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使用Amber计算单点能三步走

技术背景 Amber是一个在分子动力学中非常常用的一个软件,可以用于进行分子动力学模拟计算,可以与一些软件配合进行增强采样。...这里我们简单介绍一下如何使用Amber去计算一个分子构象的单点势能值,及其对应的能量分量。 第一步:构造力场文件 首先我们需要运行tleap,加载一个力场,例如这里加载的是ff99SB的力场。...同时准备一个待模拟的pdb文件,load完成后,可以直接存储为prmtop文件和inpcrd文件,这两个文件是Amber在匹配了pdb文件之后,从力场文件中对应搜索出来的参数文件,可以用于后续的分子动力学模拟过程...$ sander -O -i min.in -o min_99.out -p case2_99.prmtop -c case2_99.inpcrd 总结概要 本文主要介绍了如何使用Amber来计算一个给定分子构象的...版权声明 本文首发链接为:https://www.cnblogs.com/dechinphy/p/amber-onesite.html 作者ID:DechinPhy 更多原著文章:https://www.cnblogs.com

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理解group by

表2   可是为了能够更好的理解“group by”多个列“和”聚合函数“的应用,我建议在思考的过程中,由表1到表2的过程中,增加一个虚构的中间表:虚拟表3。...2.FROM test Group BY name:该句执行后,我们想象生成了虚拟表3,如下所图所示,生成过程是这样的:group by name,那么找name那一列,具有相同name值的行,合并成一行...number列执行sum操作,即2+3,返回5,最后执行结果如下: (5)group by 多个字段该怎么理解呢:如group by name,number,我们可以把name和number 看成一个整体字段...如执行select name,sum(id) from test group by name,number,结果如下图: (已失效)文章出处:理解group by和聚合函数 注意:mysql对group...by 进行了非ANSI标准的扩展,允许select后含有非group by 的列。

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Group by 分组详解

表2   可是为了能够更好的理解“group by”多个列“和”聚合函数“的应用,我建议在思考的过程中,由表1到表2的过程中,增加一个虚构的中间表:虚拟表3。...2.FROM test Group BY name:该句执行后,我们想象生成了虚拟表3,如下所图所示,生成过程是这样的:group by name,那么找name那一列,具有相同name值的行,合并成一行...number列执行sum操作,即2+3,返回5,最后执行结果如下: (5)group by 多个字段该怎么理解呢:如group by name,number,我们可以把name和number 看成一个整体字段...如执行select name,sum(id) from test group by name,number,结果如下图: (已失效)文章出处:理解group by和聚合函数 注意:mysql对group...by 进行了非ANSI标准的扩展,允许select后含有非group by 的列。

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group by如何优化?

// group by如何优化?...那么针对group by操作,我们如何优化? 01 group by优化之索引 从上面的描述中不难看出,group by进行分组的时候,创建的临时表都是带一个唯一索引的。...如果数据量很大,group by的执行速度就会很慢,要想优化这种情况,还得分析为什么group by 需要临时表?...这个问题其实是因为group by的逻辑是统计不同的值出现的次数,由于每一行记录做group by之后的结果都是无序的,所以就需要一个临时表存储这些中间结果集。...所以,使用索引可以帮助我们去掉group by依赖的临时表 02 group by优化---直接排序 如果我们已经知道表的数据量特别大,内存临时表肯定不足以容纳排序的时候,其实我们可以通过告知group

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