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  • biopython简介

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  • BioPython-PDB-1

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  • BioPython安装与入门

    biopython简介biopython工程是一个使用python来开发计算分子生物学工具的国际团体。 (http:www.python.org) python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言,在计算机科学中日益流行。 python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以c,c++或 者fortran编写的模块实现扩展。 biopython官网(http:www.biopython.org)为...
  • 生物信息中的Python 02 | 用biopython解析序列

    3、安装biopython,这里有两种方案:3.1 用pip安装biopython,在cmd命令窗口输入下载python的包管理工具:pip https:pypi.orgprojectpip#files ? pip install biopython? 3.2 直接用安装包安装二、biopython 基础用法1读取常见的序列文件格式(fasta,gb)from bio import seqio # 读取包含单个序列fasta 格式文件fa...
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  • 使用biopython解析kegg数据库

    在biopython中,通过bio.kegg模块,对kegg官方的api进行了封装,允许在python环境中使用kegg api。 kegg api与python代码的对应关系如下listhsa:10458+ece:z5100 -> rest.kegg_list()findcompound300-310mol_weight ->rest.kegg_find(compound, 300-310, mol_weight)gethsa:10458+ece:z5100aaseq -> rest.kegg_get(, ...
  • 使用biopython查询NCBI数据库

    biopython将eutils工具进行了封装,通过bio.entrez子模块,可以在python环境中与ncbi进行交互。 e-utilities是由8个小程序组成的工具集,能够将符合语法规则的url转换为对应数据库的检索条件,并返回检索结果,是entrez检索系统和ncbi数据库的接口,biopython也提供了对应的功能1. einfo该方法用于查看数据库的基本...
  • 进化树在biopython中的可视化

    在biopython中,通过bio.phylo子模块,可以方便的访问和展示树状结构中的信息1. 读取文件树状结构最常见的文件格式是newick,读取方法如下>>> from bio import phylo>>> tree =phylo.read(tree.newick, newick)>>> treetree(rooted=false, weight=1.0)2. 查看树状结构print方法是最简单的查看树状结构的方法...
  • 序列比对在biopython中的处理

    在biopython中,支持对序列比对的结果进行读写,解析,以及运行序列比对的程序。 首先来看下多序列比对,多序列比对的软件较多,比如clustalw, muscle, mafft等,输出结果的格式也很多,比如clustal, fasta, phylip等。 在biopython中,为不同格式,不同软件提供了统一的接口,方便我们的使用1. 读取多序列比对结果...
  • 使用biopython可视化染色体和基因元件

    基因组结构元件的可视化有多种方式,比如igv等基因组浏览器中以track为单位的展示形式,亦或以circos为代表的圈图形式,比如在细胞器基因组组装中,基因元件常用圈图形式展示,示例如下? 在biopython中,通过biolgraphics子模块可以对基因组结构进行可视化,支持线性和圈图两种可视化方式。 其中,基因组结构信息存储...
  • biopython - 比较两个序列的相似性

    比较序列相似性(sequence similarity)可以考虑用biopython或者emboss的几种比对方法。 1. bio.pairwise2主要用到seqio.parse读取, 然后用bio.pairwise2.align.globalxx比对并输出两个序列一样的比例。 如果用局部比对,可以用bio.pairwise2.align.localxx.from __future__ import divisionfrom bioimport pairwise...
  • BioPython分割大fastq为小fastq

    目的:自己手头的测序数据文件有点大,电脑运行不起来,想将其分开成几份单独运行原文地址 https:biopython.orgwikisplitlargefile it useful to be able to split a sequence fileinto a set of smaller files,each containing a subset of original files sequences.第一步:模拟生成双端fastq文件wgsim -n 4000 -1...
  • Entrez(biopython):如何将术语搜索限制为特定期刊?(搜索PubMed)(1 个回答)

    我试图通过pubmed使用biopython中包含的entrez包来实现。 相应的高级pubmed搜索是:( 主题术语)和“期刊名称” 到目前为止我尝试的是基于marcobonzanini编写的代码(github页面包含原始代码https:gist.github.combonzanini5a4c39e4c02502a8451d)。 from bio import entrezdef search(query):entrez.email = example@...
  • Biopython中是否存在将氨基酸序列反转为RNA不可能序列的功能(1 个回答)

    有没有办法使用biopython函数解决这个问题,如果不是,将aa序列反转为rna序列的最佳方法是什么。 e.g. protein = hhvlffl...
  • 如何计算biopython中的密码子使用偏差(RSCU)(2 个回答)

    我正在寻找使用模块codonusage计算给定序列的rscu值。 在codonusage的源代码中(这里),rscu值在函数generate_index内计算,该函数位于类codonadaptionindex(在第101行计算的rscu)内。 如何访问generate_index? 另外,我如何让我的脚本访问我的序列(到目前为止,他们在.txt上采用fasta格式)。 谢谢阅读...
  • 用 Python 玩转常用生物序列

    我们可以从上述的代码中看到,字符串内容一样,唯一不同的就是第二个参数iupac值不一样。 iupac (international union of pure and applied chemistry )是一个制定化学相关标准的组织,biopython 所使用的编码表就是由它制定的,想了解详细细节可以参考http:www.bioinformatics.orgsms2iupac.html ,详细定义如下...
  • 详解 Python 批量下载文献情报

    作为一名生信人,我们可以通过编程来自动化实现以上流程,今后只需要一行代码,研究领域情报尽在囊中。 运行环境准备 1. 构建python环境还不熟悉 python 环境搭建的小伙伴,参考之前发的文章2. biopython 安装在终端执行pip install biopython 自动化下载文献资料 1. 基础脚本接下来通过biopython提供的接口来实现...
  • 详解 Python 批量下载基因序列

    我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静,那么,接下来通过biopython提供的接口来实现快速的自动化序列下载。 自动获取基因序列数据 0. 如果没有安装 biopython 的小伙伴,执行以下代码安装。 pip install biopython 如果还不熟悉python环境的小伙伴,参考之前发的文章:搭建 python 高效开发环境:pycharm + ...
  • Python每日一谈|No.15.模块(包)的安装

    上一谈中我们使用了python自带的包进行使用来阐述 这一部分,我们来看看第三方python包,如何安装,如何使用以biopython为例,难度低,用途比较广biopython网站:https:biopython.orgwikidocumentationbiopython简介biopython是python的最大,最受欢迎的生物信息学软件包。 它包含许多用于常规生物信息学任务的不同子...
  • Python每日一谈|No.14.模块(包)的使用

    本来打算写类的,但是想了下,写一个类然后打包发布,对于使用者来说难度有点大所以我们就简单介绍一下包的使用和安装,足够大家使用就好python的一大优势就是有很多的第三方包蛋白设计:pyrosetta等化学信息学:rdkit,pybel,oddt等生物信息学:biopython,dash bio等ai:sklearn,tensorflow,pytorch等当你熟练的...

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