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使用中国区chatGPT解析gtf文件

以下是AWK语法的基本概述: 基本语法结构: bashCopy code awk 'pattern { action }' input_file pattern:用于匹配要处理的行的条件,可以是正则表达式...$2 } END { for (key in data) print key, data[key] }' input.txt 这些示例只是AWK功能的一小部分,AWK还支持更多高级的操作,如条件控制...数据不完整或错误: 有时ENSEMBL数据库中的信息可能存在缺失、错误或不一致的情况,这可能导致转换失败。...考虑使用多个转换工具或数据库进行比较,以确保结果的准确性。 在进行ID转换前,先检查目标数据库是否支持转换。 了解源数据和目标数据之间的差异,特别是在物种、版本和命名上。...在转换结果中,始终保留原始的ENSEMBL ID作为备用。 在转换过程中,随时检查和验证结果,以确保准确性。

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awk命令详解+示例

一、AWK介绍 AWK, 数据过滤工具 (类似于grep,比grep强大),属数据处理引擎,基于模式匹配检查输入文本,逐行处理并输出。...回车到屏幕为空白为止 再开一个虚拟机窗口:ssh ip ,输入错误密码 将/var/log/secure中所有密码失败的记录IP提取出来 #awk ‘/Failed/{print “攻击者是:”,$11.../log/secure >>ip.log 放到周期性计划中 或放到循环中,将输入错误密码的用户设置防火墙或黑名单 # uptime |awk ‘{print 1,10}’ 查看cpu使用率 awk...bash作为登录Shell的用户总个数:预处理时赋值变量x=0,然后逐行读入/etc/passwd文件检查,如果发现登录Shell是/bin/bash则x增加1,全部处理完毕后,输出x的值即可:# awk...{t[a]=1;t[b]=2;t[f]=3; for(j in t){print t[j]} }’ 针对数据文件,利用awk 判断符合条件的数据,并筛选出结果数据,输入到对应的文件中。

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Shell脚本实现Linux系统和进程资源监控

有时有可能进程没有启动,下面的功能是检查进程 ID 是否存在,如果此进程没有运行输出: The process does not exist....'{print $1}'` echo $CpuValue } 下面的功能是通过上面的函数 GetCpu 获得此进程的 CPU 利用率,然后通过条件语句判断 CPU 利用率是否超过限制...查看某个进程名正在运行的个数 有时我们可能需要得到服务器上某个进程的启动个数,下面的功能是检测某个进程正在运行的个数,例如进程名为 CFTestApp。...使用 vmstat 取 5 次系统 CPU 的 idle 值,取平均值,然后通过与 100 取差得到当前 CPU 的实际占用值。...输入参数为需要检测的目录名,使用 df 输出系统磁盘空间使用信息,然后通过 grep 和 awk 过滤得到某个目录的磁盘空间使用百分比。

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Linux下Shell脚本的调试

该标识使得Shell并不执行其中的脚本,而是仅仅检查语法错误。-n标识并不能确保Shell会执行其它任何检查,实际上它只会执行常规的语法检查。...通过使用-n标识,Shell不执行脚本中的命令,所以你可以很安全地检查你的脚本中是否包含语法错误。 下面的例子给出了如何使用-n标识。 例如该脚本文件名称为debug_quotes.sh #!...这对于我们查找脚本错误是非常有帮助的。...通过这种组合可以得到更多好处,因为我们在查看脚本输出的过程中同时也检查了语法错误。 让我们再来看前面讨论过的脚本文件“debug_quotes.sh”。...因此,我们可以看到变量和值和命令的结果。通常情况下,单独的-x命令可以帮助我追溯脚本的问题。 大多数时候,-x标识都会提供关于脚本的特别有用的信息,但是它也会导致大量的输出。

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【DB笔试面试275】 与SHELL脚本相关的一些笔试面试题(目前36道,后续持续更新)

真题4、如何将标准输出和错误输出同时重定向到同一位置?...答案:在写一个SHELL脚本时,如果想要检查前一命令是否执行成功,那么可以使用“$?”来检查前一条命令的结束状态。...continue命令很多时候是很有用的,例如错误发生,但依然希望继续执行外层循环的时候。 真题10、请写出SHELL脚本中Case语句的语法。...答案:do-while语句类似于while语句,但检查条件语句之前先执行命令。do-while语句的语法: do { 命令 } while (条件) 真题24、在SHELL脚本中如何定义一个函数?...答案:使用如下命令,输出的结果会记录到/tmp/pingbd.log中,每秒钟新增一条ping记录: ping www.baidu.com | awk '{ print $0" " strftime

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浅谈expimp(下) (r5笔记第84天)

如何查看dump文件的一些基本信息 当你拿到一个dump文件的时候,不能盲目导入,我们可以基于当前的dump文件作一些基本的检查。 比如我们可以查到dump文件导出的版本,时间,导出的用户。...尽管dump文件是二进制文件,但是我们还是可以使用strings来得到一些信息。...如何得到dump中的表信息 对于dump文件,我们可以解析出含有的表名,可以尝试使用如下的方式来实现,使用strings,awk,sed结合可以很方便的完成这个功能。...可以使用如下的脚本来做一个基本过滤,可以考虑在过滤条件中嵌入一个dump中表的清单,可以更加精准的处理相关的外键。可以使用如下的脚本来动态生成对应的脚本来禁用外键。...100万数据,需要导入20万,结果导入后,发现总数据条数为130万了,那多出来的10万数据就是触发器中的相关逻辑插入的数据。

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安全运维中基线检查的自动化

因此斗哥设计通过shell脚本以基线配置标准为检查项去获取当前系统基线配置的整体情况,然后再对比基线标准数据库,根据得出对比结果分析评估是否修正基线,再着手进行基线修正,完成基线修正配置后,再进行基线核查...3.获取特定的字符串 善用grep和awk,grep筛选到具体的行,awk取该行的具体列数,awk默认空格划分列数到的分隔符,另外还可通过-F指定具体分隔符,NR!...]作为判断的条件结果恒为真,因此需修改判断条件为[ $? -eq 0 ] 来对最后一次执行的命令结果进行判断。 ? ?.../etc/httpd 主配置文件 /etc/httpd/conf/httpd.conf 网站数据目录 /var/www/html 访问日志 /var/log/httpd/access_log 错误日志...最后将结果重定向到tmp目录下,考虑为了后面数据处理方便输出的结果写成json的格式。 ? ?

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shell(一)

/bin/bash a="$1" echo "您选择的套餐为: 套餐 ${a:-1}" 我们在终端中执行下面的命令分别得到结果如下: bash hello.sh 您选择的套餐为: 套餐 1 bash.../bin/bash a={$1} echo "小仙女永远 ${a+18} 岁" 我们执行下面的命令,分别得到下面的结果: bash hello.sh 小仙女永远 18 岁 bash hello.sh...如果我们有特殊的需求,需要判断条件了,那么怎么测试呢?有两种测试语句: test 条件表达式 [ 条件表达式 ] 注意:上面[]中条件表达式两侧有空格,否则会报错。...格式: sed [参数] '[动作]' [文件名] 参数: -i:表示对文件进行编辑(如果不添加这个参数,修改结果在终端输出,但是不会修改原文件) 匹配条件:数字行号或者关键字匹配 关键字匹配格式...我们再来看一下标准错误输出实例: ethan 2>> error 这条命令同样会生成一个 error文件,用来接收错误结果

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【linux命令讲解大全】050.awk内置变量的使用方法和各种运算符详细解析

作为对条件转移指令的一部分,关系判断是每种程序设计语言都具备的功能,awk也不例外,awk中允许进行多种测试,作为样式匹配,还提供了模式匹配表达式(匹配)和!(不匹配)。...: C条件表达式 in 数组中是否存在某键值 例: awk 'BEGIN{a="b";print a=="b"?"...ok":"err";}' 输出结果: ok awk 'BEGIN{a="b";arr[0]="b";arr[1]="c";print (a in arr);}' 输出结果: 0 awk 'BEGIN{a...如果得到一条记录,getline函数返回1,如果到达文件的末尾就返回0,如果出现错误,例如打开文件失败,就返回-1。 getline语法:getline var,变量var包含了特定行的内容。...之前已经读入了一行,所以getline得到的返回结果是隔行的。

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【DB笔试面试275】 与SHELL脚本相关的一些笔试面试题(目前37道,后续持续更新)

真题4、如何将标准输出和错误输出同时重定向到同一位置?...答案:在写一个SHELL脚本时,如果想要检查前一命令是否执行成功,那么可以使用“$?”来检查前一条命令的结束状态。...continue命令很多时候是很有用的,例如错误发生,但依然希望继续执行外层循环的时候。 真题10、请写出SHELL脚本中Case语句的语法。...答案:do-while语句类似于while语句,但检查条件语句之前先执行命令。do-while语句的语法: do { 命令 } while (条件) 真题24、在SHELL脚本中如何定义一个函数?...答案:使用如下命令,输出的结果会记录到/tmp/pingbd.log中,每秒钟新增一条ping记录: ping www.baidu.com | awk '{ print $0" " strftime

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让你的 Linux 命令骚起来

如果您曾经遇到过一些简单的格式错误导致无法导入或正确处理数据集的问题,那么很有可能有一个 sed 命令可以修复您的问题。 awk 什么是 awk?...你只需要使用 awk 获取产品并将结果导入 sort,然后使用 uniq: cat sales.csv | awk -F',' '{print $1}' | sort | uniq 结果如下: Boots...下面的例子说明了这一点,并将结果导入到 xxd 中,这样我们就可以检查十六进制: echo -en "Hello\r" | tr -d "\r" | xxd 您还可以使用‘ tr’命令进行其他特殊情况下的更正...| uniq -c 现在我们得到了期望的结果与头部省略: 1 Pants 1 Shirt 2 Shoes 1 Socks wc Wc 是什么?...如果您希望能够返回并检查经历过罕见或复杂错误的 shell 管道,那么这可能非常方便。

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最近的几个技术问题总结和答疑 (r8笔记第19天)

对于一些分区,如果名字长一些,会串行,所以可以使用df -hTP来显示到一行中 在显示结果中,如果某个分区名过长,还有特殊字符,会有一些处理上的不足,比如下面这个是原先脚本过滤后的结果。...s/\n/,/;ta" } DISK_STAT=`check_df` 在原来的基础上,增加了数据库版本的统计,这个思路不能按照ORACLE_HOME的来算,我的一个切入点就是以sqlplus -v的结果为准...,检查配置的变量的方式还是有些不妥当。...得到oracle版本的思路是检查/etc/oratab中,得到ORACLE_HOME的值,然后调用sqlplus -v来得到最终的版本。...错误日志大体是下面的样子: 2016-02-24 14:59:18 3962 [Note] Server socket created on IP: '::'. 2016-02-24 14:59:18

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基于Consul的MySQL高可用服务,健康检查怎么做?这里有一个完整脚本

今天写了下Consul健康检查的脚本内容,之前更新过一版,可以参见: 完整的Consul健康检查策略设计 我是在上一个版本上面做的更新,对于健康检查来说,我们改进的思路是希望检查的过程是稳定可控的,换句话说...,要判断一个数据库是主库还是从库,这个逻辑不是很难写,难就难在这个过程中出现一些异常的时候,检查的逻辑是否健壮,比如网络出现抖动,可能检查结果错误了,对于数据库服务来说,基于Consul的域名服务应该是稳定的...,在出现故障的时候才应该做出改变,所以对此我们设计了基于ACL的检查和本地自检,两者可以做下互补。...返回为0代表成功,返回为2代表失败 红色的部分是异常的部分,比如主库不能设置为只读,从库不能设置为可写 如果仔细看这个流程,其实会发现实际的逻辑检查不是很复杂,略微复杂的是从库端的检查,判断是否开启读取的域名...整个检查逻辑中主从库的检查是按照如下的流程图来设计的: ? 很多条件都实现了多重条件检查和基于规范的检查。 整个逻辑的部分使用了如下的Shell脚本来完成,感兴趣的可以看一下,后续会做一些微调。

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awk学习笔记

(2)、输出分隔符,默认为空格(如上图上例显示结果),接上例,以:为输出分隔符显示输出结果 # awk -v FS=":" -v OFS=":" '{print $1,$7}' /etc...在此列出awk的常用操作符 ? ? 如果模式自身是=,要写为/=/ ? ? ? 条件表达式: selector?...if-true-express:if-false-express 只能是表达式不能使语句 条件表达式中,“:”两侧仅允许使用表达式而不能使用语句 例 # awk -F...如果得到一条记录,getline函数返回1,如果到达文件的末尾就返回0,如果出现错误,例如打开文件失 败,就返回-1,可以结合到while等流控制语句使用。...break 用于在满足条件的情况下跳出循环;continue用于在满足条件时忽略后面的语句,直接返回循环的顶端 (5)、next提前结束本行处理,进入下一行处理

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