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下载新冠分析数据库

背景 一些分析需要与数据库进行比对,例如 blast 比对,物种分类鉴定等,这里我们下载两个数据库,一个是 NCBI 提供的一个用于 blast 比对的新冠病毒库,另外是利用 centrifuge...一、blast 比对数据库 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/Betacoronavirus.00.tar.gz wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov...解压使用 tar -zxvf Betacoronavirus.00.tar.gz 循环解压 for i in *.tar.gz;do tar -zxvf $i;done; 二、物种分类数据库...该数据库包含人类全基因组,病毒基因组以及 106 个新冠病毒基因组,不包含细菌基因组序列,这样比对速度更快,结果更加简单。...download=1 tar -zxvf h+v+c.tar.gz 这样的话,我们前面的准备工作就做好了,下载了参考序列基因组和测序数据,用了数据库,软件也安装完毕。

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熟悉数据库下载

四、下载数据库的几种方法 4.1 数据库下载方法选择 数据库下载比较容易,最重要的就是找到数据库下载地址即可。 如果你想要下载数据,首先要明确三个问题。...另外还有一个问题就是数据的权限,有些网站数据库是完全公开的,找到链接就可以下载,比如 ncbi,embl,ucsc 这种数据库,还有一些是需要注册才能够下载的,一般还要求是教育域名的邮箱才能注册,比如...还有一些数据库是收费的,只有付费用户才能够下载使用,比如 kegg 数据库等。...第三:选择合适的工具 当你千辛万苦找到数据库下载链接之后,那么接下来就可以开始下载了,选择合适的下载工具也非常重要。...五、常用生物数据库下载 5.1 基因组下载 下面案例下载人全基因组序列,人全基因组序列分为多个版本,可以从多个站点进行下载

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KEGG数据库下载加速攻略!

在上周的文章KEGG数据库不会下载?了解下API!里,我介绍了基于KEGG API来获得所有基因的id,并通过wget遍历所有id来get基因的序列。...对计算机比较了解或已经尝试过的朋友可能会意识到,虽然KEGG数据库整体并不是很大(原核生物大概5G),但是反复访问API地址耗时甚长!基于国内高校网速现状,全部下载可能需要长达数月甚至一年的时间!...需要注意这里的耗时主要来源于反复访问KEGG API地址而不是下载数据本身,假如可以减少访问次数,那么就能大大缩短KEGG数据库下载时间。...年),而且该数据库支持批量数据下载,其数据库的基因组物种名以及gene id与KEGG是一致的,其FTP地址为ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/KOBAS_3.0_DOWNLOAD...gene id而并没有基因注释信息,如果只想注释KO的话可以根据该序列比对,然后基于文章KEGG数据库不会下载

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mongodb官网下载不了, MongoDB下载、安装、配置、使用,如何下载MongoDB数据库,MongoDB入门

二、MongoDB数据库下载: 1、官方下载地址: https://www.mongodb.com/try/download ​ ​ 在这里根据自己的需要,选择下载对应系统的MongoDB数据库版本...然后点击 Download按扭后,进入下载页面: ​ 注:进入上面这个下载页面后,会自动开始下载!!!(如没反应就F5 刷新一下当前页面,由于是外网,所以就耐心点吧!)。...2、其他下载方式:除了上面的下载方式以外,也可以试试下面的下载链接!!...MongoDB Windows系统64位下载地址:http://www.mongodb.org/dl/win32/x86_64 MongoDB Windows系统32位下载地址:http://www.mongodb.org.../dl/win32/i386 MongoDB 全部版本下载地址:http://www.mongodb.org/dl/win32 三、MongoDB数据库的安装: MongoDB的安装非常简单,在下载完成后

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TCGA数据库:miRNA数据下载与整理

TCGA官网:https://portal.gdc.cancer.gov/ 至于使用教程,可阅读之前的文章:TCGA数据库使用教程。...关于下载的方式很多,也可以参考差异分析的视频,特别是R包(R语言课程),后续会不段深入介绍,不过这里,我们介绍网页在线下载后自己处理数据。 网页筛选条件,Flies栏按下图筛选: ?...下载后的2个文件: ? 我们解压压缩包后,就可以是很多文件夹: ? 每一个文件夹中的txt文件就是一个病人的数据。 ?...此外,TCGA数据库中处理直接下载的miRNA-Seq之外,Gene Expression Quantification里面的RNA-Seq数据中也有非编码RNA的数据,比如lncRNA等。...我也把TCGA数据库33个Project的RNA-Seq转录组数据都处理好了,后续会介绍怎么处理

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KEGG数据库不会下载?了解下API!

不同于NR、NOG、COG等数据库,KEGG是收费的,似乎不提供数据库的开源下载,这使得大批研究者只能借助一些在线工具。...目前可以肯定的是,KEGG数据库并不提供免费、批量的蛋白序列下载,其官方提供在线分析工具BlastKOALA(https://www.kegg.jp/blastkoala/)等可用于KEGG数据库的注释分析...事实上目前代表性基因组里面只有50%左右的gene功能比较明确并有对应的KO,我们不能只下载有KO的gene,那样比对有很大的偏差。如何下载所有的gene?...genome列表中还给出了每个物种的taxid,可以根据该taxid筛选特定类群的物种,这样下载更加快速。...例如全部的KEGG gene有2800万个,而原核生物的大概只有1300万个,接下来我们根据gene id下载序列。

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TCGA数据库介绍以及下载方式小结

) 若要下载需要使用官方提供的小工具:GDC Data Transfer Tool。...---- 常用下载方式 (1)官方下载方式 TCGA官网的data-portal: portal.gdc.cancer.gov 优点:数据最全,更新最快 缺点:下载速度慢,不利于进一步分析。...(2)Firehose网页下载方式 Firehose服务器:gdac.broadinstitute.org 优点:这里的数据经过了简单的合并,将每种癌症相同类型的数据合并到了一个文件中,下载方式最简单且可以直接下一步分析...(3)使用R包的下载方式 R包包括TCGA-ASSEMBLER 、TCGA2STAT、GDCRNATOOLS等。...TCGAbiolinks是一个基于GDC提供的API访问GDC中TCGA的数据,并可以通过调用gdc-client下载数据,还可以对下载的数据进行整合和分析的R软件包。

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2015年数据库漏洞威胁报告(下载)

作者:安华金和(企业账号) 转载自:FreeBuf黑客与极客(FreeBuf.COM) 关注“大数据文摘”,后台回复“安全”,即可下载此篇20页完整版报告及其相关报告 互联网就像空气,彻底的融入我们的生活之中...数据库漏洞研究起源 大数据时代的来临,各个行业数据量成 BT 级增长。 数据库被广泛使用在各种新的场景中,在某些场景下面临的安全威胁是数据库现有安全机制无法防护的。...2015年数据库漏洞利用趋势 数据库安全发展到现在,绕过身份验证依旧是对数据库安全最大的威胁。今年的 9个高危漏洞中的 3 个是针对身份验证绕过的。...2016年数据库安全建议 面对日益严峻的数据库安全形式,数据库加固应该从三个方面进行:严格限制弱口令、及时排出配置问题、定期升级补丁。...数据库跟随业务逐渐从后台走向前台;从内外走向外网;从实体走向虚拟(云)。部署环境的发展给了黑客更多入侵数据库的机会。 关注“大数据文摘”,后台回复“安全”,即可下载此篇20页完整版报告及其相关报告

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使用curatedTCGAData下载TCGA数据库信息好用吗

好久没有写TCGA数据库教程了,因为TCGA计划早在2017年就陆陆续续停止了,我那个时候写了几百个教程并且录制了视频。...install("TCGAutils") library(curatedTCGAData) library(MultiAssayExperiment) library(TCGAutils) 首先查看TCGA数据库有哪些数据...联网下载数据 可以使用 dry.run 控制是否真的下载,因为如果是下载甲基化信号值矩阵或者表达量矩阵,会耗时很长。...//accmae_sampleMap.csv" 实战 比如提取TCGA数据库的BRCA数据集的TNBC亚型的表达量矩阵。 前面我们提到过,如果是下载甲基化信号值矩阵或者表达量矩阵,会耗时很长。...如果是去ucsc的xena浏览器下载,是一个130M左右的压缩包文件。

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