在网站或API应用中，我们为了防止无聊人士或恶意攻击，通常希望屏蔽某一IP短时间的内高频率请求。在ASP.NET Core中，限制IP请求频率非常简单，我们来看看吧。...这不，为了限制IP请求频率，我找到了一个不错的轮子： AspNetCoreRateLimit GitHub链接：https://github.com/stefanprodan/AspNetCoreRateLimit...安装轮子 我的应用目前一个ASP.NET Core 2.2 MVC的网站，我们可以通过NuGet安装这个轮子，截至本文，它的最新版是3.0.5。...比如IP为127.0.0.1的用户在1分钟内请求了 /fw/abcd 10次，又请求了 /fw/qwer 25次，也请求了 /fw/996icu 32次。...测试轮子 我们可以通过浏览器或CRUL测试IP限制。为了方便测试，我暂时把1分钟的请求频率限制为3次。 第一次请求 https://localhost:5001/fw/某token： ?
URL格式： localhost：http://localhost:5000 指定ip：在你机器上可用的指定IP地址(例如http://192.168.8.31:5005) 任何ip：使用"任何"IP地址...（例如http://*:6264） 注意，针对"任何"IP地址的格式 - 你不一定必须使用*，你可以使用任何字符，只要不是IP地址或者localhost, 这意味着你可以使用http://*, http...以上所有字符串都具有相同的行为，可以监听任何IP地址。如果你想仅处理来自单一主机名的请求，你需要额外配置主机过滤。...2.dotnet xxx.dll 已经编译好的dll，不指定ip，指定端口 3.指定ip和端口
一、序列比对 序列比对是整个生物信息的核心，因为几乎每个生物信息分析过程都需要用到序列比对。判断两个基因或两段基因组片段是否相似是序列分析的基本工作。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...全局比对与局部比对 例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为是局部比对，所以只要序列之间出现同源区域就可以，而不用考虑整体，因此，blast 比对结果就会出现很多多对多的比对。也容易出现很多较差的比对，一个基因与另一个基因分成多份比对结果。
需要注意的是多序列比对问题是双序列比对问题的推广，并非多条序列之间两两比对。...多序列比对算法 相比于双序列比对，多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...渐进多序列比对首先使用动态规划算法构建全部k个序列的个双序列配对比对，然后以记分最高的配对比对作为多序列比对的种子，按记分高低依次选择序列，逐渐向已构造的多序列比对中加入序列，形成一个树状结构的多序列比对结果...，用来确定向多序列比对中添加新序列的次序； ③以计分最高的配对比对作为多序列比对的种子，并根据指导树向这对序列的比对中插入序列，一步步构建完整的多序列比对。...如果一开始选择的两条序列比对与实际上的最优多序列比对不一致，那么初始的配对比对中的错误在整个多序列比对构造中始终存在并持续传播；在比对的任何阶段出现的失配时，这些失配不会被纠正而是被传播到最终结果；最糟糕的情况是配对比对可能无法组成一个相容的多序列比对
今天首先为大家介绍双序列比对，也即两条序列（或者多条序列两两之间）进行的比对，常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...双序列比对算法 ⑴基本算法（LCS算法） 序列比对实质上是一个路径寻找问题，若有序列v=ATGTTAT和w=ATCGTAC两个短序列，其比对过程可以用下图表示： 从(0，0)到(7，7)，每穿过一个顶点相当于成功匹配一个碱基...双序列比对所需要的计算时间和内存空间与这两个序列的长度有关，或者说正比于这两个序列长度的乘积，用O(mn)表示。 双序列比对工具 常用的双序列比对工具有BLAST、FASTA、diamond等。...最终对比对结果也即score足够高的HSPs进行显著性分析，将输入序列与一系列长度相等的随机序列进行比对，其分值符合Gumbel极值分布，在这种随机情况下，获得比当前比对得分高的随机序列条数的期望称为expectation...，不适合outfmt大于4的情况，默认为500 -num_alignments：对于每个输入序列，在结果中显示的高分比对结果的详细比对情况数目，默认为250 -line_length：结果中详细比对情况的行的长度
而局部比对则不同，两条亲缘关系较远的DNA 或氨基酸可能只在一些片段上相似，这就需要找到这些相似性的片段，和其相应的匹配方式。通常这样的分析就需要进行局部比对，而不是全局比对。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为，局部比对的话，遇到大的空位往往就断开了，例如上面的例子，采用局部比对的算法中，只追求局部的最优比对，而不会考虑整体的空位等。所以，基因组的大片段的插入或者缺失检测，可以使用全局比对软件。
前言 序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。...全局比对算法 所谓全局比对算法，就是根据一个打分矩阵（替换矩阵）计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了，我们只需看看其中的关键点及实现代码。...关键点 打分矩阵： 选用不同的打分矩阵或者罚分分值会导致比对结果不同，常用BLAST打分矩阵。 计算比对最高得分的算法： 常用动态规划算法（Needleman-Wunsch算法）。 ?...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 打印出最高得分相应的序列比对结果： 根据得分矩阵回溯，如果最优比对结果有多个，全部打印出来。...理解打分系统背后的概率论模型： 比对分值可以理解为匹配模型和随机模型的对数几率比（log-odds ratio）。
，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍 第三列 属性的类型，gff和gtf的区别 第九列 属性的特征 Ensembl基因组数据库 ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀 比对...Hisat2, Subjunc 比对内容 建索引 比对参考基因组 sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件 -2 双端测序结果的第二个文件 -U 单端数据文件
一般而言，运用动态规划算法进行序列比对对内存空间的要求是 O(mn) 阶的，本文介绍了一种线性空间要求的序列比对方法。...前文如《序列比对（一）全局比对Needleman-Wunsch算法》所介绍的运用动态规划算法进行序列比对时，对内存空间的要求是 O(mn) 阶的。...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 但是如果要求回溯呢，是否有一种线性空间算法来进行序列比对呢？前人已经给出了多种算法。...图片内容引自《生物序列分析》 如图中所说，关键点就是找到v值，然后通过不断的分划，最终得到全部的比对序列。本文给出了这种算法的一种代码实现。 代码的关键在于终止条件的设置以及必要时巧妙地颠倒行列。...与 O(mn) 阶的算法相比，这种算法只能得到其中一种最佳比对方式，而无法得到所有的可能。 代码运行的效果： ?
解决方案下面查找文件夹路径 /.vs/config/applicationhost.config中找到如下节点
如果你是一名 ASP.NET Core 开发人员，并且你的 ASP.NET Core 应用部署在Linux上，相信你应该或多或少与 Nginx 有过接触，在我们将 ASP.NET Core 部署在 Linux...安装 Nginx 这里我就选用我安装在 CentOS 7.2 上的 Nginx，在 CentOS 安装 Nginx 的同学可以参考我以前写的文章：CentOS 7 源码编译安装 Nginx 2.新建 ASP.NET...Core 应用程序，实际上与 ASP.NET Core 应用程序 建立连接的是 Nginx ，所以获取到了服务器本地 IP （Nginx和程序部署在一台机子上）。...添加 nginx 配置，让他再次代理 5002 端口（前面添加的代理ASP.NET Core 程序），模拟cdn第二种方案： server { listen 5003; access_log...RemoteIpAddress获取真实ip怎么办，难道需要修改每一处吗，这里分享一个简单的解决办法，就是利用 ASP.NET Core 中间件给 RemoteIpAddress 重新赋值。
conda info --envs查看conda中的环境用star进行比对要把.fq.gz文件解压为.fq文件#!
如果你是一名 ASP.NET Core 开发人员，并且你的 ASP.NET Core 应用部署在Linux上，相信你应该或多或少与 Nginx 有过接触，在我们将 ASP.NET Core 部署在 Linux...安装 Nginx 这里我就选用我安装在 CentOS 7.2 上的 Nginx，在 CentOS 安装 Nginx 的同学可以参考我以前写的文章：CentOS 7 源码编译安装 Nginx 2.新建 ASP.NET...可是却获取到了 127.0.0.1，这是因为 们的请求到了 Nginx，然后 Nginx 再将我们的请求转发到 ASP.NET Core 应用程序，实际上与 ASP.NET Core 应用程序 建立连接的是...添加 nginx 配置，让他再次代理 5002 端口（前面添加的代理ASP.NET Core 程序），模拟cdn第二种方案： server { listen 5003; access_log...ip怎么办，难道需要修改每一处吗，这里分享一个简单的解决办法，就是利用 ASP.NET Core 中间件给 RemoteIpAddress 重新赋值。
本文告诉小伙伴如何通过 Frp 可以拿到用户的真实 IP 地址 我写过dotnet core 通过 frp 发布自己的网站可以在本地运行自己的服务，然后在外网访问到 但是因为是通过本地的 frp 发给用户...Address in ASP.NET Core 2.x - Edi.Wang 虽然是英文的，但是你可以微信问他 如果使用 frp 的拿到的字符串都是 127.0.0.1 本地的地址，因为就是本地的 frp...str.Append("用户Ip="); str.Append(ip); str.Append(" "); } Get...Client IP Address in ASP.NET Core 2.x - Edi.Wang dotnet core 通过 frp 发布自己的网站 用 使用 Frp 为你的 Web 服务添加 https...支持 方式是获取不到用户 IP 地址
因此，测序数据比对是高通量测序分析中最核心的操作。 二、数据比对的意义 测序数据比对到参考序列上，得到一种“堆叠”的效果。这种效果是将测序数据比对到参考序列上。...，不能像 blast 比对，分开比对； 5、比对仅能容许一定数目的错配和空位； 6、序列太短，会出现一条序列比对到多个位置的情况； 7、数据量较大，比对比较耗时...3.2 比对算法 短序列比对有很多比对软件，例如 bwa，soap，bowtie2，hisat2，subread 等，在众多的短序列比对软件中，BWA 几乎已经成为默认的行业标准。...1、两条 reads 都比对不上； 2、一条比对上，另外一条比对不上，或者另外一条比对到另外染色体，或者两条比对不在正常 insert size 范围内； 3、一对一比对无错配，...pairend 比对） 2、只有一条reads比对上目标序列 （single比对） 3、两条reads比对到不同序列 （single比对） 4、两条reads比对超出
一、比对练习 mkdir 52.bwa #1 bwa比对 #建立索引 ln -s /share/home/xiehs/05.assembly/data/MGH78578.fasta ....#bwa比对 bwa mem MGH78578.fasta /share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_1.fastq.gz /share/home/xiehs.../05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz >MGH78578.sam #bwa-mem2比对 bwa-mem2 index MGH78578.fasta time bwa-mem2...share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz | samtools sort -O bam - >MGH78578.sorted.bam #拟南芥比对.../il_1.fq.gz /share/home/xiehs/05.assembly/ninanjie/illumina/il_2.fq.gz >tair10.sam 2>bwa.log 二、split比对
算法首先通过寻找MEMs来种子化（seeding）比对。MEMs是指在参考基因组中能找到的与查询序列完全匹配的最长片段。这些MEMs作为潜在比对位置的初始点。...Affine-gap惩罚是一种在序列比对中用于处理插入和缺失（indels）的技术。Smith-Waterman算法是一种经典的动态规划算法，用于局部序列比对，能够找到最优的局部比对。...默认值100 bwa mem -a ref.fa reads.fq > aln.sam -a ## 参数使得所有可能的比对结果都会输出，而不仅是最佳比对。...这意味着在进行初步的比对（种子比对）时，序列间允许有一定数量的不匹配。 maxDiff：这是在整个读取序列中允许的最大差异数。这意味着在整个读取和参考序列的比对中，允许的不匹配总数不应超过这个数值。...当mate.fq文件存在时，执行双端（paired-end）比对。双端比对模式仅适用于Illumina短插入片段文库的读取。
本篇展示了如何在ASP.NET Core应用程序中设置IP白名单验证的2种方式。你可以使用以下2种方式：用于检查每个请求的远程 IP 地址的中间件。...MVC 操作筛选器，用于检查针对特定控制器或操作方法的请求的远程 IP 地址。...app.UseMiddleware("127.0.0.1;192.168.1.5;::1");中间件将字符串分析为数组，并在数组中搜索远程 IP 地址。...如果找不到远程 IP 地址，中间件将返回 HTTP 403 禁止访问。对于 HTTP GET 请求，将跳过此验证过程。...当你通过发送来测试应用程序时：HTTP GET 请求，该 [ServiceFilter] 属性验证客户端 IP 地址。
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如何设置 ASP.NET Core 程序监听的 IP 和端口 Web 服务需要配置监听的 IP 和端口才可以对外提供真正的服务。本文介绍如何设置 ASP.NET Core 程序监听的 IP 和端口。...因此，本文建议的大多数设置监听 IP 和端口的方法都是“临时方法”，即那种“配置出来”的方法，而不会直接写死在代码中。 如何选择应该监听的 IP 和端口？...一般来说，监听的 IP 可以选择本地回环地址，特定的 IP 以及任意 IP，分别是： 127.0.0.1 127.0.0.2 127.0.0.3…… 本地回环地址 101.199.96.22 特定的 IP...0.0.0.0 任意 IP 监听本地回环地址时，则访问仅限于本机应用程序，不需要管理员权限来添加防火墙配置。...虽然这里修改的是项目的设置，最终生成的 ASP.NET Core 程序并不会使用这个设置，但每次通过项目打开时仍然可以使用这个设置。 ? 这种方式仅仅影响调试时候采用的域名 / IP 和端口号。
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