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    oligo包可以处理agilent芯片吗

    看到该研究使用的是agilent表达芯片,老实说我其实不太喜欢这个公司的芯片,从数据分析的角度来说,因为其R包非常少。 结果,不仅没有找到ID号,而且还看到了oligo包,很有趣,第一次看到oligo包可以处理agilent芯片的,不知道亲爱的读者你们觉得这个靠谱吗? 关于agilent芯片 Agilent的生物芯片(系统)和别的公司的生物芯片(系统)一样,同样由:扫描仪、生物芯片、分析软件,三部分组成。Agilent的芯片扫描仪,叫SureScan DX。 Agilent的CGH生物芯片,在细胞遗传学中有着很广泛的接受度,并可以临床应用。Agilent的表达谱芯片,是用荧光素直接标记的,检测灵敏度高、检测速度快、检测的线性范围大,很受欢迎。 另外比较受欢迎的就是Agilent的miRNA相关芯片了。

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    并不是只有TCGA计划里面的癌症研究才做多组学

    Agilent的 Human miRNA Microarray 我没有分析过,但是猜测应该是表达矩阵分析策略,所以倒不用害怕,无非就是差异分析,聚类等等。 但是Agilent的拷贝数芯片就麻烦了,拷贝数芯片在TCGA计划里面是SNP6.0一家独大,这个Agilent的确实资料很少。 acc=GSE60612 也是Agilent-021529 Human CGH Whole Genome Microarray 1x1M,都是芯片拿到的CNV信息,可以相互比较。 跟MSKCC的前列腺癌多组学队列研究对比 学徒作业:尝试分析agilent的CNV芯片 就是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi? agilent的CNV芯片原始数据 也可以去 GSE21035 里面拿到前面CNV的IGV截图里面的细胞系的数据集,一起分析CNV,然后加载进入IGV看看能不能复现那个拷贝数全景图。

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