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根据barcode过滤bam文件

10x 单细胞产生的BAM文件可以根据所需的barcode进行过滤。首先,将所需的cell barcode条形码放入 filter.txt中。 并在barcode前面加上CB:Z:,以确保专门过滤BAM文件中的该标记,格式如下所示: ? 其次,将$ BAM_FILE设置为要过滤的BAM文件的位置及名称。

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How to crop scanned barcode using Zbar?

http://pastebin.com/wSVW1tRc CGRect scanCrop The region of the video image tha...

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    Barcode(DP)

    Barcode Desciption You’ve got an n × m pixel picture. Each pixel can be white or black. Your task is to change the colors of as few pixels as possible to obtain a barcode picture. A picture is a barcode if the following conditions are fulfilled: All pixels in each column are of the

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    10X bam文件按barcode分割

    最近遇到一个需求是将10X单细胞测序数据按照barcode分割,一般分割文件我们首先想到bamtools split,具体用法可以参考之前记录过的bamtools分割bam文件,但是由于bamtools bamtools split -in tmp.bam -tag CB 因此,查了一下,有人提出了一种解决方案,即将bam文件按barcode排序,然后按相同的barcode将reads取出,代码(转自herrinca -t CB unsorted.bam > sorted_tags.bam ##### Code has not been tested on unsorted bam files, sort on barcode bam file to be sorted and output directory to place split BC ##### OUTPUT: .bam file for each unique barcode itr for current read CB_itr = read.get_tag( 'CB') # if change in barcode or first line; open

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    jquery-barcode:js实现的条码打印

    这是一个纯js的jQuery插件,项目地址:http://barcode-coder.com/en/barcode-jquery-plugin-201.html 使用示例: 1 <! doctype html> 2 <html> 3 <head> 4 <title>jQuery Barcode</title> 5 <script type javascript" src="jquery-1.4.4.min.js"></script> 6 <script type="text/javascript" src="jquery-<em>barcode</em>.js type="text/javascript"> 28 29 30 function code11(){ 31 $("#bcTarget").empty().barcode 示例源码地址:jquery-barcode.zip

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    「R」TCGA barcode(样本ID)以及重名过滤

    TCGA barcode 接触和分析过TCGA数据的朋友肯定会经常处理TCGA barcode的前15位(有时12位),实际从上图可以看出TCGA的barcode设计总共有28位之多。 Create Barcode 具体的解释如下表: Label Identifier for Value Value Description Possible Values Analyte Molecular barcode tree 参考 https://docs.gdc.cancer.gov/Encyclopedia/pages/images/TCGA-TCGAbarcode-080518-1750-4378 这也就导致在实际的分析中有可能会出现多个barcode对应同一个样本(即前15位是一致的),那么分析的时候用哪个呢? with the highest portion and/or plate number is selected when all other barcode fields are identical

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    JavaScript条形码生成和扫码识别(Barcode scan)开源库

    条码具有易操作、易维护的特点。对于室外场合,使用计算机登记信息非常不方便,通过使用条码,可以在操作现场将采集的条码信息传输到计算机。条码操作简便,极大地提高了系...

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    Barcode(二路动态规划)

    Your task is to change the colors of as few pixels as possible to obtain a barcode picture. A picture is a barcode if the following conditions are fulfilled: All pixels in each column are of the

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    Flutter中使用barcode_scan_fix实现二维码扫描

    import 'package:barcode_scan_fix/barcode_scan.dart'; 4. 使用插件 String barcode; Future _scan() async { try { String barcode = await BarcodeScanner.scan (); setState(() { this.barcode = barcode; }); } on PlatformException (); setState(() { this.barcode = barcode; }); } on PlatformException 参考: https://pub.flutter-io.cn/packages/barcode_scan_fix

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    SAP UI5 barcode 控件的 feature 检查探测机制单步调试 - checkCordovaInIframe

    第 170 行 checkCordovaInIframe 是检测 Cordova API 在 iframe 里的可用性,这里可以忽略。

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    一文解决如何提取TCGA配对表达矩阵

    ' for (i in 1:length(metadata[,1])) { num <- as.numeric(as.character(substring(metadata[i,'barcode = 1) {metadata[i,2] <- "N"} } names(metadata)[2] <- 'Barcode' table(metadata$Barcode) N <- subset (metadata, metadata$Barcode == 'N') N$barcode <- substr(x=N$barcode, start = 1, stop = 12) ####### ('Barcode', 'sample')) dt <- dt[which(dt$sample %in% N$barcode),] table(dt$sample) df <- as.data.frame = 1) {metadata[i,2] <- "N"} } names(metadata)[2] <- 'Barcode' table(metadata$Barcode) select_colname

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    python生成条形码

    from barcode.ean import EuropeanArticleNumber13 import barcode 生成EAN13条形码,保存到图片中,不写后缀默认是png格式,ImageWriter = "1234567890" barcode39 = code39.Extended39(barcode_value) barcode39Std = code39.Standard39 = code93.Standard93(barcode_value) barcode128 = code128.Code128(barcode_value) # the multiwidth barcode appears to be broken #barcode128Multi = code128.MultiWidthBarcode(barcode_value) barcode_usps = usps.POSTNET("50158-9999") codes = [barcode39, barcode39Std, barcode93, barcode128, barcode_usps

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    php 生成条形码

    ::Code128); $barcode->setScale(2); $barcode->setThickness(25); $barcode->setFontSize BarcodeGenerator(); $barcode->setText("0123456789"); $barcode->setType(BarcodeGenerator BarcodeGenerator(); $barcode->setText("0123456789"); $barcode->setType(BarcodeGenerator $barcode->setAllowsUnknownIdentifier(true); $code = $barcode->generate(); echo '<img (); $barcode->setText("00123456789012345675"); $barcode->setType(BarcodeGenerator::I25

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    Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)

    因为不同的建库方案引入的barcode序列的长度和位置不同,通常都需要自己写脚本解决。 对于所有数据类型,”文库拆分”涉及从一端或双端短序列中识别和移除细胞条形码序列 (cell barcode)。 答案: # 每一行代码对应上面一个问题 dim(umi_per_barcode)[1] dim(truth)[1] umi_per_barcode <- umi_per_barcode[umi_per_barcode [,2] > 10,] 一个找寻每个条形码对应的分子数突然下降的拐点的方法: barcode_rank <- rank(-umi_per_barcode[,2]) plot(barcode_rank, log_lib_size <- log10(umi_per_barcode[,2]) plot(barcode_rank, log_lib_size, xlim=c(1,8000)) ? # inflection point o <- order(barcode_rank) log_lib_size <- log_lib_size[o] barcode_rank <- barcode_rank

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    scRNA-seq数据处理—demultiplexing

    如果提前知道预期的细胞barcode,即数据来自基于PCR-plate,那么所需要做的是将每个细胞barcode与预期的carcode进行比较,并让相关的reads和最相近的细胞-barcode(最大不匹配为 1或2,取决于细胞-barcode的设计)进行比对。 为简化此部分的计算,排除所有分子总数少于10的barcode。 答案 一种方法是寻找每个条形码的总分子突然下降的拐点: barcode_rank <- rank(-umi_per_barcode[,2]) plot(barcode_rank, umi_per_barcode # inflection point o <- order(barcode_rank) log_lib_size <- log_lib_size[o] barcode_rank <- barcode_rank

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    备忘录:关于C#生成商品条码

    ">内容</param> /// <returns></returns> public static Image GenerateBarCodeByBarcodeLib(string barCode) { Barcode barcode = new Barcode() { IncludeLabel = true,//是否包含图片下面的文字信息 Alignment (TYPE.EAN13, barCode); } 3. (chaine.Substring(i, 1)); } Barcode += "+"; } return Barcode; 参考 C# Programming How to Create EAN-13 Barcode Generator

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    Java 扫描识别条形码图片

    这里使用免费条码工具 Free Spire.Barcode for Java,调用BarcodeScanner类中的scan(java.lang.String fileName, BarCodeType Static java.lang.String[] scan(java.io.InputStream stream)          Scan barcode from image stream. Static java.lang.String[] scan(java.lang.String fileName)          Scan barcode from image file. Static java.lang.String scanOne(java.lang.String fileName)          Scan barcode from image file. 条码生成及扫描类型汇总 因本次使用的是免费版的Barcode API,对支持生成的条码类型以及扫描的条码类型上有所限制,详细内容见下表2。在使用时,可根据自己的程序要求看条码类型是否支持。

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    Barcoding || 海量单细胞的关键技术

    有位老师问:请问什么叫Barcode? 目前的技术是把成千上万的Barcode种在一个磁珠上,把这个磁珠放到小格子里标记细胞。 今天我们讨论的就是这个barcodebarcode 多长是合理的? barcode之间的汉明距离对单细胞实验的影响 barcode 还可以标记其他生物信息吗?可以,已经在用了。 #新格元的barcode是组合起来的,具体可以阅读CeleScope源码了解其结构。 一般的方法是在其定量软件里面内置一个白名单,拿测的序列和这个白名单比较,来矫正barcode。对于没有出现在白名单的barcode允许某个汉明距离的差异。

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    肿瘤突变负荷(TMB)与等位基因突变的肿瘤异质性(MATH)分数的计算

    = maf, captureSize = 50, logScale = T) head(tmb) > head(tmb) Tumor_Sample_Barcode <- unique(maf@data$Tumor_Sample_Barcode) head(barcode) MATH <- data.frame() for (i in barcode){ out.math = inferHeterogeneity(maf = maf, tsb = i) Tumor_Sample_Barcode=unique(out.math$clusterData$Tumor_Sample_Barcode ) m = unique(out.math$clusterData$MATH) out = data.frame(Tumor_Sample_Barcode, m) MATH = rbind( MATH, out) } head(MATH) > head(MATH) Tumor_Sample_Barcode m 1 TCGA-AA-3966 41.51257

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