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oligo包可以处理agilent芯片吗

看到该研究使用的是agilent表达芯片,老实说我其实不太喜欢这个公司的芯片,从数据分析的角度来说,因为其R包非常少。 结果,不仅没有找到ID号,而且还看到了oligo包,很有趣,第一次看到oligo包可以处理agilent芯片的,不知道亲爱的读者你们觉得这个靠谱吗?

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Agilent芯片表达矩阵处理(学徒作业)

Agilent的芯片同样也是扫描得到图片,然后图像处理(主要是Agilent Feature Extraction (AFE) 软件)得到信号值,但是值得注意的是这个时候有两个信号值矩阵,分别是:the to identify features with quantification errors of the signal, reducing the 45,015 features on the Agilent

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    安捷伦芯片下载及标准化流程(agilent

    首先下载原始数据,而不是上传的mtrix文件 我们这里使用的是单通道的agilent芯片标准化流程,双通道的会相对简单一些 所使用的测序是GPL19978, 测序平台Agilent-069978 Arraystar

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    专注于Agilent microRNA 芯片数据的处理R包-AgiMicroRna

    R包简介R包作者:Pedro Lopez-Romero 最后一次更新:October 27,2020AgiMicroRna主要用于Agilent microRNA array数据的处理、质量评估和差异表达分析 AgiMicroRna将Agilent Feature Extraction (AFE)图像分析软件导出的扫描数据读入R。 human mesenchymal stem cells obtained from bone marrow.100 ng of each RNA sample were hybridized onto Agilent Human microRNA Microarray v2.0 (G4470B,Agilent Technologies).The Human microRNA microarray v2.0 contains gIsGeneDetected:逻辑值,判断基因是否被the microRNA microarray 检测到;ControlTypeThe ProbeName is an Agilent-assigned

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    并不是只有TCGA计划里面的癌症研究才做多组学

    Agilent的 Human miRNA Microarray 我没有分析过,但是猜测应该是表达矩阵分析策略,所以倒不用害怕,无非就是差异分析,聚类等等。 但是Agilent的拷贝数芯片就麻烦了,拷贝数芯片在TCGA计划里面是SNP6.0一家独大,这个Agilent的确实资料很少。 acc=GSE60612 也是Agilent-021529 Human CGH Whole Genome Microarray 1x1M,都是芯片拿到的CNV信息,可以相互比较。 跟MSKCC的前列腺癌多组学队列研究对比学徒作业:尝试分析agilent的CNV芯片就是https:www.ncbi.nlm.nih.govgeoqueryacc.cgi? agilent的CNV芯片原始数据也可以去 GSE21035 里面拿到前面CNV的IGV截图里面的细胞系的数据集,一起分析CNV,然后加载进入IGV看看能不能复现那个拷贝数全景图。

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    aglient芯片原始数据处理

    导读我多次在学徒作业强调了 3大基因芯片产商里面,就Agilent公司的芯片比较难搞,比如Agilent芯片表达矩阵处理(学徒作业) 以及 oligo包可以处理agilent芯片吗,这个作业难度非常高,

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    这3个lncRNA组成的食管癌诊断分类器在tcga数据库能否复现

    最近看到某公司宣传他们的产品,是lncRNA的芯片,文章是2015发表的,研究思路很清晰:119个食管癌病人的肿瘤组织和配对样品的lncRNA芯片数据,在GSE53624芯片平台比较老旧了,是Agilent 看起来似乎是Agilent和CBC公司合作,所以芯片平台是:Agilent-038314 CBC Homo sapiens lncRNA + mRNA microarray V2.0 (Feature

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    第一个万能芯片探针ID注释平台R包

    Affymetrix Human Genome U95D ArrayGPL95 hgu95e Affymetrix Human Genome U95E ArrayGPL887 hgug4110b Agilent -012097 Human 1A Microarray (V2) G4110B (Feature Number version)GPL886 hgug4111a Agilent-011871 Human 1B Microarray G4111A (Feature Number version)GPL1708 hgug4112a Agilent-012391 Whole Human Genome Oligo Microarray G4112A (Feature Number version)GPL13497 HsAgilentDesign026652 Agilent-026652 Whole Human

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    ceRNA-芯片分析的一般流程

    最出名的就是SBC human ceRNA array V1.0芯片, 但是呢,因为他们委托Agilent公司生产,所以在GEO数据库里面,其实是https:www.ncbi.nlm.nih.govgeoqueryacc.cgi acc=GPL22120 Agilent-078298 human ceRNA array V1.0 4X180K 可以看到,截止到(2019-12-11 )看到的已经发表,并且使用了Agilent-078298 该研究使用的是 Agilent-078298 human ceRNA array V1.0 4X180K ,就是 SBC human ceRNA array V1.0芯片,一回事。

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    是人是鼠,你心里没有数?GPL21827之谜

    Agilent-079487 Arraystar Human LncRNA microarray V4 (Probe Name version)GPL21827Public on May 07 2016201656201657in acc=GPL21827可是我在GEO官网查询它:Agilent-079487 Arraystar Human LncRNA microarray V4 (Probe Name version)物种又是

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    circRNA_ID转化

    芯片我们查阅GEO数据库发现,目前经常使用的人类circRNA芯片主要有以下几种: GPL21825:074301 Arraystar Human CircRNA microarray V2GPL19978:Agilent -069978 Arraystar Human CircRNA microarray V1GPL26925:Agilent-084217 CapitalBio Technology Human CircRNA Array v2GPL23467:Agilent-082557 CBChuman circRNA array V2.0对我们感兴趣的GSE,下载相应的GPL信息即可获得circRNA_ID,当然还有其他物种的

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    第三个万能芯片探针ID注释平台R包

    GitHub下载困难 在中国大陆,大部分人访问GitHub还是很困难的,如果你确实无法下载, 就需要下载我的微云版本:然后参考我以前的教程:安装GitHub的R包困难解决方案 使用idmap3比如如果想获取Agilent 它的平台是:GPL21827library(idmap3)ids=idmap3::get_pipe_IDs(GPL21827)head(ids) 这个平台,GPL21827,Agilent-079487 比较soft文件自带的注释信息和我们的流程注释rm(list = ls())options(stringsAsFactors = F)library(idmap2)library(idmap3)# Agilent

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    HTA芯片(学徒探索任务)

    年前我们布置过一个 agilent芯片的探索任务,很可惜,没有人接单,也许是得等我某一天遇到了,或者时间充裕了会去解决它吧! 学徒作业跟agilent芯片一样,agilent芯片需要摸索使用 Agi4x44PreProcess包完成E-MTAB-3017数据集的表达矩阵获取。当然了,也可以根据分组,走一下差异分析标准代码。

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    频率计和通用计数器的区别?

    欧美频率计厂家主要有:Pendulum Instruments 和 Agilent科技。Pendulum Instruments 公司是一家瑞典公司,总部位于瑞典首都斯德哥尔摩。 Agilent科技公司是一家美国公司,总部位于美国的加利福尼亚。Agilent科技公司成立于1939年,在电子测量领域也有着70多年的研发生产经历。 Agilent科技公司的常规频率计信号主要有:53181A、53131A、53132A。 同时,Agilent科技公司还推出微波频率计:53150A,53151A,53152A(频率测量范围最高可达46G)。

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    频率计和通用计数器的区别?

    欧美频率计厂家主要有:Pendulum Instruments 和 Agilent科技。Pendulum Instruments 公司是一家瑞典公司,总部位于瑞典首都斯德哥尔摩。 Agilent科技公司是一家美国公司,总部位于美国的加利福尼亚。Agilent科技公司成立于1939年,在电子测量领域也有着70多年的研发生产经历。 Agilent科技公司的常规频率计信号主要有:53181A、53131A、53132A。 同时,Agilent科技公司还推出微波频率计:53150A,53151A,53152A(频率测量范围最高可达46G)。

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    十行代码完成circRNA多种ID相互转换

    GEO数据库就可以发现,目前经常使用的人类circRNA芯片主要有以下几种:GPL21825:074301 Arraystar Human CircRNA microarray V2GPL19978:Agilent -069978 Arraystar Human CircRNA microarray V1GPL26925:Agilent-084217 CapitalBio Technology Human CircRNA Array v2GPL23467:Agilent-082557 CBChuman circRNA array V2.0对我们感兴趣的GSE,下载相应的GPL信息即可获得circRNA_ID,当然还有其他物种的

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    计算MiRNA–mRNA表达相关性

    看到一篇文章提到了这个分析,作者下载了TCGA数据库的OV的Affymetrix HT HG-U133A arrays, n = 598表达矩阵和Agilent 8 × 15 K Human miRNA-specific

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    BRCA分型之PAM50(逆向收费读文献2019-10)

    使用的基因表达芯片很小众:Agilent human 1Av2 microarrays or custom-designed Agilent human 22k arrays , 数据集上传了: GSE10886

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    甲基化捕获测序能否替代450K

    sentation of repeated (RRBS)methylated regions (MeDIP- Seq).设计实验来评估主要是采用 SureSelect Human Methyl-Seq panel (Agilent Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips (Illumina Inc., CA, USA)SureSelect Human Methyl-Seq panel (Agilent

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    乳腺癌预后基因集

    Agilent Human oligo array4250 (84%)70gene MammaPrintRef. Agilent 25 k Human oligo array4670 (65.7%)76gene VeridexRef.

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