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玩转基因组浏览器之IGV进行序列比对

除了动态的查看基因组学数据,IGV还内置了以下两个工具 Blat Motif finder 前者用于序列比对,后者用于motif的查找,本文的重点是介绍如何用IGV来进行序列比对。 IGV通过调用UCSC的Blat软件来实现序列比对, 软件对应的网址如下 https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat? command=start 在IGV中,通过工具栏的Tools->BLAT菜单,可以自定义输入查询序列 ? 直接在该输入框中粘贴查询序列的碱基即可,序列比对完成后,会弹出如下所示的结果框 ? 会有一个名为Blat的track, 显示查询序列的比对位置。 reads进行比对,对基因结构中的某个特征,exon,intron进行比对等等,详细的描述请参考以下链接 http://software.broadinstitute.org/software/igv/BLAT

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初学者怎么样才能迅速学会一个软件呢

正好系统性整理一下初学者该如何学习一个新的软件,比如blat工具。 首先安装软件 首先谷歌找到这个教程:http://nix-bio.blogspot.com/2013/10/installing-blat-and-blast.html 从这里面找到blat的二进制可执程序下载地址 (优先选择这样的软件安装方式) mkdir blat cd blat wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/blat/blat chmod a+x blat . #blat常见用法 #处理单个job blat chr11.fa human/test.fa test.psl #输出不含序列 blat chr11.fa human/test.fa -out=pslx

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    地理位置计算之geohash算法

    = ""; $blong = ""; for ($i=0; $i<$bl; $i++) { if ($i%2) $blat=$blat.substr($binary, $i blong=$blong.substr($binary, $i, 1); } //now concert to decimal $lat = $this->binDecode($blat //figure out how precise the bit count makes this calculation $latErr = $this->calcError(strlen($blat $addlong; } //encode each as binary string $blat = $this->binEncode($lat, -90, 90, $latbits , 0, 1); $blat = substr($blat, 1); } $uselong = !

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    gps相关

    param aLat number 第一个和第二个参数可以写成对象{lat:23,lng:133},表示第一个和第二个点的lat+lng * @param aLng number * @param bLat number * @param bLng number * @return number 单位为千米 * */ var getDistance = function(aLat,aLng,bLat ,bLng){ var EARTH_RADIUS = 6378.137;//地球半径,单位千米 if(typeof aLat=='object'){ bLat = aLng.lat (aLat&&aLng&&bLat&&bLng)){ console.error('[getDistance]参数不足'); return; } function s = Math.round(s * 10000) / 10000; return s; } return GetDistance(aLat,aLng,bLat

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    宏转录组学习笔记--另一个教程

    现在,我们可以使用BLAT对载体污染数据库进行额外的比对。 ./1_BLAT_Filter.py mouse1_univec_bwa.fastq mouse1_univec.blatout mouse1_univec_blat.fastq mouse1_univec_blat_contaminats.fastq > 在这里,BLAT不会识别与载体污染物数据库比对的任何其他序列。 mouse1_mouse_bwa.fastq mouse1_mouse.blatout mouse1_mouse_blat.fastq mouse1_mouse_blat_contaminats.fastq 「问题5:BWA和BLAT与小鼠宿主序列数据库比对了多少次?」

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    circBase、RegRNA2.0、CircInteractome

    circBase有blat功能可以进行序列比对,用于了解基因的物种保守性,不过物种较少 推荐使用UCSC(http://genome.ucsc.edu/)的blat功能 其实circBase的序列信息还是源于

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    搞定参考基因组,只需要五秒钟(序列相似性搜索工具—UCSC BLAT

    在江湖上混,曾经没学会的东西迟早要还的,好吧,现在问题来了: 其实,刚看到blat这四个英文字母的时候我发现我脑子里没有关于它的内存,经过我苦苦搜索,终于找到了UCSC上的网页工具BLAT,我以为我的问题马上就得到解决了 其实BLAT这个网页小工具在健明老师的B站视频讲过的,如果我早些看过就不会掉这个坑里并在坑里挣扎5个小时了……我可以直接去跳下一个坑啦,前面那么多坑等着我往里跳呢,干嘛在这个坑里浪费时间~ ? fastq文件格式用zcat查看压缩文件,直接把第二行复制到BLAT里那个放序列的框里就行 zcat C1_R1.fastq.gz | less -S $ zcat C1_R1.fastq.gz | less 下面是正文 今天我们介绍一款网页版序列相似性搜索工具—UCSC BLAT,这款小工具能方便快捷的告诉我们目标序列是人的还是小鼠的。 操作起来特别简单: 1. 打开BLAT主页 2.

    1.3K10

    hisat2会对多比对的reads随机输出一条吗?

    IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:60 YT:Z:UU XS:A:+ NH:i:1 但是我把该序列拿到blat image-20191201170907300 因为我们的hisat2工具使用的参考基因组里面并没有blat这个工具里面的那个染色体,所以出现冲突也不意外。 同样的,我们也是在blat工具检查看看; ? image-20191201171304037 实际上,我们并不想看到这样的事情发生,我们只需要染色体序列即可,并不需要那么多的非染色体片段。 我们看看比对次数最多的 有很多序列都是可以比对10次, 我随便找了一个,如下: TAACATTGGGAGAAATAGCCAGCTGAATCTGTAACTCAACAGAAACAAGTGATCCATATA 在blat CAGAATGAGTGGGAGGAGAGAAATGCATTGCTCCAAGTCCAAGAAAATGATCATTATCAA AS:i:-6 ZS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:5G54 YT:Z:UU NH:i:1 同样的,blat

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    gget,一个能高效进行各式各样网络数据库查询的工具

    目前由以下9个模块组成:gget ref、 gget search、 gget search、gget info、gget seq、gget blast、gget blat、gget muscle、gget MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR -o results.csv 用fa或txt文件进行BLAST gget blast -seq fasta.fa -o results.csv ---- ⑥ gget blat 使用BLAT找出核苷酸或氨基酸序列的基因组位置。 Find the genomic location of a nucleotide or amino acid sequence using BLAT. 返回格式:data frame 参数: 使用示例:搜索斑马鱼中特定氨基酸序列所在的基因组位置,并保存为csv文件 gget blat -seq MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR

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    Ensembl快速下载基因的同源基因序列

    可能有人会问只有序列怎么通过ensembl寻找同源基因,这个可以通过Ensembl的BLAST/BLAT功能来寻找序列对应的基因,BLAST/BLAT功能的位置在下图的红框中进行标出: ?

    2.9K50

    拼接病毒基因组

    $ seqkit stat MN908947.3.fa ivar_consensus.fa blat MN908947.3.fa ivar_consensus.fa -out=axt blat.axt 生成blast格式直接看 blat MN908947.3.fa ivar_consensus.fa -out=blast blat.out 写在最后:有时间我们会努力更新的。

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    PHP进阶学习之Geo的地图定位算法详解

    $addlong; } $blat=$this- binEncode($lat,-90,90, $latbits); $blong=$this- binEncode($long,-180,180,$longbits ); $binary=''; $uselong=1; while (strlen($blat)+strlen($blong)) { if ($uselong) { $binary=$binary.substr ($blong,0,1); $blong=substr($blong,1); } else { $binary=$binary.substr($blat,0,1); $blat=substr($blat

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    转录组高级分析之融合基因

    然后用ABySS来进行转录本组装(多个kmer值同时组装),组装好的contig先用RepeatMasker把ployA尾巴屏蔽掉 然后用blat跟参考基因组比对,BLAT产生的pslx文件可以直接作为

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    生物结构变异分析软件meerkat 0.189使用笔记(二)

    文件文件夹路径 -P STR primer_core程序文件夹路径 -L STR bla文件夹t路径 -V STR blat start 10.11.240.76 17777/reference/hg18/hg18.2bit -stepSize=5,服务器路径应该为10.11.240.76 -T STR blat 理论上,你应该用 1 blat hit 挑出小写的引物。如果blat hit 是0,意味着由太多hit了,所以不要挑选这种引物。 有时候,即使引物是在重复序列上(小写字母),但是在基因组上仍然是单一比对的,(1 blat hit),因为是重复元件的变异,挑选这种引物是可以的。

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    使用EricScript进行融合基因的分析

    需要注意的是,该软件依赖以下几个软件 R ada R package bwa samtools seqtk bedtools blat 特别需要注意一点,该软件要求samtools的版本必须为1.0

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    NGD:水生植物莲的基因组遗传变异与表达数据库 | CNGBdb收录数据库推荐

    ,收录了注释到的150,589个mRNA转录本异构体和34,481 个具有完整开放阅读框的基因;同时还整合了62个新测序的荷花栽培品种和26个此前已报道的栽培品种的遗传变异和关键性状;随着BLAST、BLAT 基因共表达网络分析示例 基因组比对及引物设计 用户可通过BLAST或BLAT根据序列相似性在NGD中进行搜索比对;PCR实验的引物也可以直接在NGD中设计。

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    lncRNA芯片的探针到底该如何注释到基因组信息呢

    suppressed due to -m: 2494 (4.11%) Reported 49162 alignments to 1 output stream(s) 发现比对率有点低,然后我搜索了其中几个探针,去blat 题外话 我很喜欢blat这个在线网页工具,因为当初听说它的速度甩blast工具几十条街。 在我B站视频,多次提到它的奇妙用法,但是我也是今天才知道,它居然也可以跨越内含子进行比对。

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    RAPSearch2: 比BLAST快的多的蛋白序列比对

    BLAST是非常经典的比对算法,后来出现的BLAT速度能比BLAST快100倍,但是对于非常相似的序列比对,结果会丢失一部分(>20%)相似性较低的结果。

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    安装生物软件和配置数据库

    y bwa mamba install -y samtools mamba install -y bcftools mamba install -y blast mamba install -y blat /share/home/lius/anaconda3/envs/blast /share/home/lius/anaconda3/envs/blat

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