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分子对接教程 | (6) AutoDock对接操作与对接结果解读

对接的中心坐标并不一定非常准确,只要对接的盒子包含了配体可能结合的最大区域即可。 ? 我这里没有详细去查,所以选择全部包裹。通过调整后,蛋白已被全部包裹。 ? 这里看不见蛋白了。...设置搜索参数和算法,在最后一个弹出框中,第一个选项,Number of GA Runs表示我们对接多少次,这里默认0次,官方建议对接50次以上,这里演示就设置10次。...设置对接参数 ? 接下来输出dpf文件。 ?...同样不能关闭这个窗口或点击Dismiss,这个过程会在工作目录产生一个相应的dlg格式文件,这个文件就是对接结果。 ? 在对接完成之后需要分析分子对接结果,也是做分子对接最重要的部分。...然后就显示了结果,但我们不是有10个对接结果吗,这里只显示一个。 ? ? 会弹出这么一个窗口 ? 然后按下图操作,显示对接信息。 ?

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Scrapy 对接 Selenium

另一种是直接用Selenium或Splash模拟浏览器进行抓取,这种方式我们不需要关心页面后台发生了怎样的请求,也不需要分析渲染过程,我们只需要关心页面最终结果即可,可见即可爬,所以如果在Scrapy中可以对接...本节我们来看一下 Scrapy 框架中如何对接 Selenium,这次我们依然是抓取淘宝商品信息,抓取逻辑和前文中用 Selenium 抓取淘宝商品一节完全相同。...接下来我们就需要处理这些请求的抓取了,这次抓取不同,我们要对接Selenium进行抓取,在这里采用Downloader Middleware来实现,在Middleware里面的process_request...到现在我们应该就能了解Downloader Middleware实现Selenium对接的原理了。...653_1502093192012.jpg] 再查看一下MongoDB,结果如下: [1502093227735_6967_1502093231353.jpg] 这样我们便成功在Scrapy中对接

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Scrapy 对接 Splash

在上一节我们实现了Scrapy对接Selenium抓取淘宝商品的过程,这是一种抓取JavaScript渲染页面的方式,除了使用Selenium还有Splash同样可以达到同样的功能,本节我们来了解下Scrapy...对接Splash来进行页面抓取的方式。...Splash进行页面抓取,在这里我们不再需要像对接Selenium那样实现一个Downloader Middleware,ScrapySplash库都为我们准备好了,直接配置即可。...SplashRequest的args来传递参数,同时接口修改为execute,另外args参数里还有一个lua_source字段用于指定Lua脚本内容,这样我们就成功构造了一个SplashRequest,对接...其他的配置不需要更改,Item、Item Pipeline等设置同上节对接Selenium的方式,同时parse回调函数也是完全一致的。

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分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题

有些同学可能第一次做对接,由于蛋白或者的受体不同,中途可能会产生一些错误,导致后面无法进行,一直停留在原地,这里,我简单介绍一下,可能的出现的错误,但不一定覆盖到你所遇到的问题。...这里是不需要的,我们在去水加氢后选为受体,软件是自动添加,所以,对于蛋白质来说,无论是否报错,均不能计算Gasteiger电荷这一步操作,这会改变真正的对接结果。 ?...我们继续用前面的配体往下对接。再输出gpf文件的时候,然后运行Auto Grid后,没有产生相应的map文件,而且会运行不会结束,反正我等了好久,就是不会结束。那么我们这么解决呢?...如果对接是你科研的主要内容,那么你需要掌握的不止这些。 ?

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