10x 单细胞产生的BAM文件可以根据所需的barcode进行过滤。首先，将所需的cell barcode条形码放入 filter.txt中。...并在barcode前面加上CB:Z:，以确保专门过滤BAM文件中的该标记，格式如下所示： ? 其次，将$ BAM_FILE设置为要过滤的BAM文件的位置及名称。
Barcode Desciption You’ve got an n × m pixel picture. Each pixel can be white or black....Your task is to change the colors of as few pixels as possible to obtain a barcode picture....A picture is a barcode if the following conditions are fulfilled: All pixels in each column are of the
http://pastebin.com/wSVW1tRc CGRect scanCrop The region of the video image tha...
最近遇到一个需求是将10X单细胞测序数据按照barcode分割，一般分割文件我们首先想到bamtools split,具体用法可以参考之前记录过的bamtools分割bam文件，但是由于bamtools...bamtools split -in tmp.bam -tag CB 因此，查了一下，有人提出了一种解决方案，即将bam文件按barcode排序，然后按相同的barcode将reads取出，代码（转自herrinca...-t CB unsorted.bam > sorted_tags.bam ##### Code has not been tested on unsorted bam files, sort on barcode...bam file to be sorted and output directory to place split BC ##### OUTPUT: .bam file for each unique barcode...itr for current read CB_itr = read.get_tag( 'CB') # if change in barcode or first line; open
这是一个纯js的jQuery插件，项目地址：http://barcode-coder.com/en/barcode-jquery-plugin-201.html 使用示例: 1 2 3 4 jQuery Barcode 5 6 28 29 30 function code11(){ 31 $("#bcTarget").empty().barcode...示例源码地址：jquery-barcode.zip
TCGA barcode 接触和分析过TCGA数据的朋友肯定会经常处理TCGA barcode的前15位（有时12位），实际从上图可以看出TCGA的barcode设计总共有28位之多。...每一个短横杠衔接的都是含不同意义的序列，如下图 Create Barcode 具体的解释如下表： Label Identifier for Value Value Description Possible...这也就导致在实际的分析中有可能会出现多个barcode对应同一个样本（即前15位是一致的），那么分析的时候用哪个呢？...通过谷歌引擎找到Biostars上有人对这个问题加以讨论，我按照着提供的链接找到了Broad研究所进行barcode去重的策略： 主要内容如下： In many instances there is more...with the highest portion and/or plate number is selected when all other barcode fields are identical
Your task is to change the colors of as few pixels as possible to obtain a barcode picture....A picture is a barcode if the following conditions are fulfilled: All pixels in each column are of the
条码具有易操作、易维护的特点。对于室外场合，使用计算机登记信息非常不方便，通过使用条码，可以在操作现场将采集的条码信息传输到计算机。条码操作简便，极大地提高了系...
import 'package:barcode_scan_fix/barcode_scan.dart'; 4....使用插件 String barcode; Future _scan() async { try { String barcode = await BarcodeScanner.scan...(); setState(() { this.barcode = barcode; }); } on PlatformException...(); setState(() { this.barcode = barcode; }); } on PlatformException...参考： https://pub.flutter-io.cn/packages/barcode_scan_fix
' for (i in 1:length(metadata[,1])) { num <- as.numeric(as.character(substring(metadata[i,'barcode...= 1) {metadata[i,2] <- "N"} } names(metadata)[2] <- 'Barcode' table(metadata$Barcode) N <- subset...(metadata, metadata$Barcode == 'N') N$barcode <- substr(x=N$barcode, start = 1, stop = 12) #######...('Barcode', 'sample')) dt <- dt[which(dt$sample %in% N$barcode),] table(dt$sample) df <- as.data.frame...= 1) {metadata[i,2] <- "N"} } names(metadata)[2] <- 'Barcode' table(metadata$Barcode) select_colname
from barcode.ean import EuropeanArticleNumber13 import barcode 生成EAN13条形码，保存到图片中，不写后缀默认是png格式，ImageWriter...= "1234567890" barcode39 = code39.Extended39(barcode_value) barcode39Std = code39.Standard39...= code93.Standard93(barcode_value) barcode128 = code128.Code128(barcode_value) # the multiwidth...barcode appears to be broken #barcode128Multi = code128.MultiWidthBarcode(barcode_value) barcode_usps...= usps.POSTNET("50158-9999") codes = [barcode39, barcode39Std, barcode93, barcode128, barcode_usps
::Code128); $barcode->setScale(2); $barcode->setThickness(25); $barcode->setFontSize...BarcodeGenerator(); $barcode->setText("0123456789"); $barcode->setType(BarcodeGenerator...BarcodeGenerator(); $barcode->setText("0123456789"); $barcode->setType(BarcodeGenerator...$barcode->setAllowsUnknownIdentifier(true); $code = $barcode->generate(); echo '<img...(); $barcode->setText("00123456789012345675"); $barcode->setType(BarcodeGenerator::I25
[5] if not barcode_UMI in barcode_UMI_dict: barcode_UMI_dict[barcode_UMI]={}...barcode_UMI_dict[barcode_UMI]["id_string"] = id_string_list barcode_UMI_dict[barcode_UMI][...if not ',' in barcode_UMI_dict[barcode_UMI]["genus_string"]: UMI_id_dict[barcode_UMI] = barcode_UMI_dict...cell_metadata_dict[barcode]['barcode_UMI'][barcode_UMI] = genus cell_metadata_dict[barcode...[barcode]['barcode_UMI']: genus_list.append(cell_metadata_dict[barcode]['barcode_UMI'][barcode_UMI
= maf, captureSize = 50, logScale = T) head(tmb) > head(tmb) Tumor_Sample_Barcode...<- unique(maf@data$Tumor_Sample_Barcode) head(barcode) MATH <- data.frame() for (i in barcode){ out.math...= inferHeterogeneity(maf = maf, tsb = i) Tumor_Sample_Barcode=unique(out.math$clusterData$Tumor_Sample_Barcode...) m = unique(out.math$clusterData$MATH) out = data.frame(Tumor_Sample_Barcode, m) MATH = rbind(...MATH, out) } head(MATH) > head(MATH) Tumor_Sample_Barcode m 1 TCGA-AA-3966 41.51257
">内容 /// public static Image GenerateBarCodeByBarcodeLib(string barCode)...{ Barcode barcode = new Barcode() { IncludeLabel = true,//是否包含图片下面的文字信息 Alignment...(TYPE.EAN13, barCode); } 3....(chaine.Substring(i, 1)); } Barcode += "+"; } return Barcode;...参考 C# Programming How to Create EAN-13 Barcode Generator
一、概述 可用barcode4j或zxing等第三方库，推荐zxing。...barcode4j资料链接：http://barcode4j.sourceforge.net/ zxing资料链接：https://github.com/zxing/zxing 二、barcode4j...UPC-A and UPC-E (with supplementals) EAN-13 and EAN-8 (with supplementals) POSTNET Royal Mail Customer Barcode...(Four State) USPS Intelligent Mail (4-State Customer Barcode) 支持的二维码格式有： PDF 417 (ISO/IEC 15438:2001
因为不同的建库方案引入的barcode序列的长度和位置不同，通常都需要自己写脚本解决。 对于所有数据类型，”文库拆分”涉及从一端或双端短序列中识别和移除细胞条形码序列 (cell barcode)。...答案: # 每一行代码对应上面一个问题 dim(umi_per_barcode)[1] dim(truth)[1] umi_per_barcode 10,] 一个找寻每个条形码对应的分子数突然下降的拐点的方法： barcode_rank <- rank(-umi_per_barcode[,2]) plot(barcode_rank,...log_lib_size <- log10(umi_per_barcode[,2]) plot(barcode_rank, log_lib_size, xlim=c(1,8000)) ?...# inflection point o <- order(barcode_rank) log_lib_size <- log_lib_size[o] barcode_rank <- barcode_rank
有位老师问：请问什么叫Barcode？...目前的技术是把成千上万的Barcode种在一个磁珠上，把这个磁珠放到小格子里标记细胞。 今天我们讨论的就是这个barcode。 barcode 多长是合理的？...barcode之间的汉明距离对单细胞实验的影响 barcode 还可以标记其他生物信息吗？可以，已经在用了。...#新格元的barcode是组合起来的，具体可以阅读CeleScope源码了解其结构。...一般的方法是在其定量软件里面内置一个白名单，拿测的序列和这个白名单比较，来矫正barcode。对于没有出现在白名单的barcode允许某个汉明距离的差异。
如果提前知道预期的细胞barcode，即数据来自基于PCR-plate，那么所需要做的是将每个细胞barcode与预期的carcode进行比较，并让相关的reads和最相近的细胞-barcode（最大不匹配为...1或2，取决于细胞-barcode的设计）进行比对。...为简化此部分的计算，排除所有分子总数少于10的barcode。...答案 一种方法是寻找每个条形码的总分子突然下降的拐点： barcode_rank <- rank(-umi_per_barcode[,2]) plot(barcode_rank, umi_per_barcode...# inflection point o <- order(barcode_rank) log_lib_size <- log_lib_size[o] barcode_rank <- barcode_rank
，测序完可以通过 barcode 进行拆分样品。...barcode 是在每一条序列两端添加固定序列，软件根据首位 barcode 序列不同进行拆分，类似分类彩球的过程。...--barcode_kits ：barcodekit 名字 --min_score：barcode 比对的阈值，默认 60 --trim_barcodes：是否切除 barcode...bio 82 Oct 26 12:12 barcode02/ drwxr-xr-x. 2 meta bio 226 Oct 26 12:12 barcode03/ drwxr-xr-x. 2 meta...bio 226 Oct 26 12:12 barcode04/ drwxr-xr-x. 2 meta bio 82 Oct 26 12:12 barcode05/ drwxr-xr-x. 2 meta
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