CHROM=gi|251831106|ref|NC_012920.1|, POS=93, REF=A, ALT=[G]) 读取方式 import vcf import os vcf_file = "adni_mito_genomes.vcf...下载数据(经过处理)示例： 名字： ADNI1_Complete_2Yr_1.5T 格式： NiFTI 大小： 22.5 M 尺寸： 192 * 192 * 160 类型： T1 制造商：...名字：ADNI1_Baseling_3T 格式：NiFTI 大小：22.5 M 尺寸： 192 * 192 * 160 制造商： GE MEDICAL SYSTEMS 类型： T1 成像信息...ADNI中的扫描是在两种不同的特斯拉扫描仪上进行的，即飞利浦医疗系统和西门子 飞利浦医疗系统扫描的EPI序列为144个体积，场强=3.0特斯拉，翻转角=80.0°，TE=30.0ms，TR=3000.0ms
ADNI:阿尔茨海默氏症神经成像项目 ADNI的总体目标是验证用于阿尔茨海默病临床治疗试验的生物标记物 Study Design 该研究支持关于减慢和停止AD的恶化进程的治疗方案的发展和研究。...MCI 轻度认知障碍 EMCI 早期认知障碍 ADNI GO/2 MCI 轻度认知障碍 ADNI1/3 LMCI 晚期认知障碍 ADNI GO/2 生物标志物 生物标志物是生物状态的物质、...ADNI使用各种生物标志物来帮助预测阿尔茨海默病的发病 研究目标 ADNI1: 开发改进的方法，为获取老年痴呆症(AD)、轻度认知障碍(MCI)和老年人对照患者的纵向、多位点MRI和PET数据制定统一标准...和ADNI的约700名受试者继续这些研究5年 采集血液样本进行DNA和RNA提取。...新入组的受试者还将采集细胞永生化和APOE基因分型的样本 通过参加尸检的ADNI1、ADNI GO和ADNI2参与者的神经病理学检查，验证临床诊断、影像学和生物标志物替代物 ADNI3: 认知和相关生物标志物的纵向变化
ADNI临床数据集: 由各个学科的临床信息组成，包括招募、人口统计特征、体格检查和认知评估数据 所收集的临床数据: ?...基因数据: ILLUMINA SNP基因分型检测 ADNI的一个关键目标就是为研究人员提供机会，将遗传学、影像学和临床数据结合起来，帮助研究该病的机制 SNPs -- 单核苷酸多态性（single...病例对照GWAS和其他类型的遗传关联研究的结果可以为检测ADNI成像和其他生物标志物数据集派生的定量表型提供靶点 核磁共振图像 MRI -- 核磁共振成像 包括：原始、预处理和后处理的图像文件，FMRI...正电子发射型计算机断层显像 PET -- 正电子发射型计算机断层显像 包括：原始、预处理和后处理的图像文件，PIB (ADNI1)， FDG (ADNI1/GO/2)， FLORBETAPIR (ADNI...GO/2/3)， FLORBETABEN (ADNI3)和TAU成像(ADNI3) 这些图像对于开发生物标记物以跟踪阿尔茨海默氏症进展和潜在病理变化非常重要。
ADNI临床数据集: 由各个学科的临床信息组成，包括招募、人口统计特征、体格检查和认知评估数据 所收集的临床数据: 基因数据: ILLUMINA SNP基因分型检测 ADNI的一个关键目标就是为研究人员提供机会...病例对照GWAS和其他类型的遗传关联研究的结果可以为检测ADNI成像和其他生物标志物数据集派生的定量表型提供靶点 核磁共振图像 MRI — 核磁共振成像 包括：原始、预处理和后处理的图像文件，FMRI...(florbetaben F18)的淀粉样PET 可得到的图像数据： 正电子发射型计算机断层显像 PET — 正电子发射型计算机断层显像 包括：原始、预处理和后处理的图像文件，PIB (ADNI1...)， FDG (ADNI1/GO/2)， FLORBETAPIR (ADNI GO/2/3)， FLORBETABEN (ADNI3)和TAU成像(ADNI3) 这些图像对于开发生物标记物以跟踪阿尔茨海默氏症进展和潜在病理变化非常重要
网址：https://www.ukbiobank.ac.uk/ 美国国家精神卫生数据档案研究所 美国国家精神卫生数据档案研究所（NDA）数据库整合了多个数据库的数据，包括美国国家自闭症研究数据库...网址：http://www.brainimagelibrary.org/ ADNI数据库 Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative (ADNI)主要针对...北美ADNI研究的研究资源和数据可通过该网站获得，其中包括阿尔茨海默氏病患者，轻度认知障碍受试者和老年人对照。...网址：http://adni.loni.usc.edu/ NeuroMorpho NeuroMorpho主要用于搜集已经出版的研究中的神经元结构，是目前为止最大的3D神经元重建和相关元数据的数据库...网址：http://adni.loni.usc.edu/ BrainMap BrainMap是由德克萨斯大学健康科学中心的研究成像研究所负责运营，主要提供功能和结构MRI数据。
网址： https://www.ukbiobank.ac.uk/ 美国国家精神卫生数据档案研究所（NDA）数据库包括美国国家自闭症研究数据库（NDAR），与精神疾病相关的国家临床试验数据库（NDCT），...网址： http://www.brainimagelibrary.org/ ADNI数据库 Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative (ADNI)主要针对AD...北美ADNI研究的研究资源和数据可通过该网站获得，其中包括阿尔茨海默氏病患者，轻度认知障碍受试者和老年人对照。...网址： http://adni.loni.usc.edu/ NeuroMorpho NeuroMorpho主要用于搜集已经出版的研究中的神经元结构，是目前为止最大的3D神经元重建和相关元数据的数据库。...网址： http://adni.loni.usc.edu/ BrainMap BrainMap是由德克萨斯大学健康科学中心的研究成像研究所负责运营，主要提供功能和结构MRI数据。
Rose小哥这里给大家分享一个脑与神经类开放数据库汇总。 感谢"脑机接口交流群"群友:文 分享的“利用开放数据进行心理学研究”文章。...下面是根据文章中关于脑与神经类数据库 部分的内容整理 1000 Functional Connectomes Project 最为著名的脑与神经数据库之一 http://fcon_1000.projects.nitrc.org.../fcpClassic/FcpTable.html ADNI 提供与阿尔茨海默疾病相关的各种数据 http://adni.loni.usc.edu/ Allen Brain Atlas:艾伦脑图谱 http...Connectome Project 以神经通路为主的项目 http://www.humanconnectome.org/ LONI Image Data Archive 链接到各类南加州大学的开放脑神经数据库
采用ComBat协调，以年龄、性别和临床诊断，去除站点效应，将MCADI和ADNI的数据作为协变量。使用脑网络组工具包对MCADI和ADNI的功能MRI（fMRI）扫描结果进行预处理。...NMF作为一种数据驱动的双聚类方法，允许根据数据库中特征聚类的权重同时识别特征聚类（如功能连接）和个体聚类，这意味着我们可以获得功能连接聚类和权重为每个个体提供的每个功能连接集群。...在ADNI数据中也发现了类似的功能连接模式的改变。...虽然亚型1在基线时有更好的认知能力，但只有缓慢的ADNI-VS下降，其他认知下降轨迹与亚型4相似。亚型2的MMSE和ADNI-VS下降最快，亚型3较MMSE的其他3种亚型下降最慢（图3D）。...(A)AD和MCI亚型在MCADI和ADNI的7个数据点上的分布。(B)比较两个数据集中不同亚型之间的共同人口统计学和认知特征。(C)在ADNI数据集中的各亚型之间的综合分数的比较。
Brain 原文链接 提要 目的 开发并验证一种深度学习算法，该算法可以基于脑部18F FDG PET来预测AD、轻度认知障碍或者二者均不是的诊断结果，并将其性能与放射学阅读器的性能进行比较 材料和方法 来自ADNI...使用InceptionV3架构的卷积神经网络在90%的ADNI数据集上训练，并在剩余的10%的数据上测试。同样的测试集用于放射性阅读器进行性能比较。...卷积神经网络架构使用Inception V3，网络首先在ImageNet进行预训练，最后在ADNI数据集上进行微调。...绘制了模型在10%ADNI上的受试者工作特性曲线，计算了模型在10%ADNI下AUC的面积 模型训练结果 使用来自ADNI的90%的数据进行训练，10%的数据进行测试，预测AD、MCI和非AD/MCI的...使用来自ADNI的90%的数据进行训练，10%的数据进行测试，预测AD、MCI和非AD/MCI的AUC分别为0.92、0.63和0.73 该研究的测试结果在ADNI数据集上并不是很突出，在自己提供的数据集上表现的
预测准确率高达98%，下一步着眼更多样化样本 为了训练算法，Sohn从阿尔茨海默症神经成像计划(ADNI)中获取了大量图像。...ADNI是一个庞大的公共数据集，收集了最终被诊断患有阿尔茨海默症、轻度认知障碍或无障碍患者的PET扫描数据。 最终，该算法开始自主学习哪些特征对于预测阿尔茨海默症的诊断是重要的，哪些不是。...第一个是来自同一ADNI数据库的188张图片，但尚未提交给算法。 第二个是来自40名患者的全新扫描，他们被送到加州大学旧金山分校的记忆与衰老中心，可能患有认知障碍。 算法的执行效果很好。
大多数机器学习特征提取方法的目标是最大化类间方差或最小化类内方差 在这项研究中，使用静息状态fMRI成像来区分阿尔茨海默病不同阶段之间的差异，关注的是大脑在疾病的不同阶段是如何变化的，而不是在活动中是如何变化的 该研究详细介绍： 数据集 使用ADNI...数据库中的一个子集来训练和验证CNN分类器 需注意ADNI数据差异： ADNI的扫描是在两种不同的特斯拉扫描仪上进行的，分别为飞利浦医疗系统和西门子： 飞利浦医疗系统：静息状态fMRI扫描序列(EPI
平均而言，来自PharmaCog队列的欧洲被试和来自J-ADNI队列的日本被试的预测比来自ADNI队列的美国被试的预测分别好约1.1和0.6分。...例如，如果参考被试来自J-ADNI而不是ADNI，ADAS-Cog13的预测更准确，导致MAE下降0.63点（95% CI = [0.32,0.96]）。...（(MEMENTO）、国家生物科学数据库中心人类数据库（J-ADNI）。...ADNI、AIBL、J-ADNI52、PharmaCog36和MEMENTO使用了相同的MRI方案，皮质重建和体积分割都使用Freesurfer进行。...我们首先考虑根据脑脊液或PET数据淀粉样蛋白阳性的ADNI被试。然后，我们保留其他ADNI被试和其他四个队列的所有被试作为外部验证集。
最后，1999年成立的NACC，维护着一个大型关系数据库，该数据库包含了从美国各地阿尔茨海默病中心收集的标准化临床和神经病理研究数据（Beekly等，2004）。...模型训练、内部验证和测试都是在ADNI数据集上进行的。在对ADNI数据进行训练和内部测试后，验证了对AIBL、FHS和NACC的预测。...对配准的图像进行仔细的手动检查，发现自动配准在绝大多数ADNI、AIBL和NACC病例上做得相当好。...性能矩阵 在ADNI数据集上构建模型，将其随机分为三组，分别进行训练、验证和测试。...本研究采用了四个独立的数据集，包括：ADNI数据集、AIBL、FHS和NACC。ADNI数据集以3:1:1的比例随机拆分，其中60%用于模型训练，20%用于内部验证，其余用于内部测试。
我们训练我们的模型使用9652 T1加权(纵向)MRI提取的阿尔茨海默病神经成像倡议(ADNI)数据集。...我们在1283张图像(也来自ADNI)的单独测试集上进行定量和定性评估，证明DaniNet能够产生准确和令人信服的模拟疾病进展的合成图像。
P2 和P3参与者之间的ADNI-EF和ADNI-MEM显着不同（A-T- p = 0.039，A-/T+ p = 0.003，A+/T+ p < 0.001）。...研究和参与者阿尔茨海默病神经影像学倡议 （ADNI, http://www.adni-info.org/ ） 研究是一项公私合作的纵向队列研究，通过4个阶段（ADNI1 , ADNIGO, ADNI2）...总共包括 1718名ADNI参与者（819名ADNI1和899名ADNIGO/ADNI2）和1114名 BLSA参与者被纳入该研究中。...ADNI和BLSA研究的详情MRI数据采集和处理从上面介绍的ADNI和BLSA研究中获得了1.5T和3T MRI数据。应用全自动流水线处理T1结构MRI。...对于需要测量CSF Abeta/pTau的分析，仅包括具有这两种生物标志物的ADNI参与者。否则，将所有来自ADNI和BLSA研究的参与者纳入分析。
从ADNI-1、GO&2获得822名MCI受试者在基线、6个月和12个月时的认知测量，包括13项版本的阿尔茨海默病评估量表认知子量表（ADAS-COG13）、Rey听觉语言学习测试（RAVLT）即时、RAVLT...选择LSTM层的数量，以在少量可训练参数的情况下实现可推广的性能 在本研究中，认知测量的自动编码器是建立在ADNI-1队列受试者的纵向认知测量基础上的。...获得自动编码器后，将编码器应用于ADNI-1和GO&2队列的所有MCI患者，从纵向认知测量中提取其潜在特征，然后用于后续的预后分析 预测建模 考虑到纵向认知信息的潜在表现，将其与基于海马MRI的基线测量相结合...以ADNI-1的MCI受试者数据为基础，建立Cox回归模型，并以ADNI-GO&2的MCI受试者数据为基础，评价其预后 结果 实验设置 采用了两个LSTM层，每个LSTM层中的隐藏节点数设置为5（LSTM
/ADNI_nii/ADNI_002_S_0413_MR_MPR____N3__Scaled_2_Br_20081001114937668_S14782_I118675.nii' img = nib.load...ADNI数据维度（256，256，170）分段显示： ?
多任务多通道卷积神经网络 材料和图像处理 数据集： 本研究使用了包含 1,984 名受试者的四个公共数据集，包括 1) 阿尔茨海默病神经影像学倡议-1 (ADNI-1) 2) ADNI-2 3) ...值得注意的是，本研究中使用的受试者数量大于之前的许多研究，由于许多受试者同时参加了 ADNI-1 和 ADNI-2，我们只需将这些受试者从 ADNI-2 中删除以进行独立测试。...基线 ADNI-1 数据集中的受试者具有 1.5 T T1 加权结构 MRI 数据（1.5T核磁共振成像），而基线 ADNI-2 中的受试者具有 3.0 T T1 加权结构 MRI 数据（3.0T核磁共振成像...ADNI-1 和 ADNI-2 中的受试者采用四种类型的临床评分，包括临床痴呆评分框总和 (CDRSB)、经典(ADAS-Cog) 有 11 个项目 (ADAS11)，修改ADAS-Cog 有 13 个项目...也就是说，pMCI 和 sMCI 受试者与 ADNI-1 中的 AD 和 NC 组识别的标志相同。
2.3案例情景 患者水平数据 第一个数据集为阿尔茨海默病神经影像计划（ADNI），在本文中作者使用了研究中收集的血浆转录组数据。...与ADNI数据集类似，第二个数据集预处理过的基因表达数据被直接用作CLEP验证的基线，并将三种精神疾病归为一组进行二元分类任务。...3 结果 3.1 CLEP的表征在对认知障碍患者和健康对照进行分类时优于原始数据 作者将ADNI患者纳入蛋白质-蛋白质相互作用KG（即PPI-KG），使用各种KGEM生成新的患者表征。...利用从ADNI数据集得出的KG，作者识别了与认知障碍患者（组）有联系但与对照参与者没有任何联系的基因集。...作者通过采用转录组数据和包含来自几个蛋白质-蛋白质相互作用数据库的知识的综合KG，在两个独立的数据集上证明了框架的实用性。与原始转录组数据相比，这些表征提高了机器学习模型在二元分类任务中的性能。
利用四个覆盖成人寿命的大型神经成像数据库进行分析 （总N=2953,18-88岁），显示了包含4.73—8.38年的数据集中平均绝对误差 (MAE ) ，其中32个广泛抽样的工作流显示了包含5.23—8.98...使用几个年龄范围较大的大型神经成像数据库，首先评估这些工作流的数据集内和跨数据集性能，然后评估一些表现最好的工作流程的重测可靠性和纵向一致性。随后在一个临床样本中评估了最佳表现的工作流程的性能。...使用ADNI数据库评估脑年龄在神经退行性疾病中的效用，纳入健康对照组 (HC，N = 209) 、早期和晚期轻度认知障碍 (EMCI，N = 237；LMCI，N = 128) 和阿尔茨海默病 (A D...在考虑了所有的评价标准后，选择了表现最佳的工作流程，应用于ADNI数据，并与大脑年龄比较。...结果表明，偏差修正模型应用于一个新的数据库时，可能并不能很好地工作，即使训练数据本身由多个数据库组成。因此，可使用部分测试数据来纠正年龄偏差。
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