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J. Chem. Inf. Model. | 用于查找和注释蛋白质结构以进行计算分析

这些结构信息在3D-Beacons上方便地提供,后者是一个提供结构模型程序化访问的PDBe知识库网络服务器。然而,选择用于后续分析的蛋白质结构并非易事。...它利用3D-Beacons、UniProt、PDBe和AlphafoldDB的APIs来识别合适的PDB结构及相关的元数据,如存放日期、实验方法和分辨率。找到的实验结构基于其元数据进行排名。...对于配置文件或命令行中的每个UniProt访问号,PDBminer使用3D-Beacons数据库或PDBe来识别与特定蛋白质相关的所有PDB结构,并访问其元数据。...如果3D-Beacons数据库中没有该蛋白质的可用条目,PDBminer将查询UniProt知识库和PDBe以获取可用结构列表和元数据。

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