前面看了群主最优秀学徒的笔记：GEO数据挖掘流程——代码版（方便抄袭） 惊为天人，居然可以把AnnoProbe用得这么溜！...所以我作为群主菜鸡学徒，还是想尝试一下； 我的电脑是Mac Pro 目前的Rstudio版本是R version 3.6.1 (2019-07-05) 使用如下代码 install_github("jmzeng1314/AnnoProbe...") library(AnnoProbe) 安装这个AnnoProbe总是报错，显示 "had non-zero exit status" 请教了生信技能树老师，也尝试了下载AnnoProbe包到本地后安装...org.R-project.R force.LANG en_US.UTF-8') #Step 2: Restart R 我尝试着做了一次，然后再通过这个安装命令居然可以了 install_github("jmzeng1314/AnnoProbe
如果要把基因区分成为编码与非编码 有一个包（annoprobe）需要安装，安装annoprobe的代码超级简单： library(remotes) # https://git-scm.com/downloads...url='https://gitee.com/jmzeng/annoprobe.git' install_git(url) 安装annoprobe的时候不要更新如何其它R包哈 ，但是我看有学生反馈，安装的时候提示他的电脑缺乏...header = T,sep = '\t',fill=T, quote = '') head(a$Gene.Symbol) length(unique(a$Gene.Symbol)) library(AnnoProbe...annoGene(unique(a$Gene.Symbol),'SYMBOL','human') tail(sort(table(tmp$biotypes))) 但是有一个警告： > library(AnnoProbe
") #加载AnnoProbe这个包 library(AnnoProbe) #选择要注释的探针类型 gpl='GPL16956' #得到探针对应的基因名字 probe2gene=idmap(gpl,type...从install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")能看出来这是曾老师的包。...（近期推文） AnnoProbe:若我没有收录它，阁下该如何应对？ AnnoProbe包的适用范围 试试(专业拆台....)...找了个GPL6403（拟南芥）试了一下 > library(AnnoProbe) > gpl='GPL6403' > probe2gene=idmap(gpl,type = 'pipe') Error...AnnoProbe做了什么？ 顺带着扒了一扒idmap的原代码 大致理解下来应该是曾老师整了个云端存文档，每次使用这个函数的时候就从云端把目标数据调用出来。 就是调用之前分析过的数据。 嗯？？
配合练习写R包，今天算是搞定了大头，分享一下给有缘人使用~ 目前差异分析仅支持二分组数据，多分组的后面再说~ 2.R包安装和准备 我的包托管在Github上，并且依赖了曾老板写的AnnoProbe包，他的包也在...require(AnnoProbe))devtools::install_github("jmzeng1314/AnnoProbe") if(!...= F) gse = "GSE4107" geo = geo_download(gse) 写成了一个函数geo_download，默认使用AnnoProbe下载，如果报错就说明这个GSE没有被AnnoProbe...find_anno(geo$gpl) ## [1] "`ids <- toTable(hgu133plus2SYMBOL)` or `ids <- AnnoProbe::idmap('GPL570')...` is both avaliable" ids <- AnnoProbe::idmap('GPL570') 6.
"AnnoProbe" annotate "annotate" AnnotationDbi "AnnotationDbi" AnnotationFilter...Resources/library" airway "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library" AnnoProbe...Version Priority abind "1.4-5" NA airway "1.6.0" NA AnnoProbe...NA AnnoProbe...NA "no" airway NA NA NA "no" AnnoProbe
安装我的GitHub包AnnoProbe 因为目前 AnnoProbe 包 在 GitHub，所以不要使用其它方法安装，只能是下面的 install_github 函数哦： library(devtools...) install_github("jmzeng1314/AnnoProbe") library(AnnoProbe) 如果你安装失败，应该是你无法连接GitHub的原因，可以考虑下载包到本地，自己去搜索解决方案吧
其实你可以使用我们的AnnoProbe包 目前仍然是 host 在GitHub上面：https://github.com/jmzeng1314/annoprobe 如果大家觉得有帮助，后续我会考虑抽时间去发布在...首先下载安装我们的AnnoProbe包 library(devtools) install_github("jmzeng1314/AnnoProbe") library(AnnoProbe) 因为这个包里面并没有加入很多数据...然后使用AnnoProbe包获取探针注释信息 # GPL21827[Accession] - GEO DataSets Result - NCBI - NIH # https://www.ncbi.nlm.nih.gov
正常情况下，很容易下载和安装，我让学徒使用她的Windows电脑测试了，使用以下代码： library(devtools) install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")...library(AnnoProbe) gpl='GPL16956' probe2gene=idmap(gpl,type = 'pipe') head(probe2gene) 真的是如丝滑般顺利啊， 首先...481595150473_.pic_hd 这个时候，可以试试看另外一个下载方式，install_git函数，代码如下： library(remotes) url='https://gitee.com/jmzeng/annoprobe.git...' install_git(url) 并不是说这个函数有多牛，而是因为我把这个annoprobe主动备份到了 gitee.com ，因为gitee.com的服务器在中国大陆，所以在中国大陆的朋友们访问它理论上是非常畅通的
下面是2021六月份学徒的投稿 目前芯片数据的分析流程都可以通过AnnoProbe包简单的完成上游分析，包括表达矩阵获取、分组方案的构建和数据注释，但是也存在一些平台的数据无法被该包直接获取。...AnnoProbe获取注释信息的方式是通过对信息文件中的GPL字段信息，直接从数据库下载相关编号，但是意外总会发生。...二、手动下载文件 直接在 GEO 平台搜索对应的 GPL 编号，通过 AnnoProbe 包的 checkGPL 函数检查一下，返回的 FALSE，即R包的数据库里找不到这个平台的注释文件，所以要去手动下载然后读取...，但是这种野生的soft文件都比较放纵： 1、symble编号淹没在各种信息里 举个栗子，GSE90604，通过GEO平台的查询可以得知这组数据集的平台是GPL17692 library(AnnoProbe...2、就是不给你常规symble号，就是玩儿 事情还没结束，同一篇文章里还有另外一个坑，GSE49810，常规检查一下 library(AnnoProbe) checkGPL("GPL15648") [1
创建新项目，并且同步 直接在网页创建annoprobe项目即可，https://gitee.com/projects/new 下载创建好的项目，然后修改和提交，也是标准的三部曲： git clone https...://gitee.com/jmzeng/annoprobe # 修改代码 git add * git commit -m 'first' git push 前面设置用户名和邮箱ok后，仅仅是需要一次提交密码...直接从GitHub下载AnnoProbe 代码如下： library(devtools) install_github("jmzeng1314/AnnoProbe") library(AnnoProbe
如下所示： library(AnnoProbe) IDs <- c("DDX11L1", "MIR6859-1", "OR4G4P", "OR4F5") ID_type = "SYMBOL" annoGene...需要使用下面的代码自行下载安装我们的AnnoProbe包 library(devtools) install_github("jmzeng1314/AnnoProbe") library(AnnoProbe...最重要的是idmap函数，安装方法说到过：芯片探针序列的基因注释已经无需你自己亲自做了, 使用起来也非常简单： library(AnnoProbe) ids=idmap('GPL570',type =
---- 0.安装R包 如果是第一次使用，要先在RStudio里安装好这些包 install.packages("AnnoProbe")#用于下载GEO数据的包 BiocManager::install...数据中所含信息的包 BiocManager::install("limma")#用于差异分析的包 install.packages("tidyverse") 1.载入R包 然后载入我们需要用到的包 library(AnnoProbe...)#用于下载GEO数据的包 library(GEOquery)#从GEO数据集中提取表达矩阵或临床信息的包 library(tidyverse) 2.利用AnnoProbe下载GEO数据库中的数据 以GSE14520...数据系为例： gset=AnnoProbe::geoChina('GSE14520') 运行后，会得到一个叫做“gset”的对象，它是”list“数据类型 3.提取表达矩阵和临床信息 exprset <
acc=GSE162325，所以如果你使用我的AnnoProbe包里面的 geoChina("GSE162325") 函数会失败，因为我最近没有空去同步这些新的表达量芯片数据集。...-3 GSM4949750 Overexpression-1 GSM4949751 Overexpression-2 GSM4949752 Overexpression-3 因为比较新，所以没有被 AnnoProbe...## 魔幻操作，一键清空~ options(stringsAsFactors = F) getOption('timeout') options(timeout=10000) library(AnnoProbe
data by Affymetrix, an image analysis software. library(affy) library(limma) library(stringr) library(AnnoProbe...获取探针注释文件 # 得到探针对应的基因名字 probe2Symbol <- AnnoProbe::idmap("GPL570") # 看看前几行 head(probe2Symbol,3) #
文章 1、WGCNA分析，简单全面的最新教程 2、使用ggtree包绘制带聚类树的物种丰度堆叠柱形图 3、代谢组学数据通常是OPLS-DA或者PLS-DA来代替PCA 工具 1、AnnoProbe...通过以下方式安装： library(devtools) install_github("jmzeng1314/AnnoProbe") library(AnnoProbe) 大家觉得有用记得去GitHub...ShixiangWang/community [4] via: https://www.healthecareers.com/articles/recruiting/career-pathway-programs [5] AnnoProbe...- GEO数据下载与处理: https://github.com/jmzeng1314/AnnoProbe [6] Cepo: https://github.com/PYangLab/Cepo [7]
'patchwork', 'basetheme', 'paletteer', 'AnnoProbe...', getGPL = F) #网速太慢，下不下来怎么办 #1.从网页上下载/发链接让别人帮忙下，放在工作目录里 #2.试试geoChina,只能下载2019年前的表达芯片数据 #library(AnnoProbe...按返回的提示复制框中代码运行 若报错显示library的包不存在就自己装一下 library(hgu133plus2.db);ids <- toTable(hgu133plus2SYMBOL) 或 ids <- AnnoProbe...::idmap('GPL570') 如果使用复制下来的AnnoProbe::idmap('xxx')代码发现报错了，请注意尝试不同的type参数 第三种情况显示no annotation avliable...in Bioconductor and AnnoProbe则要去GEO网页上看GPL表格里找啦。
rep('spike-endo',300), rep('ref-endo',500))) library(AnnoProbe...有一个包（annoprobe）需要安装 上面的代码里面我的方法，采用了annoprobe获取基因坐标，安装annoprobe的代码超级简单： library(remotes) # https://git-scm.com...url='https://gitee.com/jmzeng/annoprobe.git' install_git(url) 当然，你也可以自行前往下载gtf文件或者其它方法获取基因的坐标信息，自己制作...安装annoprobe的时候不要更新如何其它R包哈 ： ? 基本上都可以安装成功： ?
一般来说我们现在有了基因名字也很容易通过下面的代码进行区分，介绍借助AnnoProbe包里面的gtf文件信息来区分 mRNA和lncRNA ： #BiocManager::install("airway...))/1e6) metadata(rowRanges(airway)) ensembl_matrix=assay(airway) ensembl_matrix[1:4,1:4] library(AnnoProbe
一个简单的例子 希望你安装一下AnnoProbe包，然后走下面的代码。...rm(list = ls()) library(AnnoProbe) library(ggpubr) suppressPackageStartupMessages(library(GEOquery))...", AnnotGPL = F, getGPL = F)[[1]] # 使用 GEO 中国区镜像进行加速 gset=AnnoProbe::geoChina('GSE95186') gset # check...deg_heatmap(DEG,genes_expr,group_list) deg_heatmap(DEG,genes_expr,group_list,30) } 需要使用下面的代码自行下载安装我们的AnnoProbe...包 library(devtools) install_github("jmzeng1314/AnnoProbe") library(AnnoProbe) 因为这个包里面并没有加入很多数据，所以理论上会比较容易安装
#install.packages("AnnoProbe") library(AnnoProbe) a = geoChina("GSE148601",destdir = ".") ## Error in...所以没有被AnnoProbe收录啊！别急别急，你看，他在搞了。
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