10x 单细胞产生的BAM文件可以根据所需的barcode进行过滤。首先，将所需的cell barcode条形码放入 filter.txt中。...并在barcode前面加上CB:Z:，以确保专门过滤BAM文件中的该标记，格式如下所示： ? 其次，将$ BAM_FILE设置为要过滤的BAM文件的位置及名称。
http://pastebin.com/wSVW1tRc CGRect scanCrop The region of the video image tha...
Barcode Desciption You’ve got an n × m pixel picture. Each pixel can be white or black....Your task is to change the colors of as few pixels as possible to obtain a barcode picture....A picture is a barcode if the following conditions are fulfilled: All pixels in each column are of the
最近遇到一个需求是将10X单细胞测序数据按照barcode分割，一般分割文件我们首先想到bamtools split,具体用法可以参考之前记录过的bamtools分割bam文件，但是由于bamtools...bamtools split -in tmp.bam -tag CB 因此，查了一下，有人提出了一种解决方案，即将bam文件按barcode排序，然后按相同的barcode将reads取出，代码（转自herrinca...-t CB unsorted.bam > sorted_tags.bam ##### Code has not been tested on unsorted bam files, sort on barcode...bam file to be sorted and output directory to place split BC ##### OUTPUT: .bam file for each unique barcode...itr for current read CB_itr = read.get_tag( 'CB') # if change in barcode or first line; open
这是一个纯js的jQuery插件，项目地址：http://barcode-coder.com/en/barcode-jquery-plugin-201.html 使用示例: 1 2 3 4 jQuery Barcode 5 6 28 29 30 function code11(){ 31 $("#bcTarget").empty().barcode...示例源码地址：jquery-barcode.zip
TCGA barcode 接触和分析过TCGA数据的朋友肯定会经常处理TCGA barcode的前15位（有时12位），实际从上图可以看出TCGA的barcode设计总共有28位之多。...每一个短横杠衔接的都是含不同意义的序列，如下图 Create Barcode 具体的解释如下表： Label Identifier for Value Value Description Possible...这也就导致在实际的分析中有可能会出现多个barcode对应同一个样本（即前15位是一致的），那么分析的时候用哪个呢？...通过谷歌引擎找到Biostars上有人对这个问题加以讨论，我按照着提供的链接找到了Broad研究所进行barcode去重的策略： 主要内容如下： In many instances there is more...with the highest portion and/or plate number is selected when all other barcode fields are identical
条码具有易操作、易维护的特点。对于室外场合，使用计算机登记信息非常不方便，通过使用条码，可以在操作现场将采集的条码信息传输到计算机。条码操作简便，极大地提高了系...
Your task is to change the colors of as few pixels as possible to obtain a barcode picture....A picture is a barcode if the following conditions are fulfilled: All pixels in each column are of the
import 'package:barcode_scan_fix/barcode_scan.dart'; 4....使用插件 String barcode; Future _scan() async { try { String barcode = await BarcodeScanner.scan...(); setState(() { this.barcode = barcode; }); } on PlatformException...(); setState(() { this.barcode = barcode; }); } on PlatformException...参考： https://pub.flutter-io.cn/packages/barcode_scan_fix
' for (i in 1:length(metadata[,1])) { num <- as.numeric(as.character(substring(metadata[i,'barcode...= 1) {metadata[i,2] <- "N"} } names(metadata)[2] <- 'Barcode' table(metadata$Barcode) N <- subset...(metadata, metadata$Barcode == 'N') N$barcode <- substr(x=N$barcode, start = 1, stop = 12) #######...('Barcode', 'sample')) dt <- dt[which(dt$sample %in% N$barcode),] table(dt$sample) df <- as.data.frame...= 1) {metadata[i,2] <- "N"} } names(metadata)[2] <- 'Barcode' table(metadata$Barcode) select_colname
::Code128); $barcode->setScale(2); $barcode->setThickness(25); $barcode->setFontSize...BarcodeGenerator(); $barcode->setText("0123456789"); $barcode->setType(BarcodeGenerator...BarcodeGenerator(); $barcode->setText("0123456789"); $barcode->setType(BarcodeGenerator...$barcode->setAllowsUnknownIdentifier(true); $code = $barcode->generate(); echo '<img...(); $barcode->setText("00123456789012345675"); $barcode->setType(BarcodeGenerator::I25
[5] if not barcode_UMI in barcode_UMI_dict: barcode_UMI_dict[barcode_UMI]={}...barcode_UMI_dict[barcode_UMI]["id_string"] = id_string_list barcode_UMI_dict[barcode_UMI][...if not ',' in barcode_UMI_dict[barcode_UMI]["genus_string"]: UMI_id_dict[barcode_UMI] = barcode_UMI_dict...cell_metadata_dict[barcode]['barcode_UMI'][barcode_UMI] = genus cell_metadata_dict[barcode...[barcode]['barcode_UMI']: genus_list.append(cell_metadata_dict[barcode]['barcode_UMI'][barcode_UMI
from barcode.ean import EuropeanArticleNumber13 import barcode 生成EAN13条形码，保存到图片中，不写后缀默认是png格式，ImageWriter...= "1234567890" barcode39 = code39.Extended39(barcode_value) barcode39Std = code39.Standard39...= code93.Standard93(barcode_value) barcode128 = code128.Code128(barcode_value) # the multiwidth...barcode appears to be broken #barcode128Multi = code128.MultiWidthBarcode(barcode_value) barcode_usps...= usps.POSTNET("50158-9999") codes = [barcode39, barcode39Std, barcode93, barcode128, barcode_usps
因为不同的建库方案引入的barcode序列的长度和位置不同，通常都需要自己写脚本解决。 对于所有数据类型，”文库拆分”涉及从一端或双端短序列中识别和移除细胞条形码序列 (cell barcode)。...答案: # 每一行代码对应上面一个问题 dim(umi_per_barcode)[1] dim(truth)[1] umi_per_barcode 10,] 一个找寻每个条形码对应的分子数突然下降的拐点的方法： barcode_rank <- rank(-umi_per_barcode[,2]) plot(barcode_rank,...log_lib_size <- log10(umi_per_barcode[,2]) plot(barcode_rank, log_lib_size, xlim=c(1,8000)) ?...# inflection point o <- order(barcode_rank) log_lib_size <- log_lib_size[o] barcode_rank <- barcode_rank
如果提前知道预期的细胞barcode，即数据来自基于PCR-plate，那么所需要做的是将每个细胞barcode与预期的carcode进行比较，并让相关的reads和最相近的细胞-barcode（最大不匹配为...1或2，取决于细胞-barcode的设计）进行比对。...为简化此部分的计算，排除所有分子总数少于10的barcode。...答案 一种方法是寻找每个条形码的总分子突然下降的拐点： barcode_rank <- rank(-umi_per_barcode[,2]) plot(barcode_rank, umi_per_barcode...# inflection point o <- order(barcode_rank) log_lib_size <- log_lib_size[o] barcode_rank <- barcode_rank
= maf, captureSize = 50, logScale = T) head(tmb) > head(tmb) Tumor_Sample_Barcode...<- unique(maf@data$Tumor_Sample_Barcode) head(barcode) MATH <- data.frame() for (i in barcode){ out.math...= inferHeterogeneity(maf = maf, tsb = i) Tumor_Sample_Barcode=unique(out.math$clusterData$Tumor_Sample_Barcode...) m = unique(out.math$clusterData$MATH) out = data.frame(Tumor_Sample_Barcode, m) MATH = rbind(...MATH, out) } head(MATH) > head(MATH) Tumor_Sample_Barcode m 1 TCGA-AA-3966 41.51257
这里使用免费条码工具 Free Spire.Barcode for Java，调用BarcodeScanner类中的scan(java.lang.String fileName, BarCodeType...Static java.lang.String[] scan(java.io.InputStream stream) Scan barcode from image stream....Static java.lang.String[] scan(java.lang.String fileName) Scan barcode from image file....Static java.lang.String scanOne(java.lang.String fileName) Scan barcode from image file....条码生成及扫描类型汇总 因本次使用的是免费版的Barcode API，对支持生成的条码类型以及扫描的条码类型上有所限制，详细内容见下表2。在使用时，可根据自己的程序要求看条码类型是否支持。
">内容 /// public static Image GenerateBarCodeByBarcodeLib(string barCode)...{ Barcode barcode = new Barcode() { IncludeLabel = true,//是否包含图片下面的文字信息 Alignment...(TYPE.EAN13, barCode); } 3....(chaine.Substring(i, 1)); } Barcode += "+"; } return Barcode;...参考 C# Programming How to Create EAN-13 Barcode Generator
一、概述 可用barcode4j或zxing等第三方库，推荐zxing。...barcode4j资料链接：http://barcode4j.sourceforge.net/ zxing资料链接：https://github.com/zxing/zxing 二、barcode4j...UPC-A and UPC-E (with supplementals) EAN-13 and EAN-8 (with supplementals) POSTNET Royal Mail Customer Barcode...(Four State) USPS Intelligent Mail (4-State Customer Barcode) 支持的二维码格式有： PDF 417 (ISO/IEC 15438:2001
我检查了velocyto的源码，发现他在运行过程中不会导致barcode格式发生如此严重的改变。首先，在run10x这一函数中没有对barcode进行任何改动。...barcode前添加了sample id，barcode结尾的-1被替换成了'x'接下来检查合并loom文件这一步。...那么现在唯一不同之处在于loom文件的barcode命名格式与scanpy等软件不同，我们在scvelo的merge函数中发现了如下内容：所以问题的根源就在run.py这里，我们直接修改ldata的barcode...再进行merge，根据velocyto源码中的内容：首先将sampe id添加于barcode之前，然后检查16位的barcode是否有重复，如果有重复把-1替换为x，如果没有就保留-1。...(':') new_barcode = barcode[:16] + '-1' + barcode[17:] return f"{new_barcode}-{prefix}"# 应用修改函数到所有的
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