beagle是linux的desktop search软件，跟winows下的google desktop search类似的东西，它可以搜索各种各样格式的文件，但是目前只是测试版，很多功能还不完善...做了索引入了库，搜索什么东东就能会快的找出来，有个best的东东专门跟用户打交道，他接受用户的query，然后丢给后台的beagle，beagle再从索引库中调出结果，返回给best。...beagle用的是apache项目下的dotLucence，世界上最优秀的开源数据检索引擎lucence的同胞兄弟，是用c#编写的，所以整个 beagle也是拿c#编写的，跑的时候需要mono环境。...因此beagle安装起来是挺烦人，需要安装各种各样的sharp兼容库。一个不全， beagle就发起脾气。...喜欢google desktop search的同志们，如果你用linux，可以试试beagle了。
Beagle是基因型填充常用的软件之一，最新版本为V5.1, 在准确率和运行速度上都有了很大提升，对应的文章链接如下 https://www.cell.com/ajhg/pdfExtended/S0002...-9297(18)30242-8 软件的官网如下 https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html 相比同类软件，该软件有两个显著的优势...可以看到Beagle 5.0版本的运行时间最短。该软件采用java语言进行开发，安装简单，直接下载jar文件即可。...基本用法如下 java \ -jar beagle.24Aug19.3e8.jar \ ref=chr1.1kg.phase3.v5a.b37.bref3 \ map=plink.GRCh38.map.../beagle_5.1_12Aug19.pdf Beagle拥有最快的运行速度和最小的硬件资源消耗，当需要快速进行基因型填充时，该软件是最佳选择。
然后随机把某些样本的部分位点替换成缺失，用beagle做基因型填充，比较填充后和填充前的一致性。...truth.sites文件的内容 image.png 每列的内容 位点行 样本列 基因型 基因型填充 time java -Xmx96g -jar \ ~/anaconda3/envs/syri/share/beagle...-5.2_21Apr21.304-0/beagle.jar \ gt=output.snp.vcf \ out=output.snp.impute \ nthreads=48 这个填充我之前印象里运行是非常慢的
定相和填充一体：Beagle 「软件地址：」https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html 它是一个java程序，所以在windows...，Linux，Mac都可以执行，需要提前配置好java环境。...「下载：」 https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.22Jul22.46e.jar mv beagle.22Jul22.46e.jar...beagle.jar 3....Beagle5.4常用参数 说明文档：https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle_5.4_18Mar22.pdf 「查看帮助文档：」 $
pwd=rqm4 文件比较大，文件名称为 yocto-downloads_light-beagle_thead-image-linux.tar.gz 拷贝到虚拟机 ~ 家目录后，使用如下命令进行解压缩...cd ~ tar -xvf yocto-downloads_light-beagle_thead-image-linux.tar.gz 下载 BeagleV-Ahead Thead-Yocto meta...执行 MACHINE=light-beagle bitbake thead-image-linux 即可开始编译。 ...flash root thead-image-linux-light-beagle-最新日期.rootfs.ext4 如下图所示，详细描述了整个编译步骤，需要留意 最后烧写的 rootfs.ext4...如下图所示，编辑完成后，继续执行 MACHINE=light-beagle bitbake thead-image-linux -c populate_sdk 编译生成SDK，等待编译完成。
2.基因型填充 使用beagle软件进行，输入输出也都是vcf文件。java软件包，先要有java环境。...软件主页：http://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html wget http://faculty.washington.edu/browning.../beagle/beagle.18May20.d20.jar mv beagle.18May20.d20.jar beagle.jar ?...linux估计也是如此。ppt上的步骤已经很详细了，直接截个图了。 ? 4. PCA ? 使用GCTA软件进行的，bioconda直接安装就行了。
Figure 2-1 Beagle USB 12 Analyzer 2.2 Beagle USB 480 Analyzer USB 2.0的协议分析仪有2个PHY，支持LS/FS的Fairchild...Figure 2-2 Beagle USB 480 Analyzer 2.3 Beagle USB 5000 v2 analyzer 有2块PCB，下层是模拟PCB，上层是数字PCB，数字PCB上包括...2.4 URLs Review: Total Phase Beagle USB 12 Analyzer https://eleccelerator.com/review-total-phase-beagle-usb...-12-analyzer/ Beagle USB 480 https://www.bunniestudios.com/blog/?...4.1 Bus Hound 4.2 USBPcap USBPcap – USB Packet capture for Windows https://desowin.org/usbpcap/ 5 Linux
measurement） 种子平铺白纸，扫描，使用imageJ软件进行分析 全基因组关联分析 表型数据（种子面积）用平均值 SNP数据下载自1001 Genomes Project website BeAGLE...InDel 只保留二等位位点 挑选指定的样本 基因型填充 java -Xss5m -Xmn25G -Xms50G -Xmx50G -jar ~/mingyan/Bioinformatics_tool/Beagle.../beagle.25Nov19.28d.jar nthreads=4 gt=172sample.recode.vcf out=172sample_out ne=172 遇到了报错 Caused by:...) tableC.to_excel("C.xlsx",index=False) gemma软件下载 参考文章 使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS) 代码 gemma-0.98.1-linux-static...-bfile clean_snp -gk -o kinship gemma-0.98.1-linux-static -bfile clean_snp -lmm -k .
在这篇文章的指导下解决了，Opkg update失败的问题，问题出在开发板的网络DNS配置，开发板可以访问局域网的，但是不能访问互联网，另外angstrom linux 软件源 feeds 地址改变了...historylast edited by Chris 2 years ago opkg is the default software package manager for Angstrom linux...running on the Beagle Embedded starter kit hardware....root@beagleboard:~# ping www.liquidware.com If no internet is live, attach the ethernet cable (Beagle...xM), or connect your ethernet adapter (Beagle C5), and execute the following commands: root@beagleboard
SNP2HLA_package_v1.0.3.tar.gz plink v1.07 http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dist/plink-1.07-x86_64.zip BEAGlE...v3.04 http://faculty.washington.edu/browning/beagle/recent.versions/beagle_3.0.4_05May09.zip beagle2linkage.jar...http://faculty.washington.edu/browning/beagle_utilities/beagle2linkage.jar 第二个以后的软件放在SNP2HLA_package_v1.0.3.../SNP2HLA这个文件夹里，而且是运行的文件（plink、beagle.jar、linkage2beagle.jar和beagle2linkage.jar）。...当然，beagle依赖java运行环境，也是必须安装的。 2.软件使用 我是使用的一个txt格式的数据，首先转换成vcf格式，然后转换成plink兼容格式，有点绕，但是是我找到的两个解决方案之一。
其次可以发现，impute2的填充准确率最高，而shapeit2+impute2和beagle4.1的准确率接近，mach+minimac3的准确率最低。...对于Beagle4.1而言，reference panel的人群和测试人群更接近了，填充准确率反而降低， 可能是由于参照单倍型变少的原因。...其中impute2的运行时间最久，beagle4.1的运行时间最短，其次是shapeit2+impute2的组合。...对于不同软件而言，impute2的内存消耗最大，其次是shapeit2+impute2， 内存消耗最小的是beagle4.1。 study样本大小对填充准确率和运行时间的影响如下 ?...可以看到，样本多少对于beagle4.1和impute2的准确率几乎没有影响，对shapiet2+impute2则存在显著影响，样本越多，准确率越高。
dog_breeds.txt', 'a') as a_writer: a_writer.write('\nBeagle') 2、再次检查dog_breeds.txt时，将看到文件的开头没有改变，Beagle...Terrier Cavalier King Charles Spaniel Golden Retriever West Highland White Terrier Boxer Border Terrier Beagle
全新 GNOME 菜单 "SLAB"GNOME 桌面也包含了来自 SUSE Linux Enterprise Desktop 的最新创意：一个全新的重构菜单。...Kickoff 内置了 Kerry Beagle，一个Beagle搜索工具的 KDE 前端，使得对程序、文档、图标、聊天记录等内容的访问更加快捷。...全新软件管理 YaST 模式选取SUSE Linux 10.1 在软件包管理方面有些问题，主要是整合 ZMD 引起的，10.2 版本中引进了新的软件包管理系统。
PM 01/03/2019 04:19:00 PM 2501 Magin Meadow Dr in Austin (TX) Stray Normal Dog Neutered Male 2 years Beagle...PM 01/03/2019 04:19:00 PM 2501 Magin Meadow Dr in Austin (TX) Stray Normal Dog Neutered Male 2 years Beagle...PM 01/03/2019 04:19:00 PM 2501 Magin Meadow Dr in Austin (TX) Stray Normal Dog Neutered Male 2 years Beagle...PM 01/03/2019 04:19:00 PM 2501 Magin Meadow Dr in Austin (TX) Stray Normal Dog Neutered Male 2 years Beagle...PM 01/03/2019 04:19:00 PM 2501 Magin Meadow Dr in Austin (TX) Stray Normal Dog Neutered Male 2 years Beagle
以前以为自己把自己的BeagleBone Black（简称 BBB）板子玩坏了，然后项目上又给了一个 BBB 板子，后来发现上面的 Linux 系统是不全的，连 sudo, apt-get 指令都识别不出来...192.168.7.2/bone101/Support/BoneScript/updates/ 上述界面中有如下说明： While there are many possible ways to boot your Beagle...虽然有多种方式可以引导启动你的 Beagle 电路板，但每个 BeagleBoard 和 BeagleBone 都可以使用 SD（或 microSD 卡）进行启动。...To turn these images into eMMC flasher images, edit the /boot/uEnv.txt file on the Linux partition on...如果要将这些镜像转换为 eMMC 闪存镜像，请编辑 microSD 卡上 Linux 分区上的 /boot/uEnv.txt 文件，并将 ‘cmdline=init=/opt/scripts/tools
build文件夹A make clobber 选择编译目标 lunch arvin@arvin-System-Product-Name:~/aosp$ lunch You're building on Linux...32. arm_krait-eng 33. arm_v7_v8-eng 34. armv8-eng 35. armv8_kryo385-eng 36. beagle_x15...-userdebug 37. beagle_x15_auto-userdebug 38. car_x86_64-userdebug 39. db845c-userdebug
这里有两个为运行于Linux的Mono系统的Live CD。. Monoppix Mono Live 这两个都包含mono 运行环境和工具....Mono Live 分发包中包含一些运行在Mono的程序 例如beagle、tomboy. 也包含一些asp.net 程序。所以他们都很大，像Monoppix有200多兆....QEMU适用于Linux ,Windows, FreeBSD and MaxOS X这几个平台，由于QEMU是一套可以在Windows操作系统中仿真出另一套操作系统的仿真软件。...而它可以仿真的操作系统类型也非常多元，包括Linux系列、Mac OS系列、FreeBSD系列、Windows系列等等操作系统通通都没问题。
来自维基百科： Inotify（inode notify）是一个Linux内核子系统，用于扩展文件系统以注意对文件系统的更改，并将这些更改报告给应用程序。...一个主要用途是在Beagle这样的桌面搜索实用程序中，其功能允许重新编制已更改文件的索引，而无需每隔几分钟扫描文件系统进行更改，这将是非常低效的。...由于GitKraken自动注意到工作区中文件的变化，显然它必须在Linux上使用这个子系统。由于我使用的是Deebin，这适用于我。
该项目由Novell支持，允许为Windows框架编写的应用程序在Linux和其它非微软平台上运行。...Mono可在Linux、Mac OS X、Solaris和Windows上运行，并被第三方应用到其它平台上，包括Symbian OS。...Mono项目由Miguel de Icaza在Ximian工作时开发，以其作为快速建立Linux应用程序的一种方法，Ximian于2003年被Novell收购。...另外，由于 .NET 的效率非常高，因此很多新应用程序都采用 C# 和 GTK+ 进行编写，包括一些影响很大的应用程序，如 Beagle 项目（该项目允许快速有效地对计算机上存储的所有信息进行搜索）。...Novell Releases Mono 1.2 With Enhanced Support for .NET on Linux
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