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blast比对

从序列数据库搜索,序列拼接到基因蛋白质功能注释,以及进化树构建等,都依赖于分子序列相似性的比较,也就是序列比对。 序列比对的核心作用就是判断是否同源。...下载blast数据库 四、blast 数据库 4.1 NCBI blast 数据库 blast 比对需要建立索引,索引 index,是目录的意思。...ftp 地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ 4.2 blast 数据库下载 #下载 blast nt 数据库 for i in {00..50};do echo...--overwrite=diff -QTr -l6000m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:blast/db/FASTA/nt.gz ./ 自己构建数据库 gunzip nt.gz...六、选项参数 blast 常用选项参数 选项 释义 -h 显示选项参数 -help 显示帮助文档 -db 比对数据库 -query 待比对序列 -out 输出文件名 -evalue 比对 e 值 -outfmt

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序列比对:多序列比对与MAFFT

上一篇文章双序列比对与BLAST介绍了两条序列之间进行比对的算法原理及其实现方法,双序列比对常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...需要注意的是多序列比对问题是双序列比对问题的推广,并非多条序列之间两两比对。...多序列比对算法 相比于双序列比对,多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...渐进多序列比对首先使用动态规划算法构建全部k个序列的个双序列配对比对,然后以记分最高的配对比对作为多序列比对的种子,按记分高低依次选择序列,逐渐向已构造的多序列比对中加入序列,形成一个树状结构的多序列比对结果...,用来确定向多序列比对中添加新序列的次序; ③以计分最高的配对比对作为多序列比对的种子,并根据指导树向这对序列的比对中插入序列,一步步构建完整的多序列比对

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序列比对:双序列比对与BLAST

今天首先为大家介绍双序列比对,也即两条序列(或者多条序列两两之间)进行的比对,常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...,而且可以将查询序列翻译为蛋白质后再进行搜索,进行序列比对时,需要根据要比对的序列类型选择软件工具以及数据库,如下所示: Blast算法基于动态规划算法开发。...然后在数据库中搜寻能比对到的序列,称为种子序列(seeding),在数据库中定位这些种子序列,K-letter words比对上一次称为一个hit,利用打分矩阵左右延伸寻找到hit cluster,直到打分低于某个阈值...,但目前仅支持blastp、blastx,也即使用蛋白质或核酸序列在蛋白质数据库中进行比对检索。...参数说明: --in:输入的数据库序列文件(FASTA格式) -p:程序运行使用的核数 -d:输出结果的文件名前缀 数据库建成后,即可对目标序列进行比对检索,其使用方法与BLAST类似。。 END

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全局比对

而局部比对则不同,两条亲缘关系较远的DNA 或氨基酸可能只在一些片段上相似,这就需要找到这些相似性的片段,和其相应的匹配方式。通常这样的分析就需要进行局部比对,而不是全局比对。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对;可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略,因此,同样的一段序列,采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...例如我们现在有两条序列 S1 和 S2,如果采用全局比对,会得到这种比对效果,而采用局部比对,序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为,局部比对的话,遇到大的空位往往就断开了,例如上面的例子,采用局部比对的算法中,只追求局部的最优比对,而不会考虑整体的空位等。所以,基因组的大片段的插入或者缺失检测,可以使用全局比对软件。

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ASP连接数据库

ASP连接DBF、DBC、MDB、Excel、SQL Server型数据库的方法: 一、ASP的对象存取数据库方法 在ASP中,用来存取数据库的对象统称ADO(Active Data Objects)...,主要含有三种对象:Connection、Recordset 、Command Connection:负责打开或连接数据 Recordset:负责存取数据表 Command:负责对数据库执行行动查询命令...二、连接各数据库的驱动程序 连接各数据库可以使用驱动程序,也可以使用数据源,不过我建议大家使用驱动程序,因为使用驱动程序非常方便、简单,而使用数据源比较麻烦。.../db/bbs.mdb是你的数据库存放的相对路径!...如果你的数据库ASP文件在同一目录下,你只要这样写就可以了: dim conn set conn = server.createobject("adodb.connection") conn.open

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序列比对(一)全局比对Needleman-Wunsch算法

前言 序列比对是生信领域的一个古老课题,在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性,在比对的时候允许插入缺失,所以往往是一种不精确匹配。...全局比对算法 所谓全局比对算法,就是根据一个打分矩阵(替换矩阵)计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了,我们只需看看其中的关键点及实现代码。...关键点 打分矩阵: 选用不同的打分矩阵或者罚分分值会导致比对结果不同,常用BLAST打分矩阵。 计算比对最高得分的算法: 常用动态规划算法(Needleman-Wunsch算法)。 ?...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 打印出最高得分相应的序列比对结果: 根据得分矩阵回溯,如果最优比对结果有多个,全部打印出来。...理解打分系统背后的概率论模型: 比对分值可以理解为匹配模型和随机模型的对数几率比(log-odds ratio)。

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ASP连接数据库

ASP连接DBF、DBC、MDB、Excel、SQL Server型数据库的方法: 一、ASP的对象存取数据库方法   在ASP中,用来存取数据库的对象统称ADO(Active Data Objects...),主要含有三种对象:Connection、Recordset 、Command Connection:负责打开或连接数据 Recordset:负责存取数据表 Command:负责对数据库执行行动查询命令...二、连接各数据库的驱动程序   连接各数据库可以使用驱动程序,也可以使用数据源,不过我建议大家使用驱动程序,因为使用驱动程序非常方便、简单,而使用数据源比较麻烦。.../db/bbs.mdb是你的数据库存放的相对路径!...如果你的数据库ASP文件在同一目录下,你只要这样写就可以了: dim conn set conn = server.createobject("adodb.connection") conn.open

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序列比对(七)序列比对之线性空间算法

一般而言,运用动态规划算法进行序列比对对内存空间的要求是 O(mn) 阶的,本文介绍了一种线性空间要求的序列比对方法。...前文如《序列比对(一)全局比对Needleman-Wunsch算法》所介绍的运用动态规划算法进行序列比对时,对内存空间的要求是 O(mn) 阶的。...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 但是如果要求回溯呢,是否有一种线性空间算法来进行序列比对呢?前人已经给出了多种算法。...图片内容引自《生物序列分析》 如图中所说,关键点就是找到v值,然后通过不断的分划,最终得到全部的比对序列。本文给出了这种算法的一种代码实现。 代码的关键在于终止条件的设置以及必要时巧妙地颠倒行列。...与 O(mn) 阶的算法相比,这种算法只能得到其中一种最佳比对方式,而无法得到所有的可能。 代码运行的效果: ?

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测序数据比对

因此,测序数据比对是高通量测序分析中最核心的操作。 二、数据比对的意义 测序数据比对到参考序列上,得到一种“堆叠”的效果。这种效果是将测序数据比对到参考序列上。...如果是测序数据与参考序列进行比对则是找突变,与自身数据比对,则是进行纠错。 2.10 微生物鉴定 得到测序数据之后,可以不进行拼接,直接与物种分类数据库进行比对,用于鉴定微生物。...,不能像 blast 比对,分开比对; 5、比对仅能容许一定数目的错配和空位; 6、序列太短,会出现一条序列比对到多个位置的情况; 7、数据量较大,比对比较耗时...1、两条 reads 都比对不上; 2、一条比对上,另外一条比对不上,或者另外一条比对到另外染色体,或者两条比对不在正常 insert size 范围内; 3、一对一比对无错配,...pairend 比对) 2、只有一条reads比对上目标序列 (single比对) 3、两条reads比对到不同序列 (single比对) 4、两条reads比对超出

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序列比对之BWA

它需要的内存量是数据库大小的5.37倍,其中N代表数据库的大小。 IS算法的速度适中,但有一个重要的限制:它不能处理大于2GB的数据库。...算法首先通过寻找MEMs来种子化(seeding)比对。MEMs是指在参考基因组中能找到的与查询序列完全匹配的最长片段。这些MEMs作为潜在比对位置的初始点。...Affine-gap惩罚是一种在序列比对中用于处理插入和缺失(indels)的技术。Smith-Waterman算法是一种经典的动态规划算法,用于局部序列比对,能够找到最优的局部比对。...这意味着在进行初步的比对(种子比对)时,序列间允许有一定数量的不匹配。 maxDiff:这是在整个读取序列中允许的最大差异数。这意味着在整个读取和参考序列的比对中,允许的不匹配总数不应超过这个数值。...当mate.fq文件存在时,执行双端(paired-end)比对。双端比对模式仅适用于Illumina短插入片段文库的读取。

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