accession - 腾讯云开发者社区

./ # 下载taxdump.tar.gz wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz # 下载taxid的accession...号 wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.FULL.gz step2...文件中提取plant.taxid所有的accession # 通过taxid提取accession号 zcat prot.accession2taxid.FULL.gz \ |csvtk -t grep...-f taxid -P ~/database/blastDB/test/human.taxid.txt \ |csvtk -t cut -f accession.version >human.taxid.acc.txt...asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/nr.*.tar.gz ./ # 使用blastdbcmd通过accession

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从NT_NR数据库中提取子库

NCBI的csvtk软件，http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/，linux系统也是直接解压，即可使用 4 （选择性步骤）NCBI taxonomy数据库下还有accession2taxid...库，这个库里面也有蛋白以及核酸的accession以及对应的分类id，但是经过尝试，采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少，很可能是该库的accession与NT/NR库的accession不一致，...前者可能冗余更多，因此该方法可忽略，见仁见智吧，下面给个例子，例如： #从taxonomy数据库中的nucl_wgs.accession2taxid提取accession号 pigz -dc prot.accession2taxid.gz...\ | csvtk grep -t -f taxid -P $id.taxid.txt \ | csvtk cut -t -f accession.version,taxid \ | sed 1d \...|" ~/.taxonkit/names.dmp 33208 taxonkit list --ids 33208 --indent "" > $id.taxid.txt 6 从下载好的NT库提取对应的accession

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您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

用SeqinR包在NCBI获取基因组序列并分析

更详细的见http://doua.prabi.fr/databases/acnuc 比如要获取DEN-1登革病毒基因组序列，accesion number NC_001477 1 构造一个函数，由Accession...number直接下载所需要的序列 getncbiseq <- function(accession) { require("seqinr") # this function requires the...SeqinR R package # first find which ACNUC database the accession is stored in: dbs <- c("genbank...(inherits(resquery, "try-error"))) { queryname <- "query2" thequery <- paste("AC=",<em>accession</em>...",accession,"was not found")) } 2.根据accession number下载序列 dengueseq <- getncbiseq("NC_001477") > dengueseq

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从NT_NR数据库中提取子库

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批量下载geo上面的单细胞表达量矩阵

其中，GSEXXXXXX 是该数据集的 accession number，是一个唯一标识符，用于在 GEO 数据库中检索该数据集的信息。...可以通过构建类似这样的 URL，将 accession number 替换为任意感兴趣的 GSE 数据集的 accession number，以访问该数据集的主页。...也可以通过其它r包或者Python包比如r里面的GEOquery就可以通过 getGEOSuppFiles() 函数可以直接下载指定数据集的所有附件文件 library(GEOquery) # 指定数据集的 accession...number accession_number <- "GSE164522" > getGEOSuppFiles(accession_number) trying URL 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov

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脚本分享—从GeneBank数据库批量下载序列

install biopython 查看脚本帮助文档 python Download_genbank_file.py -h usage: Download_genbank_file.py [-h] -a ACCESSION...nucleotides database optional arguments: -h, --help show this help message and exit -a ACCESSION..., --accession ACCESSION file name contain accession number of cp genome you want...genbank_sequence.fasta文件为fasta序列文件，结果如图： 2.genbank_annotation.tsv文件为序列注释文件，结果如图所示： 3.download_erro_genbank_accession.tsv

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prefetch命令下载SRA文件

prefetch命令用法如下： Usage: prefetch [options] [...]...从NCBI网站下载SRA accession no.的列表文件比如，这是一个Bioproject的相关信息页面： https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study...点accession list，将下载得到的文本文件上传到服务器/home/Seqs目录 2....从NCBI网站下载SRA accession no.的列表文件运行命令: prefetch --option-file Seqs/SRR_lists.txt SRR_lists.txt就是刚刚从网站下载的...accession list；运行结果： ?

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IRscope代码拆解二：ui相关的代码

,placeholder = "1st Accession..")), column(width = 3,fileInput...())), fluidRow(column(width=2,textInput(inputId = "acc1",label = "Accession...,placeholder = "1st Accession..")), column(width = 3,fileInput...,placeholder = "1st Accession..")), column(width = 3,fileInput...,placeholder = "1st Accession..")), column(width = 3,fileInput

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Nr数据库子库构建

（2）查询结果如下： 2.使用taxonkit获取对应物种accession ID 需要下载NCBI分类数据 &taxid-accession ID转换文件 wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov.../prot.accession2taxid.gz wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz.md5...# 获取对应类群的accession ID pigz -dc prot.accession2taxid.gz | csvtk grep -t -f taxid -P plants.taxid.txt...| csvtk cut -t -f accession.version,taxid | sed 1d > plant.acc2taxid.txt && cut -f 1 plant.acc2taxid.txt...> plant.acc.txt & 3.使用blast相关脚本获取accession ID 若要使用blast自带脚本get_species_taxids.sh，获取对应物种accession ID，

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这个芯片仅提供了GenBank的索引号

提供的芯片注释信息是 NCBI GenBank accession numbers ，如下所示： #GB_LIST = NCBI GenBank accession numbers....Multiple accessions are listed for probes having more than one target transcript (the first accession...in the list is the primary accession assigned to the target sequence) #GI_LIST = NCBI GenBank GI numbers...GI number in the list is the primary GI assigned to the target sequence) 他已经很敏锐的发现了这个 NCBI GenBank accession...(org.Hs.egACCNUM) head(tmp) 可以看到一个基因对应多个GenBank的索引号，因为2万个基因却有80万个GenBank的索引号 > head(tmp) gene_id accession

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手把手教你处理单细胞公共数据集从fastq开始

小鼠： 1.GSM4726799: KPPCN 2; Mus musculus; RNA-Seq run: 495.7M spots, 148.7G bases, 64.6Gb downloads Accession...SRX8944617 2.GSM4726798: KPPCN 1; Mus musculus; RNA-Seq run: 200.3M spots, 60.1G bases, 26.1Gb downloads Accession...SRX8944616 3.GSM4726797: KPPC 3; Mus musculus; RNA-Seq run: 491.9M spots, 147.6G bases, 62.7Gb downloads Accession...SRX8944615 4.GSM4726796: KPPC 2; Mus musculus; RNA-Seq run: 488.8M spots, 146.6G bases, 63.3Gb downloads Accession...SRX8944614 5.GSM4726795: KPPC 1; Mus musculus; RNA-Seq run: 477.4M spots, 143.2G bases, 62.1Gb downloads Accession

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跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图展示主成分分析（PCA）的结果

sheet = "Supplementary Table 1", skip = 1) dat dat% mutate(Accession..."="Accession")) %>% mutate(new.group=case_when( Location %in% province.X ~ "C", TRUE ~ "O"..."="Accession")) %>% mutate(new.group=case_when( Location %in% province.X ~ "C", TRUE ~ "O"..."="Accession")) %>% mutate(new.group=case_when( Location %in% province.X ~ "C", TRUE ~ "O"..."="Accession")) %>% mutate(new.group=case_when( Location %in% province.X ~ "C", TRUE ~ "O"

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使用CGP数据库的表达矩阵进行药物反应预测

Sensitivity of Cancer (GDSC)计划的数据 The CGP gene expression data are available from ArrayExpress under accession...File -> R Sweave 里创建rnw文件在4个公共数据里面验证 4个有着明确药物处理记录的数据； The docetaxel data are available from GEO under accession...The cisplatin data are available from ArrayExpress under accession number E-GEOD-18864....The bortezomib data are available from GEO under accession number [GEO:GSE9782]....The erlotinib data are available from GEO under accession number [GEO:GSE33072].

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blast2go本地化-2017教程

wget下载就行了 godatabase： http://archive.geneontology.org/latest-full/ 下载go_monthly-assocdb-data.gz即可 gene2accession.gz...： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz gene_info.gz： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene...blast2go（名字随意），解压上述文件，并将所有文件都放到blast2go目录下，然后cd到blast2go目录下，进行后续操作，文件总共有这几个： b2gdb.sql b2gdb.sql~ gene2accession...' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';" mysql -u root -p password...和gene_info异常退出的话，需要先将mysql里面的对应的表格删除后，才能重新执行命令 mysql> use b2gdb; mysql> truncate table gene2accession

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物种分类原理

将测序 ID 转换为 NCBI Accession ID，然后将 Accession ID 转换为物种分类 Tax ID。则得到了测序数据的物种分类信息。...利用纳米孔测序进行快速鉴定示意图三者之间的关系：测序的 ID 可以比对到多个 Accession ID，序列越长，唯一性越好，选择比对最好的 Accession ID。...由于物种分类包括过个层级，一个 Accession 对应唯一 Taxon ID。一个 Taxon ID 中可以包含多个 Accession ID。...举例：有一条序列，比对到了 Accession ID 是 NC_000001，NC_000001 对应的 Taxon ID 为 9606。

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解读SRA数据库规律一文就够

The sequencing data have been deposited in the NCBI Sequence Read Archive (SRA) database under the accession...RNA-Seq of OSCC patient: OSCC 1 ILLUMINA (NextSeq 500) run: 35.5M spots, 10.7G bases, 3.9Gb downloads Accession...OSCC patient: OSCC 1 ILLUMINA (Illumina HiSeq 2000) run: 123.6M spots, 25G bases, 10.2Gb downloads Accession...OSCC patient: OSCC 1 ION_TORRENT (Ion Torrent Proton) run: 20.5M spots, 2.3G bases, 1.2Gb downloads Accession...OSCC patient: PBMC 1 ION_TORRENT (Ion Torrent Proton) run: 20.1M spots, 2.3G bases, 1.2Gb downloads Accession

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多序列比对，进化树分析，保守性，密码子偏好性分(1)

image12.png 可以看到物种及对应的accession ID，我们的目的是得到有物种名和蛋白序列的fasta文件。...对上图来说，只需要得到ACCESSION ID，再搜索一次protein database即可需要注意的是，只需要得到每一个物种的第一个Accession ID 这些ID，应该可以用python爬取相应数据...image14.png 2.3 提取上述Accession ID的protein fasta序列注意，NCBI一次提取不能超过100个accession ID，上述138，所以分两次提取 ?

3.9K3 1

TCGA数据库：miRNA数据下载与整理(2)

oneSampExp[grep("mature",oneSampExp$miRNA_region),] oneSampExp <- separate(oneSampExp,into=c("State","ACCESSION...")] colnames(oneSampExp)<- c("miRNA_ID","ACCESSION","count","RPM") ?...acc <- oneSampExp$ACCESSION acc <- acc[!duplicated(acc)] length(acc) ?...keys = acc, keytype = "VW-MIMAT-22.0", columns = c("ACCESSION...data <- merge(ano,oneSampExp,by= "<em>ACCESSION</em>") head(data) ? 我们只提取hsa-let-7a-1的RPM数据。求和是3670。

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miRNA注释包:miRBaseVersions.db

例如，要提取关于成熟accession' MIMAT0000092 '的所有信息，我们可以运行以下命令: result <- select(miRBaseVersions.db,...例如，如果我们只想提取' accession '， ' name '和' version '的字段，我们只需运行以下命令: result <- select(miRBaseVersions.db,...keys = "MIMAT0000092", keytype = "MIMAT", columns = c("ACCESSION",

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超精华生信ID总结，想踏入生信大门的你-值得拥有

GenBank-Accession Number:Accession Number又叫做注册号/登录号，像GI号一样，它也是唯一的序列标识符。但是与GI号不同的是，AC号一旦分配就不会改变了。...这里呢，还需要注意两个概念，那就是GI号和Accession Number.Version.我们的GI号和Accession Number.Version都是可以用来追踪一条序列的演化的。...Accession number主体编号不会改变，但是它所对应的版本（Accession number.Version）会随着增加。...accession number不会随数据的更新而变化，只有数据被删除的时候，accession number才会被删除。所以它是非常稳定的标识符，相当于数据库中的主键。...Entry name与Accession Number的关系和区别提交数据到UniprotKB之后，每个数据都会被分配一个Accession Number（AC号），这个AC号是唯一的。

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lncRNA组装流程的软件介绍本地化NR数据库|按物种拆分

从NT_NR数据库中提取子库

用SeqinR包在NCBI获取基因组序列并分析

从NT_NR数据库中提取子库

批量下载geo上面的单细胞表达量矩阵

脚本分享—从GeneBank数据库批量下载序列

prefetch命令下载SRA文件

IRscope代码拆解二：ui相关的代码

Nr数据库子库构建

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