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玩转基因组浏览器之IGV进行序列比对

除了动态的查看基因组学数据,IGV还内置了以下两个工具 Blat Motif finder 前者用于序列比对,后者用于motif的查找,本文的重点是介绍如何用IGV来进行序列比对。...IGV通过调用UCSC的Blat软件来实现序列比对, 软件对应的网址如下 https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?...command=start 在IGV中,通过工具栏的Tools->BLAT菜单,可以自定义输入查询序列 ? 直接在该输入框中粘贴查询序列的碱基即可,序列比对完成后,会弹出如下所示的结果框 ?...会有一个名为Blat的track, 显示查询序列的比对位置。...reads进行比对,对基因结构中的某个特征,exon,intron进行比对等等,详细的描述请参考以下链接 http://software.broadinstitute.org/software/igv/BLAT

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搞定参考基因组,只需要五秒钟(序列相似性搜索工具—UCSC BLAT

在江湖上混,曾经没学会的东西迟早要还的,好吧,现在问题来了: 其实,刚看到blat这四个英文字母的时候我发现我脑子里没有关于它的内存,经过我苦苦搜索,终于找到了UCSC上的网页工具BLAT,我以为我的问题马上就得到解决了...其实BLAT这个网页小工具在健明老师的B站视频讲过的,如果我早些看过就不会掉这个坑里并在坑里挣扎5个小时了……我可以直接去跳下一个坑啦,前面那么多坑等着我往里跳呢,干嘛在这个坑里浪费时间~ ?...fastq文件格式用zcat查看压缩文件,直接把第二行复制到BLAT里那个放序列的框里就行 zcat C1_R1.fastq.gz | less -S $ zcat C1_R1.fastq.gz | less...下面是正文 今天我们介绍一款网页版序列相似性搜索工具—UCSC BLAT,这款小工具能方便快捷的告诉我们目标序列是人的还是小鼠的。 操作起来特别简单: 1. 打开BLAT主页 2.

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hisat2会对多比对的reads随机输出一条吗?

IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:60 YT:Z:UU XS:A:+ NH:i:1 但是我把该序列拿到blat...image-20191201170907300 因为我们的hisat2工具使用的参考基因组里面并没有blat这个工具里面的那个染色体,所以出现冲突也不意外。...同样的,我们也是在blat工具检查看看; ? image-20191201171304037 实际上,我们并不想看到这样的事情发生,我们只需要染色体序列即可,并不需要那么多的非染色体片段。...我们看看比对次数最多的 有很多序列都是可以比对10次, 我随便找了一个,如下: TAACATTGGGAGAAATAGCCAGCTGAATCTGTAACTCAACAGAAACAAGTGATCCATATA 在blat...CAGAATGAGTGGGAGGAGAGAAATGCATTGCTCCAAGTCCAAGAAAATGATCATTATCAA AS:i:-6 ZS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:5G54 YT:Z:UU NH:i:1 同样的,blat

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gget,一个能高效进行各式各样网络数据库查询的工具

目前由以下9个模块组成:gget ref、 gget search、 gget search、gget info、gget seq、gget blast、gget blat、gget muscle、gget...MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR -o results.csv 用fa或txt文件进行BLAST gget blast -seq fasta.fa -o results.csv ---- ⑥ gget blat...使用BLAT找出核苷酸或氨基酸序列的基因组位置。...Find the genomic location of a nucleotide or amino acid sequence using BLAT....返回格式:data frame 参数: 使用示例:搜索斑马鱼中特定氨基酸序列所在的基因组位置,并保存为csv文件 gget blat -seq MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR

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