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    三代测序 - 数据质控 | Bamboo

    现在已经有三款软件 Bamboo (数据质控),Glycine(鉴定全长cDNA)和Citrus(拆分barcode)。今天我就一起来看看Bamboo的安装和使用方法。...Github: https://github.com/CycloneSEQ-Bioinformatics/Bamboo二、软件安装Bamboo暂时还不支持conda一键安装部署。...# 创建名bamboo_env 的conda环境,安装samtools和Minimap2$ conda create -n bamboo_env samtools minimap2#下载软件$ wget...#解压缩$ tar -zxvf bamboo-0.2.2.tar.gz#添加可执行权限,如果已经是可执行程序则可以跳过这一步$ cd bamboo-0.2.2$ chmod +x bamboo#添加bamboo...~/.bashrc# 测试bamboo安装,查看帮助文档$ bamboo --help三、软件使用根据不同的输入组合Bamboo可以进行不同的分析模式(图3),即:Fastq only:无参QCBam

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    Make Everything Production Like | TW洞见

    该结构详细解释如下: Bamboo Agent和 Bamboo Master的依赖及其配置打包成RPM,部署的EC2 instance基于Centos定制过的AMI Bamboo Master/Agent...由一个AutoScalingGroup管理,除了自动Scale,还可以每天定时启动或者停止Agent Instance,节省成本 Bamboo Master的Stack中做的事情类似 Bamboo Master...的SecurityGroup只接受来自Bamboo Agent的SecurityGroup的访问,Bamboo Master DB的SecurityGroup只接受来自Bamboo Master SecurityGroup...的请求 Bamboo Master DB使用RDS服务 Bamboo Master服务器上运行的Cron Job每天会定时备份文件系统的Snapshot Bamboo 服务器上的一个Plan每天会运行定时的任务...如果Bamboo Master或者Master DB挂掉,也可以通过CloudFormation Stack以及备份的Snapshot 在1-2个小时以内恢复,时间的开销相对较少。

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    Havven宣布Bamboo合作伙伴关系:全球首个接受稳定币的代币认购,尽享20%的代币奖励

    我们非常高兴地宣布,通过与密码货币微投资应用Bamboo的合作,Havven社区成员可享受用nUSD参与Bamboo私下认购并获得20%代币奖励的独家福利!...此外,我们正在探索为Bamboo用户在应用内提供nUSD和HAV选项。...参与Bamboo私下认购:http://t.cn/RrYAoja(复制此链接至浏览器) █ 关于Bamboo Bamboo是供用户将每日法币交易增量存入密码资产的便捷微投资平台。...█ Bamboo私下认购发放20%-35%代币奖励 作为与Havven的部分合作内容,Bamboo将为Havven社区成员带来参与Bamboo私下认购的专属机会。...Bamboo正在探索HAV作为Bamboo平台投资选项的可用性,部分用户因此能使用havvens币进行交易。

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    玩转任务编排-灵活的应用层流程引擎

    1. bamboo-engine 能做什么 在介绍 bamboo-engine 前,我们需要给流程和流程引擎下个定义: 流程:为了达成某个目标的一系列相互关联,有组织的活动或任务 流程引擎:能够驱动流程推进的系统...流程的描述规则 在 bamboo-engine 中,使用 JSON 来描述一个流程结构。...更多信息请参考数据交换说明 2. bamboo-engine 的设计 2.1. 整体设计 bamboo-engine 由 引擎 与 运行时接口 两个部分构成。...可替换运行时 bamboo-engine 定义了 引擎运行时接口,如果默认提供的运行时在某些方面无法满足项目的需求,可以考虑根据接口实现自定义运行时:运行时接口 3....如何监控 bamboo-engine 的运行状态 bamboo-engine 的 metrics 分为两部分: engine:由 bamboo-engine 自身记录的 metrics engine_runtime

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    Nat. Mach. Intell. | 字节跳动AI团队开发机器学习力场模型,推动液体电解质研究新进展

    研究人员还提出了一种密度对齐算法,使 BAMBOO 的预测结果更贴近实验测量值。 BAMBOO 在预测液体电解质的关键性质方面表现出先进的准确性,包括密度、粘度与离子电导率,覆盖多种溶剂与盐类组合。...BAMBOO 在密度、粘度和离子电导率等多项关键性质预测上表现出色,具备强大的跨体系预测能力,是一个可用于分子结构设计驱动的电解质研发有力工具。 结果 图1a展示了BAMBOO的整体流程。...图1b描述了BAMBOO在能量计算中对半局域、静电和色散相互作用的拆分方式。模型输入为原子类型和三维坐标。...例如在对氟代溶剂的模拟中,BAMBOO在较宽温度范围内保持了稳定性,且预测密度的准确性与其结构相似性密切相关。...本研究系统评估了BAMBOO在不同溶剂和液体电解质体系中的性能,结果表明,一个统一的 BAMBOO 模型即可在多种化学体系下高精度预测密度、粘度与离子电导率。

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    新核新速度-下一代标准运维引擎

    序列化方式 bamboo-pipeline 使用 pickle 来进行流程执行数据的序列化,而 pickle 是 python 内置的一种二进制序列化方式,协议会随着 python 的升级发生变化,bamboo-pipeline...新引擎的设计 为了解决上述这些问题,我们进行了新版本引擎 bamboo-engine 的设计和实现,目标如下: 解决 bamboo-pipeline 中存在的各种问题 增强引擎的鲁棒性和容错性 增强引擎的可观测性...序列化方式 bamboo-engine 采用 JSON 格式进行序列化,摆脱了对 pickle 的依赖,降低后续引擎版本升级,问题排查的成本。 3.3....流程数据存储方式 bamboo-engine 除了将每个节点的数据拆分存储外,同时也会单独对节点执行的数据进行存储。...同时,为了增加系统的可观测性,bamboo-engine 会记录核心度量指标并提供采集入口,以供接入蓝鲸监控、Prometheus 等监控系统。 4.

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    三代测序100问(6):ONT数据分析如何挑选最佳质控工具?

    Bamboo:华大纳米孔数据的“定制工具”与更多可能 去年9月,华大集团发布了其自家的纳米孔测序仪CycloneSEQ-WT02和WY01,紧接着在10月推出了一款名为Bamboo的长读长数据质控工具。...李博士在测试后对其赞不绝口:“Bamboo在统计指标和图表的丰富程度上表现非常优秀,同样集质量查看、修剪和过滤功能于一身。”...值得注意的是,Bamboo还能在有参考基因组的情况下,提供测序覆盖度的详细指标,这对于评估测序深度和均匀性至关重要。...“如果你的数据来自华大自家的纳米孔测序仪,那么Bamboo无疑是首选工具,毕竟‘自家’软件对自家数据有更深的优化。”...李博士补充道,“当然,对于来自其他纳米孔测序仪的数据,如ONT、谱译、齐碳等,你也可以尝试使用Bamboo,因为质控软件的算法通常具有一定的通用性。”

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    推介7个CI CD(持续集成和持续部署)工具

    GitLab CI仪表板 7.Bamboo Bamboo是Atlassian产品套件的一部分,与其他工具类似,它提供构建,测试和部署代码并支持多种语言。...构建,测试和部署都是Bamboo软件包的一部分,测试部分是在Bamboo Agents的帮助下完成的。...与Java监控中的代理类似,Bamboo也提供两种类型; 作为其进程的一部分,本地代理作为Bamboo服务器的一部分运行,而远程代理在其他服务器和计算机上运行。...Bamboo提供的主要优势是与Atlassian其他产品(如JIRA和Bitbucket)的紧密联系。使用Bamboo,您可以看到自上次部署以来引入代码的代码更改和JIRA问题。...还有一件事:Bamboo带有Atlassian强大的支持,以及公司现有产品的更好的工作流程。

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