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  • ANNOVAR Filter-based Annotation

    annnovar filter-based annotaton用于分析哪些变异位点是数据库中的已知位点,在判断时,除了染色体位置之外,allel也必须相同。region-based annotation 在分析时只考虑基因组位置,只要是存在overlap关系就会输出结果,而filter-based annotation会更加严格,首先要求基因组上的起始和终止位置必须完全一致简而言之,filter-based annotation 就是在做一个数据库检索的工作,将和数据库中完全相同的记录输出出来,看上去就像在对原始输入文件进行一个筛选,所以叫做filter-based annotation对于filter-based annotatoin 而言,数据库众多,常用的数据库可以分成以下8个类别1.对于annnvar 而言,gene-based annotation 提供了两种信息,与突变位点距离最近的基因和突变位点在基因组特征上的分布;region-based annotation 提供了变异位点与某段区域的
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    Udacity Machine Learning Instance Based Learning----Supervised Learning 给你一些数据集,用算法去训练函数,训练出来后,就可以投入新的数据进行预测Instance Based Learning不包含训练函数这个过程,只需要把所有数据放在数据库里,投入新的数据时,只需要去数据库里查找, ?
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    脚本录制-录制选项设置, HTML-based Script与URL-based Scriptby:授客 QQ:1033553122 Access:Vugen->Tool->Recording optionsHTML-based Script 针对 Web (HTTPHTML)虚拟用户的缺省录制级别。它指示VuGen录制当前web页面上下文中的HTML action。URL-based Script 从服务器录制所有的请求和资源。自动化录制每个HTTP资源为URL setp(web_url 语句),或者以表单的形式,如web_submit_data。选择哪种方式录制,可参考以下原则: 1、基于浏览器的应用程序,推荐使用HTML-based Script 2、基于非浏览器的应用程序,推荐使用URL-based Script 3、基于浏览器的应用程序中使用了HTTPS安全协议,推荐使用URL-based Script 4、基于浏览器的应用程序中包含了JavaScript并且该脚本向服务器产生了请求,比如 DataGrid 的分页按钮等,也要使用 URL-based
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  • Model-Based 两篇paper

    概念学习作者的论文Plan Online, Learn Offline: Efficient Learning and Exploration via Model-Based Control KendallOur work builds on the synergistic relationship between local model-based control, global value functionhttps:sites.google.comviewpolo-mpchttps:arxiv.orgpdf1811.01848.pdfIMPROVING MODEL-BASED CONTROL AND ACTIVEnormandipalo@gmail.com Harri Valpola Curious AI Helsinki, Finland December 11, 2018 ABSTRACT Model-basedthis work, we propose a model-agnostic method for estimating the uncertainty of a model’s predictions based
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  • Note_Place based audio detour

    what is a place based audio detour?try something, to touch something.follow the narrative to get you to experience the place.Why placed basedcomposemapstationary segmentswalking segmentssynchronize walking pace and audio paceediting tool----ReferencePlace-based
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  • ANNOVAR region-based annotation-上篇

    通过gene-based annotation 可以得到变异位点与基因之间的关系,除了与基因的关系之外,变异位点在基因组上某些特征区域的分布(比如转录因子结合区域,启动子区,增强子区等)更引人关注,这一功能通过region-based annotation 来实现。Done with 5163775 regionsNOTICE: Finished region-based annotation on 21 genetic variants输出文件的后缀为hg19_Done with 5797266 regionsNOTICE: Finished region-based annotation on 21 genetic variants输出文件的后缀为hg19_在region-based annotation中,相关的数据库非常多,本篇只介绍上述几个数据库,剩余的数据库在后续文章中在进行介绍。
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  • Anchor-based 与 Anchor-free

    FoveaBox: Beyond Anchor-based Object Detector4. anchor-free 和 anchor-based 区别几何这个问题首先需要回答为什么要有 anchor。在深度学习时代,物体检测问题通常都被建模成对一些候选区域进行分类和回归的问题。为什么 anchor-free 能卷土重来anchor-free 的方法能够在精度上媲美 anchor-based 的方法,最大的功劳我觉得应该归于 FPN,其次归于 Focal Loss。和 anchor-based 的单阶段检测器一样,instance-level 的 feature representation 是不如两阶段检测器的,在 head 上面的花样也会比较少一些。Guided Anchoring 可以看做是 anchor-prior-free,但是整体框架保持与 anchor-based 一致,所以可以插入到现有的 anchor-based 的方法里面,性能提升也会稍微明显一点
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  • 浅谈Attention-based Model【原理篇】

    计划分为三个部分: 浅谈Attention-based Model【原理篇】(你在这里) 浅谈Attention-based Model【源码篇】 浅谈Attention-based Model【实践篇看了台大的李宏毅老师关于Attention部分的内容,这一部分讲的不错(其实李宏毅老师其它部分的内容也不错,比较幽默,安利一下),记录一下,本博客的大部分内容据来自李宏毅老师的授课资料:Attention-based普通的模型可以看成所有部分的attention都是一样的,而这里的attention-based model对于不同的部分,重要的程度则不同。2.Attention-based Model是什么 Attention-based Model其实就是一个相似性的度量,当前的输入与目标状态越相似,那么在当前的输入的权重就会越大,说明当前的输出越依赖于当前的输入严格来说,Attention并算不上是一种新的model,而仅仅是在以往的模型中加入attention的思想,所以Attention-based Model或者Attention Mechanism是比较合理的叫法
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  • Spark Tungsten-sort Based Shuffle 分析

    如果Tungsten-sort 发现自己无法处理,则会自动使用 Sort Based Shuffle进行处理。前言看这篇文章前,建议你先简单看看Spark Sort Based Shuffle内存分析。Tungsten 中文是钨丝的意思。具体触发条件,和Sort Based Shuffle 也是类似的。代码的架子其实和Sort Based 是一样的。?Shuffle ReadShuffle Read 完全复用HashShuffleReader,具体参看 Sort-Based Shuffle。
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  • ANNOVAR region-based annotation-下篇

    在UCSC网站上,对于不同的参考基因组,提供了许多数据,这些数据中只要是提供了基因组区域的,理论上都可以用于annovar region-based annotation。Done with 1000 regionsNOTICE: Finished region-based annotation on 23 genetic variants由于SNP数据库非常的大,我这里选取了前downdb wgEncodeBroadHmmGm12878HMM humandbNOTICE: The --buildver is set as hg18 by defaultNOTICE: Web-basedDone with 4 regions from 4 GFF3 recordsNOTICE: Finished region-based annotation on 23 genetic variantsDone with 10 regionsNOTICE: Finished region-based annotation on 23 genetic variants输出结果如下bed Name=NR_
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  • Error:Error: O is not a valid file-based resource name character: File-based resource names must c

    错误描述如下:Error:Error: O is not a valid file-based resource name character: File-based resource names mustAndroid_Studio_ProjectBLE_APPbluetoothsrcmainreslayoutautomaticOpenLayout.xml: Error: O is not a valid file-basedresource name character: File-based resource names must contain only lowercase a-z, 0-9, or underscoreF
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  • Yarn【label-based scheduling】实战总结(一)

    1.1 Label-based scheduling介绍故名思议,Label based scheduling是一种调度策略,就像priority-based scheduling一样,是调度器调度众多调度策略中的一种有了label-based scheduling后,这是一件非常easy的事情,你需要按一以下步骤操作:步骤1:为旧的20个节点打上normal标签,为新的10个节点打上highmem标签;步骤2:在capacityapache的官网介绍:https:hadoop.apache.orgdocsr2.7.1hadoop-yarnhadoop-yarn-siteCapacityScheduler.html1.2 Label-based1.3 Label-based scheduling实战在(2)中我们已经为Yarn创建了partition,并为各partition指定了归属于它的节点,所以我们只要在Yarn的配置文件capacity-scheduler.xml中设置好队列(queue)与partition的对应关系,就可以进行label-based scheduling实战了。
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  • clock gating | ODC-based Clock Gating

    前几天接触了一个新概念,ODC-based Clock gating, 研读了一些文章,有了个大致的概念,码篇短文总结一下。Joules 的 ODC-based Logic Gating 流程大致如下:?building an XOR tree, introduces a single CG for the group.To guarantee power reduction, method should be basedaffected.Activity driven clock gating: 1) Clock gating should be done if it helps improve overall power, based
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  • 私有docker registry镜像的制作-busybox based

    #首先把rootdocker_study目录下的所有内容打包, 这个目录下的内容对应image的根目录下的内容;#tar -czvf registry_Busybox-Based.tar.gz *# lsbinbusybox etc linuxrc my_entry.sh registry_Busybox-Based.tar.gz sbin usr##编写dockerfile, 内容如下:# cat dockerfileFROM scratchMAINTAINER PandaEyeADD .registry_Busybox-Based.tar.gz ENV PATH bin:sbin:usrbin:usrsbinCMD-p rootdocker_study# cp busybox rootdocker_study #重新进行docker build.# lsbin linuxrc registry_Busybox-Based.tar.gzsbinbusybox etc my_entry.sh root usr## tar -czvf registry_Busybox-Based.tar.gz * #首先打包#确保dockerfile是存在的
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  • MALI Tile-based rendering简单原理介绍

    Tile-based GPU因此mali的GPU提出了Tile-based概念,就是将图像分成16*16的小块。分小块进行渲染,最后写入到DDR,就能够减少读写DDR的频率,进而解决上述问题。另外还有一些操作(比如tessellation)也不适用于Tile-based GPU。总结现在屏显的分辨率越来越大从1080p到1440p再到4K,可以遇见的,mali这种架构将在未来大规模使用。
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  • 浅谈Attention-based Model【源码篇】

    计划分为三个部分: 浅谈Attention-based Model【原理篇】 浅谈Attention-based Model【源码篇】(你在这里) 浅谈Attention-based Model【实践篇】 在之前的博客:浅谈Attention-based Model【原理篇】中,介绍了Attention机制的原理,这篇主要通过tensorflow源码来看看注意力机制的工作过程。
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  • Converting slapd.conf to a Directory Based Configu

    the directory and change values on the fly.Adding a Schema----Converting slapd.conf to a Directory BasedConfigurationOpenLDAP 2.4 maintains an LDIF-based online directory in etcopenldapslapd.d (or otherwise
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  • 6.Permission Based Access Control

    通常的做法是使用传统的基于校色的权限控制(Role Based Access Control)。这种方式可以称为Resource Based Access Control或者Permission Based Access Control。shiro.apache.org强烈推荐:https:shiro.apache.orgpermissions.htmlhttps:stormpath.comblognew-rbac-resource-based-access-controlhttps
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