂可能很简单,一般来说绑定包含的如何连接到终结点信息属于以下类别中一种: (1)、协议:确定使用安全机制,可靠消息传递或事务上下文流设置 (2)、编码:确定消息编码(文本或者二进制

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为自定义配置编辑提供”智能感知”支持

一、配置文件结构 假设我们设计一个MessageGenerator组件,用于生成程序我们需要文本消息,比如验证控件验证消息,异常消息等。...消息内容根据需要可以保存在数据库中或者是XML文件中,并且采用不同模式(粒度)缓存(None、Single、Category和All)。...整个XSD如下所示,结构比较清晰。不过在这里有几点需要强调: 我们通过采用节点定义一些表述性文字。...以获得职能感知支持 如果这样一个XSD已经定义好,在对配置文件进行编辑时候,通过VS菜单XML\Schemas打开XML Schemas对话框。...这样你编译配置文件时候就可以获得只能感知支持了,配置将会变得非常容易,即使对配置结构不太了解的人能根据智能感知和提示性描述完成配置工作。 ?

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