然后是bwa比对,先是 bwa index /home/biolinux/reference/hg38.fa #建立索引 bwa mem /home/biolinux/reference/hg38.fa /home/biolinux/Downloads/HLA.fastq > hla.sam #然后比对 samtools view -S hla.sam -b > hla.bam #格式转换 samtools
一.安装清华大学开源软件镜像站的epel镜像,即yum源 yum install epel-release 二.安装阿里的epel镜像,即yum源 1. wget -O /etc/yum.repos.d/epel.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/epel-5.repo 2)将 repo 配置中的地址替换为阿里云镜像站地址
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01 镜像概念 1.1 定义 镜像是指将指定源的报文复制一份到目的端口。指定源被称为镜像源,目的端口被称为观察端口,复制的报文被称为镜像报文。 1.3 镜像源 镜像源可以是: 端口:将指定端口接收或发送的报文复制到观察端口,此时的镜像被称为端口镜像。 1.4 镜像方向 镜像方向是指将镜像端口指定方向的报文复制到观察端口,包括: 入方向:将镜像端口接收的报文复制到观察端口上。此时的镜像被称为入方向镜像。 02 镜像原理描述 2.1 端口镜像 端口镜像是指将指定端口接收或发送的报文复制到观察端口。根据观察端口的不同,端口镜像分为本地端口镜像和二层远程端口镜像。 图1-2 本地端口镜像示意图 【2】二层远程端口镜像 观察端口为二层远程观察端口的端口镜像,被称为二层远程端口镜像。如图1-3所示,二层远程端口镜像中镜像报文的具体转发过程如下。
大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君 Docker 创建镜像、修改、上传镜像 –创建镜像有很多方法,用户可以从 Docker Hub 获取已有镜像并更新,也可以利用本地文件系统创建一个。 一、创建镜像 创建镜像有很多方法,用户可以从 Docker Hub 获取已有镜像并更新,也可以利用本地文件系统创建一个。 二、修改已有镜像 1、先使用下载的镜像启动容器。 本文以Ubuntu为基础镜像,预启动一个django项目和ssh服务,制作一个新的镜像。 1、基础镜像 我选用的是从Docker官网下载的ubuntu镜像。 PS:利用此容器创建的镜像Id与此容器的镜像id不同,可知它们不是同一镜像。 Docker镜像保存为文件及从文件导入镜像的方法 1、概述 我们制作好镜像后,有时需要将镜像复制到另一台服务器使用。
容器镜像的删除 在使用容器的时候,我们都是自己搭建一个私有的容器镜像环境,一般使用的镜像也就是registry了,用来保存相关的镜像,搭建了镜像,上传了镜像,使用了镜像,那么。。。 一直没有尝试过删除镜像。 当环境不停的升级的时候,镜像的数量会不停的增长,磁盘空间总归是有限的,so。。。需要将老版本的镜像文件删除。 有的时候,当听到没有想过的想法的时候。。。 1、 运行一个registry镜像 ? 2、注册镜像中心 ? 3、 上传镜像到镜像中心 ? 4、 删除镜像 先获取到tag信息,然后获取到摘要信息,然后删除(默认未开启删除功能) ? 5、 修改配置文件 ?
Dockerfile大致结构:基础镜像信息、维护者信息、镜像操作指令、容器启动时执行指令。每行支持一条指令,每条指令可以携带多个参数,支持以 # 开头的注释。 Dockerfile操作指令: FROM 镜像 : 指定新的镜像所基于的镜像 MAINTAINER 名字 :说明新镜像的维护人 RUN 命令 : 在所基于的镜像上执行命令,并提交到新的镜像中 CMD 构建Tomcat镜像 创建工作目录以及下载解压安装包 [root@test3 ~]# docker pull CentOS 基础镜像 [root@test3 ~]# mkdir tomcat [root 为保存到本地后的包名 tomcat:centos 为被打包的对象镜像 如果在一台新机器还原docker镜像 [root@test2 ~]# docker load --input centos_tomcat.tar ······ Loaded image: tomcat:centos 构建Nginx镜像 1.创建工作目录 [root@test3 ~]# docker pull centos //下载基础镜像
可以选择镜像站下载: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ 清华 https://mirrors.ustc.edu.cn/ 中科大 还有阿里云镜像站 例如: 需要下载centos6.1 首先访问清华镜像,找到centos 找到6.10后,发现只有一个readme文件,下载打开查看,是说已启用该目录,应该在6/目录下,打开6/,进入iOS目录
但是国内使用的话 或多或少有些问题,所以涌现出很多国内镜像。这里列出几个常用的镜像。当然不是全部,还有可能有其他的...... 阿里云 Composer 全量镜像 镜像地址:https://developer.aliyun.com/composer 官方地址:https://developer.aliyun.com/composer 腾讯云 Composer 全量镜像 镜像地址:https://mirrors.cloud.tencent.com/composer/ 官方地址:https://mirrors.cloud.tencent.com /help/composer.html 华为 Composer 全量镜像 镜像地址:https://mirrors.huaweicloud.com/repository/php/ 官方地址:https: //mirrors.huaweicloud.com/ 安畅网络镜像 镜像地址:https://php.cnpkg.org 官方地址:https://php.cnpkg.org/ 交通大学镜像 镜像地址:
docker使用国内镜像(阿里镜像加速) 获取镜像加速地址 docker的官方镜像站被大天朝强了,今天发现阿里有镜像加速这个功能,目前好像是在公测中,废话不多说,接下来告诉你怎么操作。 点击进入阿里镜像库 点击连接进入到阿里镜像库控制台,按照图片标记的操作,右边会有你的专属加速地址。下边有不同操作系统,不同docker版本的使用说明。 ?
简介 当服务器无法访问公网的时候,又要pull镜像,这个时候可以将其他服务上的镜像导出,然后再导入到要用的服务器。 方法一: 1.保存save - 加载 load 格式:docker save IMAGE(镜像) 使用 docker images 查看本机已有的镜像(也可以使用 docker commit 命令把一个正在运行的容器保存为镜像 如上,我的镜像是有名称和tag的 解释: 这是因为导出镜像save的时候用的是 IMAGE ID ,没有使用镜像名称,所以不会显示出来 使用如下方式: 1.导出的时候填写镜像的名字 docker save 小于 save保存的镜像 (2).export 导出(import导入)是根据容器拿到的镜像,再导入时会丢失镜像所有的历史,所以无法进行回滚操作(docker tag );而save保存(load加载 )的镜像,没有丢失镜像的历史,可以回滚到之前的层(layer)。
登录远程镜像仓库,为镜像打tag 1、输入密码登录 【登录远程仓库】 docker login --username=【账号】 registry.cn-shenzhen.aliyuncs.com 2、打 docker tag [ImageId] username/库名:标签 示例 # 我们可以这样敲 docker tag fab5182e4cc3 monk/demo:v1.0 3、推送打好tag的镜像至远程仓库 docker push monk/demo:v1.0 4、使用镜像 需要使用上传的镜像时,只需要docker pull下来即可 docker pull monk/demo:v1.0
一、查看当前docker中下载的镜像,如下图,当前我的Docker容器中存在两个镜像 ,tomcat、mysql 二、启动镜像 (因启动命令参数过多,同时各种镜像启动时可以增加额外的参数,本次以启动 mysql5.6为例) docker run -p 本机映射端口:镜像映射端口 -d --name 启动镜像名称 -e 镜像启动参数 镜像名称:镜像版本号 参数释义: -p 本机端口和容器启动端口映射 =admin mysql:5.6 参考官方文档: https://hub.docker.com/_/mysql 三、查看当前启动的镜像 docker ps 四、访问示例中的mysql数据库 五、停止镜像 docker stop 镜像实例ID 例:docker stop fe754db626db 六、查看所有镜像(包括未启动的) docker ps -a 七 、当镜像实例已经存在时,重新启动镜像 docker start 镜像实例ID 例:docker start fe754db626db 八、删除镜像实例 docker rm 镜像实例
配置读写分离 Elasticsearch logstash rocketmq 准备 安装docker镜像时,先去docker hub上查找对应的官方镜像,然后选择版本,然后根据描述汇中的命令来启动镜像 docker官网地址:https://hub.docker.com/ 常用命令 拉取镜像 docker pull 镜像名称:镜像版本(不写默认latest) 查看镜像列表 docker images 查看正在运行的容器 docker rmi 镜像id(或镜像名称:标签) 强制删除镜像 docker rmi -f 镜像id(或镜像名称:标签) 删除容器 docker rm 容器id或容器名称 强制删除容器 docker rm -f 容器id或容器名称 镜像导出 docker save -o 导出后的名称.tar 镜像标识 镜像导入 docker load < 导入的文件 修改容器为开机启动 docker update 提交容器为新的镜像:docker commit {containerId} {image:tag} mysql mysql5.7 单机版安装 下载:docker pull mysql:5.7 镜像启动
网上搜到的pip国内镜像大部分是豆瓣的 http://pypi.douban.com/simple/ 但是根本不全,很多包没有 所以推荐清华大学的 https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 例如:pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple gevent,这样就会从清华这边的镜像去安装
将本机的镜像导出到压缩包,使用save和load进行导入和导出 查看镜像列表 docker images 导出镜像 docker save 0fdf2b4c26d3 > images.tar 同时导出多个 docker save -o images.tar elastest/etm:2.4.0 elastest/etm-jenkins:1.2.0 导入镜像 docker load
docker镜像123? 额,由于没有实验环境,没有亲手实践,因此理解可能有不对的地方。 反正也是学习笔记,以后再修改吧... docker的镜像跟virtualbox的镜像不一样。 在虚拟机中,镜像是一个系统的完整体,包括了系统、用户在上面做的操作等等。而在docker中,镜像是一组文件的叠加。 解释下,玩过PS的应该都知道图层的概念。 加载完这些镜像后,会创建一个读写层。之前加载的镜像都是只读的,所有的修改操作都会放在这个读写层中。如果修改的是下面只读层的内容,则会拷贝到读写层再修改,这样就保证了层的读写分离。 docker镜像相关的命令 查看docker镜像 sudo docker images 从镜像网站上拉取镜像: sudo docker pull fedora:20 查找镜像: sudo docker 3 WORKERID:创建新的镜像,设置工作目录 4 ENV:设置环境变量 5 USER:指定运行的用户 6 VOLUME:向镜像添加卷 7 ADD:把文件夹中的内容复制到镜像中 8 COPY:与ADD
Docker 三个基本概念 镜像(Image) : 一个特殊的文件系统 众所周知,操作系统分为内核和用户空间。 镜像本身是不包含任何动态数据的,其内容在构建之后也不会被改变。 Docker 设计时,就充分利用 Union FS 的技术,将其设计为 分层存储的架构 ,镜像实际是由多层文件系统联合组成。 镜像构建时,会一层层的构建,前一层是后一层的基础,每一层构建完就不会再发生改变,后一层上的任何改变只发生在自己这一层。 在最终容器运行的时候,虽然不会看到这个文件,但是实际上该文件会一直跟随镜像。因此,在构建镜像的时候,需要额外小心,每一层尽量只包含该层需要添加的东西,任何额外的东西应该在该层构建结束前清理掉。 分层存储的特征还使得镜像的复用、定制变的更为容易,甚至可以用之前构建好的镜像作为基础层,然后进一步添加新的层,以定制自己所需的内容,构建新的镜像。
镜像不包含任何动态数据,其内容在构建之后也不会被改变。 Docker运行容器前需要本地存在对应的镜像。镜像可以用来创建Docker容器的。 一个镜像可以包含一个完整的操作系统环境和用户需要的其它应用程序。在docker hub 里面有大量现成的镜像提供下载。docker的镜像是只可读的,一个镜像可以创建多个容器。 而镜像名称是ubuntu,因此将会获取官方镜像 library/ubuntu 仓库中标签为 latest 的镜像。 镜像命令 运行镜像 使用命令 docker run xxx 可以运行dokcer镜像,我们运行前面我们拉取的ubuntu镜像。 docker rmi <image id> 1.删除失败—关联多个仓库 有时一个镜像被关联到多个仓库,如下面的镜像id为a1d41110df22的镜像被2个仓库关联 mgtv@ubuntu:/$ sudo
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