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oligo包可以处理agilent芯片吗

看到该研究使用的是agilent表达芯片,老实说我其实不太喜欢这个公司的芯片,从数据分析的角度来说,因为其R包非常少。...结果,不仅没有找到ID号,而且还看到了oligo包,很有趣,第一次看到oligo包可以处理agilent芯片的,不知道亲爱的读者你们觉得这个靠谱吗?...关于agilent芯片 Agilent的生物芯片(系统)和别的公司的生物芯片(系统)一样,同样由:扫描仪、生物芯片、分析软件,三部分组成。Agilent的芯片扫描仪,叫SureScan DX。...Agilent的CGH生物芯片,在细胞遗传学中有着很广泛的接受度,并可以临床应用。Agilent的表达谱芯片,是用荧光素直接标记的,检测灵敏度高、检测速度快、检测的线性范围大,很受欢迎。...另外比较受欢迎的就是Agilent的miRNA相关芯片了。

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并不是只有TCGA计划里面的癌症研究才做多组学

Agilent的 Human miRNA Microarray 我没有分析过,但是猜测应该是表达矩阵分析策略,所以倒不用害怕,无非就是差异分析,聚类等等。...但是Agilent的拷贝数芯片就麻烦了,拷贝数芯片在TCGA计划里面是SNP6.0一家独大,这个Agilent的确实资料很少。...acc=GSE60612 也是Agilent-021529 Human CGH Whole Genome Microarray 1x1M,都是芯片拿到的CNV信息,可以相互比较。...跟MSKCC的前列腺癌多组学队列研究对比 学徒作业:尝试分析agilent的CNV芯片 就是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...agilent的CNV芯片原始数据 也可以去 GSE21035 里面拿到前面CNV的IGV截图里面的细胞系的数据集,一起分析CNV,然后加载进入IGV看看能不能复现那个拷贝数全景图。

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分享一个拟南芥双色芯片表达矩阵的提取~

我一度以为双色芯片是Agilent公司的专属,这个发现还蛮出乎我意料的。 数据集链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...芯片是一张做拟南芥测序的芯片,公司名字叫URGV 但我其实还是存疑,不是很相信~ emmm,之前分析的时候遇到过一个公司,公司名称是自己的,用的技术是安捷伦的 于是我就猜测有没有可能这个公司用的是Agilent...实验流程里面也没有提及到Agilent的名字,这个双色芯片应该和Agilent没有什么太大的关系。 那么问题来了,分组信息我可以手敲,ids文件我可以找他公司的官网。...再上网以此为关键词上网搜索一下 熟悉的人,陌生的推文~ 浏览了一下,发现用limma包就能做,我一下就想到了自己之前的推文 《#真芯简单 No2 Step1 Agilent安捷伦双色芯片数据提取》https...照着小洁老师的代码修改了一下之前公众号的代码~ 修改的重点只有1个:原始数据读取的部分 ##公众号原代码 RawData <- read.maimages(raw_datas,source="<em>agilent</em>

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