2009年 7 月，NCBI 发布了 BLAST 升级版——BLAST+，BLAST+使用了 BLAST 的核心算法，延续了 BLAST 的优势功能，发展并增强了如 BLAST 的 fastacmd 程序 BLAST+是一个全新设计的程序，在性能以及易用性上均有了很大提高，清晰的模块化将会极大地提高维护者的效率。NCBI 官方也强烈推荐用户放弃 BLAST，使用 BLAST+工具。 数据库 四、blast 数据库 4.1 NCBI blast 数据库 blast 比对需要建立索引，索引 index，是目录的意思。 ftp 地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ 4.2 blast 数据库下载 #下载 blast nt 数据库 for i in {00..50};do echo 网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 计算资源有限。
一、物种鉴定 当拿到一条未知序列时，可以直接与 ncbi nt 库或者 nr 库进行 blast 比对，鉴定未知序列。 #nt库比对 blastn -db nt -query assembly.fasta -out blast.out -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 12 二、基因功能注释 /;done; #与质粒库进行 blast 比对 blastn -query assembly.fasta -db .. 将两个基因集氨基酸序列进行 blast 比对，将比对上的序列 ID 筛选出来。 相比于 blast程序，具有以下特点。
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下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对 BLAST has many subtle functions that most users never need. 一、软件安装 使用conda安装 conda install blast 二、blast类型 ? 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 1. 用makeblastdb为BLAST提供数据库 2. 选择blast工具，blastn,blastp 3. 运行工具，有必要的还可以对输出结果进行修饰 2. 建立检索所需数据库 BLAST数据库分为两类，核酸数据库和氨基酸数据库，可以用makeblastbd创建。可以用help参数简单看下说明。 ?
之前看论文从全基因组重测序数据中提取叶绿体的reads会使用blast，自己一直在想如何具体实施，原来blast有一款工具专门在做这个事情的 —— Magic-Blast Magic-Blast is The reference genome or teanscriptome can be given as a Blast database or a Fasta file. it is preferable to use Blast database for large genomes, such as human, or transcript collections. 论文题目、发表期刊及发表时间 Magic-BLAST, an accurate DNA and RNA-seq aligned for long and short reads 好像还没有发表，自己是在 / 介绍 https://ncbi.github.io/magicblast/ 帮助文档 下载地址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast
我们做本地中运行BLAST后，往往会得到以文字形式的BLAST结果。如果我们需要查看比对的确切结果，这会给我们带来一定的烦恼。 今天给大家介绍一个网页based的可视化BLAST结果的小工具：Kablammo简介Kablammo可以让你您从Web浏览器创建BLAST结果，并进行交互式可视化。并且你不需要安装任何软件。 实例操作 BLAST的一些基本参数 首先，先介绍一下BLAST结果里面一些名称。Query就是一段你所感兴趣的DNA或者RNA序列，用以搜索的目标序列。（例子，某些生物的基因序列）。 该比对，是经过BLAST的算法后得出的，query至少会有部分序列比对到subjects的序列上。如上图，在query和subjects中，就有两段能够比对上的片段。 可视化BLAST的结果接着就是重头戏，如何进行可视化BLAST的结果。首先，你可以移动鼠标，然后点击到其中一段的比对。
双序列比对工具 常用的双序列比对工具有BLAST、FASTA、diamond等。 BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列，能迅速与公开数据库进行相似性序列比较，BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST是免费软件，除了在线比对检索服务，也可以从NCBI文件服务器上下载获得本地版本。 此外，也可以使用任意数据库序列文件通过BLAST提供的格式转换工具由其他格式序列文件转换而得到，如下所示： 软件下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables BLAST XML2, 15 = Single-file BLAST JSON, 16 = Single-file BLAST XML2, 18 = Organism Report
offline use） https://github.com/infspiredBAT/Circoletto 各有优缺点：网页版对上传文件大小有限制，最大文件20M；本地版安装依赖Bioperl，Blast 最简单的用法：直接上传Blast结果，然后点运行就可以（输出结果png或者svg格式可选） 网页版提供一个Blast的输出结果作为例子，下载下来上传运行，结果 ? 自己运行blast，然后上传结果 #构建数据库 makeblastdb -in database.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out database_name
今天有同学问我LULU的第一步blast的问题，我看他用的blast的命令比较奇怪，一问才知他用rBLAST这个包跑的blast。简单看了一下用法mark一下。 mhahsler/rBLAST library(devtools) devtools::install_github("mhahsler/rBLAST") library(rBLAST) ##需要自己下载blast #寻找本地可用的blast Sys.which("blastn") #如果找不到需要自己设置环境变量 Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "path_to_BLAST file.path(dir, "seqs.fasta"), dbtype = "nucl", args="") #dbtype:"nucl" or "prot" #args:其他参数 ## 加载数据库 bl <- blast
Blast(basic local alignment search tool) 局部序列比对基本检索工具，是NCBI开发的一款基于序列相似性的数据库搜索程序。 主要的BLAST程序有以下几种： BLAST的在线版https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi可以方便的进行单一的同源性序列搜索，但是不方便进行大批量的数据操作， 接下来小编就要教大家如何建立本地的BLAST数据库。 基于BLAST优秀的算法，BLAST程序可以轻松的在普通的个人电脑中运行。 BLAST程序的官方下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 在网页中我们可以看到很多文件，其中*.md5是效验文件 小编下载的是windows的一个压缩包版本，解压后得到这样一个文件夹： 进去后可以看到目录结构并不复杂，readme文件对BLAST作了一个简要的介绍: bin文件夹通常是主程序的文件夹，我们进去后看到很多
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对。 ## 下载Blast wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64- linux.tar.gz ## 解压 tar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 在进行序列比对前，我们首先需要构建数据库。
在这里我们来重点看一下 Bio.Blast.NCBIWWW 。 Bio.Blast.NCBIWWW 模块中主要是通过 qblast() 函数来调用 BLAST 的在线版本。 NCBIWWW 实现 在了解 NCBIWWW 的实现前，我们先来看一下 NCBI BLAST 对于 API 使用的一些说明： NCBI BLAST 服务器是共享资源。 NCBI BLAST 优先考虑互动的用户，通过网络浏览器的 NCBI 网页的交互式用户不会遇到以上的问题。 对于 API 的使用准则： 与服务器联系的频率不要超过每 10 秒一次。 所以，总的来说，NCBI BLAST API 的使用准则，加上 NCBI BLAST 对用户请求的任务队列处理，甚至 NCBI BLAST 服务器共享资源的限制，以及总用户请求数，这些都可能成为 NCBIWWW.qblast () 异常耗时的原因，这其中还不算个人服务器的网络影响。
4.2）blast采用的是什么算法 4.3）和动态规划算法相比，blast 的算法有什么优点？ 4.4) blast和FASTA软件算法之间的区别是什么？ 4.5) blast核酸比对中默认的word是多少？ 4.6）word的大小是如何决定blast的运行速度？ 4.7）blast比FSAT软件搜索速度快的原因是什么？ 4.8) blast是对什么建立索引的？ 4.9）blast建立索引的目的是什么？ 4.10）blast比对输出的结果有哪些格式 4.11）在M8格式中共有多少列，每一列代表的是什么意思？ 1) 查看 blast.test 文件的前6行 head -6 blast.test 2) 统计blast.test文件中共有多少行，多少列 wc -l blast.test head -1 blast.test 文件 head -500 blast.test > miniblast.text 思考一下，有没有可能不需要新建miniblast.text 文件 5) 删除原文件 blast.test rm blast.test
那么，为什么要做BLAST呢？因为我们要看看自己设计的引物特异性到底怎么样，这直接关系到后期PCR能否顺利进行。 所以，到底该怎么操作和解读BLAST呢？ 本文，小编将以“核酸序列BLAST的操作过程和结果解读”为例，做一说明。 ---- 1 — BLAST网址 打开浏览器输入以下网址： https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 见到以下界面后，顺手点击Nucleotide BLAST 2 — 开始BLAST 点击Nucleotide BLAST，跳转至以下界面： ? 把这些参数都设置好之后，点击Blast。等待一段时间，待页面完全稳定后得到如下结果。 ? 3 — 结果解读 文章开始提到，BLAST结果是以评分的方式呈现。因此解读这些评分是很重要的。
Blast2go本地化教程网上也有不少，但是都是13年之前的，由于最近有这个需求，我也重新收集了下资料，然后整理了下： 主要参考： http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation GO: 基因本体论注释数据库 这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。 （名字随意），解压上述文件，并将所有文件都放到blast2go目录下，然后cd到blast2go目录下，进行后续操作，文件总共有这几个： b2gdb.sql b2gdb.sql~ gene2accession TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';" mysql -u root -p password -e "FLUSH PRIVILEGES;" blast2go blast4it 测试 理论上，上述的步骤都没报错的话，下面的测试肯定没问题的 下载官网的测试例子https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5
Cell BLAST 过去十年的技术进步形成了大规模单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据的快速积累。 小编在这里给大家介绍一款单细胞注释工具Cell BLAST。这款细胞查询工具基于神经网络模型，可有效处理批次效应，并提供细胞间相似性的度量。 其文章通过两个实验数据证明Cell BLAST 可进一步用于预测连续细胞的分化潜力和识别新细胞类型。 算法简介 Cell BLAST 使用基于神经网络模型，使用参考单细胞转录组数据，以无监督的方式学习从高维转录组空间到低维空间的非线性映射，并通过以下方式校正参考批次效应。 Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST.
:PATH, 将对应版本的BLAST提前 在我还是一个普通用户的时候，我用的就是上面的方法进行解决，直到有一天我成为服务器管理员，我决定用过一个更加装13的工具对环境变量进行管理，这个工具你或许也能在一些脚本看到 别在评论区说docker，有些服务器的系统太老，说不定都装不了docker，而且普通用户未必有这个权限。 工具安装和配置 由于Modules本来就是给管理员用于配置服务器环境，因此下面的安装操作都是以Root权限进行。 在安装Modules之前，先确保自己的系统上安装 tcl-devel>=8.4。 /configure && make && make install 相对于安装，配置则是比较麻烦一些，为了保证用户在登录服务器的时候，能够调用module,你得现将module的初始化脚本复制到 /etc 2.7.1" prepend-path PATH /opt/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin 当一个普通用户登录到服务器之后，他直接用 modulelist
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库 /blast/executables/blast+/LATEST 得到最新版本的blast+压缩包：ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh @master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz [wangh@master Softbacks]$ cd ncbi-blast -2.9.0+ [wangh@master ncbi-blast-2.9.0+]$ vim ~/.bashrc # 对blast+进行环境配置,进入变量配置环境中后，按i或者o切换到插入(编辑模式下)输入下列路径 # ncbi-blast export PATH=/path/ncbi-blast-2.9.0+/bin/:$PATH #######按Esc键退出编辑环境，再输入 ：wq 命令进行写入保存(w)
6138821 cccccc 6 11 10861038 10886821 10 8099058 8011502 cccccc 了解了基本的数据输入格式，那么我们就可以将blast 首先是使用blast比对 构建数据库 makeblastdb -in mt.fasta -dbtype nucl -out mt 比对 blastn -query cp.fasta -db mt -outfmt
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