查看bcftools安装路径 which bcftools 导出插件所需的环境编辑 export BCFTOOLS_PLUGINS=/bi/software/bcftools-1.16/plugins;...查看插件环境变量 echo ${BCFTOOLS_PLUGINS} 反向过滤 ( https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#expressions...=/bi/software/bcftools-1.6/plugins; ）也可加入~/.bashrc bcftools +split-vep -S /bi/database/VEPseverity.txt.../All.vep.flt.vcf | bcftools +split -S /dev/stdin -Oz -o ....”‘ | bcftools annotate -x ^INFO/CSQ |bcftools norm -d none|less -S 列出所有样本 bcftools query -l /bi/8.xuxiong
然后让chatGPT细致的讲一下bcftools工具过滤变异的功能单元即可 "bcftools"（Binary Call Format tools）是一个用于处理Variant Call Format...bcftools可以用于过滤、转换、合并、统计和分析这些变异数据。 以下是bcftools的一些常见用法： 格式转换： 使用bcftools可以将VCF文件转换为BCF文件或反向转换。...bcftools的用法非常灵活，具体的命令和选项取决于您的分析需求。它通常通过命令行使用，您可以运行bcftools命令并附加子命令和选项来执行特定任务。...建议查看bcftools的官方文档以获取详细的用法说明和示例。您可以在终端中输入bcftools --help来查看可用的子命令和选项列表。...bcftools的过滤变异的用法涉及到使用子命令bcftools filter，并提供适当的过滤条件。
index命令用于对VCF文件建立索引，要求输入的VCF文件必须是使用bgzip压缩之后的文件，支持.csi和.tbi两种索引，默认情况下建立的索引是.csi格式， 用法如下 bgzip view.vcf bcftools...如果需要建立.tbi格式的索引，用法如下 bcftools index -t view.vcf.gz tbi索引文件为view.vcf.gz.tbi。 2....view view命令可以用于VCF和BCF格式的转换，用法如下 bcftools view view.vcf.gz -O u -o view.bcf -O参数指定输出文件的类型，b代表压缩后的BCF文件...还可以根据样本筛选VCF文件，用法如下 bcftools view view.vcf.gz -s NA00001,NA00002 -o subset.vcf -s参数指定想要保留的样本信息，多个样本用逗号分隔...还可以过滤突变位点，过滤的条件非常多，可以根据突变位点的类型，基因型类型等等条件进行过滤，详细的参数可以参考软件的帮助文档，这里只做一个基本示例 bcftools view view.vcf.gz -k
bcftools 是samtools 的开发者提供的一款专门操作VCF文件的工具，它可以处理VCF格式，也可以处理VCF对应的二进制文件。...github的地址如下 https://github.com/samtools/bcftools 安装过程如下 wget https://github.com/samtools/bcftools/releases.../download/1.8/bcftools-1.8.tar.bz2 tar xjvf bcftools-1.8.tar.bz2 cd bcftools-1.8/ ....和samtools , bcftools 由很多的子命令构成，所有的子命令可以分成以下3大类别 1....bcftools 在处理文件时，还可以识别bgzip压缩之后的VCF文件。在后续文章中，会对bcftools的用法进行详细介绍。
bcftools也可以进行SNP calling。...在之前的版本中，通常都是和samtools的mpileup命令结合使用, 命令如下 samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -bvcg -...> var.raw.bcf 由于samtools和bcftools更新得都很快，只要有一个版本不对，采用上面的pipeline就会报错。...为了减少版本不合适带来的问题，bcftools的开发团队将mpileup这个功能添加到了bcftools中。...在最新版的bcftools 中，只需要使用bcftools这一个工具就可以实现SNP calling， 用法如下 bcftools mpileup mpileup.1.bam --fasta-ref mpileup.ref.fa
header: bcftools view -H *printing variants on a particular region: bcftools view -r chr20:1-200000...by: ~/bin/bcftools/bcftools query -f '[%GT]\n' ../0002.vcf |wc -l #the GT in this case / *selecting...snps from file: ~/bin/bcftools/bcftools view -v snps lc_bams.bcftools.20170319.NA12878.vcf.gz / *selecting...-e'INFO/DP<5' input.vcf / #printing out variants that pass the filter: ~/bin/bcftools/bcftools view...,PASS lc_bams.bcftools.20170411.exc.norm.SNP.filtered.vcf.gz / #bcftools stats and filtering: ~/bin/bcftools
1. annotate annotate命令有两个用途，第一个是用于注释VCF文件，用法如下 bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -...经典的应用场景包括合并不同染色体上的VCF文件，合并SNP和INDEL 两种类型的VCF文件，用法如下 bcftools concat merge.2.a.vcf.gz merge.3.a.vcf.gz...用法如下 bcftools merge merge.a.vcf.gz merge.b.vcf.gz -o merge.vcf 该命令要求输入文件必须是经过bgzip压缩的文件， 而且还需要有.tbi的索引...用法如下 bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集，更多高级用法请参考帮助文档。...用法如下 bcftools stats view.vcf > view.stats 输出文件中记录了很多类型的统计数据，重点介绍以下几种 基本信息： SN 0 number of samples: 3
众所周知，samtools加bcftools的找变异流程的运行速度是非常慢的，如果是全基因组，可能得耗费三五天。可以说是 比已经慢的发指的gatk流程还磨人！...samtools加bcftools流程 代码如下： grep H3F3A ~/reference/gtf/gencode/protein_coding.hg19.position # samtools..., bcftools的参数需要自己看帮助文档哦。...samtools mpileup -r chr1:226249552-226259702 -ugf ~/reference/genome/hg19/hg19.fa *sorted.bam | bcftools
和其他预测基因突变对蛋白质影响的软件不同，bcftools 将基因组划分为不同的独立区域（和单倍型区域概念类似)，在分析蛋白质变化时，会综合考虑该区域内的所有突变位点，示意图如下 ?...csq 运行命令如下 bcftools csq -f csq.fa -g csq.gff3 csq.vcf > csq.out -f参数指定参考基因组的fasta文件，-g参数指定参考基因组的gff3文件...transcript 转录本名称 biotype 基因类型 strand 正负链信息 amino acid positon 氨基酸的位置 variants list 预测氨基酸变化时，考虑的突变位点的集合 由于bcftools
三、利用 bcftools 处理 vcf 文件 处理 VCF 格式软件：bcftools，vcftools，gatk，python pyvcf，plink 等。...最常用的为 bcftools。这里我们分别介绍 bcftools 与 vcftools。bcfools 可以直接处理 vcf 文件，也可以处理二进制bcf 文件。...bcftools 文件处理 3.1 软件安装 软件说明文档： http://www.htslib.org/doc/bcftools.html bcftools 是专门用来处理...#查看固定区域 bcftools view file.bcf.gz bcftools view all.bcf.gz 12:200000-300000 #选出位于 bed 文件中的所有区域的突变位点 bcftools...可以使用 bcftools 进行过滤。bcftools 的 filter功能其实与 query，view 都类似，可以进行多种模式的过滤，关键是要掌握其表达式EXPRESSIONS 的写法。
filter -m + -s "insignificant" -e "(PV>0.25 && PV2>0.25)" | \ bcftools filter -m + -s "insignificant..." -e "(INFO/STR == 1 && PV>0.05)" | \ bcftools filter -m + -s "orientation_bias" -e "FMT/FOXOG[0]...== 1" | \ bcftools filter -m + -s "strand_bias" -e "SOR > 3" | \ bcftools filter -m + -s "low_qual..." -e "QUAL =10" | \ bcftools...[0] < -8" | \ bcftools norm -f $fasta -m +any | \ sentieon util vcfconvert - output_tnscope.filtered.vcf.gz
我比较了gatk,freebayes,bcftools,varscan，都是引用率比较高的而且经受了时间的考验的好软件。...【直播】我的基因组（四）：计算资源的准备 它们的下载安装方法是： ## Download and install bcftools ## http://www.htslib.org/download/...## http://www.htslib.org/doc/bcftools-1.0.html cd ~/biosoft mkdir bcftools && cd bcftools wget https:...//github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.3.1/bcftools-1.3.1.tar.bz2 tar xvfj bcftools-1.3.1....tar.bz2 cd bcftools-1.3.1 make cp bcftools /home/jianmingzeng/biosoft/myBin ~/biosoft/myBin/bin/bcftools
$ bcftools view -r 22:16052126 -H -s SAMPLE1 temp.vcf.gz 22 16052126 ....使用bcftools获取AD之和不等于FORMAT/DP的突变，提取对应信息。...$ bcftools view -i 'GT="alt" & FORMAT/AD[:1]/FORMAT/DP>0.2' -H one_sample.vcf.gz | wc -l 61825 $ bcftools...在计算方面，bcftools通过plugin对此提供了支持，fill-tags for DP[3]。...' # bcftools=1.15测试 $ bcftools query -f '[%CHROM\_%POS\_%REF\_%ALT %SAMPLE %GT %DP %AD{0} %AD{1}\n]'
本文介绍的进行变异检测的工具为BCFTOOLS， http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html。...一 mpileup 函数 使用方法：bcftools mpileup [OPTIONS] -f ref.fa in.bam [in2.bam […]] 示例： bcftools mpileup -C 50...mpileup -r chr1 -f hg19.fa A.bam | bcftools call -c -v > A.chr1.vcf bcftools mpileup -r chr1:111111...二 bcftools call函数 使用方法：bcftools call [OPTIONS] FILE 示例：bcftools mpileup -f hg19.fa A.bam B.bam | bcftools...为 gz 文件建索引 bcftools index -t A.vcf.gz ； bcftools index -t B.vcf.gz 五 bcftools merge 函数 使用说明：将多个VCF
变异检测 这里是分染色体的，我就只尝试一号染色体了 ~/biotools/software.package/bcftools-1.17/bcftools mpileup -f C24.fa --threads...16 -r chr1 -o Cvi.chr1.vcf -A -O v Cvi_C24.bam ~/biotools/software.package/bcftools-1.17/bcftools mpileup...-1.17/bcftools call -c Kyo.chr1.vcf -o Kyo.chr1.called.vcf ~/biotools/software.package/bcftools-1.17...chr1.vcf.gz 对数据进行过滤 ~/biotools/software.package/bcftools-1.17/bcftools view -e 'GT[*]="mis"' chr1....vcf.gz > chr1.nomissing.vcf ~/biotools/software.package/bcftools-1.17/bcftools view -e 'GT[*]="het"'
使用 samtools and bcftools 如果使用samtools 和 bcftools 找snp，官方网站给了一些建议的步骤，大致如下： bwa index bwa...http://www.htslib.org/doc/bcftools.html samtools and bcftools samtools mpileup -d 1000 -Bugf reference.fa...如果是做非人物种的研究，VQSR这步基本可以放弃，无论是bcftools 出来的结果还是 GATK 出来的结果，我们都可以使用hard-filtering。...filter bcftools filter的方式有两种，一种是使用 bcftools filter，另一种是直接使用 bcftools view # 首先对结果进行index tabix -p vcf...bcftools 处理vcf文件方便耗时少。顺手也可以把freebayes 做一下。
为了节省时间，我就用了bcftools来做SNP-calling，批量统计的代码如下： ls /media/cancer_path/*bam |while read id do file=$(basename...对了，有朋友反映用我的samtools和bcftools代码报错，我看了一下，只是因为他们的samtools和bcftools没有升级到最新版，所以给大家提醒一下： ## Download and install...bcftools && cd bcftools wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.3.1/bcftools-1.3.1....tar.bz2 tar xvfj bcftools-1.3.1.tar.bz2 cd bcftools-1.3.1 make cp bcftools /home/jianmingzeng/biosoft.../myBin ~/biosoft/myBin/bin/bcftools --helpniq -c done ?
output: "sorted_reads/{sample}.bam.bai" shell: "samtools index {input}" 最后使用bcftools...mpileup -f {input.fa} {input.bam} | " "bcftools call -mv - > {output}" 尝试运行命令： snakemake -np...calls/all.vcf 可以看到，bcftools 字段是将几个bam 命令整合到了一起： bcftools mpileup -f data/genome.fa sorted_reads/A.bam...sorted_reads/B.bam | bcftools call -mv - > calls/all.vcf 使用[[02-可视化展示流程]] 的方法，我们可以将最终的流程可视化出来： snakemake...mpileup -f {input.fa} {input.bam} | " "bcftools call -mv - > {output}" rule plot_quals:
$ bcftools view -H test.vcf.gz 14 23240713 ....$ bcftools view -H test.hg19_multianno.vcf 14 23240713 ....$ bcftools view -h WBBC.GRCh37.vcf.gz > header 在header里照葫芦画瓢添加一下。...$ bcftools reheader -h header WBBC.GRCh37.vcf.gz -o WBBC.GRCh37.reheader.vcf.gz $ bcftools norm -m-both...$ bcftools view -H WBBC.GRCh37.processed.vcf.gz | head -2 1 12772 .
安装bcftools git clone https://github.com/samtools/bcftools cd bcftools autoheader autoconf ....安装augustus 首先设置htslib, samtools, bcftools, tabix 的安装目录，要求这些软件安装在同一个目录下，结构如下 tools/ ├── bcftools ├── htslib
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